BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-065O08
Chromosome17 (Build37)
Map Location 15,360,679 - 15,470,823
singlet/doubletdoublet
Overlap geneC330048F19, LOC664953
Upstream geneSmoc2, LOC664856, Thbs2, LOC100041236, Wdr27, LOC664893, 1600012H06Rik, Phf10, LOC100041586, LOC100041574, LOC100041289, LOC100041639, LOC100041621, LOC100041301, 9030025P20Rik, Tcte3
Downstream geneDll1, LOC100041314, 4932442K08Rik, Psmb1, Tbp, Pdcd2, LOC636398, Prdm9, EG626573, LOC665017, LOC100041775, 5830433I10Rik, Chd1, Rgmb, LOC100041365, Eif3s6-ps3, LOC100041383
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-065O08.bB6Ng01-065O08.g
ACCDH885238DH885239
length1,0651,016
definitionDH885238|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-065O08, 5' end.DH885239|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-065O08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(15,360,679 - 15,361,753)(15,469,792 - 15,470,823)
sequence
gaattccttctctgactttgagaccttggatgtcccatgccaggcagtga
tggatagtggggagacagaatcagtgggagaagggacaacctggggctat
ggggagatgcaccttagataaagccttggaacgcatttgggggctattca
ctgggagaccagatccagtgccaaggcgtattcacagaacccagtagaac
attctcagtaatgcctggaccagaggaacctgcccaggcagcccacatct
ctgccacgggccttcggcaccgggctgcacacgcttggatgctgagtcac
ttctgtagagcaaattccacagtggcacccagtgccaaacacctgcccct
gggcccgcctgctcacgtggaagtgctcgggtaggtacatgaagggacag
gggcttgtcgggtatgttcatgtgcctggtagacacaggacagatgggtc
acagcctggtgatgaaatagcctaagacctattgcctatggcacttcaaa
atacttcagtgatccactatggcataccctgcattggccaatccttgctg
gctcaacatagggagctactatgtcgatgatgtctatattccaacacata
gtagctgagaatattagcttctgtcctgagcactcagagaagcagaggct
cagagtgtgagcaacacaccaatgacatatagatgtcatgtggatgttcc
tgtggcacggatcacagttcctatccccagccagctccaaaattcatacc
atctactgcatgttccaatcgtagccagatctctacttgggtcttctaag
agtcttcagagataagtaggtagagaaccatgggagattgtccacaagtg
ggcaggcctttgccagtaggttcatgggaggggaaggtaatatgtggata
tagcaagcttatcttatgttagtaatgacactcaccagcatccttgccta
tggacactggaatcatgtcttctggggagacaactagatctcattactcc
tttctgttctactccagcaaattgctgctgtgtcatagctttagaagctg
ctcagtttacagaca
gaattctcccacttaaacttcagggccctttctttacagcccgatggaga
tttcataccttttatgttgagcagacttcagagccttcacctatgtaagg
aatttttcaattaacatttctttccctctggagagaccagggcctttggt
tctccacaaaagactggctttgcctctcctatagcaaatgtgctcaggcc
cagccctctgagctgaaggccctattatttggcaatgatgattcagtttg
gcaacccccccccctaatcaatagctgatcagtgcccagcagggagtctc
cgtattcagaccctcacacaagctaaaatggtttcctttgaataaaatca
cgcctaggttgaattttaaatccatctaattggcagttgttgtttttttt
ttttaaacagaatagaaaagatgtgtaagtgaaaggaaaaaaaaactgat
ggctttgatggctgttgcttctgctttttgtaacctcatatttgcttcaa
aatacacattatcctcagcacatgtttccttaaatatcttgctaattgga
gttaactttggataaaattcttattaaatcctttatagatttcaaaatcc
tctatcagaatgtatatctaatctttttgagatcattttaaacaggggtg
tctttaccaacaagcaacatttagcaaagaactcaaacgattttgctaac
aaatttgttcagttacattaaagggattttgaaagttcaatgctgagggc
ctttggccgggagcacgatgtataataccaccacagagtgagggacagcc
caggagcgagtgttgcagcccagggtgagcagttgggttgtctcagaggc
tgcatgttagcaagggttgttgcttatacccatagctagctatcccctct
cagctcagagcaaaggggacacaagatgagccaagctcttgagtgggaga
ggagatcaaacatgaatagagagacattctacctctcgtttgatccaaca
ataaaaaatttaaaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_15360679_15361753
seq2: B6Ng01-065O08.b_47_1111

seq1  GAATTCCTTCTCTGACTTTGAGACCTTGGATGTCCCATGCCAGGCAGTGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTCTCTGACTTTGAGACCTTGGATGTCCCATGCCAGGCAGTGA  50

seq1  TGGATAGTGGGGAGACAGAATCAGTGGGAGAAGGGACAACCTGGGGCTAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATAGTGGGGAGACAGAATCAGTGGGAGAAGGGACAACCTGGGGCTAT  100

seq1  GGGGAGATGCACCTTAGATAAAGCCTTGGAACGCATTTGGGGGCTATTCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAGATGCACCTTAGATAAAGCCTTGGAACGCATTTGGGGGCTATTCA  150

seq1  CTGGGAGACCAGATCCAGTGCCAAGGCGTATTCACAGAACCCAGTAGAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGAGACCAGATCCAGTGCCAAGGCGTATTCACAGAACCCAGTAGAAC  200

seq1  ATTCTCAGTAATGCCTGGACCAGAGGAACCTGCCCAGGCAGCCCACATCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTCAGTAATGCCTGGACCAGAGGAACCTGCCCAGGCAGCCCACATCT  250

seq1  CTGCCACGGGCCTTCGGCACCGGGCTGCACACGCTTGGATGCTGAGTCAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCACGGGCCTTCGGCACCGGGCTGCACACGCTTGGATGCTGAGTCAC  300

seq1  TTCTGTAGAGCAAATTCCACAGTGGCACCCAGTGCCAAACACCTGCCCCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGTAGAGCAAATTCCACAGTGGCACCCAGTGCCAAACACCTGCCCCT  350

seq1  GGGCCCGCCTGCTCACGTGGAAGTGCTCGGGTAGGTACATGAAGGGACAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCCGCCTGCTCACGTGGAAGTGCTCGGGTAGGTACATGAAGGGACAG  400

seq1  GGGCTTGTCGGGTATGTTCATGTGCCTGGTAGACACAGGACAGATGGGTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTTGTCGGGTATGTTCATGTGCCTGGTAGACACAGGACAGATGGGTC  450

seq1  ACAGCCTGGTGATGAAATAGCCTAAGACCTATTGCCTATGGCACTTCAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCCTGGTGATGAAATAGCCTAAGACCTATTGCCTATGGCACTTCAAA  500

seq1  ATACTTCAGTGATCCACTATGGCATACCCTGCATTGGCCAATCCTTGCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTTCAGTGATCCACTATGGCATACCCTGCATTGGCCAATCCTTGCTG  550

seq1  GCTCAACATAGGGAGCTACTATGTCGATGATGTCTATATTCCAACACATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAACATAGGGAGCTACTATGTCGATGATGTCTATATTCCAACACATA  600

seq1  GTAGCTGAGAATATTAGCTTCTGTCCTGAGCACTCAGAGAAGCAGAGGCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCTGAGAATATTAGCTTCTGTCCTGAGCACTCAGAGAAGCAGAGGCT  650

seq1  CAGAGTGTGAGCAACACACCAATGACATATAGATGTCATGTGGATGTTCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGTGTGAGCAACACACCAATGACATATAGATGTCATGTGGATGTTCC  700

seq1  TGTGGCACGGATCACAGTTCCTATCCCCAGCCAGCTCCAAAATTCATACC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGCACGGATCACAGTTCCTATCCCCAGCCAGCTCCAAAATTCATACC  750

seq1  ATCTACTGCATGTTCCAATCGTAGCCAGATCTCTACTTGGGTCTTCTAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTACTGCATGTTCCAATCGTAGCCAGATCTCTACTTGGGTCTTCTAAG  800

seq1  AGTCTTCAGAGATAAGTAGGTAGAGAACCATGGGAGATTGTCCACAAGTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTTCAGAGATAAGTAGGTAGAGAACCATGGGAGATTGTCCACAAGTG  850

seq1  GCCAGGCCTTTGCCAGTAGGTTCATGGGAGGGGAAGGTAATATGTGGATA  900
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGGCCTTTGCCAGTAGGTTCATGGGAGGGGAAGGTAATATGTGGATA  900

seq1  TAGCAAGCTTATCTTAGGTTAGGTAATGACACTTCACCAGCAATCCTTGC  950
      |||||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||| ||||||||
seq2  TAGCAAGCTTATCTTATGTTA-GTAATGACAC-TCACCAGC-ATCCTTGC  947

seq1  CTATGGACACTGGAATCAATGTCTTTCTGGGGAGACAACTAGAATCTCAT  1000
      ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||
seq2  CTATGGACACTGGAATC-ATGTC-TTCTGGGGAGACAACTAG-ATCTCAT  994

seq1  TACTCCTTTCTGTTTCTACTCCAAGCAAATTGCTGCTGTGTCATAGCTTT  1050
      |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCCTTTCTG-TTCTACTCC-AGCAAATTGCTGCTGTGTCATAGCTTT  1042

seq1  AAGAGCTGCTTACAGTTTACAGACA  1075
      |  |||||||  |||||||||||||
seq2  AGAAGCTGCT--CAGTTTACAGACA  1065

seq1: chr17_15469792_15470823
seq2: B6Ng01-065O08.g_71_1086 (reverse)

seq1  TTTTTAAAAAATATTTTATTGTTTGGGATTCAAAACGAGAGTGTAAGAAA  50
      |||||   |||| ||||||||||  ||||   ||||||||| |||   ||
seq2  TTTTT---AAATTTTTTATTGTT--GGAT--CAAACGAGAG-GTA--GAA  40

seq1  TGTCTCTCTTTTCATGTTTGATTCTTCTTCTCCCACTCAAGGAAGCTTGG  100
      ||||||||| ||||||||||||   || |||||||||||||  |||||||
seq2  TGTCTCTCTATTCATGTTTGAT--CTCCTCTCCCACTCAAG--AGCTTGG  86

seq1  CTCATCCTTGTGTCCCCTTTGCTCTGAGCTGAGAGGGGAATAGCTAGCTT  150
      ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| 
seq2  CTCAT-CTTGTGTCCCCTTTGCTCTGAGCTGAGAGGGG-ATAGCTAGCTA  134

seq1  TGGGTATAAGCAAC-ACCCTTGCTAACATGCAGCCTCCTGAGACAACCCA  199
      |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TGGGTATAAGCAACAACCCTTGCTAACATGCAGCCT-CTGAGACAACCCA  183

seq1  ACTGCTCACCCTGGGCTGCAACACTCGCTCCTGGGCTGTCCCTCACTCTG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCTCACCCTGGGCTGCAACACTCGCTCCTGGGCTGTCCCTCACTCTG  233

seq1  TGGTGGTTTTATACATCGTGCTCCCGGCCAAAGGCCCTCAGCATTGAACT  299
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGGTATTATACATCGTGCTCCCGGCCAAAGGCCCTCAGCATTGAACT  283

seq1  TTCAAAATCCCTTTAATGTAACTGAACAAATTTGTTAGCAAAATCGTTTG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAAATCCCTTTAATGTAACTGAACAAATTTGTTAGCAAAATCGTTTG  333

seq1  AGTTCTTTGCTAAATGTTGCTTGTTGGTAAAGACACCCCTGTTTAAAATG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCTTTGCTAAATGTTGCTTGTTGGTAAAGACACCCCTGTTTAAAATG  383

seq1  ATCTCAAAAAGATTAGATATACATTCTGATAGAGGATTTTGAAATCTATA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCAAAAAGATTAGATATACATTCTGATAGAGGATTTTGAAATCTATA  433

seq1  AAGGATTTAATAAGAATTTTATCCAAAGTTAACTCCAATTAGCAAGATAT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGATTTAATAAGAATTTTATCCAAAGTTAACTCCAATTAGCAAGATAT  483

seq1  TTAAGGAAACATGTGCTGAGGATAATGTGTATTTTGAAGCAAATATGAGG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGGAAACATGTGCTGAGGATAATGTGTATTTTGAAGCAAATATGAGG  533

seq1  TTACAAAAAGCAGAAGCAACAGCCATCAAAGCCATCAGTTTTTTTTTCCT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAAAAAGCAGAAGCAACAGCCATCAAAGCCATCAGTTTTTTTTTCCT  583

seq1  TTCACTTACACATCTTTTCTATTCTGTTTAAAAAAAAAAAACAACAACTG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACTTACACATCTTTTCTATTCTGTTTAAAAAAAAAAAACAACAACTG  633

seq1  CCAATTAGATGGATTTAAAATTCAACCTAGGCGTGATTTTATTCAAAGGA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATTAGATGGATTTAAAATTCAACCTAGGCGTGATTTTATTCAAAGGA  683

seq1  AACCATTTTAGCTTGTGTGAGGGTCTGAATACGGAGACTCCCTGCTGGGC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCATTTTAGCTTGTGTGAGGGTCTGAATACGGAGACTCCCTGCTGGGC  733

seq1  ACTGATCAGCTATTGATTAGGGGGGGGGGTTGCCAAACTGAATCATCATT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGATCAGCTATTGATTAGGGGGGGGGGTTGCCAAACTGAATCATCATT  783

seq1  GCCAAATAATAGGGCCTTCAGCTCAGAGGGCTGGGCCTGAGCACATTTGC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAATAATAGGGCCTTCAGCTCAGAGGGCTGGGCCTGAGCACATTTGC  833

seq1  TATAGGAGAGGCAAAGCCAGTCTTTTGTGGAGAACCAAAGGCCCTGGTCT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGGAGAGGCAAAGCCAGTCTTTTGTGGAGAACCAAAGGCCCTGGTCT  883

seq1  CTCCAGAGGGAAAGAAATGTTAATTGAAAAATTCCTTACATAGGTGAAGG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAGAGGGAAAGAAATGTTAATTGAAAAATTCCTTACATAGGTGAAGG  933

seq1  CTCTGAAGTCTGCTCAACATAAAAGGTATGAAATCTCCATCGGGCTGTAA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGAAGTCTGCTCAACATAAAAGGTATGAAATCTCCATCGGGCTGTAA  983

seq1  AGAAAGGGCCCTGAAGTTTAAGTGGGAGAATTC  1032
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGGGCCCTGAAGTTTAAGTGGGAGAATTC  1016