BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-331L04
Chromosome16 (Build37)
Map Location 35,550,263 - 35,733,442
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSema5b, EG546663, Dirc2
Upstream geneRopn1, Ccdc14, Mylk, Ptplb, Adcy5, Sec22a, Pdia5
Downstream geneHspbap1, Parp14, LOC667133, LOC100043217, Dtx3l, Parp9, Kpna1, Wdr5b, 2310056P07Rik, Ccdc58, Csta, Stfa2l1, EG433016, EG627962, EG408196, 2010005H15Rik, Stfa1, EG209324, LOC100038854, BC100530, LOC639105, Stfa2, Stfa3, Casr, EG667232, Cd86, Ildr1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-331L04.bB6Ng01-331L04.g
ACCGA117996GA117997
length1,1881,122
definitionB6Ng01-331L04.b B6Ng01-331L04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(35,550,263 - 35,551,442)(35,732,324 - 35,733,442)
sequence
gaattcagagctgaaaaagcaaactgtttttcagtgaatgttgacgctgt
ggatgactgctttgccttccctgacatgggatcaaaatcctttgaccaat
agactgtcataggctcacccccagatcaatatcatataatgctgccttgg
cctttagagaacactccgtgtcttctacctctgacctttcacgttctcag
ccttttgttcttctacctttaacccttgaactctttgcactccaggccct
gaagggcttattctgtaataaccactgttatttatcgtggttcctgtgta
ccaagtagtgtgctaaccattttaaatgcattgtccttttccatgcttat
aaccttatgtacagaaatttatttttatctccactttccacacaaggaac
ttgaaaccttggaaggtaaaacaatttgctcaaggttacacagccaacac
gctgggatttaaaaccagcatcttcaggcttaacagctgcatatacattt
cttcagttttaaaagtaacttttggcttgtgatgtcaacagccagtgttc
caccagcatcctatgggtatatatggtgccactctctaccagaaggggag
aagctgctcacacatgactatcaggagaaatgtgttagacattattcttt
cctttattcaattctgtgttcttgagacagtctcactatctcaggctggc
cttgaacttcagatcctctcgcctcccaagtgctgggcttgctggtgtat
atccctacctccttcctttttacttccttgatatgtccttcccaccctcc
ccaaacaggctgagatagcaaacactcctttcatcctcaccaaagctgcc
aagatcccagtacgccttgcagctgaccaggtccaaatatgacacatctc
tgttacagcttccccagcgagttgggagaggtggggctgccgctttcgct
gggtagattatgaagctatcaggaaggtgtgctctggtaattcagagggt
cggtagcctgatttgttggaagtcacatatgcttcaactatagattggcg
tatattgctgcaatcctaggccctaacagctcatcattgcctgagaaggg
ttgggagaattcatggataacccaagctgttcccttctgattgccatctg
aactatgaccagtacctaggtgggaaagtgacacgagt
gaattcttatatctgtcagtctccttgttcttcagctggctctcactgga
aacttacttccaggtcaggtctgtagatgtcgcactctgtggttagacag
gactctgtcctttgtgttccttgtgactttttagtcaaacctttgcactg
aggtgggcttccctttagctttaggtttaattggttggttggtggctatt
ttgggtggctatttttgatttggttcttatacctgcacttcccttccaat
ccttattccatcctaatctcttctaacccccaacagctaggtaggagaga
aaggttagaggggaaaggtcatagatctctccaggcttcttcctgctgat
tagggtcattgggttccttggagccggtccaatctttgtagtcaggatat
ctccatcttctcgtcaaaccccaacagcagcaaccaggagcagcgagggg
agcagcagccttgccggaggccctcccagccctctcggggccccatttat
acctctccagagtccccagaagtaaactgtgtgcagctgacaaaggtcat
gcccctcctagagcacaaggcagtcatgggtagtggctgtggacaaactg
aaacagcctcatctcccacaccagggattcaggccaaatgcaaggtgagc
ccccagtctaggtcctggtccaaggaactattaaaggaactcatgaggca
gcaggcagcatgcaaacacttggggctagagagatggatcagtggctgct
tttccagaggacccaggttcaattcccctcaacccacatagcataactgg
gggttttaaagaaaccaaaattgtcactgcatttggttgtcagtggccct
gaggattgaggcagggcctgtgctcactacgccagtactctggcactgag
ccacagccctaggtctctctttgtctttgttttacgtgattttcgctggt
gaagggtagtccttgatatgtggagaagctctcttttcttctcaagtgtc
tccccactgctcagtaaacaatgggccctcaaggatagccagtcactttt
ttatccccctatcccaatggttactggactgcctccagtcattgcttgca
ggaacacaaccgcgggggatgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_35550263_35551442
seq2: B6Ng01-331L04.b_49_1236

seq1  GAATTCAGAGCTGAAAAAGCAAACTGTTTTTCAGTGAATGTTGACGCTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGAGCTGAAAAAGCAAACTGTTTTTCAGTGAATGTTGACGCTGT  50

seq1  GGATGACTGCTTTGCCTTCCCTGACATGGGATCAAAATCCTTTGACCAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGACTGCTTTGCCTTCCCTGACATGGGATCAAAATCCTTTGACCAAT  100

seq1  AGACTGTCATAGGCTCACCCCCAGATCAATATCATATAATGCTGCCTTGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTGTCATAGGCTCACCCCCAGATCAATATCATATAATGCTGCCTTGG  150

seq1  CCTTTAGAGAACACTCCGTGTCTTCTACCTCTGACCTTTCACGTTCTCAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTAGAGAACACTCCGTGTCTTCTACCTCTGACCTTTCACGTTCTCAG  200

seq1  CCTTTTGTTCTTCTACCTTTAACCCTTGAACTCTTTGCACTCCAGGCCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTTGTTCTTCTACCTTTAACCCTTGAACTCTTTGCACTCCAGGCCCT  250

seq1  GAAGGGCTTATTCTGTAATAACCACTGTTATTTATCGTGGTTCCTGTGTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGGCTTATTCTGTAATAACCACTGTTATTTATCGTGGTTCCTGTGTA  300

seq1  CCAAGTAGTGTGCTAACCATTTTAAATGCATTGTCCTTTTCCATGCTTAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGTAGTGTGCTAACCATTTTAAATGCATTGTCCTTTTCCATGCTTAT  350

seq1  AACCTTATGTACAGAAATTTATTTTTATCTCCACTTTCCACACAAGGAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTTATGTACAGAAATTTATTTTTATCTCCACTTTCCACACAAGGAAC  400

seq1  TTGAAACCTTGGAAGGTAAAACAATTTGCTCAAGGTTACACAGCCAACAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAACCTTGGAAGGTAAAACAATTTGCTCAAGGTTACACAGCCAACAC  450

seq1  GCTGGGATTTAAAACCAGCATCTTCAGGCTTAACAGCTGCATATACATTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGGATTTAAAACCAGCATCTTCAGGCTTAACAGCTGCATATACATTT  500

seq1  CTTCAGTTTTAAAAGTAACTTTTGGCTTGTGATGTCAACAGCCAGTGTTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAGTTTTAAAAGTAACTTTTGGCTTGTGATGTCAACAGCCAGTGTTC  550

seq1  CACCAGCATCCTATGGGTATATATGGTGCCACTCTCTACCAGAAGGGGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAGCATCCTATGGGTATATATGGTGCCACTCTCTACCAGAAGGGGAG  600

seq1  AAGCTGCTCACACATGACTATCAGGAGAAATGTGTTAGACATTATTCTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTGCTCACACATGACTATCAGGAGAAATGTGTTAGACATTATTCTTT  650

seq1  CCTTTATTCAATTCTGTGTTCTTGAGACAGTCTCACTATCTCAGGCTGGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTATTCAATTCTGTGTTCTTGAGACAGTCTCACTATCTCAGGCTGGC  700

seq1  CTTGAACTTCAGATCCTCTCGCCTCCCAAGTGCTGGGCTTGCTGGTGTAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAACTTCAGATCCTCTCGCCTCCCAAGTGCTGGGCTTGCTGGTGTAT  750

seq1  ATCCCTACCTCCTTCCTTTTTACTTCCTTGATATGTCCTTCCCACCCTCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCTACCTCCTTCCTTTTTACTTCCTTGATATGTCCTTCCCACCCTCC  800

seq1  CCAAACAGGCTGAGATAGCAAACACTCCTTTCATCCTCACCAAAGCTGCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAACAGGCTGAGATAGCAAACACTCCTTTCATCCTCACCAAAGCTGCC  850

seq1  AAGATCCCAGTACGCCTTGCAGCTGACCAGGTCCAAATATGACACATCTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATCCCAGTACGCCTTGCAGCTGACCAGGTCCAAATATGACACATCTC  900

seq1  TGTTACAGCTTCCCCAGCGAGTTGGGAGAGGT-GGGCTGCCGCTTTCGCT  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TGTTACAGCTTCCCCAGCGAGTTGGGAGAGGTGGGGCTGCCGCTTTCGCT  950

seq1  GGGTAGATTATGAAGCTATCAGGAAGGTGTGCTCTGGTATTTCAGAGGGT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GGGTAGATTATGAAGCTATCAGGAAGGTGTGCTCTGGTAATTCAGAGGGT  1000

seq1  CGGTAGCCTGATTTTGTTGGAAGTCACATATTGCTTCAACTATAAGATT-  1048
      ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| 
seq2  CGGTAGCCTGA-TTTGTTGGAAGTCACATA-TGCTTCAACTAT-AGATTG  1047

seq1  GCGTATATGCTTGCAATCTTAGGCC--TACAGCTCATCATTG-CTGAGAA  1095
      ||||||||   ||||||| ||||||   |||||||||||||| |||||||
seq2  GCGTATATTGCTGCAATCCTAGGCCCTAACAGCTCATCATTGCCTGAGAA  1097

seq1  GGTT---GAGAATCCATTGATAA-CCAAGCCTGTCCCTTCTGATTGCATT  1141
      || |   |||||| ||| ||||| ||||||   ||||||||||||||  |
seq2  GGGTTGGGAGAATTCATGGATAACCCAAGCTGTTCCCTTCTGATTGCCAT  1147

seq1  CTG-ACTATGACCAAGAACTAGGTGGGAAGGTGACA-GAGT  1180
      ||| ||||||||||  | ||||||||||| |||||| ||||
seq2  CTGAACTATGACCAGTACCTAGGTGGGAAAGTGACACGAGT  1188

seq1: chr16_35732324_35733442
seq2: B6Ng01-331L04.g_68_1189 (reverse)

seq1  GCAT-CACCGCGGTTGTG-TCTTGGCAGCAATGAACTGGAAGCAGTCCAG  48
      |||| | ||||||||||| || ||  ||||||| |||||| |||||||| 
seq2  GCATCCCCCGCGGTTGTGTTCCTGCAAGCAATG-ACTGGAGGCAGTCCA-  48

seq1  GTACACAAT-GGATAGGGGGAT-AAAAAGTGACTGGCTAACCCTGAGGGC  96
      |||  || | |||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||
seq2  GTAACCATTGGGATAGGGGGATAAAAAAGTGACTGGCTATCCTTGAGGGC  98

seq1  CATTTGTTTACTGAGCAGTGGGGAGACAACTTGAGAAGAAAAAGAGAGC-  145
      |  |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| 
seq2  CCATTGTTTACTGAGCAGTGGGGAGAC-ACTTGAGAAG-AAAAGAGAGCT  146

seq1  TCTCCACATATCAAGGACTACCC-TCACCAGCG-AAATCACGTAAAACAA  193
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TCTCCACATATCAAGGACTACCCTTCACCAGCGAAAATCACGTAAAACAA  196

seq1  AGACAAAAGAGAGACCTAGGGCTGTGGCTCAGTGCCAGAGTACTGGCGTA  243
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAC-AAAGAGAGACCTAGGGCTGTGGCTCAGTGCCAGAGTACTGGCGTA  245

seq1  GTGAGCACAGGCCCTGCCTCAATCCTCAGGGCCACTGACAACCAAATGCA  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGCACAGGCCCTGCCTCAATCCTCAGGGCCACTGACAACCAAATGCA  295

seq1  GTGACAATTTTGGTTTCTTTAAAA-CCCCAGTTATGCTATGTGGGTTGAG  342
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACAATTTTGGTTTCTTTAAAACCCCCAGTTATGCTATGTGGGTTGAG  345

seq1  GGGAATTGAACCTGGGTCCTCTGGAAAAGCAGCCACTGATCCATCTCTCT  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAATTGAACCTGGGTCCTCTGGAAAAGCAGCCACTGATCCATCTCTCT  395

seq1  AGCCCCAAGTGTTTGCATGCTGCCTGCTGCCTCATGAGTTCCTTTAATAG  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCCAAGTGTTTGCATGCTGCCTGCTGCCTCATGAGTTCCTTTAATAG  445

seq1  TTCCTTGGACCAGGACCTAGACTGGGGGCTCACCTTGCATTTGGCCTGAA  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTGGACCAGGACCTAGACTGGGGGCTCACCTTGCATTTGGCCTGAA  495

seq1  TCCCTGGTGTGGGAGATGAGGCTGTTTCAGTTTGTCCACAGCCACTACCC  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTGGTGTGGGAGATGAGGCTGTTTCAGTTTGTCCACAGCCACTACCC  545

seq1  ATGACTGCCTTGTGCTCTAGGAGGGGCATGACCTTTGTCAGCTGCACACA  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACTGCCTTGTGCTCTAGGAGGGGCATGACCTTTGTCAGCTGCACACA  595

seq1  GTTTACTTCTGGGGACTCTGGAGAGGTATAAATGGGGCCCCGAGAGGGCT  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTACTTCTGGGGACTCTGGAGAGGTATAAATGGGGCCCCGAGAGGGCT  645

seq1  GGGAGGGCCTCCGGCAAGGCTGCTGCTCCCCTCGCTGCTCCTGGTTGCTG  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGGGCCTCCGGCAAGGCTGCTGCTCCCCTCGCTGCTCCTGGTTGCTG  695

seq1  CTGTTGGGGTTTGACGAGAAGATGGAGATATCCTGACTACAAAGATTGGA  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTGGGGTTTGACGAGAAGATGGAGATATCCTGACTACAAAGATTGGA  745

seq1  CCGGCTCCAAGGAACCCAATGACCCTAATCAGCAGGAAGAAGCCTGGAGA  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGGCTCCAAGGAACCCAATGACCCTAATCAGCAGGAAGAAGCCTGGAGA  795

seq1  GATCTATGACCTTTCCCCTCTAACCTTTCTCTCCTACCTAGCTGTTGGGG  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTATGACCTTTCCCCTCTAACCTTTCTCTCCTACCTAGCTGTTGGGG  845

seq1  GTTAGAAGAGATTAGGATGGAATAAGGATTGGAAGGGAAGTGCAGGTATA  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGAAGAGATTAGGATGGAATAAGGATTGGAAGGGAAGTGCAGGTATA  895

seq1  AGAACCAAATCAAAAATAGCCACCCAAAATAGCCACCAACCAACCAATTA  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACCAAATCAAAAATAGCCACCCAAAATAGCCACCAACCAACCAATTA  945

seq1  AACCTAAAGCTAAAGGGAAGCCCACCTCAGTGCAAAGGTTTGACTAAAAA  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTAAAGCTAAAGGGAAGCCCACCTCAGTGCAAAGGTTTGACTAAAAA  995

seq1  GTCACAAGGAACACAAAGGACAGAGTCCTGTCTAACCACAGAGTGCGACA  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACAAGGAACACAAAGGACAGAGTCCTGTCTAACCACAGAGTGCGACA  1045

seq1  TCTACAGACCTGACCTGGAAGTAAGTTTCCAGTGAGAGCCAGCTGAAGAA  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACAGACCTGACCTGGAAGTAAGTTTCCAGTGAGAGCCAGCTGAAGAA  1095

seq1  CAAGGAGACTGACAGATATAAGAATTC  1119
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGAGACTGACAGATATAAGAATTC  1122