BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-337E16
Chromosome16 (Build37)
Map Location 40,239,812 - 40,374,861
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC667400
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-337E16.bB6Ng01-337E16.g
ACCGA121964GA121965
length1,1741,141
definitionB6Ng01-337E16.b B6Ng01-337E16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(40,239,812 - 40,241,000)(40,373,739 - 40,374,861)
sequence
gaattctctaaagcaaggcagagtttcagtagaaaagcaggaactcactg
gaagagcaaatttgaacctctacctctttatgtaaagctcttccaagcct
tgaagctgtgcctgctatggtgcaaacaggatacctgcactgcatgtggg
cttttagtgtagtagctgagctgttctctgtgtgcattttccatggctgc
tgccatgagccttgccccacagcacttggcagtgtgtatgcaactcacac
actgcttgaagcctcttggttggttgggaagctgctattcctcagagacc
attgtgcacatttggcccaattgagaacacatctcctcacattcactcac
tgctctcctataatgctgaaatgtattacctttgccagttggtgagcttc
tgtcaaactcatgctgtagatatcgtccatctcatgttcctctggacata
ccgattctgcctttggagccactgtggctgatccaacgactagcttgcct
tgcttccagagggatggcctaacctgatttacttgctcttcactgagcta
tcccctgcttggctagcagtgtgttgcctgtgccagtgggcagattcctt
ccaaggggctactgccactattctctacttccactaggtttttcattgct
tctgccatcctatttggcaagtcttatccctaacattcaattgtccccat
attgtgactagcattctccttgtacacggcctcctactatctgaagctct
gtctgactttgatgccaatgtctcttgctggtgatgtgtatgttcttcga
atcacattagcaccaatttggggatgttgtaatactcaaagtattgcctg
aaaatttatttgggaggctgttaaaaatcagactttcaacattgtgcggc
tgttaataaatgatagtgttagaattataatgtttatttctagccctccg
tttagctgacatcaatgaggaatctactaattgtcagatagtatctcact
ttagtaaacttgttatttaggagactctggggaccctttagccttgtcgt
ttcagagatctgagagaaattctgggttcaatcttgtcactgtagacaga
cattcacaggttatttagacaaatgagatcatctagtgctaggaagaagc
tctaggagaggctccagggaactc
gaattctgatgttgaaatgatgaagcaaatgtgacagttgtgctatcctg
atatgaaagtaaagaaggtgatgactccaggaatcatggaagatcaacag
cgagtatggtacctaagaaactactgagaattaaaggataaattattcct
cagcgtgctgtattgatgatcttcagggatgagaggacagggttatgtat
gtcttaaacatgcatacagaatggcttattaactgaaagtatggatgctg
ttggggacatgcagaatatgaaagccattggaaaagttgggccagacaag
ttacttatttgaaatcaaagctgtgacttattaaaaatatttcacagggc
tcagtttttaatatcgttagctactcttccaaggacacaaagtcaattcc
cagctcccatgtgatagctcaaaagtgtctatgactctagccctaatcga
tccaatggcctattctggcctctgttcacaccaggtatgaatgggataca
tagatgtatatgcaaaatagaaattcatataaatatgaataaataaaata
atttaataaaatgtattattgttttagacatatttgcatctggaaaagaa
aagagatgggaggagagaggacacgttgagtagggaaagagaaagaggga
agaaaggagggaaagaggagagagatggggctagttgaagtaacaaatta
ttatgcacactcaaatgtgagggagtgtgggtgtctccaaagtgttgctg
tgggtttatgtatcgtaccagaaacaatccacaaggtcataatatgttag
aaacagtcagcatttgcaaaagagaagttggctgcacagcatactcaatg
ctgactgcagagccatggtgggatatcataaactataggagagaagataa
ggcttacagagtctataagtatcccttggtgtagcatcacatgtcttgaa
ataatgccttttgagtagtagacaagcaaaggaaagatttaaaaaaaaac
caaaatcaaaaacaaaatcaaaaaaccaaaacctatttacatggtcagga
gcaatacagtcaaccctgcagcaattgcatgactatgcctggatttgaat
ggtgcctcaaattaaagaagctccttgggcattggaactaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_40239812_40241000
seq2: B6Ng01-337E16.b_46_1219

seq1  GAATTCTCTAAAGCAAGGCAGAGTTTCAGTAGAAAAGCAGGAACTCACTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTAAAGCAAGGCAGAGTTTCAGTAGAAAAGCAGGAACTCACTG  50

seq1  GAAGAGCAAATTTGAACCTCTACCTCTTTATGTAAAGCTCTTCCAAGCCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAGCAAATTTGAACCTCTACCTCTTTATGTAAAGCTCTTCCAAGCCT  100

seq1  TGAAGCTGTGCCTGCTATGGTGCAAACAGGATACCTGCACTGCATGTGGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGCTGTGCCTGCTATGGTGCAAACAGGATACCTGCACTGCATGTGGG  150

seq1  CTTTTAGTGTAGTAGCTGAGCTGTTCTCTGTGTGCATTTTCCATGGCTGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTAGTGTAGTAGCTGAGCTGTTCTCTGTGTGCATTTTCCATGGCTGC  200

seq1  TGCCATGAGCCTTGCCCCACAGCACTTGGCAGTGTGTATGCAACTCACAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCATGAGCCTTGCCCCACAGCACTTGGCAGTGTGTATGCAACTCACAC  250

seq1  ACTGCTTGAAGCCTCTTGGTTGGTTGGGAAGCTGCTATTCCTCAGAGACC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCTTGAAGCCTCTTGGTTGGTTGGGAAGCTGCTATTCCTCAGAGACC  300

seq1  ATTGTGCACATTTGGCCCAATTGAGAACACATCTCCTCACATTCACTCAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTGCACATTTGGCCCAATTGAGAACACATCTCCTCACATTCACTCAC  350

seq1  TGCTCTCCTATAATGCTGAAATGTATTACCTTTGCCAGTTGGTGAGCTTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTCCTATAATGCTGAAATGTATTACCTTTGCCAGTTGGTGAGCTTC  400

seq1  TGTCAAACTCATGCTGTAGATATCGTCCATCTCATGTTCCTCTGGACATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAAACTCATGCTGTAGATATCGTCCATCTCATGTTCCTCTGGACATA  450

seq1  CCGATTCTGCCTTTGGAGCCACTGTGGCTGATCCAACGACTAGCTTGCCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGATTCTGCCTTTGGAGCCACTGTGGCTGATCCAACGACTAGCTTGCCT  500

seq1  TGCTTCCAGAGGGATGGCCTAACCTGATTTACTTGCTCTTCACTGAGCTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTCCAGAGGGATGGCCTAACCTGATTTACTTGCTCTTCACTGAGCTA  550

seq1  TCCCCTGCTTGGCTAGCAGTGTGTTGCCTGTGCCAGTGGGCAGATTCCTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCTGCTTGGCTAGCAGTGTGTTGCCTGTGCCAGTGGGCAGATTCCTT  600

seq1  CCAAGGGGCTACTGCCACTATTCTCTACTTCCACTAGGTTTTTCATTGCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGGGGCTACTGCCACTATTCTCTACTTCCACTAGGTTTTTCATTGCT  650

seq1  TCTGCCATCCTATTTGGCAAGTCTTATCCCTAACATTCAATTGTCCCCAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCATCCTATTTGGCAAGTCTTATCCCTAACATTCAATTGTCCCCAT  700

seq1  ATTGTGACTAGCATTCTCCTTGTACACGGCCTCCTACTATCTGAAGCTCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTGACTAGCATTCTCCTTGTACACGGCCTCCTACTATCTGAAGCTCT  750

seq1  GTCTGACTTTGATGCCAATGTCTCTTGCTGGTGATGTGTATGTTCTTCGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGACTTTGATGCCAATGTCTCTTGCTGGTGATGTGTATGTTCTTCGA  800

seq1  ATCACATTAGCACCAATTTGGGGATGTTGTAATACTCAAAGTATTGCCTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACATTAGCACCAATTTGGGGATGTTGTAATACTCAAAGTATTGCCTG  850

seq1  AAAATTTATTTGGGAGGCTGTTAAAAATCAGACTTTCAACATTGTGCGGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTTATTTGGGAGGCTGTTAAAAATCAGACTTTCAACATTGTGCGGC  900

seq1  TGTTAATAAATGATAGTGTTAGAATTATAATGTTTATTTCTAGCCCTCCG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAATAAATGATAGTGTTAGAATTATAATGTTTATTTCTAGCCCTCCG  950

seq1  TTTAGCTGACATCAATGAGGAATCTACTAATTGTCAGATAGTAATCTCAC  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TTTAGCTGACATCAATGAGGAATCTACTAATTGTCAGATAGT-ATCTCAC  999

seq1  TTTAGTAAAACTTGTTATTTAGGAAGACTCTTGGGGACCC-TTAGCCTTG  1049
      |||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||
seq2  TTTAGT-AAACTTGTTATTTAGG-AGACTC-TGGGGACCCTTTAGCCTTG  1046

seq1  TCGTTTCAAGAGAATCTTGAGAGAAATTCTGG--TCCATCTTTGTCACTG  1097
      ||||||| |||| ||| |||||||||||||||  || ||| |||||||||
seq2  TCGTTTC-AGAG-ATC-TGAGAGAAATTCTGGGTTCAATC-TTGTCACTG  1092

seq1  TAGACAGGACAATTTCACAGTTATTTTAGACAAATGAGATTCAAATTTCT  1147
      |||||| ||||  ||||||| |  ||||||||||||||| |||    |||
seq2  TAGACA-GACA--TTCACAGGTTATTTAGACAAATGAGA-TCA----TCT  1134

seq1  AGTGGCCCAAGAAAGAAGCTCTAGG-GAGGCTCCAGGGAACTC  1189
      ||||   | || ||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  AGTG---CTAGGAAGAAGCTCTAGGAGAGGCTCCAGGGAACTC  1174

seq1: chr16_40373739_40374861
seq2: B6Ng01-337E16.g_66_1206 (reverse)

seq1  TTAGTT-CAATGC---AAGAGC-TCTTTAA-TTGAGGCA-CATTCAAATC  43
      |||||| ||||||   | |||| ||||||| |||||||| ||||||||||
seq2  TTAGTTCCAATGCCCAAGGAGCTTCTTTAATTTGAGGCACCATTCAAATC  50

seq1  --AGCATAGTCATTGCAA-TGCTGCA-GGTTGACTGTATTGCTCCTGA-C  88
         ||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |
seq2  CAGGCATAGTCA-TGCAATTGCTGCAGGGTTGACTGTATTGCTCCTGACC  99

seq1  ATGTAAATAGTGTTTTGTTTTTTGTTTTTGTTTTTGTTTTTG--TTTTTT  136
      ||||||||||  ||| |||||||| ||||||||||| |||||  ||||||
seq2  ATGTAAATAGGTTTTGGTTTTTTGATTTTGTTTTTGATTTTGGTTTTTTT  149

seq1  TTTAATCTTT-CTTTGCTTGTCTACTACTCAAAAGGCATTA-TTCAAGAC  184
      || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TTAAATCTTTCCTTTGCTTGTCTACTACTCAAAAGGCATTATTTCAAGAC  199

seq1  ATGTGATGCTACACCAA-GGATACTTATAGACTCTGTAAGCC-TATCTTC  232
      ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  ATGTGATGCTACACCAAGGGATACTTATAGACTCTGTAAGCCTTATCTTC  249

seq1  TCTCCTATAGTTTATGATAT-CCACCATGGCTCTGCAGTCAGCATTGAGT  281
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTATAGTTTATGATATCCCACCATGGCTCTGCAGTCAGCATTGAGT  299

seq1  ATGCTGTGCAGCCAACTTCTCTTTTGCAAATGCTGACTGTTTCTAACATA  331
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTGTGCAGCCAACTTCTCTTTTGCAAATGCTGACTGTTTCTAACATA  349

seq1  TTATGACCTTGTGGATTGTTTCTGGTACGATACATAAACCCACAGCAACA  381
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGACCTTGTGGATTGTTTCTGGTACGATACATAAACCCACAGCAACA  399

seq1  CTTTGGAGACACCCACACTCCCTCACATTTGAGTGTGCATAATAATTTGT  431
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGGAGACACCCACACTCCCTCACATTTGAGTGTGCATAATAATTTGT  449

seq1  TACTTCAACTAGCCCCATCTCTCTCCTCTTTCCCTCCTTTCTTCCCTCTT  481
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTCAACTAGCCCCATCTCTCTCCTCTTTCCCTCCTTTCTTCCCTCTT  499

seq1  TCTCTTTCCCTACTCAACGTGTCCTCTCTCCTCCCATCTCTTTTCTTTTC  531
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTTCCCTACTCAACGTGTCCTCTCTCCTCCCATCTCTTTTCTTTTC  549

seq1  CAGATGCAAATATGTCTAAAACAATAATACATTTTATTAAATTATTTTAT  581
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATGCAAATATGTCTAAAACAATAATACATTTTATTAAATTATTTTAT  599

seq1  TTATTCATATTTATATGAATTTCTATTTTGCATATACATCTATGTATCCC  631
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTCATATTTATATGAATTTCTATTTTGCATATACATCTATGTATCCC  649

seq1  ATTCATACCTGGTGTGAACAGAGGCCAGAATAGGCCATTGGATCGATTAG  681
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCATACCTGGTGTGAACAGAGGCCAGAATAGGCCATTGGATCGATTAG  699

seq1  GGCTAGAGTCATAGACACTTTTGAGCTATCACATGGGAGCTGGGAATTGA  731
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTAGAGTCATAGACACTTTTGAGCTATCACATGGGAGCTGGGAATTGA  749

seq1  CTTTGTGTCCTTGGAAGAGTAGCTAACGATATTAAAAACTGAGCCCTGTG  781
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTGTCCTTGGAAGAGTAGCTAACGATATTAAAAACTGAGCCCTGTG  799

seq1  AAATATTTTTAATAAGTCACAGCTTTGATTTCAAATAAGTAACTTGTCTG  831
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATTTTTAATAAGTCACAGCTTTGATTTCAAATAAGTAACTTGTCTG  849

seq1  GCCCAACTTTTCCAATGGCTTTCATATTCTGCATGTCCCCAACAGCATCC  881
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCAACTTTTCCAATGGCTTTCATATTCTGCATGTCCCCAACAGCATCC  899

seq1  ATACTTTCAGTTAATAAGCCATTCTGTATGCATGTTTAAGACATACATAA  931
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTTTCAGTTAATAAGCCATTCTGTATGCATGTTTAAGACATACATAA  949

seq1  CCCTGTCCTCTCATCCCTGAAGATCATCAATACAGCACGCTGAGGAATAA  981
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGTCCTCTCATCCCTGAAGATCATCAATACAGCACGCTGAGGAATAA  999

seq1  TTTATCCTTTAATTCTCAGTAGTTTCTTAGGTACCATACTCGCTGTTGAT  1031
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATCCTTTAATTCTCAGTAGTTTCTTAGGTACCATACTCGCTGTTGAT  1049

seq1  CTTCCATGATTCCTGGAGTCATCACCTTCTTTACTTTCATATCAGGATAG  1081
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCATGATTCCTGGAGTCATCACCTTCTTTACTTTCATATCAGGATAG  1099

seq1  CACAACTGTCACATTTGCTTCATCATTTCAACATCAGAATTC  1123
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAACTGTCACATTTGCTTCATCATTTCAACATCAGAATTC  1141