Query= MSMg01no155_m03.b1 MSMg01no155_m03.b1 CHROMAT_FILE:
MSMg01no155_m03.b1 PHD_FILE: MSMg01no155_m03.b1.phd.1 CHEM: term DYE:
big TIME: Tue May 17 19:20:44 2005
(682 letters)
>mm_chr16_45726138_45727219
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Strand = Plus / Plus
Query: 4 ggaattcaggcaccaagtccgagctgtttggggataaataaatgatgccataaaaacaag 63
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Sbjct: 204 ggaattcaggcaccaagtccgagctgtttggggataaataaatgatgccataaaaacaag 263
Query: 64 ttcaaactcaaaagtgctttaaagaaagagattggagcatcagcagaggatttcaaggca 123
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Sbjct: 264 ttcaaactcaaaagtgctttaaagaaagagattggagcatcagcagaggatttcaaggca 323
Query: 124 gtaaattctatcaataatgcacaggcaaagcactgtcatggcagggaccgtagggaccaa 183
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Sbjct: 324 gtaaattctatcaataatgcacaggcaaagcactgtcatggcagggaccgtagggaccaa 383
Query: 184 cctcctggagtaagagggatgggctgagtcaagggctgcgaagagatgctgaaggctacg 243
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Sbjct: 384 cctcctggagtaagagggatgggctgagtcaagggctgcgaagagatgctgaaggctacg 443
Query: 244 aatgaagacccagtgagcttcattaattgatggaagaaagcaaacctctcagtaaacccc 303
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Sbjct: 444 aatgaagacccagtgagcttcattaattgatggaagaaagcaaacctctcagtaaacccc 503
Query: 304 tgaatataccagtataaacaaggtaaaatgggaagtatcatgctccctaaaatatatatt 363
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Sbjct: 504 tgaatataccagtataaacaaggtaaaatgggaagtatcatgctccctaaaatatatatt 563
Query: 364 taccttagaaacttgcctgcatttttctagatgtagtctctatattctatttctgtcata 423
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Sbjct: 564 taccttagaaacttgcctgcatttttctagatgtagtctctatattctatttctgtcata 623
Query: 424 actcaagaaactctagttcctgggattcaacgccattttttggtctcctctggcacttaa 483
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 624 actcaagaaactctagttcctgggattcaacgccattttttggtctcctctggcacttaa 683
Query: 484 aagcacgtgggcacatgaattcatgaagatgcacacacataaacataaaacatatttctt 543
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Sbjct: 684 aagcacgtgggcacatgaattcatgaagatgcacacacataaacataaaacatatttctt 743
Query: 544 cttttttaaaaaaaagaacttcaaaagagtcagttagccctccatatatgaagattccac 603
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 744 cttttttaaaaaaaagaacttcaaaagagtcagttagccctccatatatgaagattccac 803
Query: 604 attgaggatccaaattatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 663
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Sbjct: 804 attgaggatccaaattatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 863
Query: 664 atatatatatatatat 679
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Sbjct: 864 atatatatatatatat 879
Score = 118 bits (61), Expect = 1e-30
Identities = 61/61 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 619 tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata 678
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Sbjct: 880 tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata 821
Query: 679 t 679
|
Sbjct: 820 t 820
Score = 118 bits (61), Expect = 1e-30
Identities = 61/61 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 619 tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata 678
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Sbjct: 882 tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata 823
Query: 679 t 679
|
Sbjct: 822 t 822
Score = 118 bits (61), Expect = 1e-30
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Strand = Plus / Minus
Query: 619 tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata 678
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 884 tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata 825
Query: 679 t 679
|
Sbjct: 824 t 824
Score = 116 bits (60), Expect = 5e-30
Identities = 60/60 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 619 tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata 678
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 878 tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata 819
Score = 116 bits (60), Expect = 5e-30
Identities = 60/60 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 620 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 679
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 885 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 826
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.34 0.600 1.10
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 2, Extension: 1
Number of Sequences: 1
Number of Hits to DB: 197
Number of extensions: 73
Number of successful extensions: 73
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's gapped: 49
Number of HSP's successfully gapped: 16
Length of query: 682
Length of database: 1082
Length adjustment: 10
Effective length of query: 672
Effective length of database: 1072
Effective search space: 720384
Effective search space used: 720384
X1: 8 (15.9 bits)
X2: 517 (999.5 bits)
X3: 517 (999.5 bits)
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S2: 8 (16.2 bits)
| Query= MSMg01no155_m03.g1 MSMg01no155_m03.g1 CHROMAT_FILE:
MSMg01no155_m03.g1 PHD_FILE: MSMg01no155_m03.g1.phd.1 CHEM: term DYE:
big TIME: Tue May 17 19:20:44 2005
(488 letters)
>mm_chr16_45876929_45877817
Length = 889
Score = 627 bits (324), Expect = 0.0
Identities = 352/362 (97%), Gaps = 3/362 (0%)
Strand = Plus / Minus
Query: 1 ccagctccagagtcaatactctcctgataggctgagcttcagagactt-tccttgctctt 59
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Sbjct: 362 ccagctccagagtcaatactctcctgataggctgagcttcagagacttccccttgctctt 303
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Sbjct: 302 cctgggtcaaatgggagtgctgaagctgcctgtgctacttggagacattgctaaattcca 243
Query: 120 cgctgtctcagtctacccctctgttgattttacttcccagtttggcttaatttgcatccc 179
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Sbjct: 242 cactgtctcagtctacccctccgttgattttacttcccagtttggcttaatttgcatccc 183
Query: 180 cacaaaatgttattctggagtcataattctcaatacattaggttgtgatcttatttggaa 239
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Sbjct: 182 cacaaaatgttattctggagtcataattctcaatacattaggttgtgatcttatttggaa 123
Query: 240 agagagctgttgcgaatattatgagtcaataaggagtcaaatgagagtaagatgagcact 299
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Sbjct: 122 agagagctgttgcgaatattatgagtcaataagaagtcaaatgagagtaagatgagcact 63
Query: 300 tattcaaaatataattgatatctttatgg--aaaaaaaagaagaaaacgtggcttggtgg 357
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 62 tattcaaaatataattgatatctttatggggaaaaaaaagaagaaaacgtggcttggtgg 3
Query: 358 tg 359
||
Sbjct: 2 tg 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.34 0.600 1.10
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 2, Extension: 1
Number of Sequences: 1
Number of Hits to DB: 15
Number of extensions: 3
Number of successful extensions: 3
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's gapped: 1
Number of HSP's successfully gapped: 1
Length of query: 488
Length of database: 889
Length adjustment: 10
Effective length of query: 478
Effective length of database: 879
Effective search space: 420162
Effective search space used: 420162
X1: 8 (15.9 bits)
X2: 517 (999.5 bits)
X3: 517 (999.5 bits)
S1: 8 (16.4 bits)
S2: 8 (16.2 bits)
|
