BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-080D05
Chromosome17 (Build37)
Map Location 85,423,879 - 85,607,021
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSlc3a1, Prepl, LOC100043901, 1700106N22Rik
Upstream geneZfp36l2, Thada, Plekhh2, Dync2li1, Abcg5, Abcg8, Lrpprc, LOC668848, 1110020A21Rik, Ppm1b
Downstream geneEG668850, LOC383282, LOC100043902, Six3, LOC100043717, Six2, LOC100043903, Srbd1, LOC545228, Prkce
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-080D05.bB6Ng01-080D05.g
ACCDH895404DH895405
length951905
definitionDH895404|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-080D05, 5' end.DH895405|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-080D05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(85,423,879 - 85,424,833)(85,606,119 - 85,607,021)
sequence
gaattctcaagatcagaagtacaaggaagtctggctagagaaagcagccg
cacatttggtgtctgtaccaaggttactgctgctgctttagggactttgg
agcaaactgtgagggtgccacctgcccatctcttttagggaaaaaaaaaa
ccattgaaaggtttcctggaggtttggatctctgggtaattcagttctga
agttactcagaaaagcaaactttggtgtggtggatttatttctgcacatt
taacctgcttggctttgtgctttctgacagcactggagtgtttacaccct
tagctggggttaagtgtgcccagattaaaaaataagagaattagagttgg
ttagaattagctgcttcagaatggaagaggtaactcaagccaccacccaa
aggctgacgagttggttacataaaataacttttgaaaaggaattcctttg
gcagcaggggggtgggggacactcatgattgactaaggctatcaaggctc
acacaaccgtaaagttgtgggtgccatgtaatgcctctttttgtatgcaa
tttgtcaaaaacttgagtctcaacaagatggatggcaggtaaagatgctt
gttcctaatcctgatggtcgttttggacccctgggacccacctggtagga
gagaaatgatttccacgggttgtcctctgacctccagtacactctgggat
gcacatgtacgcaagaattgcccgacacatagtgcaattcaaacactgct
ttactcaactggaacacacctttagtccccgcacttgggaggcagaggct
gacagatctatgggctcaaggccagcctggtcaacagagtgagttcctga
ataggcaaggctcccaacagaaacctgtctactaacacacacaccaccac
cacttgctcttcaagtgttcaaggttgtatcccggaaccacatgaaggct
t
gaattcaaagtcatttcccttaggtatgaagaagaccaccagttattagc
tcttcccagaaggcctgcttatctcatgcacagaactgagaagggtggct
attcatctcagcaacagctaatctttactgagagcctgcagggcctgtgg
cagaagtcgggaagaagggtggtgccagcagctgcttcggtccaaactgg
aagactgctgttcctctataaaatatacatgaaacccagccaacgttttg
tacagagccacacttgctcgcacataaaccaagtcggggagctgtgcttc
tctgagccagtggggagcgcttacctctcaccttacccactagactacag
ctgttcttctctgcaagtatcgacaatgccgcacgacggtatctgaaaac
tatggctgctgaacgtgctgtattgttacaggacagtaagggatcaattc
gctctaaaagcctcgatttagtctacaggaaaagtgtaataatgctggtt
aaattaatagttaaatctttagctcagtcgatacaagggacagcataaaa
ttgtactgaggactctagcaacagaaatctggaaaacctcaaatgttttg
gcattaaaaacaattagagcgcagtgatggtcccaagtggtcacagccgt
cctctggacgcaggcgcagaaaagttggctgaatttaaagcgcggaggga
ttctcagttgttgactttgagggacaagacattcgacttctcaagaaaag
atatctgcctacgacaggtgtctcagtcagggcttctattcctgcacaaa
catcatgaccaagaaagcaagttggggaggaaagggtttattcagcttac
acttccatactgcttgtcatcaccaaggaagtcaggactggtactccaag
caggt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_85423879_85424833
seq2: B6Ng01-080D05.b_46_996

seq1  GAATTCTCAAGATCAGAAGTACAAGGAAGTCTGGCTAGAGAAAGCAGCCG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCAAGATCAGAAGTACAAGGAAGTCTGGCTAGAGAAAGCAGCCG  50

seq1  CACATTTGGTGTCTGTACCAAGGTTACTGCTGCTGCTTTAGGGACTTTGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATTTGGTGTCTGTACCAAGGTTACTGCTGCTGCTTTAGGGACTTTGG  100

seq1  AGCAAACTGTGAGGGTGCCACCTGCCCATCTCTTTTAGGGAAAAAAAAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAACTGTGAGGGTGCCACCTGCCCATCTCTTTTAGGGAAAAAAAAAA  150

seq1  CCATTGAAAGGTTTCCTGGAGGTTTGGATCTCTGGGTAATTCAGTTCTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTGAAAGGTTTCCTGGAGGTTTGGATCTCTGGGTAATTCAGTTCTGA  200

seq1  AGTTACTCAGAAAAGCAAACTTTGGTGTGGTGGATTTATTTCTGCACATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTACTCAGAAAAGCAAACTTTGGTGTGGTGGATTTATTTCTGCACATT  250

seq1  TAACCTGCTTGGCTTTGTGCTTTCTGACAGCACTGGAGTGTTTACACCCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCTGCTTGGCTTTGTGCTTTCTGACAGCACTGGAGTGTTTACACCCT  300

seq1  TAGCTGGGGTTAAGTGTGCCCAGATTAAAAAATAAGAGAATTAGAGTTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTGGGGTTAAGTGTGCCCAGATTAAAAAATAAGAGAATTAGAGTTGG  350

seq1  TTAGAATTAGCTGCTTCAGAATGGAAGAGGTAACTCAAGCCACCACCCAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAATTAGCTGCTTCAGAATGGAAGAGGTAACTCAAGCCACCACCCAA  400

seq1  AGGCTGACGAGTTGGTTACATAAAATAACTTTTGAAAAGGAATTCCTTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTGACGAGTTGGTTACATAAAATAACTTTTGAAAAGGAATTCCTTTG  450

seq1  GCAGCAGGGGGGTGGGGGACACTCATGATTGACTAAGGCTATCAAGGCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCAGGGGGGTGGGGGACACTCATGATTGACTAAGGCTATCAAGGCTC  500

seq1  ACACAACCGTAAAGTTGTGGGTGCCATGTAATGCCTCTTTTTGTATGCAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAACCGTAAAGTTGTGGGTGCCATGTAATGCCTCTTTTTGTATGCAA  550

seq1  TTTGTCAAAAACTTGAGTCTCAACAAGATGGATGGCAGGTAAAGATGCTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTCAAAAACTTGAGTCTCAACAAGATGGATGGCAGGTAAAGATGCTT  600

seq1  GTTCCTAATCCTGATGGTCGTTTTGGACCCCTGGGACCCACCTGGTAGGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCTAATCCTGATGGTCGTTTTGGACCCCTGGGACCCACCTGGTAGGA  650

seq1  GAGAAATGATTTCCACGGGTTGTCCTCTGACCTCCAGTACACTCTGGGAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAATGATTTCCACGGGTTGTCCTCTGACCTCCAGTACACTCTGGGAT  700

seq1  GCACATGTACGCAAGAATTGCCCGACACATAGTGCAATTCAAACACTGCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACATGTACGCAAGAATTGCCCGACACATAGTGCAATTCAAACACTGCT  750

seq1  TTACTCAACTGGAACACACCTTTAGTCCCCGCACTTGGGAGGCAGAGGCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTCAACTGGAACACACCTTTAGTCCCCGCACTTGGGAGGCAGAGGCT  800

seq1  GACAGATCTATGGGCTCAAGGCCAGCCTGGTCAACAGAGTGAGTTCCTGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGATCTATGGGCTCAAGGCCAGCCTGGTCAACAGAGTGAGTTCCTGA  850

seq1  ATAGGCAAGGCTCCACACAGAAAACCTGTCTACAAACACACACACCACCA  900
      ||||||||||||||  |||| |||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  ATAGGCAAGGCTCCCAACAG-AAACCTGTCTACTAACACACACACCACCA  899

seq1  CCACATGCTCTTCTAGTGGTCCAGGGTTGTATTCCCGGTACCCACATGAA  950
      |||| |||||||| ||| || || ||||||| |||||| | |||||||||
seq2  CCACTTGCTCTTCAAGT-GTTCAAGGTTGTA-TCCCGG-AACCACATGAA  946

seq1  GGCTT  955
      |||||
seq2  GGCTT  951

seq1: chr17_85606119_85607021
seq2: B6Ng01-080D05.g_67_971 (reverse)

seq1  ACCTGCTT-GAGTTCCAGTCCTGACTTCCTTGGTGATGAACAGCAGTATG  49
      |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||
seq2  ACCTGCTTGGAGTACCAGTCCTGACTTCCTTGGTGATGACAAGCAGTATG  50

seq1  GAAGTGTAAGCTGAATAAACCCTTTCCTCCCCAACTTGC-TTCTTGGTCA  98
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GAAGTGTAAGCTGAATAAACCCTTTCCTCCCCAACTTGCTTTCTTGGTCA  100

seq1  TGATGTTTGTGCAGGAATAGAAGCCCTGACTGAGACACCTGTCGTAGGCA  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGTTTGTGCAGGAATAGAAGCCCTGACTGAGACACCTGTCGTAGGCA  150

seq1  GATATCTTTTCTTGAGAAGTCGAATGTCTTGTCCCTCAAAGTCAACAACT  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATCTTTTCTTGAGAAGTCGAATGTCTTGTCCCTCAAAGTCAACAACT  200

seq1  GAGAATCCCTCCGCGCTTTAAATTCAGCCAACTTTTCTGCGCCTGCGTCC  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAATCCCTCCGCGCTTTAAATTCAGCCAACTTTTCTGCGCCTGCGTCC  250

seq1  AGAGGACGGCTGTGACCACTTGGGACCATCACTGCGCTCTAATTGTTTTT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGACGGCTGTGACCACTTGGGACCATCACTGCGCTCTAATTGTTTTT  300

seq1  AATGCCAAAACATTTGAGGTTTTCCAGATTTCTGTTGCTAGAGTCCTCAG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCCAAAACATTTGAGGTTTTCCAGATTTCTGTTGCTAGAGTCCTCAG  350

seq1  TACAATTTTATGCTGTCCCTTGTATCGACTGAGCTAAAGATTTAACTATT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAATTTTATGCTGTCCCTTGTATCGACTGAGCTAAAGATTTAACTATT  400

seq1  AATTTAACCAGCATTATTACACTTTTCCTGTAGACTAAATCGAGGCTTTT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTAACCAGCATTATTACACTTTTCCTGTAGACTAAATCGAGGCTTTT  450

seq1  AGAGCGAATTGATCCCTTACTGTCCTGTAACAATACAGCACGTTCAGCAG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCGAATTGATCCCTTACTGTCCTGTAACAATACAGCACGTTCAGCAG  500

seq1  CCATAGTTTTCAGATACCGTCGTGCGGCATTGTCGATACTTGCAGAGAAG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATAGTTTTCAGATACCGTCGTGCGGCATTGTCGATACTTGCAGAGAAG  550

seq1  AACAGCTGTAGTCTAGTGGGTAAGGTGAGAGGTAAGCGCTCCCCACTGGC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGCTGTAGTCTAGTGGGTAAGGTGAGAGGTAAGCGCTCCCCACTGGC  600

seq1  TCAGAGAAGCACAGCTCCCCGACTTGGTTTATGTGCGAGCAAGTGTGGCT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGAAGCACAGCTCCCCGACTTGGTTTATGTGCGAGCAAGTGTGGCT  650

seq1  CTGTACAAAACGTTGGCTGGGTTTCATGTATATTTTATAGAGGAACAGCA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTACAAAACGTTGGCTGGGTTTCATGTATATTTTATAGAGGAACAGCA  700

seq1  GTCTTCCAGTTTGGACCGAAGCAGCTGCTGGCACCACCCTTCTTCCCGAC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTCCAGTTTGGACCGAAGCAGCTGCTGGCACCACCCTTCTTCCCGAC  750

seq1  TTCTGCCACAGGCCCTGCAGGCTCTCAGTAAAGATTAGCTGTTGCTGAGA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGCCACAGGCCCTGCAGGCTCTCAGTAAAGATTAGCTGTTGCTGAGA  800

seq1  TGAATAGCCACCCTTCTCAGTTCTGTGCATGAGATAAGCAGGCCTTCTGG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATAGCCACCCTTCTCAGTTCTGTGCATGAGATAAGCAGGCCTTCTGG  850

seq1  GAAGAGCTAATAACTGGTGGTCTTCTTCATACCTAAGGGAAATGACTTTG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAGCTAATAACTGGTGGTCTTCTTCATACCTAAGGGAAATGACTTTG  900

seq1  AATTC  903
      |||||
seq2  AATTC  905