BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-069B19
Chromosome17 (Build37)
Map Location 11,609,185 - 11,746,861
singlet/doubletdoublet
Overlap genePark2
Upstream genePacrg, LOC100041113
Downstream geneAgpat4, Tdgf1-ps2, Map3k4, 4732491K20Rik, LOC625753, Plg, Slc22a3, LOC100041192
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-069B19.bB6Ng01-069B19.g
ACCDH887514DH887515
length1,0651,100
definitionDH887514|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-069B19, 5' end.DH887515|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-069B19, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(11,745,791 - 11,746,861)(11,609,185 - 11,610,308)
sequence
gaattcaggaaaacaatggcatgtagttcttaaaagcatgtagtccccaa
acaagctggctggaaacaccttctggagttaagcccatctttgtgacagt
tatgaggcatcccatgagaggacacacactctcccctaagtgatgctaat
atcacactgagggaaacactgaagacattaaaagactacattgtatctct
gtgcatttatgaaatatttacaaagggctctgaccttgagacaaatgaga
tccaaccaaaggtgtgcggtgtttaccagccagagctgggattcacagaa
acacttatcttttaatgtatatttttccatttaccagtatggcacatgac
gccacctttatcgacattaattcttcgctggatgccttgcccttccacat
caacccattggaaatattaccgggtacttttcaatcagttcagagctgcc
gaatgctcacctaatgcctactctccataaattctctaagccatctatat
ttttcccacttatctatggatgtttctggagggctggctgctttccagac
attggcctctgagtgtgttatagaatagagtgaagtaggtaatgaatata
ttaaaatacagataaatggaatatttaagtgaattcggggactgtagaac
aaatttaaagctcaaattctcaagaaagcatctctggaaatgacagtagg
taaacaggaccatccaaaggagagatgggactttaatttattgaaatggc
agtgataggaacctatgaaggggaagcaggaccaggaagccagactttgg
ttctctgagcacacggatgagacccaagcccagacacgaggttcaccgtc
acaatgtaacgaagaatcacacacagcagattaataaaagtcaaagcagc
tcagagtggggacacatgtggtccccctgctgtcagaacaagccctggca
ggagcttaacatgctaaagggatgtagcagagccacccaggtatcgagga
gagagcatgtgatacactggctgaagaacccaatcactatctgtcagaga
gtacagaggcaaatg
gaattccctaggctaaggttgactttagccaacatatattcctcacagaa
acatcagaaacatgaaagagagctacccccaccccaccccacccccaccc
cattcttcaaacagctccagggaacatgtaggagacgtgtgtgtggtgga
cactgtgaacatcgtgtgtcagagtcagaagtccctgagtactcgctttg
tctctctggatagtcacttggccagaagttaatttaacagcaattaaatt
attttaattcctaagaagacaatttggtttgtggaggacagcaatgtgtg
gctatttaacactatattactacacagtagaatagcattatataaagaaa
tatatagcttttgatcggaaagaaaattattatttctttttggtacccaa
accttcaagttactattaaaatgctacacatgactctaataatacagatt
ttattgaagatccttttgtcataaattaatgtaaggaaatattagttcat
attagttcagtgttataaaggtagagaagcacttttcataggctttgttt
tagtctcagaaatattttttaaaaatccttgtgatataccaagagctaat
ataagttcctattttgcagttaggggaacttgatcactttagaatttaaa
tgatttgcacactgtgtgcaaagtcatgagtcttgaacttagatactttt
ttcttttctaaatttggtatccttcctattgcagtctctcttaggaatca
tctgggtcactaatttgtccctgacacaggagatggtagccactattctg
cacctttatttgagggcagacacctttgttctgtctacttggacagctgg
ggcaagggagttgcagtgagatgcttttgccaggaaacttcatgcagtgt
agccacggtgacaatctagacattgggattatgctctcacaatagagaat
gagcagcacacggggtagaagcatgaggtgagtttccagtaggagacttt
gatatcacttttctgccctatagcatggcatgtcatcacactccagccag
tggcagtcaaggactgccgatggggatgatccgcagactggcatgttact

quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_11745791_11746861
seq2: B6Ng01-069B19.b_45_1091 (reverse)

seq1  CTGACAGATAGTTGATTTGGGTTTCCTCTCAGCCCAGTGTATTCACCATG  50
      ||||||||||| ||| |||||||  || |||| |||||||| ||| ||||
seq2  CTGACAGATAG-TGA-TTGGGTT--CT-TCAG-CCAGTGTA-TCA-CATG  42

seq1  CCTCTCTCCCTCGATTACCTGGGTGGCCTCCTTGCTACCATTCCCTTTAG  100
       |||||| |||||| ||||||||||| |||  ||||||   |||||||||
seq2  -CTCTCT-CCTCGA-TACCTGGGTGG-CTC--TGCTAC--ATCCCTTTAG  84

seq1  CATTGTTAAGGCTCCTGCCCAGGGCCTTGTTCTTGACAAGCAGGGGGACC  150
      || |||||| ||||||| |||||| ||||||| |||| ||||||||||||
seq2  CA-TGTTAA-GCTCCTG-CCAGGG-CTTGTTC-TGAC-AGCAGGGGGACC  128

seq1  ACATGTGTCCCCACCTCTGAGCTGCTTTTGACTTTTATTAATCTGCTGTG  200
      ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGTGTCCCCA-CTCTGAGCTGC-TTTGACTTTTATTAATCTGCTGTG  176

seq1  TGTGATTCTTCGTTACATTGTGACGGTGAGCCTCGTGTCTGGGCTTGGGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TGTGATTCTTCGTTACATTGTGACGGTGAACCTCGTGTCTGGGCTTGGGT  226

seq1  CTCATCCGTGTGCTCAGAGAACCAAAGTCTGGCTTCCTGGTCCTGCTTCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATCCGTGTGCTCAGAGAACCAAAGTCTGGCTTCCTGGTCCTGCTTCC  276

seq1  CCTTCATAGGTTCCTATCACTGCCATTTCAATAAATTAAAGTCCCATCTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCATAGGTTCCTATCACTGCCATTTCAATAAATTAAAGTCCCATCTC  326

seq1  TCCTTTGGATGGTCCTGTTTACCTACTGTCATTTCCAGAGATGCTTTCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTGGATGGTCCTGTTTACCTACTGTCATTTCCAGAGATGCTTTCTT  376

seq1  GAGAATTTGAGCTTTAAATTTGTTCTACAGTCCCCGAATTCACTTAAATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAATTTGAGCTTTAAATTTGTTCTACAGTCCCCGAATTCACTTAAATA  426

seq1  TTCCATTTATCTGTATTTTAATATATTCATTACCTACTTCACTCTATTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCATTTATCTGTATTTTAATATATTCATTACCTACTTCACTCTATTCT  476

seq1  ATAACACACTCAGAGGCCAATGTCTGGAAAGCAGCCAGCCCTCCAGAAAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACACACTCAGAGGCCAATGTCTGGAAAGCAGCCAGCCCTCCAGAAAC  526

seq1  ATCCATAGATAAGTGGGAAAAATATAGATGGCTTAGAGAATTTATGGAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCATAGATAAGTGGGAAAAATATAGATGGCTTAGAGAATTTATGGAGA  576

seq1  GTAGGCATTAGGTGAGCATTCGGCAGCTCTGAACTGATTGAAAAGTACCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGCATTAGGTGAGCATTCGGCAGCTCTGAACTGATTGAAAAGTACCC  626

seq1  GGTAATATTTCCAATGGGTTGATGTGGAAGGGCAAGGCATCCAGCGAAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAATATTTCCAATGGGTTGATGTGGAAGGGCAAGGCATCCAGCGAAGA  676

seq1  ATTAATGTCGATAAAGGTGGCGTCATGTGCCATACTGGTAAATGGAAAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAATGTCGATAAAGGTGGCGTCATGTGCCATACTGGTAAATGGAAAAA  726

seq1  TATACATTAAAAGATAAGTGTTTCTGTGAATCCCAGCTCTGGCTGGTAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACATTAAAAGATAAGTGTTTCTGTGAATCCCAGCTCTGGCTGGTAAA  776

seq1  CACCGCACACCTTTGGTTGGATCTCATTTGTCTCAAGGTCAGAGCCCTTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCGCACACCTTTGGTTGGATCTCATTTGTCTCAAGGTCAGAGCCCTTT  826

seq1  GTAAATATTTCATAAATGCACAGAGATACAATGTAGTCTTTTAATGTCTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAATATTTCATAAATGCACAGAGATACAATGTAGTCTTTTAATGTCTT  876

seq1  CAGTGTTTCCCTCAGTGTGATATTAGCATCACTTAGGGGAGAGTGTGTGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGTTTCCCTCAGTGTGATATTAGCATCACTTAGGGGAGAGTGTGTGT  926

seq1  CCTCTCATGGGATGCCTCATAACTGTCACAAAGATGGGCTTAACTCCAGA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTCATGGGATGCCTCATAACTGTCACAAAGATGGGCTTAACTCCAGA  976

seq1  AGGTGTTTCCAGCCAGCTTGTTTGGGGACTACATGCTTTTAAGAACTACA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGTTTCCAGCCAGCTTGTTTGGGGACTACATGCTTTTAAGAACTACA  1026

seq1  TGCCATTGTTTTCCTGAATTC  1071
      |||||||||||||||||||||
seq2  TGCCATTGTTTTCCTGAATTC  1047

seq1: chr17_11609185_11610308
seq2: B6Ng01-069B19.g_69_1168

seq1  GAATTCCCTAGGCTAAGGTTGACTTTAGCCAACATATATTCCTCACAGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCTAGGCTAAGGTTGACTTTAGCCAACATATATTCCTCACAGAA  50

seq1  ACATCAGAAACATGAAAGAGAGCTACCCCCACCCCACCCCACCCCCACCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCAGAAACATGAAAGAGAGCTACCCCCACCCCACCCCACCCCCACCC  100

seq1  CATTCTTCAAACAGCTCCAGGGAACATGTAGGAGACGTGTGTGTGGTGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCTTCAAACAGCTCCAGGGAACATGTAGGAGACGTGTGTGTGGTGGA  150

seq1  CACTGTGAACATCGTGTGTCAGAGTCAGAAGTCCCTGAGTACTCGCTTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGTGAACATCGTGTGTCAGAGTCAGAAGTCCCTGAGTACTCGCTTTG  200

seq1  TCTCTCTGGATAGTCACTTGGCCAGAAGTTAATTTAACAGCAATTAAATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTGGATAGTCACTTGGCCAGAAGTTAATTTAACAGCAATTAAATT  250

seq1  ATTTTAATTCCTAAGAAGACAATTTGGTTTGTGGAGGACAGCAATGTGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTAATTCCTAAGAAGACAATTTGGTTTGTGGAGGACAGCAATGTGTG  300

seq1  GCTATTTAACACTATATTACTACACAGTAGAATAGCATTATATAAAGAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATTTAACACTATATTACTACACAGTAGAATAGCATTATATAAAGAAA  350

seq1  TATATAGCTTTTGATCGGAAAGAAAATTATTATTTCTTTTTGGTACCCAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATAGCTTTTGATCGGAAAGAAAATTATTATTTCTTTTTGGTACCCAA  400

seq1  ACCTTCAAGTTACTATTAAAATGCTACACATGACTCTAATAATACAGATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTCAAGTTACTATTAAAATGCTACACATGACTCTAATAATACAGATT  450

seq1  TTATTGAAGATCCTTTTGTCATAAATTAATGTAAGGAAATATTAGTTCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTGAAGATCCTTTTGTCATAAATTAATGTAAGGAAATATTAGTTCAT  500

seq1  ATTAGTTCAGTGTTATAAAGGTAGAGAAGCACTTTTCATAGGCTTTGTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGTTCAGTGTTATAAAGGTAGAGAAGCACTTTTCATAGGCTTTGTTT  550

seq1  TAGTCTCAGAAATATTTTTTAAAAATCCTTGTGATATACCAAGAGCTAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCTCAGAAATATTTTTTAAAAATCCTTGTGATATACCAAGAGCTAAT  600

seq1  ATAAGTTCCTATTTTGCAGTTAGGGGAACTTGATCACTTTAGAATTTAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGTTCCTATTTTGCAGTTAGGGGAACTTGATCACTTTAGAATTTAAA  650

seq1  TGATTTGCACACTGTGTGCAAAGTCATGAGTCTTGAACTTAGATACTTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTTGCACACTGTGTGCAAAGTCATGAGTCTTGAACTTAGATACTTTT  700

seq1  TTCTTTTCTAAATTTGGTATCCTTCCTATTGCAGTCTCTCTTAGGAATCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTTCTAAATTTGGTATCCTTCCTATTGCAGTCTCTCTTAGGAATCA  750

seq1  TCTGGGTCACTAATTTGTCCCTGACACAGGAGATGGTAGCCACTATTCTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGGTCACTAATTTGTCCCTGACACAGGAGATGGTAGCCACTATTCTG  800

seq1  CACCTTTATTTGAGGGCAGACACCTTTGTTCTGTCTACTTGGACAGCTGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTTTATTTGAGGGCAGACACCTTTGTTCTGTCTACTTGGACAGCTGG  850

seq1  GGCAAGGGAGTTGCAGTGAGATGCTTTTGCCAGGAAACTTCATGCAGTGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAGGGAGTTGCAGTGAGATGCTTTTGCCAGGAAACTTCATGCAGTGT  900

seq1  AGCCAACGGTGACAATCTAGACATTGGGATTTATGCTCTCACAATAGAGA  950
      |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  AGCC-ACGGTGACAATCTAGACATTGGGA-TTATGCTCTCACAATAGAGA  948

seq1  ATGAGCAAGCAACACGGGGTAGAAGGCATGAGGGTGAGTTTTCCAGTAAG  1000
      |||||| ||| ||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||| |
seq2  ATGAGC-AGC-ACACGGGGTAGAA-GCATGA-GGTGAG-TTTCCAGTAGG  993

seq1  AAGAACTTTGATATCACTTTTCTGCCCCTATAGCCATGGCAATGTCATTC  1050
      |   |||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||  
seq2  A--GACTTTGATATCACTTTTCTG-CCCTATAG-CATGGC-ATGTCAT--  1036

seq1  AACACTTCCCAGCACAGTGGCAAGTCAAAGGACTGCCCGAGTGGGGAATG  1100
       |||||  ||||| ||||||| |||| |||||||| |||| ||||| |||
seq2  CACACT--CCAGC-CAGTGGC-AGTC-AAGGACTG-CCGA-TGGGG-ATG  1078

seq1  ATCCAGCAAGACTGGCATGTTACT  1124
      |||| || ||||||||||||||||
seq2  ATCC-GC-AGACTGGCATGTTACT  1100