BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-328A05
Chromosome16 (Build37)
Map Location 80,546,992 - 80,687,575
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG383172, 1700066C05Rik
Downstream geneLOC621365, LOC100039724, Ncam2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-328A05.bB6Ng01-328A05.g
ACCGA115387GA115388
length9371,014
definitionB6Ng01-328A05.b B6Ng01-328A05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(80,546,992 - 80,547,927)(80,686,557 - 80,687,575)
sequence
gaattccaggaagtctttcagtctgttgagtcagattccctgattaccac
agagcctccaggaggtcttcagtctgtggtgtctgttgcccagttaccct
gtgtacaaaggagctcctgggatgccttcaaactgtggtgtctttaaggg
aacagacaagctagtgatcagttgctctgttgccttgtatgtagcagatc
tccttggatatctcaggctgtagtgtcaattagctgtagtgcagtggatc
tcctggactggctcccgatatggtctctccagtggagcagactagctagc
agtcagccccagcagaaaggactaggcagaaggagtaacactttacgatt
ctaaatttatcaaaatggtggaagaaagcatacaaacaaaaattatatac
cattcattatgacattattttcctcattaacagtcccataaatacgaaca
agctatcaatggaaaaataggtcagcctttgtttcaagtttataaatctc
aaaaatgtagaaatgttttcattctcagagaaaaacaaaaatcaaaaatg
caaattgattatgatacagagataatatggtaatgcagcaatggctggaa
agtaggactcactgaagaaaactgggatgaatgacaggaagaatgggcag
gctaggagtttccaaatagatgtctaacattgcagtttaatcataaatcc
tttccaaattgctgaaggggattccaacctcataggaagaacatcagtat
caactaactggacttcccagagcttccagggactgaaccactaaccaaag
gagggacccaaggctccagcagcatatgtaacagaggatggacttatcta
gcttcagtgggaggagaggtatttggtcctgtggaagctagattccccag
cataggaggatggtagagggatggaggtggaaggggg

gaattctacagagagattggaagatgaaaatgctgatggaaaagtgaatt
acaagctcagaaggtgtcagtaatcaactgtcgctcaggccacattgtag
cagaggttctgactatactttctctttctggaaaatttgagtatggctga
atcaaaaagtaaaagaataatgcatttcattgagaaaatttcaatatcat
gtagcactttgctgggatatggttcttctcagctgttctcacccaaatgt
tctgtcaaaatcacagtgagcaacaggaggaacatgagtcttagaccaat
gtgcatcttggtgagaaaggaaggttggacaattttaacttgtccacaac
gcatgggagaaagcaaaggcccaaattaagaactagtctaactcatttct
gaagtttctagcaacaccagttatgcacaatatttctttgagttttaaaa
atagttaataaatagattgtaaaatgggctttatatcacatctactttct
tgtaaacttttaaatataatctgtaaatttttctcatgtattcacattta
tttatattctatataccttctgatttcccaagattttgacagttgtgaag
tacaaaaaataagtgatggatttgaaaagaaaggaactaatcacattgtt
gtaaagcaataagggtagttttagatggccagactctcaactgttcatgg
atccatgaaacaaaagtccaaacttgatcttcattttacagacaaattta
tttgaaaaaaaagaaatgagagagagagagagagagagagagagaagggg
ggagaggaaaaagagaggagagagagaagtggaattgagagagctttatg
cattccttattgaaaaacaaataggtaacctaattgaatatttcctaagc
tcaagcattcagagtacatggtatgatgagtgagtgaggacaaaagttgg
aactgacaaggtaaactaggctttatttgttaattgttgagagtgttcag
gctttaatatacag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_80546992_80547927
seq2: B6Ng01-328A05.b_47_983

seq1  GAATTCCAGGAAGTCTTTCAGTCTGTTGAGTCAGATTCCCTGATTACCAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGAAGTCTTTCAGTCTGTTGAGTCAGATTCCCTGATTACCAC  50

seq1  AGAGCCTCCAGGAGGTCTTCAGTCTGTGGTGTCTGTTGCCCAGTTACCCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCCTCCAGGAGGTCTTCAGTCTGTGGTGTCTGTTGCCCAGTTACCCT  100

seq1  GTGTACAAAGGAGCTCCTGGGATGCCTTCAAACTGTGGTGTCTTTAAGGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTACAAAGGAGCTCCTGGGATGCCTTCAAACTGTGGTGTCTTTAAGGG  150

seq1  AACAGACAAGCTAGTGATCAGTTGCTCTGTTGCCTTGTATGTAGCAGATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGACAAGCTAGTGATCAGTTGCTCTGTTGCCTTGTATGTAGCAGATC  200

seq1  TCCTTGGATATCTCAGGCTGTAGTGTCAATTAGCTGTAGTGCAGTGGATC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTGGATATCTCAGGCTGTAGTGTCAATTAGCTGTAGTGCAGTGGATC  250

seq1  TCCTGGACTGGCTCCCGATATGGTCTCTCCAGTGGAGCAGACTAGCTAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGGACTGGCTCCCGATATGGTCTCTCCAGTGGAGCAGACTAGCTAGC  300

seq1  AGTCAGCCCCAGCAGAAAGGACTAGGCAGAAGGAGTAACACTTTACGATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAGCCCCAGCAGAAAGGACTAGGCAGAAGGAGTAACACTTTACGATT  350

seq1  CTAAATTTATCAAAATGGTGGAAGAAAGCATACAAACAAAAATTATATAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAATTTATCAAAATGGTGGAAGAAAGCATACAAACAAAAATTATATAC  400

seq1  CATTCATTATGACATTATTTTCCTCATTAACAGTCCCATAAATACGAACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCATTATGACATTATTTTCCTCATTAACAGTCCCATAAATACGAACA  450

seq1  AGCTATCAATGGAAAAATAGGTCAGCCTTTGTTTCAAGTTTATAAATCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTATCAATGGAAAAATAGGTCAGCCTTTGTTTCAAGTTTATAAATCTC  500

seq1  AAAAATGTAGAAATGTTTTCATTCTCAGAGAAAAACAAAAATCAAAAATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATGTAGAAATGTTTTCATTCTCAGAGAAAAACAAAAATCAAAAATG  550

seq1  CAAATTGATTATGATACAGAGATAATATGGTAATGCAGCAATGGCTGGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATTGATTATGATACAGAGATAATATGGTAATGCAGCAATGGCTGGAA  600

seq1  AGTAGGACTCACTGAAGAAAACTGGGATGAATGACAGGAAGAATGGGCAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGGACTCACTGAAGAAAACTGGGATGAATGACAGGAAGAATGGGCAG  650

seq1  GCTAGGAGTTTCCAAATAGATGTCTAACATTGCAGTTTAATCATAAATCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGGAGTTTCCAAATAGATGTCTAACATTGCAGTTTAATCATAAATCC  700

seq1  TTTCCAAATTGCTGAAGGGGATTCCAACCTCATAGGAAGAACATCAGTAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCAAATTGCTGAAGGGGATTCCAACCTCATAGGAAGAACATCAGTAT  750

seq1  CAACTAACTGGACTTCCCAGAGCTTCCAGGGACTGAACCACTAACCAAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTAACTGGACTTCCCAGAGCTTCCAGGGACTGAACCACTAACCAAAG  800

seq1  GAGGGACCCAAGGCTCCAGCAGCATATGTAACAGAGGATGGACTTATCTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGACCCAAGGCTCCAGCAGCATATGTAACAGAGGATGGACTTATCTA  850

seq1  GCTTCAGTGGGAGGAGAGGTATTTGGTCCTGTGGAAGCTAGATTCCCCAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCAGTGGGAGGAGAGGTATTTGGTCCTGTGGAAGCTAGATTCCCCAG  900

seq1  CATAGGAGGATGGTAGAGGGAT-GAGGTGGAAGGGGG  936
      |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  CATAGGAGGATGGTAGAGGGATGGAGGTGGAAGGGGG  937


seq1: chr16_80686557_80687575
seq2: B6Ng01-328A05.g_64_1076 (reverse)

seq1  TGTATAATTAAGGCCTGAACACTCATCAACAAATTAACAAATGAAGCCTG  50
      ||||| ||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||| 
seq2  TGTAT-ATTAAAGCCTGAACACTC-TCAAC-AATTAACAAATAAAGCCTA  47

seq1  GTTT-CCTTGTCAGTTTCCAAACTTTTGGTCCTCACTCACTCATCATACC  99
      |||| |||||||||||  | ||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTACCTTGTCAGTT--CCAACTTTT-GTCCTCACTCACTCATCATACC  94

seq1  ATGTACTCTGAATGCCTGAGCCTTAGGAAATATTCAATTAGG-TACCTAT  148
      ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  ATGTACTCTGAATGCTTGAG-CTTAGGAAATATTCAATTAGGTTACCTAT  143

seq1  TTGTTTTTTCAATAAGGAATGCATAAAGCTCTCTCAATTCCACTTCTCTC  198
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTG-TTTTTCAATAAGGAATGCATAAAGCTCTCTCAATTCCACTTCTCTC  192

seq1  TCTCCTCTCTTTTTCCTCTCCCCCCTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTCTCTTTTTCCTCTCCCCCCTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC  242

seq1  TCTCATTTCTTTTTTTTCAAATAAATTTGTCTGTAAAATGAAGATCAAGT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCATTTCTTTTTTTTCAAATAAATTTGTCTGTAAAATGAAGATCAAGT  292

seq1  TTGGACTTTTGTTTCATGGATCCATGAACAGTTGAGAGTCTGGCCATCTA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGACTTTTGTTTCATGGATCCATGAACAGTTGAGAGTCTGGCCATCTA  342

seq1  AAACTACCCTTATTGCTTTACAACAATGTGATTAGTTCCTTTCTTTTCAA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTACCCTTATTGCTTTACAACAATGTGATTAGTTCCTTTCTTTTCAA  392

seq1  ATCCATCACTTATTTTTTGTACTTCACAACTGTCAAAATCTTGGGAAATC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCATCACTTATTTTTTGTACTTCACAACTGTCAAAATCTTGGGAAATC  442

seq1  AGAAGGTATATAGAATATAAATAAATGTGAATACATGAGAAAAATTTACA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGTATATAGAATATAAATAAATGTGAATACATGAGAAAAATTTACA  492

seq1  GATTATATTTAAAAGTTTACAAGAAAGTAGATGTGATATAAAGCCCATTT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTATATTTAAAAGTTTACAAGAAAGTAGATGTGATATAAAGCCCATTT  542

seq1  TACAATCTATTTATTAACTATTTTTAAAACTCAAAGAAATATTGTGCATA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAATCTATTTATTAACTATTTTTAAAACTCAAAGAAATATTGTGCATA  592

seq1  ACTGGTGTTGCTAGAAACTTCAGAAATGAGTTAGACTAGTTCTTAATTTG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGTGTTGCTAGAAACTTCAGAAATGAGTTAGACTAGTTCTTAATTTG  642

seq1  GGCCTTTGCTTTCTCCCATGCGTTGTGGACAAGTTAAAATTGTCCAACCT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTTTGCTTTCTCCCATGCGTTGTGGACAAGTTAAAATTGTCCAACCT  692

seq1  TCCTTTCTCACCAAGATGCACATTGGTCTAAGACTCATGTTCCTCCTGTT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTCTCACCAAGATGCACATTGGTCTAAGACTCATGTTCCTCCTGTT  742

seq1  GCTCACTGTGATTTTGACAGAACATTTGGGTGAGAACAGCTGAGAAGAAC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCACTGTGATTTTGACAGAACATTTGGGTGAGAACAGCTGAGAAGAAC  792

seq1  CATATCCCAGCAAAGTGCTACATGATATTGAAATTTTCTCAATGAAATGC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATCCCAGCAAAGTGCTACATGATATTGAAATTTTCTCAATGAAATGC  842

seq1  ATTATTCTTTTACTTTTTGATTCAGCCATACTCAAATTTTCCAGAAAGAG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATTCTTTTACTTTTTGATTCAGCCATACTCAAATTTTCCAGAAAGAG  892

seq1  AAAGTATAGTCAGAACCTCTGCTACAATGTGGCCTGAGCGACAGTTGATT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTATAGTCAGAACCTCTGCTACAATGTGGCCTGAGCGACAGTTGATT  942

seq1  ACTGACACCTTCTGAGCTTGTAATTCACTTTTCCATCAGCATTTTCATCT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGACACCTTCTGAGCTTGTAATTCACTTTTCCATCAGCATTTTCATCT  992

seq1  TCCAATCTCTCTGTAGAATTC  1019
      |||||||||||||||||||||
seq2  TCCAATCTCTCTGTAGAATTC  1013


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |