BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-062L09
Chromosome17 (Build37)
Map Location 71,712,866 - 71,777,273
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSmchd1
Upstream geneLOC623112, LOC623143, Dlgap1, Tgif1, LOC668724, LOC546695, LOC240156, Mylc2b, 2900073G15Rik, Myom1, Lpin2, Emilin2, LOC100043644
Downstream geneLOC100043879, Ndc80, LOC668740, Spdya, LOC623451, Wdr43, 4632412N22Rik, BC027072, Clip4, Alk
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-062L09.bB6Ng01-062L09.g
ACCDH883021DH883022
length1,0691,076
definitionDH883021|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-062L09, 5' end.DH883022|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-062L09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(71,712,866 - 71,713,944)(71,776,189 - 71,777,273)
sequence
gaattccaagacagccaggactgctatgcagcgaaaccctgtcttgaaac
ccaccctccaaaaatttataaacagtctataaaatgacatgtcaacttca
tttctattactgtgtactgtcttatatgaatatagaaatatgtatcacag
gtaatacatggttcttaataaatttctcaaaatttgaagtatattataaa
atgtctaaataacttttcaatttcattttatacgtatgagtattttgcct
gcatgcttatatgtgcactacttgtgtgcctggtgcctgtagaggcctaa
agagggtgttggatctccaggaactggagttacagatgatagtgtgtagc
tgtatggtttctgggaattgaacctggcttatctggaagatcagttggtg
ctcttaatccccgaagcatgtctccagacactatatattttaaaacacgt
aactgatatacaaaagcataaaactaagatggaggggatggttcagtgac
taacagctctggatgctcttacagaggatctggattcagttccaggtact
cactgggcagctcacaactgcctgtaacacctgttccatgggatctgaca
ccctctactggcctctgtgggcatccagggaaaacatatatgcaggcaaa
atgccaaaaatataataataaatgaaccttttgctgtatggtggcagcaa
atcccttattccagcactctagaggcagtgatagacagatctctgagtgt
gaggcctgcctgatctacagaatgagttccaggacagccagggccacaca
aaggaaccctttcttgagaagaagaaaaaatatataaaactaaaacaatt
taaaactcatagtaaaaatatctgggggctggagtgatggctcagtggtt
aagagtaccgactgctcttccaggggtcctgagttcaattcccagcaacc
acaagtggctcacaccatctgtaatggatctgatgccctcttctggtgtg
tctgagacagtgacagtatactcacttttaaaaaaataatcttaaaaaaa
aacaactgacaataaaaaa
gaattctatttcaagattaaaaaacatttttatttccttacactgtttct
tcttatttgaaatttgttaggattatataggtcgaataaaaagtgggaat
agtcactagaggtagagaagaaggcagtctccaagagttgtttgttctct
gacctccacacatgtctacgtactcattctgtgtgtgcacagaggaatat
ggttttaaagttagatttttaaaagtaaagataaacagttaaatatttaa
gaatagttaactctcatttgcatacttattaggatgaaattgatgaggaa
ataattagattatttagtaactaaggcacctagctttgtaactaagttta
aattgtcttatttgcaatgttggtgtaaatttttattcaggaaccccagg
cactgtatgatgaaataaaaactgtgcccattgcaaagctggataggaca
gtagccgagaaaacaattaggaaatatgtagaagatgaaatggcaaggta
agttaaatttcaagatacaagtctaaacaatataagaattgggctaggca
ctgtagcatatacgggagtcagaggcaggccagtctctacagttccaggc
cagcctgggctatgtagccagttccaagccaaccagttttacttagtgat
accctgtctcaaaaaaaaaaaaaaaatcattttaatccaaggttgtagtg
ctattcagtatttttgtatgtgccatgttccctgaggtaaactctttgat
gttaaatattgagagttatagttagacaggaacctagatttgtaggaaaa
gatgaaatcttatctaaagtgtcacatctatttataccttgacaaaggca
tttagaatagttttgtgtagcttaagctagaggaaactagcactttctaa
gaagtaaagaacagtgaaaaagtagtagctagtaagatagtagcatatgg
tccccagaagtctgggtgggacattgggggccagctgagctatatagtag
ttccagacagcatgtgtaatgtggagagggtgtagagagtcctgctatca
tccctttatatcaacaaacaacacaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_71712866_71713944
seq2: B6Ng01-062L09.b_48_1116

seq1  GAATTCCAAGACAGCCAGGACTGCTATGCAGCGAAACCCTGTCTTGAAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAAGACAGCCAGGACTGCTATGCAGCGAAACCCTGTCTTGAAAC  50

seq1  CCACCCTCCAAAAATTTATAAACAGTCTATAAAATGACATGTCAACTTCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCCTCCAAAAATTTATAAACAGTCTATAAAATGACATGTCAACTTCA  100

seq1  TTTCTATTACTGTGTACTGTCTTATATGAATATAGAAATATGTATCACAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTATTACTGTGTACTGTCTTATATGAATATAGAAATATGTATCACAG  150

seq1  GTAATACATGGTTCTTAATAAATTTCTCAAAATTTGAAGTATATTATAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATACATGGTTCTTAATAAATTTCTCAAAATTTGAAGTATATTATAAA  200

seq1  ATGTCTAAATAACTTTTCAATTTCATTTTATACGTATGAGTATTTTGCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTAAATAACTTTTCAATTTCATTTTATACGTATGAGTATTTTGCCT  250

seq1  GCATGCTTATATGTGCACTACTTGTGTGCCTGGTGCCTGTAGAGGCCTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGCTTATATGTGCACTACTTGTGTGCCTGGTGCCTGTAGAGGCCTAA  300

seq1  AGAGGGTGTTGGATCTCCAGGAACTGGAGTTACAGATGATAGTGTGTAGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGGTGTTGGATCTCCAGGAACTGGAGTTACAGATGATAGTGTGTAGC  350

seq1  TGTATGGTTTCTGGGAATTGAACCTGGCTTATCTGGAAGATCAGTTGGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGGTTTCTGGGAATTGAACCTGGCTTATCTGGAAGATCAGTTGGTG  400

seq1  CTCTTAATCCCCGAAGCATGTCTCCAGACACTATATATTTTAAAACACGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTAATCCCCGAAGCATGTCTCCAGACACTATATATTTTAAAACACGT  450

seq1  AACTGATATACAAAAGCATAAAACTAAGATGGAGGGGATGGTTCAGTGAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGATATACAAAAGCATAAAACTAAGATGGAGGGGATGGTTCAGTGAC  500

seq1  TAACAGCTCTGGATGCTCTTACAGAGGATCTGGATTCAGTTCCAGGTACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAGCTCTGGATGCTCTTACAGAGGATCTGGATTCAGTTCCAGGTACT  550

seq1  CACTGGGCAGCTCACAACTGCCTGTAACACCTGTTCCATGGGATCTGACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGGGCAGCTCACAACTGCCTGTAACACCTGTTCCATGGGATCTGACA  600

seq1  CCCTCTACTGGCCTCTGTGGGCATCCAGGGAAAACATATATGCAGGCAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCTACTGGCCTCTGTGGGCATCCAGGGAAAACATATATGCAGGCAAA  650

seq1  ATGCCAAAAATATAATAATAAATGAACCTTTTGCTGTATGGTGGCAGCAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCAAAAATATAATAATAAATGAACCTTTTGCTGTATGGTGGCAGCAA  700

seq1  ATCCCTTATTCCAGCACTCTAGAGGCAGTGATAGACAGATCTCTGAGTGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCTTATTCCAGCACTCTAGAGGCAGTGATAGACAGATCTCTGAGTGT  750

seq1  GAGGCCTGCCTGATCTACAGAATGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCCACACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCCTGCCTGATCTACAGAATGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCCACACA  800

seq1  AAGGAACCCTTTCTTGAGAAGAAGAAAAAATATATAAAACTAAAACAATT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAACCCTTTCTTGAGAAGAAGAAAAAATATATAAAACTAAAACAATT  850

seq1  TAAAACTCATAGTAAAAAATATCTGGGGGCTGGAGTGATGGCTCAGTGGT  900
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAACTCATAGT-AAAAATATCTGGGGGCTGGAGTGATGGCTCAGTGGT  899

seq1  TAAGAGTACCGACTGCTCTTCCAGGGGTCCTGAGTTCAATTCCCAGCAAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAGTACCGACTGCTCTTCCAGGGGTCCTGAGTTCAATTCCCAGCAAC  949

seq1  CACAAGTGGCTCACAACCATCTGTAATGGAATCTGATGCCCTCTTCTGGT  1000
      |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  CACAAGTGGCTCAC-ACCATCTGTAATGG-ATCTGATGCCCTCTTCTGGT  997

seq1  GTGTCTGAAGACAGTGACAGTATACTCACATATATAAAAAAATAAATCTT  1050
      ||||||| |||||||||||||||||||||   | ||||||||| ||||||
seq2  GTGTCTG-AGACAGTGACAGTATACTCAC--TTTTAAAAAAAT-AATCTT  1043

seq1  AAAAAAAAAACAAACTGACAAATAAAAAA  1079
      |||||||||   ||||||| |||||||||
seq2  AAAAAAAAA--CAACTGAC-AATAAAAAA  1069

seq1: chr17_71776189_71777273
seq2: B6Ng01-062L09.g_69_1144 (reverse)

seq1  TTGT-TTGTTTGTTTGATCTTAAAGTGATGGTAGCAGGGCCCTCTCTACC  49
      |||| ||||||| |||||  ||||| |||| |||||||   |||||||| 
seq2  TTGTGTTGTTTG-TTGAT-ATAAAGGGATGATAGCAGG--ACTCTCTACA  46

seq1  ACCTCTCCACATTAACACATGCTGTCCTGGAACTTACTATATAGCTCAGG  99
       |||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||| |
seq2  CCCTCTCCACATT-ACACATGCTGT-CTGGAAC-TACTATATAGCTCA-G  92

seq1  CTGGCCCCCAATGTCCCACCCCAGACTTCTGGGGGACCATATGCTACTAT  149
      |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  CTGGCCCCCAATGTCCCA-CCCAGACTTCT-GGGGACCATATGCTACTAT  140

seq1  CTTACTAGCTACTACTTTTTCACTGTTCTTTACTTCTTAGAAAGTGCTAG  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACTAGCTACTACTTTTTCACTGTTCTTTACTTCTTAGAAAGTGCTAG  190

seq1  TTTCCTCTAGCTTAAGCTACACAAAACTATTCTAAATGCCTTTGTCAAGG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTCTAGCTTAAGCTACACAAAACTATTCTAAATGCCTTTGTCAAGG  240

seq1  TATAAATAGATGTGACACTTTAGATAAGATTTCATCTTTTCCTACAAATC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAATAGATGTGACACTTTAGATAAGATTTCATCTTTTCCTACAAATC  290

seq1  TAGGTTCCTGTCTAACTATAACTCTCAATATTTAACATCAAAGAGTTTAC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTTCCTGTCTAACTATAACTCTCAATATTTAACATCAAAGAGTTTAC  340

seq1  CTCAGGGAACATGGCACATACAAAAATACTGAATAGCACTACAACCTTGG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGGGAACATGGCACATACAAAAATACTGAATAGCACTACAACCTTGG  390

seq1  ATTAAAATGATTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGGGTATCACTAAGTAAAA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAAATGATTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGGGTATCACTAAGTAAAA  440

seq1  CTGGTTGGCTTGGAACTGGCTACATAGCCCAGGCTGGCCTGGAACTGTAG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTTGGCTTGGAACTGGCTACATAGCCCAGGCTGGCCTGGAACTGTAG  490

seq1  AGACTGGCCTGCCTCTGACTCCCGTATATGCTACAGTGCCTAGCCCAATT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTGGCCTGCCTCTGACTCCCGTATATGCTACAGTGCCTAGCCCAATT  540

seq1  CTTATATTGTTTAGACTTGTATCTTGAAATTTAACTTACCTTGCCATTTC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATATTGTTTAGACTTGTATCTTGAAATTTAACTTACCTTGCCATTTC  590

seq1  ATCTTCTACATATTTCCTAATTGTTTTCTCGGCTACTGTCCTATCCAGCT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTCTACATATTTCCTAATTGTTTTCTCGGCTACTGTCCTATCCAGCT  640

seq1  TTGCAATGGGCACAGTTTTTATTTCATCATACAGTGCCTGGGGTTCCTGA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAATGGGCACAGTTTTTATTTCATCATACAGTGCCTGGGGTTCCTGA  690

seq1  ATAAAAATTTACACCAACATTGCAAATAAGACAATTTAAACTTAGTTACA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAAATTTACACCAACATTGCAAATAAGACAATTTAAACTTAGTTACA  740

seq1  AAGCTAGGTGCCTTAGTTACTAAATAATCTAATTATTTCCTCATCAATTT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTAGGTGCCTTAGTTACTAAATAATCTAATTATTTCCTCATCAATTT  790

seq1  CATCCTAATAAGTATGCAAATGAGAGTTAACTATTCTTAAATATTTAACT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCTAATAAGTATGCAAATGAGAGTTAACTATTCTTAAATATTTAACT  840

seq1  GTTTATCTTTACTTTTAAAAATCTAACTTTAAAACCATATTCCTCTGTGC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTATCTTTACTTTTAAAAATCTAACTTTAAAACCATATTCCTCTGTGC  890

seq1  ACACACAGAATGAGTACGTAGACATGTGTGGAGGTCAGAGAACAAACAAC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACAGAATGAGTACGTAGACATGTGTGGAGGTCAGAGAACAAACAAC  940

seq1  TCTTGGAGACTGCCTTCTTCTCTACCTCTAGTGACTATTCCCACTTTTTA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGGAGACTGCCTTCTTCTCTACCTCTAGTGACTATTCCCACTTTTTA  990

seq1  TTCGACCTATATAATCCTAACAAATTTCAAATAAGAAGAAACAGTGTAAG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCGACCTATATAATCCTAACAAATTTCAAATAAGAAGAAACAGTGTAAG  1040

seq1  GAAATAAAAATGTTTTTTAATCTTGAAATAGAATTC  1085
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATAAAAATGTTTTTTAATCTTGAAATAGAATTC  1076