BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-001O15
Chromosome17 (Build37)
Map Location 51,530,157 - 51,636,413
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100043451, LOC100043452
Upstream genePlcl2, EG654432, Tbc1d5
Downstream geneSatb1, EG628919, LOC672987, EG328839
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-001O15.bB6Ng01-001O15.g
ACCDH840100DH840101
length1,1171,085
definitionDH840100|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-001O15, 5' end.DH840101|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-001O15, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(51,530,157 - 51,531,280)(51,635,315 - 51,636,413)
sequence
gaattcaattcctgggactcacatggtggaagaagagaatctatcccttc
aaaactccatcaagttatcctttgatctccacacatgtgctgtggcatgt
gcatgcacatacaggcacacagataaaaactaaattaaaatattttataa
gacaaccttgtaagtgatctatcacgtaatactcagggcatagttcaggg
tccagtgttttcctggagtaaggacacgggaccaatcagaacaatttgtc
tttctgctaacgttactctttttggaactctttgcttctcatacatggtt
ggcaccccacagataaaattaacaccaaaaaaatattggttttgacagtg
gtataaaatattttgataacacatacagaaataaattctatgtggagaga
aactgtattttggaaagcaagtagtcattgtaaaatttcaggtttttgcc
aagggtccaggttggatcagattttatggaagataaaaatgaaaggtctg
atatcttccttcaaggatatcacactgcatatgtctttcttacatgagac
ctactatatgataaggtgatatgatcaaaggctgagctctgtgatggagc
ttgtacaacagggaagagccgaagtagaagaaaattccctgaagaaagct
cttcacttctaaagctaaacttcaacaacagtgtgggaggaggggaccta
ggaaagtggggtaattccagcggtgtcagggcgatgcaagggactgcggg
gtaaggttcaagaggagggcatagattggtgccatagtggagcaaagtgg
tatactcatgttaactcaagctatctggtgtattctcaaataattatgtg
aaactgtattaaacacaagaggttaagaacgattgcaaagattttaaact
gacatcatatctactaacctagatttttaggtaggacatgagggcctcgt
tacattagctaataaaacactttcattttaacactgaagctttattcaca
tattcctaaaccacacgttgtctaaatcttgggggtgaagtggcacgtca
tgacgctttctctgtgcttactgaaatctgctgcgcgtggtgatcaccag
atcgacagccttacgca
gaattccattaaaaagcttatttgcaacattctcttcttaatacaaaaag
ttttttttttttttttaacttggtcattcacacagacaatgacagtcaaa
gtttgtcttgtttttccacttggattctccaccccactctgactttttca
ggtgataaagcactgaggccatgctatcctgaagatttatcttcaacaca
aagaaaccggggttagagtttgacaattctaaccgaacaattcgaggtaa
aatacatatcattttattccaattgaaaggtgaagacacaaacgtgtggc
aggcacttttatctcgatgctgccctggatgcatttgcattaggcaggca
ggaagttcgactgtgtggtactgaaatatacattctagactgttcccttc
atacatggtccgggcttgccctggtataagatttctagttcctaggacat
aaaggggatttggaaggatctcctagaaatatatccctagagtctatcta
ttcctgtatctgactggggagaggatactataagaaatatctaaggacat
actgcagtgaatatatgtttaataagtagaaaaacccatctggtctttaa
aaccagctctttcattaatcccatctgaattatagagacctaaattatat
tattgtttttatccattaaaatagctatcttttttctatggtgtaagttt
tcatttatcctttctagtggctaaaacaaaggcaaatgtgactctaacac
gattatgacgtttacaatcacaatagttgtccttattccctacacctcaa
tattacaataacccagcttgaaagacatatgtcctccattgatgaaacac
tttagttaagtctacaaaaggtaaaggtaagatcttcaaagccaaggcag
gtgaattaaggaagagagcagacctaatccaccaagagccaggtcacggg
acactgagggcagaagactgctgaccctttgtagaagatgtgctgccctc
ttacagcccttcctctgtacttggcagagaactcctcacaggttacttta
ggagatctgctcctgctgtctagggtgggtgatcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_51530157_51531280
seq2: B6Ng01-001O15.b_47_1163

seq1  GAATTCAATTCCTGGGACTCACATGGTGGAAGAAGAGAATCTATCCCTTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATTCCTGGGACTCACATGGTGGAAGAAGAGAATCTATCCCTTC  50

seq1  AAAACTCCATCAAGTTATCCTTTGATCTCCACACATGTGCTGTGGCATGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTCCATCAAGTTATCCTTTGATCTCCACACATGTGCTGTGGCATGT  100

seq1  GCATGCACATACAGGCACACAGATAAAAACTAAATTAAAATATTTTATAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGCACATACAGGCACACAGATAAAAACTAAATTAAAATATTTTATAA  150

seq1  GACAACCTTGTAAGTGATCTATCACGTAATACTCAGGGCATAGTTCAGGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAACCTTGTAAGTGATCTATCACGTAATACTCAGGGCATAGTTCAGGG  200

seq1  TCCAGTGTTTTCCTGGAGTAAGGACACGGGACCAATCAGAACAATTTGTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGTGTTTTCCTGGAGTAAGGACACGGGACCAATCAGAACAATTTGTC  250

seq1  TTTCTGCTAACGTTACTCTTTTTGGAACTCTTTGCTTCTCATACATGGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGCTAACGTTACTCTTTTTGGAACTCTTTGCTTCTCATACATGGTT  300

seq1  GGCACCCCACAGATAAAATTAACACCAAAAAAATATTGGTTTTGACAGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACCCCACAGATAAAATTAACACCAAAAAAATATTGGTTTTGACAGTG  350

seq1  GTATAAAATATTTTGATAACACATACAGAAATAAATTCTATGTGGAGAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATAAAATATTTTGATAACACATACAGAAATAAATTCTATGTGGAGAGA  400

seq1  AACTGTATTTTGGAAAGCAAGTAGTCATTGTAAAATTTCAGGTTTTTGCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGTATTTTGGAAAGCAAGTAGTCATTGTAAAATTTCAGGTTTTTGCC  450

seq1  AAGGGTCCAGGTTGGATCAGATTTTATGGAAGATAAAAATGAAAGGTCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGTCCAGGTTGGATCAGATTTTATGGAAGATAAAAATGAAAGGTCTG  500

seq1  ATATCTTCCTTCAAGGATATCACACTGCATATGTCTTTCTTACATGAGAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCTTCCTTCAAGGATATCACACTGCATATGTCTTTCTTACATGAGAC  550

seq1  CTACTATATGATAAGGTGATATGATCAAAGGCTGAGCTCTGTGATGGAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTATATGATAAGGTGATATGATCAAAGGCTGAGCTCTGTGATGGAGC  600

seq1  TTGTACAACAGGGAAGAGCCGAAGTAGAAGAAAATTCCCTGAAGAAAGCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTACAACAGGGAAGAGCCGAAGTAGAAGAAAATTCCCTGAAGAAAGCT  650

seq1  CTTCACTTCTAAAGCTAAACTTCAACAACAGTGTGGGAGGAGGGGACCTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCACTTCTAAAGCTAAACTTCAACAACAGTGTGGGAGGAGGGGACCTA  700

seq1  GGAAAGTGGGGTAATTCCAGCGGTGTCAGGGCGATGCAAGGGACTGCGGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAGTGGGGTAATTCCAGCGGTGTCAGGGCGATGCAAGGGACTGCGGG  750

seq1  GTAAGGTTCAAGAGGAGGGCATAGATTGGTGCCATAGTGGAGCAAAGTGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGGTTCAAGAGGAGGGCATAGATTGGTGCCATAGTGGAGCAAAGTGG  800

seq1  TATACTCATGTTAACTCAAGCTATCTGGTGTATTCTCAAATAATTATGTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACTCATGTTAACTCAAGCTATCTGGTGTATTCTCAAATAATTATGTG  850

seq1  AAACTGTATTAAAACACAAGAGGTTAAGAACGATTGCAAAGATTTTAAAC  900
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTGTATT-AAACACAAGAGGTTAAGAACGATTGCAAAGATTTTAAAC  899

seq1  TTGACATTCATATCTACTAACCTAGATTTTTAGGTAGGACAATGAGGGCC  950
       ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  -TGACA-TCATATCTACTAACCTAGATTTTTAGGTAGGAC-ATGAGGGCC  946

seq1  TCGTTACATTAGCTAATAAAACAACTTTCATTTTAACACTGAAGCTTTAT  1000
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTTACATTAGCTAATAAAAC-ACTTTCATTTTAACACTGAAGCTTTAT  995

seq1  TCACATATTCCTAAACCCACACGTTGTCTAAATCCT-GGGGTGAAGTGGC  1049
      ||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||
seq2  TCACATATTCCTAAA-CCACACGTTGTCTAAATCTTGGGGGTGAAGTGGC  1044

seq1  ACGGCCATGACGCTTTCTCTGTGTCTTACTGAAAATCTGCTGCGCGT-GT  1098
      || | |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||
seq2  AC-GTCATGACGCTTTCTCTGTG-CTTACTG-AAATCTGCTGCGCGTGGT  1091

seq1  GTTCACCAGATCGACAAGCCTACGCA  1124
      | ||||||||||||||  | ||||||
seq2  GATCACCAGATCGACAGCCTTACGCA  1117

seq1: chr17_51635315_51636413
seq2: B6Ng01-001O15.g_68_1152 (reverse)

seq1  GGATCACCCACCCCTAAGACAGCAGGAAGCAGATCTCCTAAAGTAACCTG  50
      |||||||||||||   |||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCACCCACCC--TAGACAGCAGG-AGCAGATCTCCTAAAGTAACCTG  47

seq1  TGAGGGAGTCTCTGCCCAAGGTACAGGAGGGAGGGCTGTAAAGAGGGGCA  100
      |||||   ||||||||  | ||||| |||| |||||||| |||| |||||
seq2  TGAGGAGTTCTCTGCC--AAGTACA-GAGGAAGGGCTGT-AAGA-GGGCA  92

seq1  GGCACATCTATCTACAAAAGGGTCAGCAGTTCTTCTGCCCTCAGTGTCCC  150
       |||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  -GCACATCT-TCTAC-AAAGGGTCAGCAG-TCTTCTGCCCTCAGTGTCCC  138

seq1  GTGACCTTGGCTCTTGGTGGATTAGGTCTGCTTCTCTTCCTTAATTCACC  200
      |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GTGACC-TGGCTCTTGGTGGATTAGGTCTGC-TCTCTTCCTTAATTCACC  186

seq1  TGCCTTGGCTTTGAAGATCTTACCTTTACCTTTTGTAGACTTAACTAAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTTGGCTTTGAAGATCTTACCTTTACCTTTTGTAGACTTAACTAAAG  236

seq1  TGTTTCATCAATGGAGGACATATGTCTTTCAAGCTGGGTTATTGTAATAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTCATCAATGGAGGACATATGTCTTTCAAGCTGGGTTATTGTAATAT  286

seq1  TGAGGTGTAGGGAATAAGGACAACTATTGTGATTGTAAACGTCATAATCG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGTGTAGGGAATAAGGACAACTATTGTGATTGTAAACGTCATAATCG  336

seq1  TGTTAGAGTCACATTTGCCTTTGTTTTAGCCACTAGAAAGGATAAATGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAGAGTCACATTTGCCTTTGTTTTAGCCACTAGAAAGGATAAATGAA  386

seq1  AACTTACACCATAGAAAAAAGATAGCTATTTTAATGGATAAAAACAATAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTACACCATAGAAAAAAGATAGCTATTTTAATGGATAAAAACAATAA  436

seq1  TATAATTTAGGTCTCTATAATTCAGATGGGATTAATGAAAGAGCTGGTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAATTTAGGTCTCTATAATTCAGATGGGATTAATGAAAGAGCTGGTTT  486

seq1  TAAAGACCAGATGGGTTTTTCTACTTATTAAACATATATTCACTGCAGTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGACCAGATGGGTTTTTCTACTTATTAAACATATATTCACTGCAGTA  536

seq1  TGTCCTTAGATATTTCTTATAGTATCCTCTCCCCAGTCAGATACAGGAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCTTAGATATTTCTTATAGTATCCTCTCCCCAGTCAGATACAGGAAT  586

seq1  AGATAGACTCTAGGGATATATTTCTAGGAGATCCTTCCAAATCCCCTTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAGACTCTAGGGATATATTTCTAGGAGATCCTTCCAAATCCCCTTTA  636

seq1  TGTCCTAGGAACTAGAAATCTTATACCAGGGCAAGCCCGGACCATGTATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCTAGGAACTAGAAATCTTATACCAGGGCAAGCCCGGACCATGTATG  686

seq1  AAGGGAACAGTCTAGAATGTATATTTCAGTACCACACAGTCGAACTTCCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGAACAGTCTAGAATGTATATTTCAGTACCACACAGTCGAACTTCCT  736

seq1  GCCTGCCTAATGCAAATGCATCCAGGGCAGCATCGAGATAAAAGTGCCTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGCCTAATGCAAATGCATCCAGGGCAGCATCGAGATAAAAGTGCCTG  786

seq1  CCACACGTTTGTGTCTTCACCTTTCAATTGGAATAAAATGATATGTATTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACACGTTTGTGTCTTCACCTTTCAATTGGAATAAAATGATATGTATTT  836

seq1  TACCTCGAATTGTTCGGTTAGAATTGTCAAACTCTAACCCCGGTTTCTTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTCGAATTGTTCGGTTAGAATTGTCAAACTCTAACCCCGGTTTCTTT  886

seq1  GTGTTGAAGATAAATCTTCAGGATAGCATGGCCTCAGTGCTTTATCACCT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTGAAGATAAATCTTCAGGATAGCATGGCCTCAGTGCTTTATCACCT  936

seq1  GAAAAAGTCAGAGTGGGGTGGAGAATCCAAGTGGAAAAACAAGACAAACT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAAGTCAGAGTGGGGTGGAGAATCCAAGTGGAAAAACAAGACAAACT  986

seq1  TTGACTGTCATTGTCTGTGTGAATGACCAAGTTAAAAAAAAAAAAAAAAC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACTGTCATTGTCTGTGTGAATGACCAAGTTAAAAAAAAAAAAAAAAC  1036

seq1  TTTTTGTATTAAGAAGAGAATGTTGCAAATAAGCTTTTTAATGGAATTC  1099
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGTATTAAGAAGAGAATGTTGCAAATAAGCTTTTTAATGGAATTC  1085