BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-083J18
Chromosome17 (Build37)
Map Location 51,149,106 - 51,321,349
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTbc1d5
Upstream geneRftn1, EG668475, EG628747, LOC100043818, Dazl, Plcl2, EG654432
Downstream geneLOC100043451, LOC100043452, Satb1, EG628919
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-083J18.bB6Ng01-083J18.g
ACCDH897824DH897825
length7181,086
definitionDH897824|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-083J18, 5' end.DH897825|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-083J18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(51,320,632 - 51,321,349)(51,149,106 - 51,150,197)
sequence
gaattcatcagttcagtttgtttttctaaggttactttaaaacaaaacaa
aacattgggagactgaacctaaggggttattctccaccttgtcgtagtgc
tctatagactgagctcttatagacagactgtttctgaggggagaaagaac
aagtaggagagaactggttcctttgttaagttactgttgtgatctaaagg
atagtggagctgcatttagtggggtcaggtgggcctgcccatcttggaac
aaccaggacgcaggttgtggggaatgactgggctgtttctcatatcttct
tgcatttttggtcacataatatactaggcaagcagggacctagctgactc
ttcctagcatttaagtccccatcaagacagcgaactaactctcaggcctg
gagacctaatattctagctggattgggccattcacttggccagagggctg
cctgtagaagggtggactcaccttaagttagagagataggtggggttaat
tatcttttcaatgaaatcctgtcctttttcctacctagaatcccaatccc
ctgtataggctgcagctgtgtagctagttaagtcagactacttttagaat
tttttctgtctcttcctaatcttgttttccttaacactctgggttttctt
tctttctttctttctttctacctctctctctctctctctctctctctctc
tctctctctctctctctc
gaattcatttggcttattgttctacagggttgagagaccaacatggcagg
gaggcatagcaacaaggagcaagcctggcagcaggagctggaagctgaca
ggtcctatatcccaatcacaaagctgagagggcaaactggaggtggtttt
tagctttaaactcattagcctgtccacagtgattacatgttccagcaaag
ccatgccacactttctaagaataccccaacagcaccaactagggaacaaa
tgctcaaatatatgagtctacggtagacatacacatttaaaccactatta
aaaaccaacacacaaacaaacaaaaacaaaaaatgctacctataaacaag
aataatgtggtttcatcatttttaattgtcaagactgaaagggaataaaa
tgctctccctgcctggatggtatgaatgggtcttccaatggtaaaataaa
gtggtaaagaggcatccttctcttgttgcacaaggcacacaagaccttcc
cgacacagcaatgctaaactgtcatctgcaaagttcattttcaagaaatg
tacaagcaagtaataaaaaataacctttccctaaaataatagtgttttaa
gtttataactttgtattgggctacttttataccaatcttgtagtctatag
cctgttagatcttagcttcaattttttcctcattgactattggatttaac
cattggattttgtgtgggtttgtttgaaatggagtgtctctacatagtcc
tagctatcctaaaactatgtagaccaggcctgccttaaagcaacagagat
ccatctgtctcctcctcccaaatgctggaattaaaggcatgacccaccac
agacagcctatttggtgattataaaatagccataattaatagtgacgttg
tattcctttctattaatttgtgttttgaagtaaatttactaacctccttt
atgcattttttgagatactcatgaacattgtccttaattctgagtatcac
atttacttatttcatatttgaaccaatcctaggataaagcagttaatcat
gacaagcagataatcatgcagaaaatgtttaatgta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_51320632_51321349
seq2: B6Ng01-083J18.b_42_759 (reverse)

seq1  GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGTA  50

seq1  GAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAACCCAGAGTGTTAAGGAAAACAAGAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAACCCAGAGTGTTAAGGAAAACAAGAT  100

seq1  TAGGAAGAGACAGAAAAAATTCTAAAAGTAGTCTGACTTAACTAGCTACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAAGAGACAGAAAAAATTCTAAAAGTAGTCTGACTTAACTAGCTACA  150

seq1  CAGCTGCAGCCTATACAGGGGATTGGGATTCTAGGTAGGAAAAAGGACAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTGCAGCCTATACAGGGGATTGGGATTCTAGGTAGGAAAAAGGACAG  200

seq1  GATTTCATTGAAAAGATAATTAACCCCACCTATCTCTCTAACTTAAGGTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTCATTGAAAAGATAATTAACCCCACCTATCTCTCTAACTTAAGGTG  250

seq1  AGTCCACCCTTCTACAGGCAGCCCTCTGGCCAAGTGAATGGCCCAATCCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCACCCTTCTACAGGCAGCCCTCTGGCCAAGTGAATGGCCCAATCCA  300

seq1  GCTAGAATATTAGGTCTCCAGGCCTGAGAGTTAGTTCGCTGTCTTGATGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGAATATTAGGTCTCCAGGCCTGAGAGTTAGTTCGCTGTCTTGATGG  350

seq1  GGACTTAAATGCTAGGAAGAGTCAGCTAGGTCCCTGCTTGCCTAGTATAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTTAAATGCTAGGAAGAGTCAGCTAGGTCCCTGCTTGCCTAGTATAT  400

seq1  TATGTGACCAAAAATGCAAGAAGATATGAGAAACAGCCCAGTCATTCCCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGACCAAAAATGCAAGAAGATATGAGAAACAGCCCAGTCATTCCCC  450

seq1  ACAACCTGCGTCCTGGTTGTTCCAAGATGGGCAGGCCCACCTGACCCCAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACCTGCGTCCTGGTTGTTCCAAGATGGGCAGGCCCACCTGACCCCAC  500

seq1  TAAATGCAGCTCCACTATCCTTTAGATCACAACAGTAACTTAACAAAGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGCAGCTCCACTATCCTTTAGATCACAACAGTAACTTAACAAAGGA  550

seq1  ACCAGTTCTCTCCTACTTGTTCTTTCTCCCCTCAGAAACAGTCTGTCTAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGTTCTCTCCTACTTGTTCTTTCTCCCCTCAGAAACAGTCTGTCTAT  600

seq1  AAGAGCTCAGTCTATAGAGCACTACGACAAGGTGGAGAATAACCCCTTAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGCTCAGTCTATAGAGCACTACGACAAGGTGGAGAATAACCCCTTAG  650

seq1  GTTCAGTCTCCCAATGTTTTGTTTTGTTTTAAAGTAACCTTAGAAAAACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAGTCTCCCAATGTTTTGTTTTGTTTTAAAGTAACCTTAGAAAAACA  700

seq1  AACTGAACTGATGAATTC  718
      ||||||||||||||||||
seq2  AACTGAACTGATGAATTC  718

seq1: chr17_51149106_51150197
seq2: B6Ng01-083J18.g_67_1152

seq1  GAATTCATTTGGCTTATTGTTCTACAGGGTTGAGAGACCAACATGGCAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTTGGCTTATTGTTCTACAGGGTTGAGAGACCAACATGGCAGG  50

seq1  GAGGCATAGCAACAAGGAGCAAGCCTGGCAGCAGGAGCTGGAAGCTGACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCATAGCAACAAGGAGCAAGCCTGGCAGCAGGAGCTGGAAGCTGACA  100

seq1  GGTCCTATATCCCAATCACAAAGCTGAGAGGGCAAACTGGAGGTGGTTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCTATATCCCAATCACAAAGCTGAGAGGGCAAACTGGAGGTGGTTTT  150

seq1  TAGCTTTAAACTCATTAGCCTGTCCACAGTGATTACATGTTCCAGCAAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTTTAAACTCATTAGCCTGTCCACAGTGATTACATGTTCCAGCAAAG  200

seq1  CCATGCCACACTTTCTAAGAATACCCCAACAGCACCAACTAGGGAACAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGCCACACTTTCTAAGAATACCCCAACAGCACCAACTAGGGAACAAA  250

seq1  TGCTCAAATATATGAGTCTACGGTAGACATACACATTTAAACCACTATTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCAAATATATGAGTCTACGGTAGACATACACATTTAAACCACTATTA  300

seq1  AAAACCAACACACAAACAAACAAAAACAAAAAATGCTACCTATAAACAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACCAACACACAAACAAACAAAAACAAAAAATGCTACCTATAAACAAG  350

seq1  AATAATGTGGTTTCATCATTTTTAATTGTCAAGACTGAAAGGGAATAAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATGTGGTTTCATCATTTTTAATTGTCAAGACTGAAAGGGAATAAAA  400

seq1  TGCTCTCCCTGCCTGGATGGTATGAATGGGTCTTCCAATGGTAAAATAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTCCCTGCCTGGATGGTATGAATGGGTCTTCCAATGGTAAAATAAA  450

seq1  GTGGTAAAGAGGCATCCTTCTCTTGTTGCACAAGGCACACAAGACCTTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTAAAGAGGCATCCTTCTCTTGTTGCACAAGGCACACAAGACCTTCC  500

seq1  CGACACAGCAATGCTAAACTGTCATCTGCAAAGTTCATTTTCAAGAAATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGACACAGCAATGCTAAACTGTCATCTGCAAAGTTCATTTTCAAGAAATG  550

seq1  TACAAGCAAGTAATAAAAAATAACCTTTCCCTAAAATAATAGTGTTTTAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAGCAAGTAATAAAAAATAACCTTTCCCTAAAATAATAGTGTTTTAA  600

seq1  GTTTATAACTTTGTATTGGGCTACTTTTATACCAATCTTGTAGTCTATAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTATAACTTTGTATTGGGCTACTTTTATACCAATCTTGTAGTCTATAG  650

seq1  CCTGTTAGATCTTAGCTTCAATTTTTTCCTCATTGACTATTGGATTTAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTTAGATCTTAGCTTCAATTTTTTCCTCATTGACTATTGGATTTAAC  700

seq1  CATTGGATTTTGTGTGGGTTTGTTTGAAATGGAGTGTCTCTACATAGTCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGGATTTTGTGTGGGTTTGTTTGAAATGGAGTGTCTCTACATAGTCC  750

seq1  TAGCTATCCTAAAACTATGTAGACCAGGCCTGCCTTAAAGCAACAGAGAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTATCCTAAAACTATGTAGACCAGGCCTGCCTTAAAGCAACAGAGAT  800

seq1  CCATCTGTCTCCTCCTCCCAAATGCTGGAATTAAAGGCATGACCCACCAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCTGTCTCCTCCTCCCAAATGCTGGAATTAAAGGCATGACCCACCAC  850

seq1  AGACAGCCTATTTGGTGATTAT-AAATAGCCATAATT-ATAGTGACGTTG  898
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||
seq2  AGACAGCCTATTTGGTGATTATAAAATAGCCATAATTAATAGTGACGTTG  900

seq1  TATTCCTTTCTATTAATTTGTTGTTTTTGAGTAAATTTTACTAACCTCCT  948
      |||||||||||||||||||| ||||||  |||||| ||||||||||||||
seq2  TATTCCTTTCTATTAATTTG-TGTTTTGAAGTAAA-TTTACTAACCTCCT  948

seq1  TTATGCATTTTTTTTGAGATACTCATGAACATTGTCCTTAATTCTGAGTA  998
      |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGCA--TTTTTTGAGATACTCATGAACATTGTCCTTAATTCTGAGTA  996

seq1  TCACATTTACTTATTTCCATATGTTGAACCATCCCTAGGATAAGGCAGTT  1048
      |||||||||||||||| ||||| ||||||||  |||||||||| ||||||
seq2  TCACATTTACTTATTT-CATAT-TTGAACCAATCCTAGGATAAAGCAGTT  1044

seq1  AATCATGACAAGGCAGTTAATCATGCAGAAAATGTTTTAATGTA  1092
      ||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||
seq2  AATCATGACAA-GCAGATAATCATGCAGAAAATG-TTTAATGTA  1086