BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-089L15
Chromosome17 (Build37)
Map Location 62,977,327 - 63,123,173
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEfna5
Upstream genenone
Downstream geneFbxl17, Ppia-ps17_1026.1, LOC638867, LOC668677
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-089L15.bB6Ng01-089L15.g
ACCDH902228DH902229
length1,0641,118
definitionDH902228|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-089L15, 5' end.DH902229|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-089L15, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(63,122,115 - 63,123,173)(62,977,327 - 62,978,458)
sequence
gaattcagtcacatggaagttcctggatgtgggaaccctttcttcatgag
taacctggccacagctagcagagatggtgagctgtatctgcctaagggaa
ggtgccctgcctatcacagggttccttgtgatacctttctgttccatatg
gcctttgttttcatccaggagagtggacccatgaaggtactgcgatacga
ctcatacattcaactgctttcaagtacattgacatgtcgggcaaaagata
atttgaaaagtctcttgaaatagagataaaagaggtccaaaagactttcg
atagaaatatttaaggcagtgcttagaagatagctccagaacttctgccg
gaagcacgaaatttagctcttagtttcctagtggctgtagaaaaagggaa
acctgattattcaaatacagttcttttttttttttttattttaaatgaaa
aaagccacccacaactggagataggggagaaggatatttgtcatgtgact
cgtgtggctcataatataagtggtaccactcaggatgtgagtctttgaga
ttgtaggttattttattgtcttattaataaccccctgaaatcaaatttat
gtctttgaagaaagcatttcagcaggaagtgcgggttgtgctgtggatat
ccaggttgcttgatctgatcatctgccttgcacatgagcagagctgaggg
gttctgaatcatgaacaggaatctcatttctgataccgaatctatcgtct
atgtagctgctacagtgtagcatttcaacctatccttaaaggggaggttt
gttgataattaagaccccatcgatttttcaaggctgttattctctactag
ttgaaagaaagatcttagactttagaaagcctgatgtagaggtgtcagca
cagtacaggaacacagacccagccaggattcccttttattgtggagctcc
tgatgctaggaggatgctagggcatggtttaaacttgtagccattcatgg
cggacaggatgtataaatacatgagtggcctgggataagaccaaaagagt
gctgctggtgtcat
gaattcaagcccgggtacccacagagtagtagtaaactccttcaagttgt
cctctgatctctctctgtacaccttgacatgttcatgcccacccattaca
catgcatacatgcacacatgcacagctaagtgaaaattaaataagttaaa
aatattaaaaagaaatctctcccccatggaaagtgacttcctaggctagc
cttgctgatgctgatgtcaggggtgcacccttgagactggggagctcttg
cctgctatccatctgatgtttggacagtaggagaagcaaactaaaattgc
tatgggctaagaagtaaaataccatgcagagaaggaatctctcttgtcca
aaccctaccttgtagagatctatgtggggaagagatctgctaacctcaaa
atcaactgcctatttacattcgggggctggggaagctttctttaagtctt
ggaagatacaatacgatgtagaaggaacaccacgttactttaaattcatc
aagagtgtgattgctgattagctgcagcacaagtgcctttatatctttct
ctgtttggcttttccaagtgatgatatttgatcaatgaatgtcttattca
gtggcaattacaacatttttctgcaccatctcacagtcttccctttaatt
aattaagtacacagttcccatgcaattaaaggaacaaaggatccgtccta
gtctggacaagtggacaaaggcttagagaaatcccaccagaagaaggttg
gttaagctactgacctatttgaaccctgcctggctcccatcagaggagag
tgaaatcctaggtacttgctgtggtttaccaggattatttcacagacact
tgtatatattttatgctctgaacagattcacagggctcttctctatccat
gcgctccatccgctcttgagaacctccttggaaagacttaagcacatagc
tctaagactctgctgtgttcctgtaccacagcctgaaaattctctggcag
aaagaaatagaatggcttctcttctttagttgcatcctcgtgctagtttc
agagaaggtctttcttgaacacatagtacagatgttccacacaagaacct
ctctctaattctcctcac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_63122115_63123173
seq2: B6Ng01-089L15.b_48_1111 (reverse)

seq1  ATGACACACAGCAGCACTCTTCTTGGTCTTATCCCA-GCCACTCATGTAT  49
      ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||
seq2  ATGACAC-CAGCAGCACTCTT-TTGGTCTTATCCCAGGCCACTCATGTAT  48

seq1  ATATACATCCTGTCCGCCATG-ATGGCTACATGTTTAAACCATG-CCTAG  97
       |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||
seq2  TTATACATCCTGTCCGCCATGAATGGCTACAAGTTTAAACCATGCCCTAG  98

seq1  CATCTCCCTAGCATCA-GAGCT-CACCATAGAAGGG-ATCCTGGCTGGGT  144
      ||||  |||||||||| ||||| ||| ||| ||||| |||||||||||||
seq2  CATCCTCCTAGCATCAGGAGCTCCACAATAAAAGGGAATCCTGGCTGGGT  148

seq1  CTGTGTTCCTGTACTGTGCTGACACCTCTACATCA-GCTTTCTAAAGTCT  193
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  CTGTGTTCCTGTACTGTGCTGACACCTCTACATCAGGCTTTCTAAAGTCT  198

seq1  AAGATCTTTCTTTCAACTAGTAGAGAATAACAGCCTTGAAAAATCGATGG  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATCTTTCTTTCAACTAGTAGAGAATAACAGCCTTGAAAAATCGATGG  248

seq1  GGTCTTAATTATCAACAAACCTCCCCTTTAAGGATAGGTTGAAATGCTAC  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTTAATTATCAACAAACCTCCCCTTTAAGGATAGGTTGAAATGCTAC  298

seq1  ACTGTAGCAGCTACATAGACGATAGATTCGGTATCAGAAATGAGATTCCT  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTAGCAGCTACATAGACGATAGATTCGGTATCAGAAATGAGATTCCT  348

seq1  GTTCATGATTCAGAACCCCTCAGCTCTGCTCATGTGCAAGGCAGATGATC  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCATGATTCAGAACCCCTCAGCTCTGCTCATGTGCAAGGCAGATGATC  398

seq1  AGATCAAGCAACCTGGATATCCACAGCACAACCCGCACTTCCTGCTGAAA  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCAAGCAACCTGGATATCCACAGCACAACCCGCACTTCCTGCTGAAA  448

seq1  TGCTTTCTTCAAAGACATAAATTTGATTTCAGGGGGTTATTAATAAGACA  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTCTTCAAAGACATAAATTTGATTTCAGGGGGTTATTAATAAGACA  498

seq1  ATAAAATAACCTACAATCTCAAAGACTCACATCCTGAGTGGTACCACTTA  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAATAACCTACAATCTCAAAGACTCACATCCTGAGTGGTACCACTTA  548

seq1  TATTATGAGCCACACGAGTCACATGACAAATATCCTTCTCCCCTATCTCC  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTATGAGCCACACGAGTCACATGACAAATATCCTTCTCCCCTATCTCC  598

seq1  AGTTGTGGGTGGCTTTTTTCATTTAAAATAAAAAAAAAAAAAAGAACTGT  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGTGGGTGGCTTTTTTCATTTAAAATAAAAAAAAAAAAAAGAACTGT  648

seq1  ATTTGAATAATCAGGTTTCCCTTTTTCTACAGCCACTAGGAAACTAAGAG  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGAATAATCAGGTTTCCCTTTTTCTACAGCCACTAGGAAACTAAGAG  698

seq1  CTAAATTTCGTGCTTCCGGCAGAAGTTCTGGAGCTATCTTCTAAGCACTG  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAATTTCGTGCTTCCGGCAGAAGTTCTGGAGCTATCTTCTAAGCACTG  748

seq1  CCTTAAATATTTCTATCGAAAGTCTTTTGGACCTCTTTTATCTCTATTTC  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTAAATATTTCTATCGAAAGTCTTTTGGACCTCTTTTATCTCTATTTC  798

seq1  AAGAGACTTTTCAAATTATCTTTTGCCCGACATGTCAATGTACTTGAAAG  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGACTTTTCAAATTATCTTTTGCCCGACATGTCAATGTACTTGAAAG  848

seq1  CAGTTGAATGTATGAGTCGTATCGCAGTACCTTCATGGGTCCACTCTCCT  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTGAATGTATGAGTCGTATCGCAGTACCTTCATGGGTCCACTCTCCT  898

seq1  GGATGAAAACAAAGGCCATATGGAACAGAAAGGTATCACAAGGAACCCTG  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGAAAACAAAGGCCATATGGAACAGAAAGGTATCACAAGGAACCCTG  948

seq1  TGATAGGCAGGGCACCTTCCCTTAGGCAGATACAGCTCACCATCTCTGCT  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAGGCAGGGCACCTTCCCTTAGGCAGATACAGCTCACCATCTCTGCT  998

seq1  AGCTGTGGCCAGGTTACTCATGAAGAAAGGGTTCCCACATCCAGGAACTT  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGTGGCCAGGTTACTCATGAAGAAAGGGTTCCCACATCCAGGAACTT  1048

seq1  CCATGTGACTGAATTC  1059
      ||||||||||||||||
seq2  CCATGTGACTGAATTC  1064

seq1: chr17_62977327_62978458
seq2: B6Ng01-089L15.g_67_1184

seq1  GAATTCAAGCCCGGGTACCCACAGAGTAGTAGTAAACTCCTTCAAGTTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGCCCGGGTACCCACAGAGTAGTAGTAAACTCCTTCAAGTTGT  50

seq1  CCTCTGATCTCTCTCTGTACACCTTGACATGTTCATGCCCACCCATTACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTGATCTCTCTCTGTACACCTTGACATGTTCATGCCCACCCATTACA  100

seq1  CATGCATACATGCACACATGCACAGCTAAGTGAAAATTAAATAAGTTAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCATACATGCACACATGCACAGCTAAGTGAAAATTAAATAAGTTAAA  150

seq1  AATATTAAAAAGAAATCTCTCCCCCATGGAAAGTGACTTCCTAGGCTAGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATTAAAAAGAAATCTCTCCCCCATGGAAAGTGACTTCCTAGGCTAGC  200

seq1  CTTGCTGATGCTGATGTCAGGGGTGCACCCTTGAGACTGGGGAGCTCTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCTGATGCTGATGTCAGGGGTGCACCCTTGAGACTGGGGAGCTCTTG  250

seq1  CCTGCTATCCATCTGATGTTTGGACAGTAGGAGAAGCAAACTAAAATTGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCTATCCATCTGATGTTTGGACAGTAGGAGAAGCAAACTAAAATTGC  300

seq1  TATGGGCTAAGAAGTAAAATACCATGCAGAGAAGGAATCTCTCTTGTCCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGGCTAAGAAGTAAAATACCATGCAGAGAAGGAATCTCTCTTGTCCA  350

seq1  AACCCTACCTTGTAGAGATCTATGTGGGGAAGAGATCTGCTAACCTCAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCTACCTTGTAGAGATCTATGTGGGGAAGAGATCTGCTAACCTCAAA  400

seq1  ATCAACTGCCTATTTACATTCGGGGGCTGGGGAAGCTTTCTTTAAGTCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAACTGCCTATTTACATTCGGGGGCTGGGGAAGCTTTCTTTAAGTCTT  450

seq1  GGAAGATACAATACGATGTAGAAGGAACACCACGTTACTTTAAATTCATC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGATACAATACGATGTAGAAGGAACACCACGTTACTTTAAATTCATC  500

seq1  AAGAGTGTGATTGCTGATTAGCTGCAGCACAAGTGCCTTTATATCTTTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGTGTGATTGCTGATTAGCTGCAGCACAAGTGCCTTTATATCTTTCT  550

seq1  CTGTTTGGCTTTTCCAAGTGATGATATTTGATCAATGAATGTCTTATTCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTGGCTTTTCCAAGTGATGATATTTGATCAATGAATGTCTTATTCA  600

seq1  GTGGCAATTACAACATTTTTCTGCACCATCTCACAGTCTTCCCTTTAATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCAATTACAACATTTTTCTGCACCATCTCACAGTCTTCCCTTTAATT  650

seq1  AATTAAGTACACAGTTCCCATGCAATTAAAGGAACAAAGGATCCGTCCTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAAGTACACAGTTCCCATGCAATTAAAGGAACAAAGGATCCGTCCTA  700

seq1  GTCTGGACAAGTGGACAAAGGCTTAGAGAAATCCCACCAGAAGAAGGTTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGGACAAGTGGACAAAGGCTTAGAGAAATCCCACCAGAAGAAGGTTG  750

seq1  GTTAAGCTACTGACCTATTTGAACCCTGCCTGGCTCCCATCAGAGGAGAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAGCTACTGACCTATTTGAACCCTGCCTGGCTCCCATCAGAGGAGAG  800

seq1  TGAAATCCTAGGTACTTGCTGTGGTTTACCAGGATTATTTCACAGACACT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATCCTAGGTACTTGCTGTGGTTTACCAGGATTATTTCACAGACACT  850

seq1  TGTATATATTTTATGCTCTGAACAGATTCACAGGGCTCTTCTCTATCCAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATATATTTTATGCTCTGAACAGATTCACAGGGCTCTTCTCTATCCAT  900

seq1  GCCGCTCCATCCGCCCTTGAGAACCTCCTTGGAGAGAACTTAAGCACATA  950
      | |||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||
seq2  G-CGCTCCATCCGCTCTTGAGAACCTCCTTGGAAAG-ACTTAAGCACATA  948

seq1  GCTCCTAAGACCTCTGCTGTGTCCCTGTCACCACAGCCTGGAAAATTCTC  1000
      ||| |||||| ||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||
seq2  GCT-CTAAGA-CTCTGCTGTGTTCCTGT-ACCACAGCCT-GAAAATTCTC  994

seq1  TTGCCAGAAAGAAATAAGAATTGCTTCTCTTCTTTTAGGTTGCATCCTCA  1050
       || ||||||||||| ||||| |||||||||||||   ||||||||||| 
seq2  -TGGCAGAAAGAAAT-AGAATGGCTTCTCTTCTTT--AGTTGCATCCTC-  1039

seq1  GTGCTAAGTTCCAGAG-AGGTCTTTCTTGACCACATAGTACAAGATGTTT  1099
      ||||| |||| ||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||| 
seq2  GTGCT-AGTTTCAGAGAAGGTCTTTCTTGAACACATAGTAC-AGATGTT-  1086

seq1  CACACACAAGAACCTCTCTCTAATTCTCCTCAC  1132
        |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -CCACACAAGAACCTCTCTCTAATTCTCCTCAC  1118