BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-108L03
Chromosome17 (Build37)
Map Location 78,139,439 - 78,289,819
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG624348, LOC545234, LOC100043887
Downstream geneLOC668795, LOC383275, Crim1, Fez2, LOC100043888, Hdac1-ps, Vit, Strn, Heatr5b, 2310002B06Rik, EG625054, Eif2ak2, 2410078J06Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-108L03.bB6Ng01-108L03.g
ACCDH915814DH915815
length1,1961,168
definitionDH915814|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-108L03, 5' end.DH915815|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-108L03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(78,288,615 - 78,289,819)(78,139,439 - 78,140,623)
sequence
gaattctgtttcaaccaatgaaggaaggactagtgacaattgaaatttac
aatcttctatgaagaatgaagaaagagaaagatccaagaaagtggtaact
aggcagtcattgggcagtcaggtcacagatgtaagataggtaagctaggg
caggagtcctcacagttcagctctgaagcaggatgctgtttgacccaaat
acaaagactagatccctcctaccctatctcaagtatggtcaaagtggagc
tggtggtcagaaagcccacttaaaatcttatctccatagagattcacaac
cacttatttgggattagagcttccaagagtagccatacttcagcagtgag
tttccatgcagacctgctttgtttttatataaccaagacatgaagttgga
catccctcatatcaccgtgcacaaggctgggaacatagcatgtcgcaagt
agttgttcactttcaataaagtttatcatgtcagggtctctcatatacat
gtgtgcctctcttgtagtctgtgaatctggttctttcttggagcaatcaa
agaaattccacgtataaaagaaatagctttgaaagatttcttcttggtct
tgaattctacagttcagtggttgagagccttcactctttcttatgagaca
gtcagaccagatgtgtatctttctcatctcattctttttgtgttacctgt
gacacgatttcttgtgttacagtatgtgtatgccaggcttggtggccttc
aagaaaacaacttctaaaagcactgggcttacagatgggcatgactgcat
ttggctttacctgggtactaaggattcaaacttactggatcatttcctca
gactgatttactttcttttacagtaaacctgagttctttataagcttagt
ggctatcaacaacaaacagagagttccacagtatctgcaaatccacacaa
gatacacccttccttgccccaacaattagatgggaaagtactaacgagag
cagtctgttgagatgctcttaaacaccacgtggggctccataaccatgtg
atcaatgttctctccagtaaagtacttgctgcagaattgagctctgggtg
ttttctttacatgcagggcatattgccatctggcattttcaaataaatga
acctgctttcatggctgactgagtgccaaatggaatggtattacag
gaattctagaagagagaacaagagattgtcataaaagaccaatagttaag
atagacaatacaatagatttttttcctttcctggttgcttgctttctgat
ctcttagagttgttttcaagcattcataaattattttataaggtcctttt
acatccaactaagttttcaatgttaaatattgctattccctcaatgtcac
ttctctaattcctaggttttaccattcacattatcaccatagatatatgt
gaatattagtttactatttattgtggttatattgtagtagtctgctctgt
catagtcaggacattatagattgtatacacacatggatactctgctcatg
tcagtcatgtttaacaaatgccatcttcctttgctatttaaaaccttact
taataaatcaagaagaaaataggacaatgaataaaaatgttctctactga
ggtatagatgagaagtttgattctgtgtacatattctcgccagtctatgc
atcagaatgtacacatctagctgcttccatataactaaacaaagttagaa
aaatgccaaaaagtgtacattgataaaatatgaaagggaaatgacatata
aaattaagtacacagatgttgcacgagtattgagtaaatttatttaccag
gtaaaaatagaatttattgataacacagtaataattcatgccttgaaagg
gaatgaataagctctgacttattgaggttttaaaatctaatttaaggtgg
atatcttaatatggatgtaagacaggagttgagtggcatagtttatgatt
agaaaaaacagagacggtgacaattttgaaagagaagctcaaatagagtt
agaaaatagagagtatgctgggctgttctacttcagagtccctgtgtctt
taggaaatcattgaatgtataacaacattcttcatggttttttattttgt
gggcaataacagatgtcagacttactaactctctaaactggaagagggat
tgctgtgcttatatctgcttttctccaccataaatgagtagacactactt
ctgctgcagctagtgtgaagactaatgggttattatttagtttcagcagt
tacccaacctgaaccgatcttcaccacataatcatgagcacttctttact
tctgcactctgttccaag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_78288615_78289819
seq2: B6Ng01-108L03.b_47_1242 (reverse)

seq1  CTGTTATACAATTCCATTTTGGCATCTAGTCAGCCATGAAAGCAGTTTCA  50
      |||| |||| |||||| |||||||   |||||||||||||||||| ||||
seq2  CTGTAATACCATTCCA-TTTGGCACTCAGTCAGCCATGAAAGCAGGTTCA  49

seq1  ATTTTATGTGAAATATGCCAGATGGC-ATATGCCCTGCATGGTTAAAGAA  99
        ||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||  |||||||
seq2  --TTTATTTGAAA-ATGCCAGATGGCAATATGCCCTGCATG--TAAAGAA  94

seq1  AACACTCAGAGCTCAATTCTGCAGCAAGTACTTTACTGGAGAGAACATTT  149
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  AACACCCAGAGCTCAATTCTGCAGCAAGTACTTTACTGGAGAGAACA-TT  143

seq1  GATCACATGGTTATGGGAGCCCCACGTGGTGTTTTAAGAGCATCTCAACA  199
      |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GATCACATGGTTAT-GGAGCCCCACGTGGTG-TTTAAGAGCATCTCAACA  191

seq1  GACTGCTCTCGTTAGTACTTTTCCATCTTAATTGTTGGGGCAAGGAAGGG  249
      ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGCTCTCGTTAGTACTTTCCCATC-TAATTGTTGGGGCAAGGAAGGG  240

seq1  TGTATCTTGTGTGGATTTGCAGATACTGTGGAACTCTCTGTTTGTTGTTG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATCTTGTGTGGATTTGCAGATACTGTGGAACTCTCTGTTTGTTGTTG  290

seq1  ATAGCCACTAAGCTTATAAAGAACTCAGGTTTACTGTAAAAGAAAGTAAA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCCACTAAGCTTATAAAGAACTCAGGTTTACTGTAAAAGAAAGTAAA  340

seq1  TCAGTCTGAGGAAATGATCCAGTAAGTTTGAATCCTTAGTACCCAGGTAA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTCTGAGGAAATGATCCAGTAAGTTTGAATCCTTAGTACCCAGGTAA  390

seq1  AGCCAAATGCAGTCATGCCCATCTGTAAGCCCAGTGCTTTTAGAAGTTGT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAAATGCAGTCATGCCCATCTGTAAGCCCAGTGCTTTTAGAAGTTGT  440

seq1  TTTCTTGAAGGCCACCAAGCCTGGCATACACATACTGTAACACAAGAAAT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTGAAGGCCACCAAGCCTGGCATACACATACTGTAACACAAGAAAT  490

seq1  CGTGTCACAGGTAACACAAAAAGAATGAGATGAGAAAGATACACATCTGG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGTCACAGGTAACACAAAAAGAATGAGATGAGAAAGATACACATCTGG  540

seq1  TCTGACTGTCTCATAAGAAAGAGTGAAGGCTCTCAACCACTGAACTGTAG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGACTGTCTCATAAGAAAGAGTGAAGGCTCTCAACCACTGAACTGTAG  590

seq1  AATTCAAGACCAAGAAGAAATCTTTCAAAGCTATTTCTTTTATACGTGGA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCAAGACCAAGAAGAAATCTTTCAAAGCTATTTCTTTTATACGTGGA  640

seq1  ATTTCTTTGATTGCTCCAAGAAAGAACCAGATTCACAGACTACAAGAGAG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTTTGATTGCTCCAAGAAAGAACCAGATTCACAGACTACAAGAGAG  690

seq1  GCACACATGTATATGAGAGACCCTGACATGATAAACTTTATTGAAAGTGA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACACATGTATATGAGAGACCCTGACATGATAAACTTTATTGAAAGTGA  740

seq1  ACAACTACTTGCGACATGCTATGTTCCCAGCCTTGTGCACGGTGATATGA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACTACTTGCGACATGCTATGTTCCCAGCCTTGTGCACGGTGATATGA  790

seq1  GGGATGTCCAACTTCATGTCTTGGTTATATAAAAACAAAGCAGGTCTGCA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATGTCCAACTTCATGTCTTGGTTATATAAAAACAAAGCAGGTCTGCA  840

seq1  TGGAAACTCACTGCTGAAGTATGGCTACTCTTGGAAGCTCTAATCCCAAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAACTCACTGCTGAAGTATGGCTACTCTTGGAAGCTCTAATCCCAAA  890

seq1  TAAGTGGTTGTGAATCTCTATGGAGATAAGATTTTAAGTGGGCTTTCTGA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTGGTTGTGAATCTCTATGGAGATAAGATTTTAAGTGGGCTTTCTGA  940

seq1  CCACCAGCTCCACTTTGACCATACTTGAGATAGGGTAGGAGGGATCTAGT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCAGCTCCACTTTGACCATACTTGAGATAGGGTAGGAGGGATCTAGT  990

seq1  CTTTGTATTTGGGTCAAACAGCATCCTGCTTCAGAGCTGAACTGTGAGGA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTATTTGGGTCAAACAGCATCCTGCTTCAGAGCTGAACTGTGAGGA  1040

seq1  CTCCTGCCCTAGCTTACCTATCTTACATCTGTGACCTGACTGCCCAATGA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGCCCTAGCTTACCTATCTTACATCTGTGACCTGACTGCCCAATGA  1090

seq1  CTGCCTAGTTACCACTTTCTTGGATCTTTCTCTTTCTTCATTCTTCATAG  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTAGTTACCACTTTCTTGGATCTTTCTCTTTCTTCATTCTTCATAG  1140

seq1  AAGATTGTAAATTTCAATTGTCACTAGTCCTTCCTTCATTGGTTGAAACA  1199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATTGTAAATTTCAATTGTCACTAGTCCTTCCTTCATTGGTTGAAACA  1190

seq1  GAATTC  1205
      ||||||
seq2  GAATTC  1196

seq1: chr17_78139439_78140623
seq2: B6Ng01-108L03.g_67_1234

seq1  GAATTCTAGAAGAGAGAACAAGAGATTGTCATAAAAGACCAATAGTTAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAGAAGAGAGAACAAGAGATTGTCATAAAAGACCAATAGTTAAG  50

seq1  ATAGACAATACAATAGATTTTTTTCCTTTCCTGGTTGCTTGCTTTCTGAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGACAATACAATAGATTTTTTTCCTTTCCTGGTTGCTTGCTTTCTGAT  100

seq1  CTCTTAGAGTTGTTTTCAAGCATTCATAAATTATTTTATAAGGTCCTTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTAGAGTTGTTTTCAAGCATTCATAAATTATTTTATAAGGTCCTTTT  150

seq1  ACATCCAACTAAGTTTTCAATGTTAAATATTGCTATTCCCTCAATGTCAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCCAACTAAGTTTTCAATGTTAAATATTGCTATTCCCTCAATGTCAC  200

seq1  TTCTCTAATTCCTAGGTTTTACCATTCACATTATCACCATAGATATATGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTAATTCCTAGGTTTTACCATTCACATTATCACCATAGATATATGT  250

seq1  GAATATTAGTTTACTATTTATTGTGGTTATATTGTAGTAGTCTGCTCTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATATTAGTTTACTATTTATTGTGGTTATATTGTAGTAGTCTGCTCTGT  300

seq1  CATAGTCAGGACATTATAGATTGTATACACACATGGATACTCTGCTCATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGTCAGGACATTATAGATTGTATACACACATGGATACTCTGCTCATG  350

seq1  TCAGTCATGTTTAACAAATGCCATCTTCCTTTGCTATTTAAAACCTTACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTCATGTTTAACAAATGCCATCTTCCTTTGCTATTTAAAACCTTACT  400

seq1  TAATAAATCAAGAAGAAAATAGGACAATGAATAAAAATGTTCTCTACTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAAATCAAGAAGAAAATAGGACAATGAATAAAAATGTTCTCTACTGA  450

seq1  GGTATAGATGAGAAGTTTGATTCTGTGTACATATTCTCGCCAGTCTATGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATAGATGAGAAGTTTGATTCTGTGTACATATTCTCGCCAGTCTATGC  500

seq1  ATCAGAATGTACACATCTAGCTGCTTCCATATAACTAAACAAAGTTAGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGAATGTACACATCTAGCTGCTTCCATATAACTAAACAAAGTTAGAA  550

seq1  AAATGCCAAAAAGTGTACATTGATAAAATATGAAAGGGAAATGACATATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGCCAAAAAGTGTACATTGATAAAATATGAAAGGGAAATGACATATA  600

seq1  AAATTAAGTACACAGATGTTGCACGAGTATTGAGTAAATTTATTTACCAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTAAGTACACAGATGTTGCACGAGTATTGAGTAAATTTATTTACCAG  650

seq1  GTAAAAATAGAATTTATTGATAACACAGTAATAATTCATGCCTTGAAAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAAATAGAATTTATTGATAACACAGTAATAATTCATGCCTTGAAAGG  700

seq1  GAATGAATAAGCTCTGACTTATTGAGGTTTTAAAATCTAATTTAAGGTGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGAATAAGCTCTGACTTATTGAGGTTTTAAAATCTAATTTAAGGTGG  750

seq1  ATATCTTAATATGGATGTAAGACAGGAGTTGAGTGGCATAGTTTATGATT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCTTAATATGGATGTAAGACAGGAGTTGAGTGGCATAGTTTATGATT  800

seq1  AGAAAAAACAGAGACGGTGACAATTTTGAAAGAGAAGCTCAAATAGAGTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAAACAGAGACGGTGACAATTTTGAAAGAGAAGCTCAAATAGAGTT  850

seq1  AGAAAATAGAGAGTATGCTGGGCTGTTCTACTTCAGAGTCCCTGTGTCTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAATAGAGAGTATGCTGGGCTGTTCTACTTCAGAGTCCCTGTGTCTT  900

seq1  TAGGAAATCATTGAATGTATAACAACATTCTTCATGG-TTTTTATTTTGT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TAGGAAATCATTGAATGTATAACAACATTCTTCATGGTTTTTTATTTTGT  950

seq1  GGGCAATAACAGATTGTCAGACTTACTAACTCTCTAAACTGGAAAAGGGA  999
      ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GGGCAATAACAGA-TGTCAGACTTACTAACTCTCTAAACTGGAAGAGGGA  999

seq1  TTGCTGTGCTTATATCTGCTTTTCTCCACCCATAAAATGAAGTAGAACAC  1049
      |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||| ||||
seq2  TTGCTGTGCTTATATCTGCTTTTCTCCA-CCAT-AAATG-AGTAG-ACAC  1045

seq1  TACTTCTGCTGCAGCTAGTTGTGAAGACTAAATTGGGTAATTATTAAGTT  1099
      |||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||| |||||| ||||
seq2  TACTTCTGCTGCAGCTAG-TGTGAAGACTAA--TGGGTTATTATTTAGTT  1092

seq1  CCAGCAAGTTACCCAACATAGAACAGATCTACAACCAACAATAATCATGA  1149
       |||| ||||||||||| | |||| ||||| | ||||   ||||||||||
seq2  TCAGC-AGTTACCCAACCT-GAACCGATCTTC-ACCA--CATAATCATGA  1137

seq1  GCAACTTCTTTCTACTTTCTGCACTCTGGCTCCAAG  1185
      || |||||||  ||| ||||||||||| | ||||||
seq2  GC-ACTTCTT--TAC-TTCTGCACTCT-GTTCCAAG  1168