BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-344C17
Chromosome16 (Build37)
Map Location 6,552,906 - 6,638,718
singlet/doubletdoublet
Overlap geneA2bp1
Upstream geneLOC100042436, LOC100042445
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-344C17.bB6Ng01-344C17.g
ACCGA126743GA126744
length1,1241,127
definitionB6Ng01-344C17.b B6Ng01-344C17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(6,552,906 - 6,554,031)(6,637,567 - 6,638,718)
sequence
gaattctccaactctgcagttccagatttctttgacttaagcatttgctt
ccttaaaaggagtctaaaattattgtaactccttatccatctggagagga
tgaagggacatgataataaatcatgaagaaatacatgaatggtttatgta
aggacatagtgcattcttcctgccccgagaagctctgaggagccagttaa
ttgtggaatcattgtaggactggtggatgacaaacctacttggaccaagt
tggtattcactttatgacataaaatatattatgtcatagtagttgataca
taaaatatatatctgtagtcatgatgtggttgaattcatgggtggcagtg
gtatcattggttaatgaagatcctggccatttatagaaagctgtcaaaaa
gtcacaatgagaaatcttatattcaattccattgttctgtacctcaaagc
catgataatggtcactattaaatacagtatcaaacattattgtgagagtt
ataggctactgagttggaagctagcttaattaccatctatccagttacta
atacttgctgaagaagagtgacacttggacttcagtaatgatgatcaggc
tccaccatatattgcatctcagtgttatcaagcttggaatctggatatat
ctgtatttacaaaccccacagccattttatgatgatctaaaattgatgtc
tgacaaacccttggttaagtagaatcattaatgctacaaatcaagaaagg
acatatcttctaacccagatcctgagcaatgttctagattccctattcca
ggaatatgctttgtcttttaacaaactgaattcctccttctggtgtaaag
cttgaattcaaagataaatactgaaagtgtgaatagctctaatatcatag
aacagtggccaaggcagaaatgaagggcttattctagaggaagtggaagt
ctagcctcaggttgaggatagtggtctgacagagtgtggagggggagatt
aaaggtaaatgaagaggctgctgagacacttgttcatcacaggcagaaca
tgcccaatctcctcatgtgtgttctatgtgtagtatatgactgccacctt
agaaacctggtatcaaagacatta

gaattctagataaatttgtttggagaacaaaatattggggggggggacct
gtggaaggcttaggtggtaaatcaagaagaaatagattgtgtgtcctaca
gtctttagaccctacagttcaataaagtcttcatgtttgcataagatact
cccctgacaggttcaaccagagtgcttgtcatggtttgagtgtgaactgt
tccctataagttctctatttttattttattaaacttccatattgtggtac
agacgtggaaggtcatgggaaccctagaagaaggagccttgctagagaaa
gtgaggcactggagctggccttgcagttttatagtccagtcccatttcct
gaagttcattttctgattacgaactgaagatgagatatgacagaatgcct
cctacttctgcctctactcagggtggaatgtattttctctatgggaaagg
tgaccaatacagtgttaaactgtcacctacccagcttgtagaatgatctc
taagaagggtttatgagtgacctagaagttgtggagtcacaattatggca
ggtttattgggaactctatgacactcctcatcttaacacagcgcatcatc
ataccatggaggagcagatgttctctgtggtggcactgtgtgcactgggg
actagttgtgtctttattgtgggtgttcatctatgcactgtatgttgatc
agcagtctccctgcctctaccacaatacctcaaccactacatagctcgga
caatgttctacccattgctgtacaactcctgcaagctaagaagtcctgca
tagactgtgacttgtttgtccaatttttctaagatcttcccagggtttct
gtaatatttttctttattaatctattataactgtgtgagttattaaaatc
caatacaacaagagtctaccttgttaaccttgatcaggagcttagaggag
tagagtggctaggtttcagcttgcttgctgtatatatagatgaaatgcag
actttagttcccctatctatatgcacttaagagaagtcatttgattgttt
atatacaatttgacatcatttgcatacctactagtatcatgcatattgtt
attcattgaaaggttaattcctttatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_6552906_6554031
seq2: B6Ng01-344C17.b_49_1172

seq1  GAATTCTCCAACTCTGCAGTTCCAGATTTCTTTGACTTAAGCATTTGCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCAACTCTGCAGTTCCAGATTTCTTTGACTTAAGCATTTGCTT  50

seq1  CCTTAAAAGGAGTCTAAAATTATTGTAACTCCTTATCCATCTGGAGAGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTAAAAGGAGTCTAAAATTATTGTAACTCCTTATCCATCTGGAGAGGA  100

seq1  TGAAGGGACATGATAATAAATCATGAAGAAATACATGAATGGTTTATGTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGGGACATGATAATAAATCATGAAGAAATACATGAATGGTTTATGTA  150

seq1  AGGACATAGTGCATTCTTCCTGCCCCGAGAAGCTCTGAGGAGCCAGTTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACATAGTGCATTCTTCCTGCCCCGAGAAGCTCTGAGGAGCCAGTTAA  200

seq1  TTGTGGAATCATTGTAGGACTGGTGGATGACAAACCTACTTGGACCAAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGGAATCATTGTAGGACTGGTGGATGACAAACCTACTTGGACCAAGT  250

seq1  TGGTATTCACTTTATGACATAAAATATATTATGTCATAGTAGTTGATACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTATTCACTTTATGACATAAAATATATTATGTCATAGTAGTTGATACA  300

seq1  TAAAATATATATCTGTAGTCATGATGTGGTTGAATTCATGGGTGGCAGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATATATATCTGTAGTCATGATGTGGTTGAATTCATGGGTGGCAGTG  350

seq1  GTATCATTGGTTAATGAAGATCCTGGCCATTTATAGAAAGCTGTCAAAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCATTGGTTAATGAAGATCCTGGCCATTTATAGAAAGCTGTCAAAAA  400

seq1  GTCACAATGAGAAATCTTATATTCAATTCCATTGTTCTGTACCTCAAAGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACAATGAGAAATCTTATATTCAATTCCATTGTTCTGTACCTCAAAGC  450

seq1  CATGATAATGGTCACTATTAAATACAGTATCAAACATTATTGTGAGAGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGATAATGGTCACTATTAAATACAGTATCAAACATTATTGTGAGAGTT  500

seq1  ATAGGCTACTGAGTTGGAAGCTAGCTTAATTACCATCTATCCAGTTACTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGCTACTGAGTTGGAAGCTAGCTTAATTACCATCTATCCAGTTACTA  550

seq1  ATACTTGCTGAAGAAGAGTGACACTTGGACTTCAGTAATGATGATCAGGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTTGCTGAAGAAGAGTGACACTTGGACTTCAGTAATGATGATCAGGC  600

seq1  TCCACCATATATTGCATCTCAGTGTTATCAAGCTTGGAATCTGGATATAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACCATATATTGCATCTCAGTGTTATCAAGCTTGGAATCTGGATATAT  650

seq1  CTGTATTTACAAACCCCACAGCCATTTTATGATGATCTAAAATTGATGTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTATTTACAAACCCCACAGCCATTTTATGATGATCTAAAATTGATGTC  700

seq1  TGACAAACCCTTGGTTAAGTAGAATCATTAATGCTACAAATCAAGAAAGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAAACCCTTGGTTAAGTAGAATCATTAATGCTACAAATCAAGAAAGG  750

seq1  ACATATCTTCTAACCCAGATCCTGAGCAATGTTCTAGATTCCCTATTCCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATCTTCTAACCCAGATCCTGAGCAATGTTCTAGATTCCCTATTCCA  800

seq1  GGAATATGCTTTGTCTTTTAACAAACTGAATTCCTCCTTCTGGTGTAAAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATATGCTTTGTCTTTTAACAAACTGAATTCCTCCTTCTGGTGTAAAG  850

seq1  CTTGAATTCAAAGATAAATACTGAAAGTGTGAATAGCTCTAATATCATAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAATTCAAAGATAAATACTGAAAGTGTGAATAGCTCTAATATCATAG  900

seq1  AACAGTGGCCAAGGCAGAAATGAAGGGCTTATTCTAGAGGAAGTGGAAGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGTGGCCAAGGCAGAAATGAAGGGCTTATTCTAGAGGAAGTGGAAGT  950

seq1  CTAGCCTCAGGTTGAGGATAAGTGGTCTGACAGAGGTGTGGAGGGGGAGA  1000
      ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CTAGCCTCAGGTTGAGGAT-AGTGGTCTGACAGA-GTGTGGAGGGGGAGA  998

seq1  TTAAAAGGTAAATGAAGAGGCTGCTGAGACACTGTTCCATCACAGGCAGA  1050
      || ||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||
seq2  TT-AAAGGTAAATGAAGAGGCTGCTGAGACACTTGTTCATCACAGGCAGA  1047

seq1  ACATGCCCATTCT-CTCATGTGTGTTCTATGTGTAGTATATGACTG-CAC  1098
      ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  ACATGCCCAATCTCCTCATGTGTGTTCTATGTGTAGTATATGACTGCCAC  1097

seq1  CTTAGAAACACAGTATCAGAGACTATTA  1126
      |||||||||   |||||| |||| ||||
seq2  CTTAGAAACCTGGTATCAAAGAC-ATTA  1124


seq1: chr16_6637567_6638718
seq2: B6Ng01-344C17.g_63_1189 (reverse)

seq1  AATAAAGGAATATAACCTTTCAAATGATAACAAATTAATGCATGGATACT  50
      ||||||||||| |||||||||||   |||||||    |||||| ||||||
seq2  AATAAAGGAAT-TAACCTTTCAATGAATAACAA---TATGCAT-GATACT  45

seq1  AGTATGTATGCAAAATGAATGTCAAAATTTGTATAATTAAAAACAATACA  100
      |||| |||||| ||||| ||||||||  |||||    || ||||||| ||
seq2  AGTAGGTATGC-AAATG-ATGTCAAA--TTGTA----TATAAACAAT-CA  86

seq1  AATGATTTCTCTTTAAGTGCATATAGATAGGGGGAACTAAAGTCTGCATT  150
      ||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
seq2  AATGACTTCTC-TTAAGTGCATATAGATA-GGGGAACTAAAGTCTGCA-T  133

seq1  TTCATTCTAATATATACAGCAAGCAGGCTGAAACCTAGCCACTCCTTACT  200
      |||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||
seq2  TTCA-TCT-ATATATACAGCAAGCAAGCTGAAACCTAGCCACTC--TACT  179

seq1  CTTCTAAGCTCCTGGATTCAAGGTTAACAAGGTAGACTCTTGTTTGTATT  250
      | ||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||| ||||| |
seq2  CCTCTAAGCTCCTG--ATCAAGGTTAACAAGGTAGACTCTTG-TTGTA-T  225

seq1  TGGATTTTAATAACTCACACAGTTATAATAGATTAATAAAGAAAAATATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATTTTAATAACTCACACAGTTATAATAGATTAATAAAGAAAAATATT  275

seq1  ACAGAAACCCTGGGAAGATCTTAGAAAAATTGGACAAACAAGTCACAGTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAAACCCTGGGAAGATCTTAGAAAAATTGGACAAACAAGTCACAGTC  325

seq1  TATGCAGGACTTCTTAGCTTGCAGGAGTTGTACAGCAATGGGTAGAACAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCAGGACTTCTTAGCTTGCAGGAGTTGTACAGCAATGGGTAGAACAT  375

seq1  TGTCCGAGCTATGTAGTGGTTGAGGTATTGTGGTAGAGGCAGGGAGACTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCGAGCTATGTAGTGGTTGAGGTATTGTGGTAGAGGCAGGGAGACTG  425

seq1  CTGATCAACATACAGTGCATAGATGAACACCCACAATAAAGACACAACTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATCAACATACAGTGCATAGATGAACACCCACAATAAAGACACAACTA  475

seq1  GTCCCCAGTGCACACAGTGCCACCACAGAGAACATCTGCTCCTCCATGGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCCAGTGCACACAGTGCCACCACAGAGAACATCTGCTCCTCCATGGT  525

seq1  ATGATGATGCGCTGTGTTAAGATGAGGAGTGTCATAGAGTTCCCAATAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATGATGCGCTGTGTTAAGATGAGGAGTGTCATAGAGTTCCCAATAAA  575

seq1  CCTGCCATAATTGTGACTCCACAACTTCTAGGTCACTCATAAACCCTTCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCCATAATTGTGACTCCACAACTTCTAGGTCACTCATAAACCCTTCT  625

seq1  TAGAGATCATTCTACAAGCTGGGTAGGTGACAGTTTAACACTGTATTGGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGATCATTCTACAAGCTGGGTAGGTGACAGTTTAACACTGTATTGGT  675

seq1  CACCTTTCCCATAGAGAAAATACATTCCACCCTGAGTAGAGGCAGAAGTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTTTCCCATAGAGAAAATACATTCCACCCTGAGTAGAGGCAGAAGTA  725

seq1  GGAGGCATTCTGTCATATCTCATCTTCAGTTCGTAATCAGAAAATGAACT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGCATTCTGTCATATCTCATCTTCAGTTCGTAATCAGAAAATGAACT  775

seq1  TCAGGAAATGGGACTGGACTATAAAACTGCAAGGCCAGCTCCAGTGCCTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGAAATGGGACTGGACTATAAAACTGCAAGGCCAGCTCCAGTGCCTC  825

seq1  ACTTTCTCTAGCAAGGCTCCTTCTTCTAGGGTTCCCATGACCTTCCACGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTCTCTAGCAAGGCTCCTTCTTCTAGGGTTCCCATGACCTTCCACGT  875

seq1  CTGTACCACAATATGGAAGTTTAATAAAATAAAAATAGAGAACTTATAGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTACCACAATATGGAAGTTTAATAAAATAAAAATAGAGAACTTATAGG  925

seq1  GAACAGTTCACACTCAAACCATGACAAGCACTCTGGTTGAACCTGTCAGG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAGTTCACACTCAAACCATGACAAGCACTCTGGTTGAACCTGTCAGG  975

seq1  GGAGTATCTTATGCAAACATGAAGACTTTATTGAACTGTAGGGTCTAAAG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTATCTTATGCAAACATGAAGACTTTATTGAACTGTAGGGTCTAAAG  1025

seq1  ACTGTAGGACACACAATCTATTTCTTCTTGATTTACCACCTAAGCCTTCC  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTAGGACACACAATCTATTTCTTCTTGATTTACCACCTAAGCCTTCC  1075

seq1  ACAGGTCCCCCCCCCCAATATTTTGTTCTCCAAACAAATTTATCTAGAAT  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGTCCCCCCCCCCAATATTTTGTTCTCCAAACAAATTTATCTAGAAT  1125

seq1  TC  1152
      ||
seq2  TC  1127


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |