BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-069K04
Chromosome17 (Build37)
Map Location 71,877,175 - 72,001,640
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC668740, Spdya, LOC623451, Wdr43
Upstream geneDlgap1, Tgif1, LOC668724, LOC546695, LOC240156, Mylc2b, 2900073G15Rik, Myom1, Lpin2, Emilin2, LOC100043644, Smchd1, LOC100043879, Ndc80
Downstream gene4632412N22Rik, BC027072, Clip4, Alk
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-069K04.bB6Ng01-069K04.g
ACCDH887885DH887886
length1,0521,070
definitionDH887885|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-069K04, 5' end.DH887886|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-069K04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(71,877,175 - 71,878,239)(72,000,547 - 72,001,640)
sequence
gaattcaatgactttagtttgtatgtggggcagggtccacacccgagaga
gtcttgaatttgaggccagtttgatggacctggcatacaccagggcaacc
tagtgactctctgtctttaagaaacaaacactattctgcagtcagttgca
taagaaatttgactataaatgctattagacgagcctttaatttatttttt
attcggttttctcttaaggtttccactacattataataaagctatatcca
gaaatgcaaaacatatcttaagtgaagataaaaatgttctgtaaaaccta
gttactggagtgtggctcaaacagattataaatcttgaagttttgaccta
gcaaactagttaagttgtgaacttctgattactattcatgctgcacttgg
tttggctagagcactcttttaatcttactgccctacaactgataaggatt
aggtagggcagggatctgagaaatggagtgacttcctgtggcaattgtag
tttgaaagcacaacagctgtctttcctttcattcctgtggccctctctaa
atagatttatatcatttaaaaaagggtaaattcttgtaggtaattactat
cctttgacttgacaagacactcaccttttaaggatttagtgacttgaata
cttggaccatgtggactcgtgccttgactcaaggaccaaaaaaggaccat
agagggcacccgaagaaaggaggatcaaactaagaagcatctttggctaa
gttggctgaaaaatttgaatgaccaattctgaaattaaaagacatttaaa
gtatcgcatttttccttaaaggtggtatgtacacactcaccttgtatgtt
taaatataaaacctacttgtgtgtacaaagtacatcatcgatatacagga
cagtaagaacttaattacaacattggtatcaaacccagacccgcacgctg
agctatactcccagccctgtgtgatctttttttttttttagattatttat
tatacatatagtacactgtagctgtctcagaaccaccagagtgggtatca
ga
gaattcaacaggaatcctgtagatgggaaaggatgctatactttgccctt
taaattagcctttcctggccttatttctgacatttgaacacaaaaccatt
actgcttgttccccctgttccagcattctgtcagcactcatcccagactt
acaatagaatgtgtgcctgtttggaagcactgtaggaaaggagcctaagg
tacaataaaataaaggagcctaaggtacaataagcaggcaggacattaat
gagactatacagggagaggcaagctgagctgcagtgatggctcagaggct
agagccacacaagtagatcctcagaaccggtatacttgtcaggtgggagg
gacagcctgcatacaattccagcctcaactggcaagtcttggtttgaatg
agaccttccctcaaaaattaaggtggaagagtaacaaagattcctgacac
cacacacatgtaatgtgcacacatatagtcccacatattcgaatgcatac
tatagatatacatgtaaaggagggggggaacctataacttaattatggaa
tgtttcccttaagccatatattaaaattttcgaggaaaatgtaccataaa
tgctaagcaaataaaattaggattttttttagtttaaaaatctaactgac
agccatgtgtggcagctcacgcttgtaaccgcagtacaaagacaggtctg
gccacacagcgagttccaggccggcccaaactacagagtgagaccctgcc
tcaaacacaaaacagaaccctcaggatggggctgcagagaggactcagca
gttggagggctcggatttggttccccacacacggtggcacacagtcattg
ctaacttcagacccaggatagccaatgctctgctcacaggcatctggcat
atatgcagacaaatactcatacacagaaataaataaagaaaacatcatac
agccagtgaaatggcacagtaagtgttatgtaagcctgatgactgatctg
atcacaacctacatagtagagaagctctgctgtctcgacctcacactcat
accatggcaaccctcacaca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_71877175_71878239
seq2: B6Ng01-069K04.b_46_1097

seq1  GAATTCAATGACTTTAGTTTGTATGTGGGGCAGGGTCCACACCCGAGAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATGACTTTAGTTTGTATGTGGGGCAGGGTCCACACCCGAGAGA  50

seq1  GTCTTGAATTTGAGGCCAGTTTGATGGACCTGGCATACACCAGGGCAACC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTGAATTTGAGGCCAGTTTGATGGACCTGGCATACACCAGGGCAACC  100

seq1  TAGTGACTCTCTGTCTTTAAGAAACAAACACTATTCTGCAGTCAGTTGCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGACTCTCTGTCTTTAAGAAACAAACACTATTCTGCAGTCAGTTGCA  150

seq1  TAAGAAATTTGACTATAAATGCTATTAGACGAGCCTTTAATTTATTTTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAAATTTGACTATAAATGCTATTAGACGAGCCTTTAATTTATTTTTT  200

seq1  ATTCGGTTTTCTCTTAAGGTTTCCACTACATTATAATAAAGCTATATCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCGGTTTTCTCTTAAGGTTTCCACTACATTATAATAAAGCTATATCCA  250

seq1  GAAATGCAAAACATATCTTAAGTGAAGATAAAAATGTTCTGTAAAACCTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATGCAAAACATATCTTAAGTGAAGATAAAAATGTTCTGTAAAACCTA  300

seq1  GTTACTGGAGTGTGGCTCAAACAGATTATAAATCTTGAAGTTTTGACCTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACTGGAGTGTGGCTCAAACAGATTATAAATCTTGAAGTTTTGACCTA  350

seq1  GCAAACTAGTTAAGTTGTGAACTTCTGATTACTATTCATGCTGCACTTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAACTAGTTAAGTTGTGAACTTCTGATTACTATTCATGCTGCACTTGG  400

seq1  TTTGGCTAGAGCACTCTTTTAATCTTACTGCCCTACAACTGATAAGGATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGCTAGAGCACTCTTTTAATCTTACTGCCCTACAACTGATAAGGATT  450

seq1  AGGTAGGGCAGGGATCTGAGAAATGGAGTGACTTCCTGTGGCAATTGTAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTAGGGCAGGGATCTGAGAAATGGAGTGACTTCCTGTGGCAATTGTAG  500

seq1  TTTGAAAGCACAACAGCTGTCTTTCCTTTCATTCCTGTGGCCCTCTCTAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAAAGCACAACAGCTGTCTTTCCTTTCATTCCTGTGGCCCTCTCTAA  550

seq1  ATAGATTTATATCATTTAAAAAAGGGTAAATTCTTGTAGGTAATTACTAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGATTTATATCATTTAAAAAAGGGTAAATTCTTGTAGGTAATTACTAT  600

seq1  CCTTTGACTTGACAAGACACTCACCTTTTAAGGATTTAGTGACTTGAATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTGACTTGACAAGACACTCACCTTTTAAGGATTTAGTGACTTGAATA  650

seq1  CTTGGACCATGTGGACTCGTGCCTTGACTCAAGGACCAAAAAAGGACCAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGACCATGTGGACTCGTGCCTTGACTCAAGGACCAAAAAAGGACCAT  700

seq1  AGAGGGCACCCGAAGAAAGGAGGATCAAACTAAGAAGCATCTTTGGCTAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGGCACCCGAAGAAAGGAGGATCAAACTAAGAAGCATCTTTGGCTAA  750

seq1  GTTGGCTGAAAAATTTGAATGACCAATTCTGAAATTAAAAGACATTTAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGCTGAAAAATTTGAATGACCAATTCTGAAATTAAAAGACATTTAAA  800

seq1  GTATCGCATTTTTCCTTAAAGGTGGTATGTACACACTCACCTTGTATGTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCGCATTTTTCCTTAAAGGTGGTATGTACACACTCACCTTGTATGTT  850

seq1  TAAATATAAAACCTACTTGTGTGTACAAAGTACATCATCGATATACAGGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATATAAAACCTACTTGTGTGTACAAAGTACATCATCGATATACAGGA  900

seq1  CAGTAAGAACTTAATTACAACATTGGTATCAAACCCAGGACCCGCACGCT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  CAGTAAGAACTTAATTACAACATTGGTATCAAACCCA-GACCCGCACGCT  949

seq1  GAGCTATACTCCCAGCCCTGGTTGTGATTCTTTTTTTTTTTTTTTAAGAT  1000
      ||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||   ||| 
seq2  GAGCTATACTCCCAGCCCTG--TGTGA-TCTTTTTTTTTTTTT---AGA-  992

seq1  TTATTTATTTATTACATATAAGTACACTGTAGCTGTCCTCAGACACACCA  1050
      |||||||||   ||||||| |||||||||||||||| ||||||  |||||
seq2  TTATTTATT--ATACATAT-AGTACACTGTAGCTGT-CTCAGAACCACCA  1038

seq1  GAAGTGGGTATCAGA  1065
      | |||||||||||||
seq2  G-AGTGGGTATCAGA  1052

seq1: chr17_72000547_72001640
seq2: B6Ng01-069K04.g_67_1136 (reverse)

seq1  TGTGTTGAGGGTTGCCCATGGTATGAGTTGTGGAGGTCGGAGGACAGCAG  50
      |||| ||||||||| |||||||||||| ||| |||||||   ||||||||
seq2  TGTG-TGAGGGTTG-CCATGGTATGAG-TGT-GAGGTCG--AGACAGCAG  44

seq1  AGCTTTCTCTACTATGTAGGTTTTGGTGATCAGATTCAGGTCATCAGGCT  100
      ||| ||||||||||||||||||   ||||||||| ||| |||||||||||
seq2  AGC-TTCTCTACTATGTAGGTT---GTGATCAGA-TCA-GTCATCAGGCT  88

seq1  TACCAATAAACCACTTTACTGTGCCATTTCACTGGCCTGTATTGATGTTT  150
      |||  ||||  ||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||
seq2  TAC--ATAA--CAC-TTACTGTGCCATTTCACTGG-CTGTA-TGATG-TT  130

seq1  TTCTTTATTTTATTTTCTGTGTATGAGTATTTTGTCTGCATATATGCCAG  200
      ||||||||||   |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTATTT--ATTTCTGTGTATGAGTA-TTTGTCTGCATATATGCCAG  177

seq1  ATGCCTGTGGAGCAGAGCATTGGCTATCCTGGGTCTGGAGTTAGCAATGA  250
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  ATGCCTGT-GAGCAGAGCATTGGCTATCCTGGGTCTGAAGTTAGCAATGA  226

seq1  CTGTGTGCCACCGTGTGTGGGGAACCAAATCCGAGCCCTCCAACTGCTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTGCCACCGTGTGTGGGGAACCAAATCCGAGCCCTCCAACTGCTGA  276

seq1  GTCCTCTCTGCAGCCCCATCCTGAGGGTTCTGTTTTGTGTTTGAGGCAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTCTCTGCAGCCCCATCCTGAGGGTTCTGTTTTGTGTTTGAGGCAGG  326

seq1  GTCTCACTCTGTAGTTTGGGCCGGCCTGGAACTCGCTGTGTGGCCAGACC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCACTCTGTAGTTTGGGCCGGCCTGGAACTCGCTGTGTGGCCAGACC  376

seq1  TGTCTTTGTACTGCGGTTACAAGCGTGAGCTGCCACACATGGCTGTCAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTTTGTACTGCGGTTACAAGCGTGAGCTGCCACACATGGCTGTCAGT  426

seq1  TAGATTTTTAAACTAAAAAAAATCCTAATTTTATTTGCTTAGCATTTATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATTTTTAAACTAAAAAAAATCCTAATTTTATTTGCTTAGCATTTATG  476

seq1  GTACATTTTCCTCGAAAATTTTAATATATGGCTTAAGGGAAACATTCCAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACATTTTCCTCGAAAATTTTAATATATGGCTTAAGGGAAACATTCCAT  526

seq1  AATTAAGTTATAGGTTCCCCCCCTCCTTTACATGTATATCTATAGTATGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAAGTTATAGGTTCCCCCCCTCCTTTACATGTATATCTATAGTATGC  576

seq1  ATTCGAATATGTGGGACTATATGTGTGCACATTACATGTGTGTGGTGTCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCGAATATGTGGGACTATATGTGTGCACATTACATGTGTGTGGTGTCA  626

seq1  GGAATCTTTGTTACTCTTCCACCTTAATTTTTGAGGGAAGGTCTCATTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATCTTTGTTACTCTTCCACCTTAATTTTTGAGGGAAGGTCTCATTCA  676

seq1  AACCAAGACTTGCCAGTTGAGGCTGGAATTGTATGCAGGCTGTCCCTCCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAAGACTTGCCAGTTGAGGCTGGAATTGTATGCAGGCTGTCCCTCCC  726

seq1  ACCTGACAAGTATACCGGTTCTGAGGATCTACTTGTGTGGCTCTAGCCTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGACAAGTATACCGGTTCTGAGGATCTACTTGTGTGGCTCTAGCCTC  776

seq1  TGAGCCATCACTGCAGCTCAGCTTGCCTCTCCCTGTATAGTCTCATTAAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCCATCACTGCAGCTCAGCTTGCCTCTCCCTGTATAGTCTCATTAAT  826

seq1  GTCCTGCCTGCTTATTGTACCTTAGGCTCCTTTATTTTATTGTACCTTAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTGCCTGCTTATTGTACCTTAGGCTCCTTTATTTTATTGTACCTTAG  876

seq1  GCTCCTTTCCTACAGTGCTTCCAAACAGGCACACATTCTATTGTAAGTCT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCTTTCCTACAGTGCTTCCAAACAGGCACACATTCTATTGTAAGTCT  926

seq1  GGGATGAGTGCTGACAGAATGCTGGAACAGGGGGAACAAGCAGTAATGGT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATGAGTGCTGACAGAATGCTGGAACAGGGGGAACAAGCAGTAATGGT  976

seq1  TTTGTGTTCAAATGTCAGAAATAAGGCCAGGAAAGGCTAATTTAAAGGGC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGTTCAAATGTCAGAAATAAGGCCAGGAAAGGCTAATTTAAAGGGC  1026

seq1  AAAGTATAGCATCCTTTCCCATCTACAGGATTCCTGTTGAATTC  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTATAGCATCCTTTCCCATCTACAGGATTCCTGTTGAATTC  1070