BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-070O18
Chromosome17 (Build37)
Map Location 48,627,109 - 48,740,756
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneTbn, Ccnd3, Bysl, Trfp, LOC668463, Usp49, 1110002E23Rik, Frs3, Pgc, LOC100043405, Tcfeb, Mdfi, Foxp4, LOC383250, 1700122O11Rik, 1700067P10Rik, 9830107B12Rik, A530064D06Rik, LOC100043419, Trem1, Trem3, Treml4, Treml2, B430306N03Rik, Trem2, Treml1, Nfya, AI314976, Apobec2, Bzrpl1, Unc5cl
Downstream geneLrfn2, 1700008K24Rik, LOC672972, Mocs1, Daam2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-070O18.bB6Ng01-070O18.g
ACCDH888770DH888771
length1,1561,010
definitionDH888770|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-070O18, 5' end.DH888771|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-070O18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(48,627,109 - 48,628,285)(48,739,738 - 48,740,756)
sequence
gaattcagctcatgtcctctgcaaagggcaatatgggttcttaactattc
aaccgtctctctagaccccccgtgctagttttagaaagggagcaagtgat
ggagaaggtgttcaaataattggtatggtaacaacttccccatcattatt
ccctaaacaacacacgtaagaagaattaacatagcgtttccacaacatta
ggcattataagtcatctatagatggtttcaaatatacaggggaatctgca
tatatgtaaccaccacacaattttatacagatgttgagaacatttatgta
actgagtctgcaggagtctgggaaccaattaccccaggcagagagagaga
gatttatactcattttcttagtgtgtatctttatgcataattctatggta
ttttccacatgtttagatttgtatactacagaaactagtttgcttcctaa
cagtaactaaggacaggccaagtctatcctggactgggaaaacatatggc
gaccaggttggcttcttcacggggagtcatcgtaatgtggacctgggtga
ctttctctttctgagtctttcctggaagcagattggaagtggtggggatg
gagagatggctcagtggttgaagagtgtttactgacctatcagaggacca
gaactcattgtgatccaagggatccgatgactccttctggtgtctgtggg
taccagcatgcatacccccctcccccagcacacacataaaaatcatgggg
gtgataaggtagttccccaccctgtgcttccaggaggatggaggagctca
ccgtccacagagcaagcatacccactctcaccagactcctggggtccagg
tcctttaactttatgaggaagagttgttgactttgaacatttatgctcat
agaaagaacggatggagggcataactgagcctgtagatggtgcatggagc
atgcctgctggctcacccccactccaccccaccctaccttacccccagag
atgtcagcctggctaacatcccaagtccctgcctctgggacaaccatctg
tctcacatgtgacaggtgctcatcctttcccttcatctcaggaatcttgc
aatctctcctcgccctgcatctgtcttgatcttccctctggacccttgct
ctgatt
gaattcactcacatgtgcatagctatttactggtataagtgctgtgattt
gtgcctgctggctctggactctgagctcctaagagatgctaatacccttc
ccatggtggtatatcataactggcccaaggcagtttgtagtgctatcaca
tccatttgcctagggttggtcgaggattagacttagggtcatgtgggaag
tctgctgagcactccttggaaagctacccttcaccttccgaagggcaagt
gaaggttcctctgtgccttgctcctgtctgtggtctttcgatgatgctgt
taggagttggggtatccatcttgccatgtcaggggaggcagagaccagca
gaggacaacaacagttgggatcctggtaacaatgctgagctgttgacctt
caacctttggacacggtgctagggcttcattttctcagagagccaatgaa
cctctaggtggttaagccactagcaagtgaatgttgtgtttttcataggc
aaacccagacacactaatgctgagaacagtgtccactcatggcaggccca
gcaggcagggatgctaaatgaacagcgctctcctcctcctgagaaagtgt
gggaaagcagtccatgcaaagccctgtgcctatagtaagggagactggat
tgcctggtccttggcttctttctgggggactagatcagttggctactagg
atgagggtaggggtggagggaaagttctacctcttccgtgtctaagaaga
acaaggtgccaggagtccggtgagcaaagccattcttggagggtagaacc
tgagagtccattggagtcactcattgctaacagaacctgttggggaagat
ttagtgtgagacacaaagggcatctctctctggtagaaataacccaccct
gggcctggactctaagccagagagttacaaagatctcttctctctggaca
ttggcttcattagaaaatggtctaggactttttccaccatgaagcctggg
ggatgggggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_48627109_48628285
seq2: B6Ng01-070O18.b_46_1201

seq1  GAATTCAGCTCATGTCCTCTGCAAAGGGCAATATGGGTTCTTAACTATTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGCTCATGTCCTCTGCAAAGGGCAATATGGGTTCTTAACTATTC  50

seq1  AACCGTCTCTCTAGACCCCCCGTGCTAGTTTTAGAAAGGGAGCAAGTGAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCGTCTCTCTAGACCCCCCGTGCTAGTTTTAGAAAGGGAGCAAGTGAT  100

seq1  GGAGAAGGTGTTCAAATAATTGGTATGGTAACAACTTCCCCATCATTATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAAGGTGTTCAAATAATTGGTATGGTAACAACTTCCCCATCATTATT  150

seq1  CCCTAAACAACACACGTAAGAAGAATTAACATAGCGTTTCCACAACATTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTAAACAACACACGTAAGAAGAATTAACATAGCGTTTCCACAACATTA  200

seq1  GGCATTATAAGTCATCTATAGATGGTTTCAAATATACAGGGGAATCTGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATTATAAGTCATCTATAGATGGTTTCAAATATACAGGGGAATCTGCA  250

seq1  TATATGTAACCACCACACAATTTTATACAGATGTTGAGAACATTTATGTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGTAACCACCACACAATTTTATACAGATGTTGAGAACATTTATGTA  300

seq1  ACTGAGTCTGCAGGAGTCTGGGAACCAATTACCCCAGGCAGAGAGAGAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAGTCTGCAGGAGTCTGGGAACCAATTACCCCAGGCAGAGAGAGAGA  350

seq1  GATTTATACTCATTTTCTTAGTGTGTATCTTTATGCATAATTCTATGGTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTATACTCATTTTCTTAGTGTGTATCTTTATGCATAATTCTATGGTA  400

seq1  TTTTCCACATGTTTAGATTTGTATACTACAGAAACTAGTTTGCTTCCTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCACATGTTTAGATTTGTATACTACAGAAACTAGTTTGCTTCCTAA  450

seq1  CAGTAACTAAGGACAGGCCAAGTCTATCCTGGACTGGGAAAACATATGGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAACTAAGGACAGGCCAAGTCTATCCTGGACTGGGAAAACATATGGC  500

seq1  GACCAGGTTGGCTTCTTCACGGGGAGTCATCGTAATGTGGACCTGGGTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAGGTTGGCTTCTTCACGGGGAGTCATCGTAATGTGGACCTGGGTGA  550

seq1  CTTTCTCTTTCTGAGTCTTTCCTGGAAGCAGATTGGAAGTGGTGGGGATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTCTTTCTGAGTCTTTCCTGGAAGCAGATTGGAAGTGGTGGGGATG  600

seq1  GAGAGATGGCTCAGTGGTTGAAGAGTGTTTACTGACCTATCAGAGGACCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGATGGCTCAGTGGTTGAAGAGTGTTTACTGACCTATCAGAGGACCA  650

seq1  GAACTCATTGTGATCCAAGGGATCCGATGACTCCTTCTGGTGTCTGTGGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTCATTGTGATCCAAGGGATCCGATGACTCCTTCTGGTGTCTGTGGG  700

seq1  TACCAGCATGCATACCCCCCTCCCCCAGCACACACATAAAAATCATGGGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCAGCATGCATACCCCCCTCCCCCAGCACACACATAAAAATCATGGGG  750

seq1  GTGATAAGGTAGTTCCCCACCCTGTGCTTCCAGGAGGATGGAGGAGCTCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATAAGGTAGTTCCCCACCCTGTGCTTCCAGGAGGATGGAGGAGCTCA  800

seq1  CCGTCCACAGAGCAAGCATACCCACTCTCACCAGACTCCTGGGGTCCAGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTCCACAGAGCAAGCATACCCACTCTCACCAGACTCCTGGGGTCCAGG  850

seq1  TCCTTTAACTTTATGAGGAAGAGTTGTTGACTTTGAAACAATTAAGGCTC  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||| | ||||
seq2  TCCTTTAACTTTATGAGGAAGAGTTGTTGACTTTGAA--CATTTATGCTC  898

seq1  ATAAGAAAGAAGGGATGGAGGGCATAACTGAGCCTGTAGATGGTGCATGG  950
      || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AT-AGAAAGAACGGATGGAGGGCATAACTGAGCCTGTAGATGGTGCATGG  947

seq1  AGCATGCCTGCTGGCTCACCCCCACTCCACCCCACCCTACCTAACCCCCC  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||
seq2  AGCATGCCTGCTGGCTCACCCCCACTCCACCCCACCCTACCTTA-CCCCC  996

seq1  AGAGATGTCAGCCTGGCTAACATCCCAAGTCCCTGCCTCTGGGACACACA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||
seq2  AGAGATGTCAGCCTGGCTAACATCCCAAGTCCCTGCCTCTGGGACAACCA  1046

seq1  TCTGTCTCAACCATGTGACAGGTGCCTCATCCTTTTCTCCTTCATCTCAG  1100
      |||||||||  ||||||||||||| ||||||||||   ||||||||||||
seq2  TCTGTCTCA--CATGTGACAGGTG-CTCATCCTTT--CCCTTCATCTCAG  1091

seq1  GGATCTTTGCCAAATCTCTCCTTCGCCCTGCATCCTGTCTTGTATCCTTT  1150
      | ||| ||||  ||||||||| ||||||||||| |||||||| |||   |
seq2  GAATC-TTGC--AATCTCTCC-TCGCCCTGCAT-CTGTCTTG-ATC---T  1132

seq1  TCCCTCTTGGACCCTTGCCTCCTGATT  1177
      |||||| |||||||||||   ||||||
seq2  TCCCTC-TGGACCCTTGC--TCTGATT  1156

seq1: chr17_48739738_48740756
seq2: B6Ng01-070O18.g_66_1075 (reverse)

seq1  CCCCCCACTCCCCCAGGCCTTCATGGTGAGAAAAGTCCTCTAGA-CACTT  49
      ||||||| ||||||||| ||||||||||  |||||||  ||||| || ||
seq2  CCCCCCA-TCCCCCAGG-CTTCATGGTGGAAAAAGTC--CTAGACCATTT  46

seq1  TCTAATTTGAAGCCAATGTCCAGAGAGAAGAGATCTTTGTAACTCTCTTG  99
      |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TCTAA--TGAAGCCAATGTCCAGAGAGAAGAGATCTTTGTAACTCTC-TG  93

seq1  GCTTAGAGTCCAGGCCCAGGGTGGGCTACTTTCTACCAGAGAGAGATGCC  149
      ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||
seq2  GCTTAGAGTCCAGGCCCAGGGTGGGTTA-TTTCTACCAGAGAGAGATGCC  142

seq1  CTTTTGTGTCTCACACTAAATCTTCCCCAACAGGTTCTGTTAGCAATGAG  199
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  C-TTTGTGTCTCACACTAAATCTTCCCCAACAGGTTCTGTTAGCAATGAG  191

seq1  TGACTCCAATGGACTCTCAGGTTCTACCCTCCAAGAATGGCTTTGCTCAC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTCCAATGGACTCTCAGGTTCTACCCTCCAAGAATGGCTTTGCTCAC  241

seq1  CTGGACTCCTGGCACCTTGTTCTTCTTAGACACGGAAGAGGTAGAACTTT  299
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  C-GGACTCCTGGCACCTTGTTCTTCTTAGACACGGAAGAGGTAGAACTTT  290

seq1  CCCTCCACCCCTACCCTCATCCTAGTAGCCAACTGATCTAGTCCCCCAGA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCCACCCCTACCCTCATCCTAGTAGCCAACTGATCTAGTCCCCCAGA  340

seq1  AAGAAGCCAAGGACCAGGCAATCCAGTCTCCCTTACTATAGGCACAGGGC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGCCAAGGACCAGGCAATCCAGTCTCCCTTACTATAGGCACAGGGC  390

seq1  TTTGCATGGACTGCTTTCCCACACTTTCTCAGGAGGAGGAGAGCGCTGTT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCATGGACTGCTTTCCCACACTTTCTCAGGAGGAGGAGAGCGCTGTT  440

seq1  CATTTAGCATCCCTGCCTGCTGGGCCTGCCATGAGTGGACACTGTTCTCA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTAGCATCCCTGCCTGCTGGGCCTGCCATGAGTGGACACTGTTCTCA  490

seq1  GCATTAGTGTGTCTGGGTTTGCCTATGAAAAACACAACATTCACTTGCTA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTAGTGTGTCTGGGTTTGCCTATGAAAAACACAACATTCACTTGCTA  540

seq1  GTGGCTTAACCACCTAGAGGTTCATTGGCTCTCTGAGAAAATGAAGCCCT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCTTAACCACCTAGAGGTTCATTGGCTCTCTGAGAAAATGAAGCCCT  590

seq1  AGCACCGTGTCCAAAGGTTGAAGGTCAACAGCTCAGCATTGTTACCAGGA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACCGTGTCCAAAGGTTGAAGGTCAACAGCTCAGCATTGTTACCAGGA  640

seq1  TCCCAACTGTTGTTGTCCTCTGCTGGTCTCTGCCTCCCCTGACATGGCAA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAACTGTTGTTGTCCTCTGCTGGTCTCTGCCTCCCCTGACATGGCAA  690

seq1  GATGGATACCCCAACTCCTAACAGCATCATCGAAAGACCACAGACAGGAG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGATACCCCAACTCCTAACAGCATCATCGAAAGACCACAGACAGGAG  740

seq1  CAAGGCACAGAGGAACCTTCACTTGCCCTTCGGAAGGTGAAGGGTAGCTT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGCACAGAGGAACCTTCACTTGCCCTTCGGAAGGTGAAGGGTAGCTT  790

seq1  TCCAAGGAGTGCTCAGCAGACTTCCCACATGACCCTAAGTCTAATCCTCG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAGGAGTGCTCAGCAGACTTCCCACATGACCCTAAGTCTAATCCTCG  840

seq1  ACCAACCCTAGGCAAATGGATGTGATAGCACTACAAACTGCCTTGGGCCA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAACCCTAGGCAAATGGATGTGATAGCACTACAAACTGCCTTGGGCCA  890

seq1  GTTATGATATACCACCATGGGAAGGGTATTAGCATCTCTTAGGAGCTCAG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATGATATACCACCATGGGAAGGGTATTAGCATCTCTTAGGAGCTCAG  940

seq1  AGTCCAGAGCCAGCAGGCACAAATCACAGCACTTATACCAGTAAATAGCT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCAGAGCCAGCAGGCACAAATCACAGCACTTATACCAGTAAATAGCT  990

seq1  ATGCACATGTGAGTGAATTC  1019
      ||||||||||||||||||||
seq2  ATGCACATGTGAGTGAATTC  1010