BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-044J13
Chromosome17 (Build37)
Map Location 51,724,675 - 51,877,806
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream genePlcl2, EG654432, Tbc1d5, LOC100043451, LOC100043452
Downstream geneSatb1, EG628919, LOC672987, EG328839
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-044J13.bB6Ng01-044J13.g
ACCDH870304DH870305
length1,0991,198
definitionDH870304|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-044J13, 5' end.DH870305|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-044J13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(51,876,694 - 51,877,806)(51,724,675 - 51,725,883)
sequence
gaattccacaatgcagatgataatctgcttttgcttattacaccagacag
tcaaagactccagcagaaatattactgtagcagttaagtacttgagatgg
ccatatctgctttttctgtacaatcctccagttagggcaatattttcttc
aagctagggtacattttttttaaaagccatcaatagcagcatgaacaagg
gaacgcatgggccttccgtgcgagaatcctttgcaggaaacagtttaggg
gaggggcttgtttgctggtgatttgttttacaagtcataggtaggcaagg
tgaacatggactgcctttgtcaaaactgagaaccacatgaagatagtagg
aggcagagccctggactccaagtctaaactgctgcatcatggcccaggct
ggtgtgctgtggctggctccagagaaactttcgtaggctgtgtttttctg
tcttttgtatccctttgttagggttcccgtgttgatggggatatttaggt
ttgtggagccaggctctgtagctactgtcttccgggggagcatttcctca
ggcctgggcagctccattctggtggctgcagggctttcctggtggtctaa
atgggctccttgaaaactccactgagggatttacttcgaagcacagctga
gcaccttggaaggctgctgttctgctgcaaactaatttctgattcttaag
tgagagagaaaacaatgcaaactttcttgttcgctggagttgagcaaagt
aattacttgagccaaaggcatttgaacggagataatgcaagctaatttta
aatgttaaaaacaacaacaacaacaaaacccccaaaacaagtaacatgct
gctaaccacagattatcatctgtggcctccttttcccagatttaagaatg
gatggagcatcatgtagaattgatgcctttttatttaaaacagcccacac
ctaagatatcagatagtgtaaatcatagttattaagagagaagattttcc
tgttcttacagtctgagttattttgaatgatgtaccaaggaaatgaagtg
tgttggaagcaacctcattgtgtgcagcaaaataccagattttaaaatt
gaattccagatgcatttcctgagctgtcaatgaggtggaaagatgggatt
ggcattatgaagatttgttgccttgcagctccattctgtgtaattgcaat
ggaaggtatagacattaagccaccacccaagaagagctgtttgtgcacac
acggtatagaaacagctcactagacaaccataggaccaggatgggggttt
ctttatgccacttgatttggcttttacacatcctcccttttaggtcacag
ctcagaagcactgcagtccaggcaagctagagatggcttccaaagggctt
ggttatgtgttgtgaaagggagaggggattccttggggatgcactgttag
gaaaattccctctttctagccttcactctttatcttctccagtgtctgga
ctggggtcctcatgttcttgggttggccaactctcttcatttggtagttc
ccatttgatctatgttccccagtttctcacagcagtcttacaaagttgaa
tatcaacatgttgtaatttaaggataagaaaaagactcagtgggcaaagt
gattgtcatataagcatgagaagctaagttcagatgttcaatacctacat
aagacccatgatgaaaatctctcctataatctaattgatggagtgggggg
acaagcaattctgggggctcagatactgagcttttagtatgtcaaaagac
cttgctcaaaaataagttagaaaagtgatggagaaaaatatgcaatgctg
acctctggtctacacacacacacacacacacacacacacacacacacaca
cgtacctccacacataacacacacaaaaataatgtcatataaagattttg
gatttgtgatagctgaaagtaatgatgcttaggaatcctatagaaagaca
gagagacgactgggcaattagagcattattgcttactctttcagaggact
caggatcagttcccagcacccacctggagcctcattcattcataactcca
gttccagggcatccaatgcttctttggcccctgtaagtaacaggcatatg
gtgtgggtatacacaacatacatgcaagctaacatcctaaatacataaat
aataaataggtaaatcttgttttaatactcacaaaattaacgtagagtgg
tgcataagaattccaacctggggaattcaaggccaattggctgagtaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_51876694_51877806
seq2: B6Ng01-044J13.b_44_1142 (reverse)

seq1  AATTTTAAAAATCTGATAATTTTGCTG-GCACAATGGTGTTGCTTTCCAA  49
      |||||| |||||||| | |||||||||  |||||||  ||||| ||||||
seq2  AATTTT-AAAATCTGGT-ATTTTGCTGCACACAATGAGGTTGC-TTCCAA  47

seq1  CACAC-TCATTTCCTTGGATACATCAATTCAAAATAACTCAGACTGTTAG  98
      ||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| || 
seq2  CACACTTCATTTCCTTGG-TACATC-ATTCAAAATAACTCAGACTG-TAA  94

seq1  GAACAGGAAAAATCTTCCTCCTTCTAAATAACTATTGAATTTTACACCTA  148
      ||||||| |||||||| |||  ||| |||||||| |||  |||||| |||
seq2  GAACAGG-AAAATCTT-CTC--TCTTAATAACTA-TGA--TTTACA-CTA  136

seq1  TCTGATATCTTAAGTGTTGGGCTGTTTTAAATAAAAAAGGCATCAATTCT  198
      |||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TCTGATATCTTAGGTG-TGGGCTGTTTTAAAT-AAAAAGGCATCAATTCT  184

seq1  ACATGATGCTCCATCCATTCTTAAATCTGGGAAAAGGAGGCCACAGATGA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGATGCTCCATCCATTCTTAAATCTGGGAAAAGGAGGCCACAGATGA  234

seq1  TAATCTGTGGTTAGCAGCATGTTACTTGTTTTGGGGGTTTTGTTGTTGTT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCTGTGGTTAGCAGCATGTTACTTGTTTTGGGGGTTTTGTTGTTGTT  284

seq1  GTTGTTTTTAACATTTAAAATTAGCTTGCATTATCTCCGTTCAAATGCCT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTTTTTAACATTTAAAATTAGCTTGCATTATCTCCGTTCAAATGCCT  334

seq1  TTGGCTCAAGTAATTACTTTGCTCAACTCCAGCGAACAAGAAAGTTTGCA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCTCAAGTAATTACTTTGCTCAACTCCAGCGAACAAGAAAGTTTGCA  384

seq1  TTGTTTTCTCTCTCACTTAAGAATCAGAAATTAGTTTGCAGCAGAACAGC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTTCTCTCTCACTTAAGAATCAGAAATTAGTTTGCAGCAGAACAGC  434

seq1  AGCCTTCCAAGGTGCTCAGCTGTGCTTCGAAGTAAATCCCTCAGTGGAGT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTTCCAAGGTGCTCAGCTGTGCTTCGAAGTAAATCCCTCAGTGGAGT  484

seq1  TTTCAAGGAGCCCATTTAGACCACCAGGAAAGCCCTGCAGCCACCAGAAT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAAGGAGCCCATTTAGACCACCAGGAAAGCCCTGCAGCCACCAGAAT  534

seq1  GGAGCTGCCCAGGCCTGAGGAAATGCTCCCCCGGAAGACAGTAGCTACAG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCTGCCCAGGCCTGAGGAAATGCTCCCCCGGAAGACAGTAGCTACAG  584

seq1  AGCCTGGCTCCACAAACCTAAATATCCCCATCAACACGGGAACCCTAACA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTGGCTCCACAAACCTAAATATCCCCATCAACACGGGAACCCTAACA  634

seq1  AAGGGATACAAAAGACAGAAAAACACAGCCTACGAAAGTTTCTCTGGAGC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGATACAAAAGACAGAAAAACACAGCCTACGAAAGTTTCTCTGGAGC  684

seq1  CAGCCACAGCACACCAGCCTGGGCCATGATGCAGCAGTTTAGACTTGGAG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCACAGCACACCAGCCTGGGCCATGATGCAGCAGTTTAGACTTGGAG  734

seq1  TCCAGGGCTCTGCCTCCTACTATCTTCATGTGGTTCTCAGTTTTGACAAA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGGGCTCTGCCTCCTACTATCTTCATGTGGTTCTCAGTTTTGACAAA  784

seq1  GGCAGTCCATGTTCACCTTGCCTACCTATGACTTGTAAAACAAATCACCA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGTCCATGTTCACCTTGCCTACCTATGACTTGTAAAACAAATCACCA  834

seq1  GCAAACAAGCCCCTCCCCTAAACTGTTTCCTGCAAAGGATTCTCGCACGG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAACAAGCCCCTCCCCTAAACTGTTTCCTGCAAAGGATTCTCGCACGG  884

seq1  AAGGCCCATGCGTTCCCTTGTTCATGCTGCTATTGATGGCTTTTAAAAAA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCCCATGCGTTCCCTTGTTCATGCTGCTATTGATGGCTTTTAAAAAA  934

seq1  AATGTACCCTAGCTTGAAGAAAATATTGCCCTAACTGGAGGATTGTACAG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTACCCTAGCTTGAAGAAAATATTGCCCTAACTGGAGGATTGTACAG  984

seq1  AAAAAGCAGATATGGCCATCTCAAGTACTTAACTGCTACAGTAATATTTC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAGCAGATATGGCCATCTCAAGTACTTAACTGCTACAGTAATATTTC  1034

seq1  TGCTGGAGTCTTTGACTGTCTGGTGTAATAAGCAAAAGCAGATTATCATC  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGGAGTCTTTGACTGTCTGGTGTAATAAGCAAAAGCAGATTATCATC  1084

seq1  TGCATTGTGGAATTC  1113
      |||||||||||||||
seq2  TGCATTGTGGAATTC  1099

seq1: chr17_51724675_51725883
seq2: B6Ng01-044J13.g_67_1264

seq1  GAATTCCAGATGCATTTCCTGAGCTGTCAATGAGGTGGAAAGATGGGATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGATGCATTTCCTGAGCTGTCAATGAGGTGGAAAGATGGGATT  50

seq1  GGCATTATGAAGATTTGTTGCCTTGCAGCTCCATTCTGTGTAATTGCAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATTATGAAGATTTGTTGCCTTGCAGCTCCATTCTGTGTAATTGCAAT  100

seq1  GGAAGGTATAGACATTAAGCCACCACCCAAGAAGAGCTGTTTGTGCACAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGGTATAGACATTAAGCCACCACCCAAGAAGAGCTGTTTGTGCACAC  150

seq1  ACGGTATAGAAACAGCTCACTAGACAACCATAGGACCAGGATGGGGGTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGTATAGAAACAGCTCACTAGACAACCATAGGACCAGGATGGGGGTTT  200

seq1  CTTTATGCCACTTGATTTGGCTTTTACACATCCTCCCTTTTAGGTCACAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATGCCACTTGATTTGGCTTTTACACATCCTCCCTTTTAGGTCACAG  250

seq1  CTCAGAAGCACTGCAGTCCAGGCAAGCTAGAGATGGCTTCCAAAGGGCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGAAGCACTGCAGTCCAGGCAAGCTAGAGATGGCTTCCAAAGGGCTT  300

seq1  GGTTATGTGTTGTGAAAGGGAGAGGGGATTCCTTGGGGATGCACTGTTAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTATGTGTTGTGAAAGGGAGAGGGGATTCCTTGGGGATGCACTGTTAG  350

seq1  GAAAATTCCCTCTTTCTAGCCTTCACTCTTTATCTTCTCCAGTGTCTGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATTCCCTCTTTCTAGCCTTCACTCTTTATCTTCTCCAGTGTCTGGA  400

seq1  CTGGGGTCCTCATGTTCTTGGGTTGGCCAACTCTCTTCATTTGGTAGTTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGGTCCTCATGTTCTTGGGTTGGCCAACTCTCTTCATTTGGTAGTTC  450

seq1  CCATTTGATCTATGTTCCCCAGTTTCTCACAGCAGTCTTACAAAGTTGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTTGATCTATGTTCCCCAGTTTCTCACAGCAGTCTTACAAAGTTGAA  500

seq1  TATCAACATGTTGTAATTTAAGGATAAGAAAAAGACTCAGTGGGCAAAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAACATGTTGTAATTTAAGGATAAGAAAAAGACTCAGTGGGCAAAGT  550

seq1  GATTGTCATATAAGCATGAGAAGCTAAGTTCAGATGTTCAATACCTACAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGTCATATAAGCATGAGAAGCTAAGTTCAGATGTTCAATACCTACAT  600

seq1  AAGACCCATGATGAAAATCTCTCCTATAATCTAATTGATGGAGTGGGGGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACCCATGATGAAAATCTCTCCTATAATCTAATTGATGGAGTGGGGGG  650

seq1  ACAAGCAATTCTGGGGGCTCAGATACTGAGCTTTTAGTATGTCAAAAGAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGCAATTCTGGGGGCTCAGATACTGAGCTTTTAGTATGTCAAAAGAC  700

seq1  CTTGCTCAAAAATAAGTTAGAAAAGTGATGGAGAAAAATATGCAATGCTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCTCAAAAATAAGTTAGAAAAGTGATGGAGAAAAATATGCAATGCTG  750

seq1  ACCTCTGGTCTACACACACACACACACACACACACACACACACACACACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCTGGTCTACACACACACACACACACACACACACACACACACACACA  800

seq1  CGTACCTCCACACATAACACACACAAAAATAATGTCATATAAAGATTTTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTACCTCCACACATAACACACACAAAAATAATGTCATATAAAGATTTTG  850

seq1  GATTTGTGATAGCTGAAAGTAATGATGCTTAGGAATCCTATAGAAAGACA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTGTGATAGCTGAAAGTAATGATGCTTAGGAATCCTATAGAAAGACA  900

seq1  GAGAGACGACTGGGCAATTAAGAGCATTATTGCTTACTCTTTCAGAGGAC  950
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGACGACTGGGCAATT-AGAGCATTATTGCTTACTCTTTCAGAGGAC  949

seq1  TCAGGATCAGTTCCCAGCACCCACCTGGAGCCTCATCCATTCATAACTCC  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TCAGGATCAGTTCCCAGCACCCACCTGGAGCCTCATTCATTCATAACTCC  999

seq1  AGTTCCAGGGCATCCAATGCTTTCTTCTGGCCCCTGTAGGTACCAGGCAT  1050
      |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||| |||||||
seq2  AGTTCCAGGGCATCCAATGC-TTCTT-TGGCCCCTGTAAGTAACAGGCAT  1047

seq1  AT-GTGT-GGTATACAC-ACATACATGCAGGCAAAACATCC-AAATACAT  1096
      || |||| ||||||||| ||||||||||| ||  ||||||| ||||||||
seq2  ATGGTGTGGGTATACACAACATACATGCAAGC-TAACATCCTAAATACAT  1096

seq1  AAAATATAAATAAGTAAATCTTGTTTTTAAATACT-ACAGAATTATAAGG  1145
      |||  ||||||| ||||||||||||||  |||||| ||| ||||   |  
seq2  AAATAATAAATAGGTAAATCTTGTTTT--AATACTCACAAAATT---AAC  1141

seq1  GTAGAGTGGTGTGCATAAAGAATTCCAACACTGGGGAATTCAAGGCCAGA  1195
      ||||||||  |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||  |
seq2  GTAGAGTG--GTGCAT-AAGAATTCCAAC-CTGGGGAATTCAAGGCC--A  1185

seq1  TTTGGCTAGAGTAA  1209
       |||||| ||||||
seq2  ATTGGCT-GAGTAA  1198