BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-110B04
Chromosome17 (Build37)
Map Location 50,491,788 - 50,695,267
singlet/doubletdoublet
Overlap genePlcl2
Upstream geneMocs1, Daam2, Kif6, EG668470, Rftn1, EG668475, EG628747, LOC100043818, Dazl
Downstream geneEG654432, Tbc1d5, LOC100043451, LOC100043452
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-110B04.bB6Ng01-110B04.g
ACCDH916801DH916802
length1,114882
definitionDH916801|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-110B04, 5' end.DH916802|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-110B04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(50,491,788 - 50,492,920)(50,694,353 - 50,695,267)
sequence
gaattccatgtcactctagtcaaaatgataactcagtatgtgaagaaact
tagacccttgcctgatgacccaggttcaattcctagaaacaatataaagg
tggaagaaggagctgactccacagaggtgctctctgacccccgcacctac
cctgtggtatacacatcctctcacagatacatcatggacacatccaagta
gtaattaatttttggtttgaatacagaaataaatgaatatagagatacat
tgttggtgggatacaaattagtataaccactatggagaataatatggagg
cccctgaaggaactaaaaacagaatcaccattataatccacgtatacgac
tcctggcagatactcaagggatgttatggagtcagcctctgagtctatca
gtacatgaacagataaaagattattttttcccaaaatgcatctaaactct
gaattatatctggttaggaccacaaaccaccaaccaaagctacttgatta
attagcaaagaccctctcctcttcatggcatagttgattgtaggccagct
gaggatcgttctgcctctcagtgtagctcaagaaagggatgtggctaatg
tgcttaccaacacagtaagtcttctatgtctcgtctacacttatgtatcc
acacctagcttcaagatggtctcagccctagactctatgacatcctgcta
tgtatagggaaaaggtcacagatgttaactgctgcatacccctgagagcc
tatgcaatcattttctcaaacaaaagataacttgtagaactggaagtggc
ttgaccattcagtgactggaagaagaaaggaatgacctgccaacatctat
taggcattacattagaaagctcacctgaattttttttctttcagtcctaa
tagacagcagatagttattccaaattgcactttataatcagaaactcttg
gtctagagaagtcacacatgtgtatggttttggatggggattagagttac
gcaagagagtctaatctagctcctgatagatgtcagtagtttccagtact
gcagctgggctctgaaaccttgacaagatagttcacccactcatcctcca
tgccattaagagac
gaattcaacagtggtaatggttatcaactgtgaacatgataaaaagcata
attaattgtgtgcttttaaagggtcagttttatagcttgtcaattgtatc
tcaattttaaaaacacactgaataggagtgataaagaaatcgaacaataa
agctcccatttacaactgaaaccagttaagaatgtgtacaaaaatgatta
gagaaactaacatggccatctgttaaccttgacctaggtttcatatttaa
taatttaaaactcatattctataaatgtaaatcccatgcaaataaaatat
aattgaataaaatctgaatttcttccttagaggtgtattctactagtcaa
taaaaacccttgctttcatgattataaagttacttctaaaaactacctcc
aattaatcaatgctggcaaagtacccactgtgccaccactgtaaacagct
gggggaaacctattttccatgcccctgcctgacagacaaataacttggct
ttaggttgtaaggaagttatcaccctggggctgactatgggcccagtaga
gattccagaaaaccttcaacttacctctaatgcgccttgaggcactttac
aaacaggaagtaaatagcatccaacacagagtccaaatgcaaagactgag
agctgtgtgtttgaaggaaattgcagaccacagattccacagccataggc
agaaaacagtacaagaactagcacaacaaaaatcaccaaacaaaagcagc
cacatacctgaggcgtggaagaaatctgatgtacagaatttcgacatcaa
aatacttaaatttaaagctttaaattgcatgccatatccagtaaaagagg
cagctgattaaaaaaaagtgtgtgtgtgtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_50491788_50492920
seq2: B6Ng01-110B04.b_48_1161

seq1  GAATTCCATGTCACTCTAGTCAAAATGATAACTCAGTATGTGAAGAAACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATGTCACTCTAGTCAAAATGATAACTCAGTATGTGAAGAAACT  50

seq1  TAGACCCTTGCCTGATGACCCAGGTTCAATTCCTAGAAACAATATAAAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACCCTTGCCTGATGACCCAGGTTCAATTCCTAGAAACAATATAAAGG  100

seq1  TGGAAGAAGGAGCTGACTCCACAGAGGTGCTCTCTGACCCCCGCACCTAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAGAAGGAGCTGACTCCACAGAGGTGCTCTCTGACCCCCGCACCTAC  150

seq1  CCTGTGGTATACACATCCTCTCACAGATACATCATGGACACATCCAAGTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTGGTATACACATCCTCTCACAGATACATCATGGACACATCCAAGTA  200

seq1  GTAATTAATTTTTGGTTTGAATACAGAAATAAATGAATATAGAGATACAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATTAATTTTTGGTTTGAATACAGAAATAAATGAATATAGAGATACAT  250

seq1  TGTTGGTGGGATACAAATTAGTATAACCACTATGGAGAATAATATGGAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGGTGGGATACAAATTAGTATAACCACTATGGAGAATAATATGGAGG  300

seq1  CCCCTGAAGGAACTAAAAACAGAATCACCATTATAATCCACGTATACGAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTGAAGGAACTAAAAACAGAATCACCATTATAATCCACGTATACGAC  350

seq1  TCCTGGCAGATACTCAAGGGATGTTATGGAGTCAGCCTCTGAGTCTATCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGGCAGATACTCAAGGGATGTTATGGAGTCAGCCTCTGAGTCTATCA  400

seq1  GTACATGAACAGATAAAAGATTATTTTTTCCCAAAATGCATCTAAACTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACATGAACAGATAAAAGATTATTTTTTCCCAAAATGCATCTAAACTCT  450

seq1  GAATTATATCTGGTTAGGACCACAAACCACCAACCAAAGCTACTTGATTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTATATCTGGTTAGGACCACAAACCACCAACCAAAGCTACTTGATTA  500

seq1  ATTAGCAAAGACCCTCTCCTCTTCATGGCATAGTTGATTGTAGGCCAGCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGCAAAGACCCTCTCCTCTTCATGGCATAGTTGATTGTAGGCCAGCT  550

seq1  GAGGATCGTTCTGCCTCTCAGTGTAGCTCAAGAAAGGGATGTGGCTAATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGATCGTTCTGCCTCTCAGTGTAGCTCAAGAAAGGGATGTGGCTAATG  600

seq1  TGCTTACCAACACAGTAAGTCTTCTATGTCTCGTCTACACTTATGTATCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTACCAACACAGTAAGTCTTCTATGTCTCGTCTACACTTATGTATCC  650

seq1  ACACCTAGCTTCAAGATGGTCTCAGCCCTAGACTCTATGACATCCTGCTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCTAGCTTCAAGATGGTCTCAGCCCTAGACTCTATGACATCCTGCTA  700

seq1  TGTATAGGGAAAAGGTCACAGATGTTAACTGCTGCATACCCCTGAGAGCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATAGGGAAAAGGTCACAGATGTTAACTGCTGCATACCCCTGAGAGCC  750

seq1  TATGCAATCATTTTCTCAAACAAAAGATAACTTGTAGAACTGGAAGTGGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCAATCATTTTCTCAAACAAAAGATAACTTGTAGAACTGGAAGTGGC  800

seq1  TTGACCATTCAGGTGACTGGAAGAAGAAAGGAATGACCTGCCAACATCTA  850
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACCATTCA-GTGACTGGAAGAAGAAAGGAATGACCTGCCAACATCTA  849

seq1  TTAGGCATTACATTAGAAAGCTCACCTGAATTTTTTTTTCTTTCAGTCCT  900
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TTAGGCATTACATTAGAAAGCTCACCTGAA-TTTTTTTTCTTTCAGTCCT  898

seq1  AATAAGACAGCAAGATAGTTATTCCAAATTGCACTTTATAATCAGAAACT  950
      ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAT-AGACAGC-AGATAGTTATTCCAAATTGCACTTTATAATCAGAAACT  946

seq1  CTTGGGTCTAGAGAAGTCACACATGTGTAAGGGTTTTGGATGGGGATTAG  1000
      ||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||
seq2  CTT-GGTCTAGAGAAGTCACACATGTGT-ATGGTTTTGGATGGGGATTAG  994

seq1  AGTTACGCAAAGAGAAGTCTAATCTTAGCTCCTGATAGGATGTCAGGGAA  1050
      |||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||  | |
seq2  AGTTACGC-AAGAG-AGTCTAATC-TAGCTCCTGATA-GATGTCA--GTA  1038

seq1  GTTTCCAGTACTGCAGCCTGGGCTCTGGAAACCCTGACAAGATAGGTTCA  1100
      |||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||| |||||
seq2  GTTTCCAGTACTGCAG-CTGGGCTCT-GAAACCTTGACAAGATA-GTTCA  1085

seq1  CCCACTCATCCCTCCCATGCCCATTAGAGAGAC  1133
      |||||||||||   ||||| |||||| ||||||
seq2  CCCACTCATCC--TCCATG-CCATTA-AGAGAC  1114

seq1: chr17_50694353_50695267
seq2: B6Ng01-110B04.g_66_947 (reverse)

seq1  CACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACTTT  50
                                      ||||||||||||||| ||
seq2  --------------------------------CACACACACACACAC-TT  17

seq1  TTTTTTAATCAGCTGCCTCTTTTACTGGATATGGCATGCAATTTAAAGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTAATCAGCTGCCTCTTTTACTGGATATGGCATGCAATTTAAAGCT  67

seq1  TTAAATTTAAGTATTTTGATGTCGAAATTCTGTACATCAGATTTCTTCCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATTTAAGTATTTTGATGTCGAAATTCTGTACATCAGATTTCTTCCA  117

seq1  CGCCTCAGGTATGTGGCTGCTTTTGTTTGGTGATTTTTGTTGTGCTAGTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCCTCAGGTATGTGGCTGCTTTTGTTTGGTGATTTTTGTTGTGCTAGTT  167

seq1  CTTGTACTGTTTTCTGCCTATGGCTGTGGAATCTGTGGTCTGCAATTTCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTACTGTTTTCTGCCTATGGCTGTGGAATCTGTGGTCTGCAATTTCC  217

seq1  TTCAAACACACAGCTCTCAGTCTTTGCATTTGGACTCTGTGTTGGATGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAACACACAGCTCTCAGTCTTTGCATTTGGACTCTGTGTTGGATGCT  267

seq1  ATTTACTTCCTGTTTGTAAAGTGCCTCAAGGCGCATTAGAGGTAAGTTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTACTTCCTGTTTGTAAAGTGCCTCAAGGCGCATTAGAGGTAAGTTGA  317

seq1  AGGTTTTCTGGAATCTCTACTGGGCCCATAGTCAGCCCCAGGGTGATAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTTTCTGGAATCTCTACTGGGCCCATAGTCAGCCCCAGGGTGATAAC  367

seq1  TTCCTTACAACCTAAAGCCAAGTTATTTGTCTGTCAGGCAGGGGCATGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTACAACCTAAAGCCAAGTTATTTGTCTGTCAGGCAGGGGCATGGA  417

seq1  AAATAGGTTTCCCCCAGCTGTTTACAGTGGTGGCACAGTGGGTACTTTGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAGGTTTCCCCCAGCTGTTTACAGTGGTGGCACAGTGGGTACTTTGC  467

seq1  CAGCATTGATTAATTGGAGGTAGTTTTTAGAAGTAACTTTATAATCATGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCATTGATTAATTGGAGGTAGTTTTTAGAAGTAACTTTATAATCATGA  517

seq1  AAGCAAGGGTTTTTATTGACTAGTAGAATACACCTCTAAGGAAGAAATTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAAGGGTTTTTATTGACTAGTAGAATACACCTCTAAGGAAGAAATTC  567

seq1  AGATTTTATTCAATTATATTTTATTTGCATGGGATTTACATTTATAGAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTTTATTCAATTATATTTTATTTGCATGGGATTTACATTTATAGAAT  617

seq1  ATGAGTTTTAAATTATTAAATATGAAACCTAGGTCAAGGTTAACAGATGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGTTTTAAATTATTAAATATGAAACCTAGGTCAAGGTTAACAGATGG  667

seq1  CCATGTTAGTTTCTCTAATCATTTTTGTACACATTCTTAACTGGTTTCAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGTTAGTTTCTCTAATCATTTTTGTACACATTCTTAACTGGTTTCAG  717

seq1  TTGTAAATGGGAGCTTTATTGTTCGATTTCTTTATCACTCCTATTCAGTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAAATGGGAGCTTTATTGTTCGATTTCTTTATCACTCCTATTCAGTG  767

seq1  TGTTTTTAAAATTGAGATACAATTGACAAGCTATAAAACTGACCCTTTAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTTAAAATTGAGATACAATTGACAAGCTATAAAACTGACCCTTTAA  817

seq1  AAGCACACAATTAATTATGCTTTTTATCATGTTCACAGTTGATAACCATT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCACACAATTAATTATGCTTTTTATCATGTTCACAGTTGATAACCATT  867

seq1  ACCACTGTTGAATTC  915
      |||||||||||||||
seq2  ACCACTGTTGAATTC  882