BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-082F14
Chromosome17 (Build37)
Map Location 21,252,022 - 21,427,315
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG665654, EG665662, LOC665666, EG665669, V1rf1, V1rf2, V1rf4
Upstream geneFpr-rs6, EG627743, EG224576, V2r6, EG637720, EG665525, EG627805, V1re5, EG627814, EG381065, EG224582, Fpr-rs3, EG433073, V1re2, V1re6, LOC100041976, V1re3, V1re1, V1re8, V1re7, V1re4, LOC627884, Ppp2r1a, V1rf5, Zfp160, LOC627912, LOC435509, EG627924, 4933430A09
Downstream geneV1rf3, A830058L05Rik, Zfp54, Zfp51, Zfp53, LOC100042508, Zfp52, BC049807, Zfp760, BC043476, 4930515G13Rik, 2610036F08Rik, LOC624960, 3110048L19Rik, 4930432O21Rik, LOC665820, LOC665825, LOC674332, LOC631010, EG665844, EG210853, LOC671007, EG240038, EG631624
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-082F14.bB6Ng01-082F14.g
ACCDH896928DH896929
length1,0831,090
definitionDH896928|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-082F14, 5' end.DH896929|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-082F14, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(21,252,022 - 21,253,109)(21,426,214 - 21,427,315)
sequence
gaattcctgatctttcaataatgatcgtgtgtctggtgttttgggtatct
ggcggtagtcagccgactgtgtgccctagctaccccggtgctgatctgac
cacaaggggcttgtgcccctagtcagaccggttttttgcttccctgacta
atgcagtctcaagtcccgcgcgattggattggagcagatgttgtgttcca
ctcaccagaagtcttaagatcgcttggcgggtgttgtgggtagctggagg
tagtcagacgactgtgcacactagctaccccagtgctgctcggaccgaaa
ggggcttgtgcccctactcagactgggtttttgcttccctgactaatgca
gtctcaagtcccgcatgattggattggtgcagatgctgtgtttgactcac
cagaagacttaagatcgcttggcgggtgttgtgggtagcaggacgtagtc
acaagaatctctttattataaagagtttctacagtagctagactttagca
gtataatttaggattcaaataatggagagtttgagacagtcctcatggtg
acatatcacagtgctggtgtttttctccccagaacagctctagtgcagca
tctcagtgtcaccacagtctgtgacaaaaccaaagacatagctgcaggtc
agcatggataaaggggagactttatcctaccctagaactcatgatgctga
ggaatatggtcagaaggttcaaggagtcacaacaaacaaggagatgcatg
tcactggcagttgaacgtgactggtagtgttaggaactggaaacggaagg
tgttggatcttttgtgtttcagaaaggtagaacttaacaatcagaaatag
acaagcatcaactgatggatttgggacctgcatataaacttttacaccag
ctgtcacatacagcagtgtatcctgttgtaggggagtagcagtgtcccca
tgtgtgataatcagaatagccataatgagtcccaactctaaactgcagtg
tgaggtcatgtcaggctaaaagagactcctgagtccattgactattggag
gaacccattgctgaagaggaggagcctcgaact
gaattcaatacacttacttgacttgctcaaatatgaacaagtcagtgtaa
aataagtggatgatcataaggatatagatgatgttagtcctttaaatctg
ggagtaaaagaaggcatttaaaaatgtgtagtacaatttgtagtcatggg
tttcctgtgtctctgttaacacacccacagctaaaatatcaattagcatt
taggtctcttgcaattacatatagttttaatatgtctcaccattactttt
atgacatgggtatgggatacttcagaaatatatgaatgtagttaatttat
atgagtattagttggaatatagattgacatagttgtgtaagtattatagt
atggaattagtacatgtgatacagggttttaatgaaaggtaccaagtgtt
ctgtgcactctacaccaccagaatcattgcatcagattttaggaatgctc
atgtagaggggatgacagatcactgctatttttgactgcacactcttgtc
aagttgctctcttagttgagacttttgattctataattaatctttagtgt
tatgggttatgtcatgaatgtgaggtaacaagaaatagaaatagcaggag
agttgaaacatagagtgtgaggtttgacaacttgagagagtcaatgaaag
gtttcagtaccaagatcaaaactactcttttgtaatatattgaactgtaa
aatttcttttaaagaaaggataaaattgctactgagagatgcaatgtact
gactgtgagcattattctgccattattttatgtataagatgatattttca
ttttaattagaacataagtatatctctcttctttcttccttcaatccatt
caatgtctcactgacccagtccatctcaaattcatgatctcatttcatta
ttattacattctttccacgtacatttgcataaaattataaaaataaaact
agaagccaattttgtattaccagcttgaggtaattcagttttacaattgt
attataaaccaattaaatgccttttctgggaatctctaatcccgttccct
ctttttgttattgttttaaagaactgtgaaaaacaaggca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_21252022_21253109
seq2: B6Ng01-082F14.b_49_1126

seq1  GAATTCCTGATCTTTCAATAATGATCGTGTGTCTGGTGTTTTGGGTATCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGATCTTTCAATAATGATCGTGTGTCTGGTGTTTTGGGTATCT  50

seq1  GGCGGTAGTCAGCCGACTGTGTGCCCTAGCTACCCCGGTGCTGATCTGAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCGGTAGTCAGCCGACTGTGTGCCCTAGCTACCCCGGTGCTGATCTGAC  100

seq1  CACAAGGGGCTTGTGCCCCTAGTCAGACCGGTTTTTTGCTTCCCTGACTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAGGGGCTTGTGCCCCTAGTCAGACCGGTTTTTTGCTTCCCTGACTA  150

seq1  ATGCAGTCTCAAGTCCCGCGCGATTGGATTGGAGCAGATGTTGTGTTCCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAGTCTCAAGTCCCGCGCGATTGGATTGGAGCAGATGTTGTGTTCCA  200

seq1  CTCACCAGAAGTCTTAAGATCGCTTGGCGGGTGTTGTGGGTAGCTGGAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACCAGAAGTCTTAAGATCGCTTGGCGGGTGTTGTGGGTAGCTGGAGG  250

seq1  TAGTCAGACGACTGTGCACACTAGCTACCCCAGTGCTGCTCGGACCGAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCAGACGACTGTGCACACTAGCTACCCCAGTGCTGCTCGGACCGAAA  300

seq1  GGGGCTTGTGCCCCTACTCAGACTGGGTTTTTGCTTCCCTGACTAATGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCTTGTGCCCCTACTCAGACTGGGTTTTTGCTTCCCTGACTAATGCA  350

seq1  GTCTCAAGTCCCGCATGATTGGATTGGTGCAGATGCTGTGTTTGACTCAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCAAGTCCCGCATGATTGGATTGGTGCAGATGCTGTGTTTGACTCAC  400

seq1  CAGAAGACTTAAGATCGCTTGGCGGGTGTTGTGGGTAGCAGGACGTAGTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGACTTAAGATCGCTTGGCGGGTGTTGTGGGTAGCAGGACGTAGTC  450

seq1  ACAAGAATCTCTTTATTATAAAGAGTTTCTACAGTAGCTAGACTTTAGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGAATCTCTTTATTATAAAGAGTTTCTACAGTAGCTAGACTTTAGCA  500

seq1  GTATAATTTAGGATTCAAATAATGGAGAGTTTGAGACAGTCCTCATGGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATAATTTAGGATTCAAATAATGGAGAGTTTGAGACAGTCCTCATGGTG  550

seq1  ACATATCACAGTGCTGGTGTTTTTCTCCCCAGAACAGCTCTAGTGCAGCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATCACAGTGCTGGTGTTTTTCTCCCCAGAACAGCTCTAGTGCAGCA  600

seq1  TCTCAGTGTCACCACAGTCTGTGACAAAACCAAAGACATAGCTGCAGGTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGTGTCACCACAGTCTGTGACAAAACCAAAGACATAGCTGCAGGTC  650

seq1  AGCATGGATAAAGGGGAGACTTTATCCTACCCTAGAACTCATGATGCTGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATGGATAAAGGGGAGACTTTATCCTACCCTAGAACTCATGATGCTGA  700

seq1  GGAATATGGTCAGAAGGTTCAAGGAGTCACAACAAACAAGGAGATGCATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATATGGTCAGAAGGTTCAAGGAGTCACAACAAACAAGGAGATGCATG  750

seq1  TCACTGGCAGTTGAACGTGACTGGTAGTGTTAGGAACTGGAAACGGAAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGGCAGTTGAACGTGACTGGTAGTGTTAGGAACTGGAAACGGAAGG  800

seq1  TGTTGGATCTTTTGTTGTTTCAGAAAGGTAGAACTTAACAATCAGAAATA  850
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGGATCTTTTG-TGTTTCAGAAAGGTAGAACTTAACAATCAGAAATA  849

seq1  GACAAGCATCAACTGATGGATTTGGGACCTGCATATAAACTTTTACACCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAGCATCAACTGATGGATTTGGGACCTGCATATAAACTTTTACACCA  899

seq1  GCTGTCACATACAGCAGTGTATCCTG-TGTAGGGGAGTTAGCAGTGGTCC  949
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||
seq2  GCTGTCACATACAGCAGTGTATCCTGTTGTAGGGGAG-TAGCAGT-GTCC  947

seq1  CCATGTGTGATAATCAGAAATAGGCCATAATGAGTCCCAACTCTAAACTG  999
      ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGTGTGATAATCAG-AATA-GCCATAATGAGTCCCAACTCTAAACTG  995

seq1  CAAGTGTGAGGTCATGTCAGGCTAGAAAGAGACTCCCTGAGTCCATTGAC  1049
      | |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||
seq2  C-AGTGTGAGGTCATGTCAGGCTA-AAAGAGACT-CCTGAGTCCATTGAC  1042

seq1  ATATGGAGGGAACACAATTGCTGAAAGAGGAGGAGCCTC  1088
       ||| |  ||||| | ||||||| |||||||||||||||
seq2  -TATTGGAGGAAC-CCATTGCTG-AAGAGGAGGAGCCTC  1078

seq1: chr17_21426214_21427315
seq2: B6Ng01-082F14.g_68_1157 (reverse)

seq1  TGCCTTGTTTTTCTACAGTTTCTTTAAAACAATTA-ACAGAGAGAGAACG  49
      ||||||||||||| |||| |||||||||||||| | | | |||| |||||
seq2  TGCCTTGTTTTTC-ACAG-TTCTTTAAAACAATAACAAAAAGAGGGAACG  48

seq1  AGAATTTAGATTTCCCAAAGAAAAGGCATTTAATTGGTTTTATAATACAA  99
       || |  ||||| ||   ||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GGATTAGAGATTCCC---AGAAAAGGCATTTAATTGG-TTTATAATACAA  94

seq1  ATTTGTAAAACTTGAAATTACCTACAAGCTGGTAATACAAAATTGGCTTA  149
        ||||||||||   |||||||| ||||||||||||||||||||||||| 
seq2  --TTGTAAAACT--GAATTACCT-CAAGCTGGTAATACAAAATTGGCTT-  138

seq1  CTAGGTTTTATTTTTATAATTTTATGCAAATGTACGTGGAAAGAATGTAA  199
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTA-GTTTTATTTTTATAATTTTATGCAAATGTACGTGGAAAGAATGTAA  187

seq1  TAATAATGAAATGAGATCATGAATTTGAGATGGACTGGGTCAGTGAGACA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAATGAAATGAGATCATGAATTTGAGATGGACTGGGTCAGTGAGACA  237

seq1  TTGAATGGATTGAAGGAAGAAAGAAGAGAGATATACTTATGTTCTAATTA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAATGGATTGAAGGAAGAAAGAAGAGAGATATACTTATGTTCTAATTA  287

seq1  AAATGAAAATATCATCTTATACATAAAATAATGGCAGAATAATGCTCACA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGAAAATATCATCTTATACATAAAATAATGGCAGAATAATGCTCACA  337

seq1  GTCAGTACATTGCATCTCTCAGTAGCAATTTTATCCTTTCTTTAAAAGAA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGTACATTGCATCTCTCAGTAGCAATTTTATCCTTTCTTTAAAAGAA  387

seq1  ATTTTACAGTTCAATATATTACAAAAGAGTAGTTTTGATCTTGGTACTGA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTACAGTTCAATATATTACAAAAGAGTAGTTTTGATCTTGGTACTGA  437

seq1  AACCTTTCATTGACTCTCTCAAGTTGTCAAACCTCACACTCTATGTTTCA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTTTCATTGACTCTCTCAAGTTGTCAAACCTCACACTCTATGTTTCA  487

seq1  ACTCTCCTGCTATTTCTATTTCTTGTTACCTCACATTCATGACATAACCC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTCCTGCTATTTCTATTTCTTGTTACCTCACATTCATGACATAACCC  537

seq1  ATAACACTAAAGATTAATTATAGAATCAAAAGTCTCAACTAAGAGAGCAA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACACTAAAGATTAATTATAGAATCAAAAGTCTCAACTAAGAGAGCAA  587

seq1  CTTGACAAGAGTGTGCAGTCAAAAATAGCAGTGATCTGTCATCCCCTCTA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGACAAGAGTGTGCAGTCAAAAATAGCAGTGATCTGTCATCCCCTCTA  637

seq1  CATGAGCATTCCTAAAATCTGATGCAATGATTCTGGTGGTGTAGAGTGCA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAGCATTCCTAAAATCTGATGCAATGATTCTGGTGGTGTAGAGTGCA  687

seq1  CAGAACACTTGGTACCTTTCATTAAAACCCTGTATCACATGTACTAATTC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAACACTTGGTACCTTTCATTAAAACCCTGTATCACATGTACTAATTC  737

seq1  CATACTATAATACTTACACAACTATGTCAATCTATATTCCAACTAATACT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACTATAATACTTACACAACTATGTCAATCTATATTCCAACTAATACT  787

seq1  CATATAAATTAACTACATTCATATATTTCTGAAGTATCCCATACCCATGT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATAAATTAACTACATTCATATATTTCTGAAGTATCCCATACCCATGT  837

seq1  CATAAAAGTAATGGTGAGACATATTAAAACTATATGTAATTGCAAGAGAC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAAAGTAATGGTGAGACATATTAAAACTATATGTAATTGCAAGAGAC  887

seq1  CTAAATGCTAATTGATATTTTAGCTGTGGGTGTGTTAACAGAGACACAGG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAATGCTAATTGATATTTTAGCTGTGGGTGTGTTAACAGAGACACAGG  937

seq1  AAACCCATGACTACAAATTGTACTACACATTTTTAAATGCCTTCTTTTAC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCCATGACTACAAATTGTACTACACATTTTTAAATGCCTTCTTTTAC  987

seq1  TCCCAGATTTAAAGGACTAACATCATCTATATCCTTATGATCATCCACTT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGATTTAAAGGACTAACATCATCTATATCCTTATGATCATCCACTT  1037

seq1  ATTTTACACTGACTTGTTCATATTTGAGCAAGTCAAGTAAGTGTATTGAA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTACACTGACTTGTTCATATTTGAGCAAGTCAAGTAAGTGTATTGAA  1087

seq1  TTC  1102
      |||
seq2  TTC  1090