BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-057O10
Chromosome17 (Build37)
Map Location 48,665,460 - 48,748,016
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneCcnd3, Bysl, Trfp, LOC668463, Usp49, 1110002E23Rik, Frs3, Pgc, LOC100043405, Tcfeb, Mdfi, Foxp4, LOC383250, 1700122O11Rik, 1700067P10Rik, 9830107B12Rik, A530064D06Rik, LOC100043419, Trem1, Trem3, Treml4, Treml2, B430306N03Rik, Trem2, Treml1, Nfya, AI314976, Apobec2, Bzrpl1, Unc5cl
Downstream geneLrfn2, 1700008K24Rik, LOC672972, Mocs1, Daam2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-057O10.bB6Ng01-057O10.g
ACCDH879624DH879625
length9281,122
definitionDH879624|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-057O10, 5' end.DH879625|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-057O10, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(48,747,080 - 48,748,016)(48,665,460 - 48,666,586)
sequence
gaattccagtgctgcatcatactggcctgtcctgaaattcttttctgctt
aaagctgaagaccaggttgtatgagaagagtccaggtctctaaaaggatg
aagggaccacacacacacacacacacacacacacacacacacaccgccag
gctgctgcagataacatgtccagctgtgccctctgccccagcccttccac
tggtgtcaaggctgcacagagcaagaagggtcacaaaagtagtagttcct
agactctgtcctttgacactctagctcactaccgtaagttctctctaccc
tgagcatcgtctgggcagccctgcatggtcatcaacacaggctttgccct
ttttatatcctaactgttggagaagctagtactattttcctacacgactt
ccgacagctccttctgcaaacagctcacctctgagaagtttgctttcccg
tgagttgatcttcatgccagatgacgtgtctgtgtgcttgagattcatgt
taagcagcagaagggcttccctggagaaatcctggttttcttttcctttt
tgagacaggagctcatgtagcccaggctagctcaagctacctacacaact
gagggaaaccttgaacttctttctgatcatcccacccttccctcctagta
cagtgtttacagggctgttccgtgacaattgttcttgcaacattaggaat
tgaacccaggcctccatgaatacaaagcaagccatctcccagctaagctg
tgtccccggcacaatgttggaatgttgctagaacagccattagggacaag
ctcgatctgaggttctgagacccactcttgtccttctggagactagactt
cagctggtctaggtgagccttaggaagtggggctgtctttgctgagcagc
aacccgcccaggtgggagggggggggat
gaattcctagctgtaccacaatggccacattgatcttaggacattattcc
tgtcacccttagcagtctctctgtccccctttccccattgattcctaaca
accctgatcatctattttcctgtctggggaggtttgtcaccttatagatg
ccgtatacaagaaatagggactcagaaagtcagaggcagggaatgaaagg
gaaggacagagtcaacgactccaaagctgagacccaatgctgagacccag
cagcccaagccagaagcccgcagctgagcaccccctgagactccacatgg
agtaccccagaatgcagagactggtgggcacagggtaccaggagacagga
gtggctggagggcctttgcttgctagcttcaggaagtgcagagcctacca
ttcattttaagggacagatgcctctggcagacagactggttcccagcaca
gcacgaggcccccgtccttcctcacagctctcccgttcaccctggttgca
atgtttgcaatgttcactatctgtaattgtccacactacatccatgttgg
tcaaaaacaccactttttgagcacttgatgcatgccaggcacagtgttcc
ttagcctttaaagcttttcctggttcagtaggacagatagatcctcagcc
atgtgtgtgcttgcatgtgcacatgtgtgtgcttgcatgtgcacctgtgt
gcgcttgcatgtgcacatgtgtgtgcttgcatttgcacatgtgtgtgctt
gcatttgcacatgtgtgtgcttgcatgtggaggtcagaggacaactttgg
gtgttgtagtgcaggagtgatctacttccctccccccagacagtctttta
ccagcttggcactcattaagtagactaggctggtcagtcagtgagctcca
aggctctacctgcctcctcctccctagtgctgggatccaagcacaaacca
ccatgtctgctttttacccagctactgggatcagagcaccgtgagccact
tgaccctgagatggtcttctcgaattgatcaccctaccttactcaccacc
agacaaaatcactgggggctttataatttactcaagtacctaatgggaag
gactgagactcaggaggcctga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_48747080_48748016
seq2: B6Ng01-057O10.b_50_977 (reverse)

seq1  ATCCCCCCCCCTCCCACCTGGGCGGGTTGCTGCTCAGCAAAGAACAGCCC  50
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  ATCCCCCCCCCTCCCACCTGGGCGGGTTGCTGCTCAGCAAAG-ACAGCCC  49

seq1  CACTTCCTAAGGCTCACCTAGACCAGCTGAAGTCTAGTCTCCAGAAGGAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTCCTAAGGCTCACCTAGACCAGCTGAAGTCTAGTCTCCAGAAGGAC  99

seq1  AAGAGTGGGTCTCAGAACCTCAGATCGAGCTTGTCCCTAATGGCTGTTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGTGGGTCTCAGAACCTCAGATCGAGCTTGTCCCTAATGGCTGTTCT  149

seq1  AGCAACATTCCAACATTGTGCCGGGGACACAGCTTAGCTGGGAGATGGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAACATTCCAACATTGTGCCGGGGACACAGCTTAGCTGGGAGATGGCT  199

seq1  TGCTTTGTATTCATGGAGGCCTGGGTTCAATTCCTAATGTTGCAAGAACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTGTATTCATGGAGGCCTGGGTTCAATTCCTAATGTTGCAAGAACA  249

seq1  ATTGTCACGGAACAGCCCTGTAAACACTGTACTAGGAGGGAAGGGTGGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTCACGGAACAGCCCTGTAAACACTGTACTAGGAGGGAAGGGTGGGA  299

seq1  TGATCAGAAAGAAGTTCAAGGTTTCCCTCAGTTGTGTAGGTAGCTTGAGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCAGAAAGAAGTTCAAGGTTTCCCTCAGTTGTGTAGGTAGCTTGAGC  349

seq1  TAGCCTGGGCTACATGAGCTCCTGTCTCAAAAAGGAAAAGAAAACCAGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCTGGGCTACATGAGCTCCTGTCTCAAAAAGGAAAAGAAAACCAGGA  399

seq1  TTTCTCCAGGGAAGCCCTTCTGCTGCTTAACATGAATCTCAAGCACACAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCCAGGGAAGCCCTTCTGCTGCTTAACATGAATCTCAAGCACACAG  449

seq1  ACACGTCATCTGGCATGAAGATCAACTCACGGGAAAGCAAACTTCTCAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACGTCATCTGGCATGAAGATCAACTCACGGGAAAGCAAACTTCTCAGA  499

seq1  GGTGAGCTGTTTGCAGAAGGAGCTGTCGGAAGTCGTGTAGGAAAATAGTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAGCTGTTTGCAGAAGGAGCTGTCGGAAGTCGTGTAGGAAAATAGTA  549

seq1  CTAGCTTCTCCAACAGTTAGGATATAAAAAGGGCAAAGCCTGTGTTGATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCTTCTCCAACAGTTAGGATATAAAAAGGGCAAAGCCTGTGTTGATG  599

seq1  ACCATGCAGGGCTGCCCAGACGATGCTCAGGGTAGAGAGAACTTACGGTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATGCAGGGCTGCCCAGACGATGCTCAGGGTAGAGAGAACTTACGGTA  649

seq1  GTGAGCTAGAGTGTCAAAGGACAGAGTCTAGGAACTACTACTTTTGTGAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGCTAGAGTGTCAAAGGACAGAGTCTAGGAACTACTACTTTTGTGAC  699

seq1  CCTTCTTGCTCTGTGCAGCCTTGACACCAGTGGAAGGGCTGGGGCAGAGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCTTGCTCTGTGCAGCCTTGACACCAGTGGAAGGGCTGGGGCAGAGG  749

seq1  GCACAGCTGGACATGTTATCTGCAGCAGCCTGGCGGTGTGTGTGTGTGTG  800
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||
seq2  GCACAGCTGGACATGTTATCTGCAGCAGCCTGGCG--------GTGTGTG  791

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGGTCCCTTCATCCTTTTAGAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGGTCCCTTCATCCTTTTAGAG  841

seq1  ACCTGGACTCTTCTCATACAACCTGGTCTTCAGCTTTAAGCAGAAAAGAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGGACTCTTCTCATACAACCTGGTCTTCAGCTTTAAGCAGAAAAGAA  891

seq1  TTTCAGGACAGGCCAGTATGATGCAGCACTGGAATTC  937
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGGACAGGCCAGTATGATGCAGCACTGGAATTC  928

seq1: chr17_48665460_48666586
seq2: B6Ng01-057O10.g_69_1190

seq1  GAATTCCTAGCTGTACCACAATGGCCACATTGATCTTAGGACATTATTCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTAGCTGTACCACAATGGCCACATTGATCTTAGGACATTATTCC  50

seq1  TGTCACCCTTAGCAGTCTCTCTGTCCCCCTTTCCCCATTGATTCCTAACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCACCCTTAGCAGTCTCTCTGTCCCCCTTTCCCCATTGATTCCTAACA  100

seq1  ACCCTGATCATCTATTTTCCTGTCTGGGGAGGTTTGTCACCTTATAGATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTGATCATCTATTTTCCTGTCTGGGGAGGTTTGTCACCTTATAGATG  150

seq1  CCGTATACAAGAAATAGGGACTCAGAAAGTCAGAGGCAGGGAATGAAAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTATACAAGAAATAGGGACTCAGAAAGTCAGAGGCAGGGAATGAAAGG  200

seq1  GAAGGACAGAGTCAACGACTCCAAAGCTGAGACCCAATGCTGAGACCCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGACAGAGTCAACGACTCCAAAGCTGAGACCCAATGCTGAGACCCAG  250

seq1  CAGCCCAAGCCAGAAGCCCGCAGCTGAGCACCCCCTGAGACTCCACATGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCCAAGCCAGAAGCCCGCAGCTGAGCACCCCCTGAGACTCCACATGG  300

seq1  AGTACCCCAGAATGCAGAGACTGGTGGGCACAGGGTACCAGGAGACAGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACCCCAGAATGCAGAGACTGGTGGGCACAGGGTACCAGGAGACAGGA  350

seq1  GTGGCTGGAGGGCCTTTGCTTGCTAGCTTCAGGAAGTGCAGAGCCTACCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCTGGAGGGCCTTTGCTTGCTAGCTTCAGGAAGTGCAGAGCCTACCA  400

seq1  TTCATTTTAAGGGACAGATGCCTCTGGCAGACAGACTGGTTCCCAGCACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTTTAAGGGACAGATGCCTCTGGCAGACAGACTGGTTCCCAGCACA  450

seq1  GCACGAGGCCCCCGTCCTTCCTCACAGCTCTCCCGTTCACCCTGGTTGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACGAGGCCCCCGTCCTTCCTCACAGCTCTCCCGTTCACCCTGGTTGCA  500

seq1  ATGTTTGCAATGTTCACTATCTGTAATTGTCCACACTACATCCATGTTGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTGCAATGTTCACTATCTGTAATTGTCCACACTACATCCATGTTGG  550

seq1  TCAAAAACACCACTTTTTGAGCACTTGATGCATGCCAGGCACAGTGTTCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAAACACCACTTTTTGAGCACTTGATGCATGCCAGGCACAGTGTTCC  600

seq1  TTAGCCTTTAAAGCTTTTCCTGGTTCAGTAGGACAGATAGATCCTCAGCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCCTTTAAAGCTTTTCCTGGTTCAGTAGGACAGATAGATCCTCAGCC  650

seq1  ATGTGTGTGCTTGCATGTGCACATGTGTGTGCTTGCATGTGCACCTGTGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTGTGCTTGCATGTGCACATGTGTGTGCTTGCATGTGCACCTGTGT  700

seq1  GCGCTTGCATGTGCACATGTGTGTGCTTGCATTTGCACATGTGTGTGCTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGCTTGCATGTGCACATGTGTGTGCTTGCATTTGCACATGTGTGTGCTT  750

seq1  GCATTTGCACATGTGTGTGCTTGCATGTGGAGGTCAGAGGACAACTTTGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTTGCACATGTGTGTGCTTGCATGTGGAGGTCAGAGGACAACTTTGG  800

seq1  GTGTTGTAGTGCAGGAGTGATCTACTTCCCTCCCCCCAGACAGTCTTTTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTGTAGTGCAGGAGTGATCTACTTCCCTCCCCCCAGACAGTCTTTTA  850

seq1  CCAGCTTGGCACTCATTAAGTAGACTAGGCTGGTCAGTCAGTGAGCTCCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCTTGGCACTCATTAAGTAGACTAGGCTGGTCAGTCAGTGAGCTCCA  900

seq1  AGGCTCTACCTGCCTCCTCCTCCCTAGTGCTGGGATTCCAAGCACAAACC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  AGGCTCTACCTGCCTCCTCCTCCCTAGTGCTGGGA-TCCAAGCACAAACC  949

seq1  ACCATGTCTGCTTTTTACACAGCTACTGGGATCAGAGCACCGTGAGCCAC  1000
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATGTCTGCTTTTTACCCAGCTACTGGGATCAGAGCACCGTGAGCCAC  999

seq1  GTGACCCTGAGAT-GTCTTCTCAGACTGATCAACCCTACTTTACTCACCA  1049
       |||||||||||| ||||||||  | ||||| ||||||| ||||||||||
seq2  TTGACCCTGAGATGGTCTTCTCGAATTGATC-ACCCTACCTTACTCACCA  1048

seq1  TCAGACAAAATCACTGGGGGCTTAGTGAATTTACTCAAGGTACCATATGG  1099
       ||||||||||||||||||||||  | ||||||||||| |||||  ||||
seq2  CCAGACAAAATCACTGGGGGCTTTAT-AATTTACTCAA-GTACCTAATGG  1096

seq1  GAAGGACCTGAGACCTCAGGAGGCCTGA  1127
      |||||| |||||| ||||||||||||||
seq2  GAAGGA-CTGAGA-CTCAGGAGGCCTGA  1122