BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-332N18
Chromosome16 (Build37)
Map Location 42,009,570 - 42,156,348
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLsamp
Upstream geneEG667450
Downstream geneGap43, BC002163
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-332N18.bB6Ng01-332N18.g
ACCGA118838GA118839
length1,0581,119
definitionB6Ng01-332N18.b B6Ng01-332N18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(42,009,570 - 42,010,632)(42,155,237 - 42,156,348)
sequence
gaattctttcaagactgcgaatctctttcaagattcatcaagattaacag
ttgaagaaataagagcactgcaaagaaactatttatccaggtatggactt
tagggatattttaagtactgagtactggaactattttattatgaacactt
tactatatacttaaattgtatcctagaagagaaaatttaaagacaggaga
gtatctccctaactatttgaaatattgtcttactgagtgtatatgaagaa
gggttagtgtaggcctctgtaagcatcaaagtcttagtttatatgtatat
caatttcaaattcaagaaatctacaatagctcagtgtatagatggtgacc
cacccacactgtcagagacccatttccttctattatagaggtcactgaat
atgtacaactttggtcctcaaggtcctgaatggtttattgacctctgact
ggtatatccacctttatgttggccatgtacatgcttctaaaagggtggac
atagcagtttcagtattctatcttggttaagtttccaatgctgtgataaa
aaagcattctgagcaaaggcaacacggagaatccaaggtttactggctta
tatttttatgtcttcattgtcatagaaggcttgagatcatagatggcttc
catcattcaggaaggtgaagtcataaattcaaacagaaacctggaaatat
aaacagaagtagatcatagagaaatttactctccatgatttattcagtat
actttcttacacaacccagggccacctgcccagaggtagcactgccaaca
atggtttcctcccaaatcaatcattaatcaagaaaatgtcctgccgacca
atatggtggaagcattctttcaactgaagttccctctttgcagatgaccc
tggcttgtgttacagaaaactagcacatgtcctttggccacacttatggc
ttaaagttcccaggaaaccaggaaagtatctttattatggttggcaatga
attcattattacttagaaaaaaacctgtcaactaatcataccaattctcc
tacagtgg

gaattctgtgattttgttacatcattgctgcgtacatattatcagtagaa
agaagacccttatttctggcaggaagggagagatgtgttttaacatttta
atcttcctagataagatctatatctttgggacaaatctttgccatgatgt
ggtggtgtgcatgacagccatcactgagaagtgaatgtctctcacatgtg
acattttgcggcttttcttcaagatttttattccgcatgagtaaaaaata
aggcatttttttattttttgcatttggacttgagatagtttgacttttaa
acttattagcagtgtggacatgtaaaacatgctgattatccaaaataatc
agtctagaagggactcatgtctacctaatgcctatgttcacatgacatga
acatacttctcagaatagtgctttaaaaaaacacacacacacacagaaag
ggtgtgcagctgaatatgattatttgaaattcaatatgcttttcttctag
cgttcttcttcatatggtatttaaaataccactttgagcttgtaggcatg
aaaaatacaatttctttcccatttcacagttggaaaaactgaattacaga
gaacaatgctagtaattatccataattaatagaggtgagtatgcaaatcg
gtctgggtaagtgtgtgaaattagatgtactgatgccagacagcactgtt
cctgtgttttttgatgcttgcatgtaaatctctgcattagtcaggcatac
aaatatgactttccaaaaatgtatggatgataaactgactattatgtatg
tatgtattgtaatgtgtaagacaaattagatgaattactgcaatttgtta
gataggtgcatatctaatgagcattgtgaatgactttataatggtggttt
gcagtgcactatatagatttatatatggcttaagttcagcatgtggtagg
ctagatttgggtatgatttggtcattaaaatgtgtgggaaagaagtgagt
attaatttcctttgattttggaaactgtatgaatggtaccttacaaacaa
cttaaatgtatgggtaaatgtgagaaaccagatagttacattaggtgtct
ttttattagattagtctta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_42009570_42010632
seq2: B6Ng01-332N18.b_46_1103

seq1  GAATTCTTTCAAGACTGCGAATCTCTTTCAAGATTCATCAAGATTAACAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTCAAGACTGCGAATCTCTTTCAAGATTCATCAAGATTAACAG  50

seq1  TTGAAGAAATAAGAGCACTGCAAAGAAACTATTTATCCAGGTATGGACTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAGAAATAAGAGCACTGCAAAGAAACTATTTATCCAGGTATGGACTT  100

seq1  TAGGGATATTTTAAGTACTGAGTACTGGAACTATTTTATTATGAACACTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGATATTTTAAGTACTGAGTACTGGAACTATTTTATTATGAACACTT  150

seq1  TACTATATACTTAAATTGTATCCTAGAAGAGAAAATTTAAAGACAGGAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTATATACTTAAATTGTATCCTAGAAGAGAAAATTTAAAGACAGGAGA  200

seq1  GTATCTCCCTAACTATTTGAAATATTGTCTTACTGAGTGTATATGAAGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCTCCCTAACTATTTGAAATATTGTCTTACTGAGTGTATATGAAGAA  250

seq1  GGGTTAGTGTAGGCCTCTGTAAGCATCAAAGTCTTAGTTTATATGTATAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTAGTGTAGGCCTCTGTAAGCATCAAAGTCTTAGTTTATATGTATAT  300

seq1  CAATTTCAAATTCAAGAAATCTACAATAGCTCAGTGTATAGATGGTGACC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTTCAAATTCAAGAAATCTACAATAGCTCAGTGTATAGATGGTGACC  350

seq1  CACCCACACTGTCAGAGACCCATTTCCTTCTATTATAGAGGTCACTGAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCACACTGTCAGAGACCCATTTCCTTCTATTATAGAGGTCACTGAAT  400

seq1  ATGTACAACTTTGGTCCTCAAGGTCCTGAATGGTTTATTGACCTCTGACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTACAACTTTGGTCCTCAAGGTCCTGAATGGTTTATTGACCTCTGACT  450

seq1  GGTATATCCACCTTTATGTTGGCCATGTACATGCTTCTAAAAGGGTGGAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATATCCACCTTTATGTTGGCCATGTACATGCTTCTAAAAGGGTGGAC  500

seq1  ATAGCAGTTTCAGTATTCTATCTTGGTTAAGTTTCCAATGCTGTGATAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCAGTTTCAGTATTCTATCTTGGTTAAGTTTCCAATGCTGTGATAAA  550

seq1  AAAGCATTCTGAGCAAAGGCAACACGGAGAATCCAAGGTTTACTGGCTTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCATTCTGAGCAAAGGCAACACGGAGAATCCAAGGTTTACTGGCTTA  600

seq1  TATTTTTATGTCTTCATTGTCATAGAAGGCTTGAGATCATAGATGGCTTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTTATGTCTTCATTGTCATAGAAGGCTTGAGATCATAGATGGCTTC  650

seq1  CATCATTCAGGAAGGTGAAGTCATAAATTCAAACAGAAACCTGGAAATAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCATTCAGGAAGGTGAAGTCATAAATTCAAACAGAAACCTGGAAATAT  700

seq1  AAACAGAAGTAGATCATAGAGAAATTTACTCTCCATGATTTATTCAGTAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGAAGTAGATCATAGAGAAATTTACTCTCCATGATTTATTCAGTAT  750

seq1  ACTTTCTTACACAACCCAGGGCCACCTGCCCAGAGGTAGCACTGCCAACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTCTTACACAACCCAGGGCCACCTGCCCAGAGGTAGCACTGCCAACA  800

seq1  ATGGTTTCCTCCCAAATCAATCATTAATCAAGAAAATGTCCTGCCGACCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTTTCCTCCCAAATCAATCATTAATCAAGAAAATGTCCTGCCGACCA  850

seq1  ATATGGTGGAAGCATTCTTTCAACTGAAGTTCCCTCTTTGCAGATGACCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGGTGGAAGCATTCTTTCAACTGAAGTTCCCTCTTTGCAGATGACCC  900

seq1  TGGCTTGTGTTAACAGAAAACTAGCACATGTCCTTTGGCCACACTTATGG  950
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTTGTGTT-ACAGAAAACTAGCACATGTCCTTTGGCCACACTTATGG  949

seq1  CTTAAAGTTTCCCAGGAAACCAGGAAAAGTAATCTTTATTATGGTTGGCA  1000
      ||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||
seq2  CTTAAAG-TTCCCAGGAAACCAGG-AAAGT-ATCTTTATTATGGTTGGCA  996

seq1  ATGAATTCATTATTACTTAGAAAAAAACCTGTCAACTAATCATTACCAAT  1050
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  ATGAATTCATTATTACTTAGAAAAAAACCTGTCAACTAATCA-TACCAAT  1045

seq1  TCTCCTACAGTGG  1063
      |||||||||||||
seq2  TCTCCTACAGTGG  1058


seq1: chr16_42155237_42156348
seq2: B6Ng01-332N18.g_72_1190 (reverse)

seq1  TAAGACTAAT----AAAAAAGACACCTAATGT-ACTTACTGGTTTCT--C  43
      ||||||||||     ||||||||||||||||| |||  |||||||||  |
seq2  TAAGACTAATCTAATAAAAAGACACCTAATGTAACTATCTGGTTTCTCAC  50

seq1  ATTTACCAATACATTTTAAGGTCTTTTGTATGTACCATTTCAT-CAGTTT  92
      ||||||| ||||| |||||| | |||   | |||||| ||||| ||||||
seq2  ATTTACCCATACA-TTTAAGTTGTTTGTAAGGTACCA-TTCATACAGTTT  98

seq1  CCAAAATCAAAAGAAATTAATACTCACTTC-TTCCCACACATTTTAATGA  141
      ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  CCAAAATCAAAGGAAATTAATACTCACTTCTTTCCCACACATTTTAATGA  148

seq1  CCAAATCATACCCAAATCTAGCCTACCACATGCTGAACCTAAGCCATATA  191
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  CCAAATCATACCCAAATCTAGCCTACCACATGCTGAACTTAAGCCATATA  198

seq1  TAAATCTATATAGTGCACTGCAAACCACCATTATAAAGTCATTCACAATG  241
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATCTATATAGTGCACTGCAAACCACCATTATAAAGTCATTCACAATG  248

seq1  CTCATTAGATATGCACCTATCTAACAAATTGCAGTAATTCATCTAATTTG  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATTAGATATGCACCTATCTAACAAATTGCAGTAATTCATCTAATTTG  298

seq1  TCTTACACATTACAATACATACATACATAATAGTCAGTTTATCATCCATA  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTACACATTACAATACATACATACATAATAGTCAGTTTATCATCCATA  348

seq1  CATTTTTGGAAAGTCATATTTGTATGCCTGACTAATGCAGAGATTTACAT  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTTGGAAAGTCATATTTGTATGCCTGACTAATGCAGAGATTTACAT  398

seq1  GCAAGCATCAAAAAACACAGGAACAGTGCTGTCTGGCATCAGTACATCTA  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGCATCAAAAAACACAGGAACAGTGCTGTCTGGCATCAGTACATCTA  448

seq1  ATTTCACACACTTACCCAGACCGATTTGCATACTCACCTCTATTAATTAT  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCACACACTTACCCAGACCGATTTGCATACTCACCTCTATTAATTAT  498

seq1  GGATAATTACTAGCATTGTTCTCTGTAATTCAGTTTTTCCAACTGTGAAA  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATAATTACTAGCATTGTTCTCTGTAATTCAGTTTTTCCAACTGTGAAA  548

seq1  TGGGAAAGAAATTGTATTTTTCATGCCTACAAGCTCAAAGTGGTATTTTA  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAAAGAAATTGTATTTTTCATGCCTACAAGCTCAAAGTGGTATTTTA  598

seq1  AATACCATATGAAGAAGAACGCTAGAAGAAAAGCATATTGAATTTCAAAT  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACCATATGAAGAAGAACGCTAGAAGAAAAGCATATTGAATTTCAAAT  648

seq1  AATCATATTCAGCTGCACACCCTTTCTGTGTGTGTGTGTGTTTTTTTAAA  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCATATTCAGCTGCACACCCTTTCTGTGTGTGTGTGTGTTTTTTTAAA  698

seq1  GCACTATTCTGAGAAGTATGTTCATGTCATGTGAACATAGGCATTAGGTA  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTATTCTGAGAAGTATGTTCATGTCATGTGAACATAGGCATTAGGTA  748

seq1  GACATGAGTCCCTTCTAGACTGATTATTTTGGATAATCAGCATGTTTTAC  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATGAGTCCCTTCTAGACTGATTATTTTGGATAATCAGCATGTTTTAC  798

seq1  ATGTCCACACTGCTAATAAGTTTAAAAGTCAAACTATCTCAAGTCCAAAT  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCCACACTGCTAATAAGTTTAAAAGTCAAACTATCTCAAGTCCAAAT  848

seq1  GCAAAAAATAAAAAAATGCCTTATTTTTTACTCATGCGGAATAAAAATCT  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAAAATAAAAAAATGCCTTATTTTTTACTCATGCGGAATAAAAATCT  898

seq1  TGAAGAAAAGCCGCAAAATGTCACATGTGAGAGACATTCACTTCTCAGTG  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGAAAAGCCGCAAAATGTCACATGTGAGAGACATTCACTTCTCAGTG  948

seq1  ATGGCTGTCATGCACACCACCACATCATGGCAAAGATTTGTCCCAAAGAT  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCTGTCATGCACACCACCACATCATGGCAAAGATTTGTCCCAAAGAT  998

seq1  ATAGATCTTATCTAGGAAGATTAAAATGTTAAAACACATCTCTCCCTTCC  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGATCTTATCTAGGAAGATTAAAATGTTAAAACACATCTCTCCCTTCC  1048

seq1  TGCCAGAAATAAGGGTCTTCTTTCTACTGATAATATGTACGCAGCAATGA  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAGAAATAAGGGTCTTCTTTCTACTGATAATATGTACGCAGCAATGA  1098

seq1  TGTAACAAAATCACAGAATTC  1112
      |||||||||||||||||||||
seq2  TGTAACAAAATCACAGAATTC  1119


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |