BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-349K04
Chromosome16 (Build37)
Map Location 88,144,115 - 88,271,433
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGrik1
Upstream geneN6amt1, Zfp294, ORF5, LOC100040088, Usp16, Cct8, B130034C11Rik, LOC435486, ORF63, Bach1, LOC100039901
Downstream geneEG622373, Cldn17, Cldn8, Gm312, 2310079G19Rik, 2310002B14Rik, EG665513, 2310061N02Rik, Krtap13-1, Krtap13, 2310034C09Rik, 2310057N15Rik, EG546672, EG433047, 4930553J12Rik, Krtap14, Krtap15, Krtap16-9, Krtap16-1, Krtap16-5, Krtap16-4, Krtap8-2, LOC100040191, AY026312, Krtap16-10, EG621595, LOC100040167, 1110032D16Rik, LOC100040201, Krtap6-1, LOC100040214, Krtap16-8, 1110025L11Rik, LOC100040249, LOC100040267, EG622794, LOC100040281, ENSMUSG00000044227, EG665661, LOC100040288, EG622935, EG622981, EG622998, EG623011, EG623026, LOC100040346, EG623049, LOC100040415, EG640636, LOC640652, LOC640654
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-349K04.bB6Ng01-349K04.g
ACCGA130567GA130568
length5961,164
definitionB6Ng01-349K04.b B6Ng01-349K04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(88,144,115 - 88,144,710)(88,270,262 - 88,271,433)
sequence
gaattcccaaagcaggattggaagggtggatggataaaaagaaaacagac
aatcaaaaaaacactcagggcacagggcttagcatccaaagatacccaga
ggaagaaagaacacttgtaaaatggaaagttcctgatttgtgtttggtcc
aatgttaggagttttcagatgtatcgttgaagtggtaaagagacaacaga
tccttatgatagtataaacaatattaaggagtttgatgttatcctgcagt
caatggtaggggaccatgaggggagagagaacatctcatgagtctcattt
tggaatactgaagcagatgggacctgcatttagagtacccgatacatctg
gtggtagtgtgaagtagaaccgctgatttaaaatcaagccacagaagttt
gtgatggaatgatggtgggtaggtgagggaggaatgaaagatgactcctg
tgcttggatggctggatagagtgtaggtgatccacaatggagaaattggg
ccagtgatgcacaagtcgattgaactatcagacaatgatccaatgacctt
gaaattcatattcctcatcaataaaaaagcaacatgtgccataagt
gaattccatgtgaacgaatttaactcgcacaacggatgagtcctttgtaa
agtgagtagtattatgaatgagaggctttctgaaattttgtcagtctttg
ccaaggatacccctcttgtatcaaaatgactacatgggatctatcaggga
agcacatacgtactaggagagaatagagcagggtcagtaaagacaggtgg
ccactgaagagtggacaggcctgagccttcatcgatgatttagacctttg
accaaacatcttttgtttgatggtgtgtatgccatcagtgtccactatat
atgtctagtagaaagaaatgaagctagttctttgattaaaattgccattc
tatttaaccaccggctatattcccaagggattaaaatttaatccttctct
ttgaagacatgggggaatgaaatagaatgttcttattgccctctgagtaa
ctatgaacaaagagagcaaggtagtgaattcctggaggagaaaaatcaaa
gacaaagatttctctttgcttaaatctctgttgattctgtgtctgttgta
cctctggtcttgtctttcttcttgacccctcctacgatcaaaggacacat
gaaggaaaggttcaagaagtttttcacagctttgttgatctttaccaact
aagaaaatggaggcgctgggaagtccttattcatatgccctgtgaaaatc
agtgccatccagtactgctacccttgctgaagggcagcttggctctgtca
aggacagtataggtctagacaacctcatagtttataggaacaatagacat
tttaggaatatggtcttacagaggagtcaaaaaacagtatctagcagtga
gtgtaccccatgctggtaagcagataacaagatcttgagaacccactagt
gacttatagaatgttgcctttgctcagttaaaaattatcacaaagaagga
tcagaacatggttttagttttctcaattcagatgtaaagctctcatccag
gcattctaatattaacacatacgtatggacatcattgagaattcatctat
ctgttttcacatcactgaagcattcttattattataaggagcctggactg
ttctgttcatggtgcagaggctaactttgacatcacttgtgcatattaca
taagaaaaaccttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_88144115_88144710
seq2: B6Ng01-349K04.b_52_647

seq1  GAATTCCCAAAGCAGGATTGGAAGGGTGGATGGATAAAAAGAAAACAGAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCAAAGCAGGATTGGAAGGGTGGATGGATAAAAAGAAAACAGAC  50

seq1  AATCAAAAAAACACTCAGGGCACAGGGCTTAGCATCCAAAGATACCCAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAAAAAAACACTCAGGGCACAGGGCTTAGCATCCAAAGATACCCAGA  100

seq1  GGAAGAAAGAACACTTGTAAAATGGAAAGTTCCTGATTTGTGTTTGGTCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGAAAGAACACTTGTAAAATGGAAAGTTCCTGATTTGTGTTTGGTCC  150

seq1  AATGTTAGGAGTTTTCAGATGTATCGTTGAAGTGGTAAAGAGACAACAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTTAGGAGTTTTCAGATGTATCGTTGAAGTGGTAAAGAGACAACAGA  200

seq1  TCCTTATGATAGTATAAACAATATTAAGGAGTTTGATGTTATCCTGCAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTATGATAGTATAAACAATATTAAGGAGTTTGATGTTATCCTGCAGT  250

seq1  CAATGGTAGGGGACCATGAGGGGAGAGAGAACATCTCATGAGTCTCATTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGGTAGGGGACCATGAGGGGAGAGAGAACATCTCATGAGTCTCATTT  300

seq1  TGGAATACTGAAGCAGATGGGACCTGCATTTAGAGTACCCGATACATCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAATACTGAAGCAGATGGGACCTGCATTTAGAGTACCCGATACATCTG  350

seq1  GTGGTAGTGTGAAGTAGAACCGCTGATTTAAAATCAAGCCACAGAAGTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTAGTGTGAAGTAGAACCGCTGATTTAAAATCAAGCCACAGAAGTTT  400

seq1  GTGATGGAATGATGGTGGGTAGGTGAGGGAGGAATGAAAGATGACTCCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATGGAATGATGGTGGGTAGGTGAGGGAGGAATGAAAGATGACTCCTG  450

seq1  TGCTTGGATGGCTGGATAGAGTGTAGGTGATCCACAATGGAGAAATTGGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTGGATGGCTGGATAGAGTGTAGGTGATCCACAATGGAGAAATTGGG  500

seq1  CCAGTGATGCACAAGTCGATTGAACTATCAGACAATGATCCAATGACCTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTGATGCACAAGTCGATTGAACTATCAGACAATGATCCAATGACCTT  550

seq1  GAAATTCATATTCCTCATCAATAAAAAAGCAACAAGTGCCATAAGT  596
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  GAAATTCATATTCCTCATCAATAAAAAAGCAACATGTGCCATAAGT  596

seq1: chr16_88270262_88271433
seq2: B6Ng01-349K04.g_68_1231 (reverse)

seq1  AAAGGTTTTTTTCTTAATGGTAATATGGCACCAGTGATGTCAAGGTTAGC  50
      |||||  |||||||||   ||||||| |||| ||||||||||| ||||||
seq2  AAAGG--TTTTTCTTA--TGTAATAT-GCACAAGTGATGTCAAAGTTAGC  45

seq1  CTCTGCA-CATGAACAGAACACGTCCAGGCTCCTTATAATAATAAGAATG  99
      ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGCACCATGAACAGAACA-GTCCAGGCTCCTTATAATAATAAGAATG  94

seq1  CCTTCAGTGATGTGAATACAGATAGATGAA-TCTCAATGATGTCCATACG  148
       ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  -CTTCAGTGATGTGAAAACAGATAGATGAATTCTCAATGATGTCCATACG  143

seq1  TATGTGTTAATATAAGAATGCCTGGATGAGAGCTTTAACATCTTGAATTT  198
      ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||
seq2  TATGTGTTAATATTAGAATGCCTGGATGAGAGCTTT-ACATC-TGAA-TT  190

seq1  GAGAAAACTAAAACCATGTTCTGATCCTTCTTTGTGATAATTTTTAACTG  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAAACTAAAACCATGTTCTGATCCTTCTTTGTGATAATTTTTAACTG  240

seq1  AGCAAAGGCAACATTCTATAAGTCACTAGTGGGTTCTCAAGATCTTGTTA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAAGGCAACATTCTATAAGTCACTAGTGGGTTCTCAAGATCTTGTTA  290

seq1  TCTGCTTACCAGCATGGGGTACACTCACTGCTAGATACTGTTTTTTGACT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCTTACCAGCATGGGGTACACTCACTGCTAGATACTGTTTTTTGACT  340

seq1  CCTCTGTAAGACCATATTCCTAAAATGTCTATTGTTCCTATAAACTATGA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTGTAAGACCATATTCCTAAAATGTCTATTGTTCCTATAAACTATGA  390

seq1  GGTTGTCTAGACCTATACTGTCCTTGACAGAGCCAAGCTGCCCTTCAGCA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGTCTAGACCTATACTGTCCTTGACAGAGCCAAGCTGCCCTTCAGCA  440

seq1  AGGGTAGCAGTACTGGATGGCACTGATTTTCACAGGGCATATGAATAAGG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTAGCAGTACTGGATGGCACTGATTTTCACAGGGCATATGAATAAGG  490

seq1  ACTTCCCAGCGCCTCCATTTTCTTAGTTGGTAAAGATCAACAAAGCTGTG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCCCAGCGCCTCCATTTTCTTAGTTGGTAAAGATCAACAAAGCTGTG  540

seq1  AAAAACTTCTTGAACCTTTCCTTCATGTGTCCTTTGATCGTAGGAGGGGT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACTTCTTGAACCTTTCCTTCATGTGTCCTTTGATCGTAGGAGGGGT  590

seq1  CAAGAAGAAAGACAAGACCAGAGGTACAACAGACACAGAATCAACAGAGA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAAGAAAGACAAGACCAGAGGTACAACAGACACAGAATCAACAGAGA  640

seq1  TTTAAGCAAAGAGAAATCTTTGTCTTTGATTTTTCTCCTCCAGGAATTCA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAGCAAAGAGAAATCTTTGTCTTTGATTTTTCTCCTCCAGGAATTCA  690

seq1  CTACCTTGCTCTCTTTGTTCATAGTTACTCAGAGGGCAATAAGAACATTC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCTTGCTCTCTTTGTTCATAGTTACTCAGAGGGCAATAAGAACATTC  740

seq1  TATTTCATTCCCCCATGTCTTCAAAGAGAAGGATTAAATTTTAATCCCTT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTCATTCCCCCATGTCTTCAAAGAGAAGGATTAAATTTTAATCCCTT  790

seq1  GGGAATATAGCCGGTGGTTAAATAGAATGGCAATTTTAATCAAAGAACTA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAATATAGCCGGTGGTTAAATAGAATGGCAATTTTAATCAAAGAACTA  840

seq1  GCTTCATTTCTTTCTACTAGACATATATAGTGGACACTGATGGCATACAC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCATTTCTTTCTACTAGACATATATAGTGGACACTGATGGCATACAC  890

seq1  ACCATCAAACAAAAGATGTTTGGTCAAAGGTCTAAATCATCGATGAAGGC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATCAAACAAAAGATGTTTGGTCAAAGGTCTAAATCATCGATGAAGGC  940

seq1  TCAGGCCTGTCCACTCTTCAGTGGCCACCTGTCTTTACTGACCCTGCTCT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGCCTGTCCACTCTTCAGTGGCCACCTGTCTTTACTGACCCTGCTCT  990

seq1  ATTCTCTCCTAGTACGTATGTGCTTCCCTGATAGATCCCATGTAGTCATT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTCTCCTAGTACGTATGTGCTTCCCTGATAGATCCCATGTAGTCATT  1040

seq1  TTGATACAAGAGGGGTATCCTTGGCAAAGACTGACAAAATTTCAGAAAGC  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATACAAGAGGGGTATCCTTGGCAAAGACTGACAAAATTTCAGAAAGC  1090

seq1  CTCTCATTCATAATACTACTCACTTTACAAAGGACTCATCCGTTGTGCGA  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCATTCATAATACTACTCACTTTACAAAGGACTCATCCGTTGTGCGA  1140

seq1  GTTAAATTCGTTCACATGGAATTC  1172
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAATTCGTTCACATGGAATTC  1164