BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-117D02
Chromosome17 (Build37)
Map Location 49,011,741 - 49,175,382
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLrfn2
Upstream geneFoxp4, LOC383250, 1700122O11Rik, 1700067P10Rik, 9830107B12Rik, A530064D06Rik, LOC100043419, Trem1, Trem3, Treml4, Treml2, B430306N03Rik, Trem2, Treml1, Nfya, AI314976, Apobec2, Bzrpl1, Unc5cl
Downstream gene1700008K24Rik, LOC672972, Mocs1, Daam2, Kif6, EG668470, Rftn1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-117D02.bB6Ng01-117D02.g
ACCDH921996DH921997
length764886
definitionDH921996|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-117D02, 5' end.DH921997|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-117D02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(49,174,625 - 49,175,382)(49,011,741 - 49,012,627)
sequence
gaattccaagtgcatactactgtgttcaattgttttttttaatgtgggct
ctggggactgaagttaaggactggcctactgttccagccctggctctctt
tcctagaagggcagtcttagggaataatccagggtgaggtcacctccagg
tccttattctaaggttgtgctatgaaagtatggatgaacttcacttaaag
gctactactttgtttctttaaaaggaagacaatgctagaagccctcccca
tgtccttccaggtctttgagaaagatggagacagtcccacttcagctgtc
ctccataagatgtcatgttctgaagggacagccatggtgcatcctgacaa
gaagcatatagaagtcactgtcatccctgaggagctgggcagggctgggc
tggggacatgctattgttttactggtcagttgcaggctgggcaccagcat
tagagcagcagggacatgccaaggattgtctggtgcacaattgggagata
tcactggaccctagagtgttgctgggggaacctgtgtaatctggggacca
agtgaggaagcctggaagccaagtggaaaagaaaagactttgggaaattg
ctggggtagggagaagggagggggttccattaaacaccaggggaatgtcc
tcagaccttgcatgggagcacatattgacgctgccatgatgctaccattt
gtgtacaagaaaaggttgggagacatgcacagagggttaggcccttcatg
tacaaggagcagat
gaattcacagcctgccctgcacaccgagacacaccacatgttcagacagt
ttccaattatcgcccaagagtggagcatccagaaaagatggatgcagtcc
ttccgagttggtgggtaccgtggtttgaatgagaaatgctccccacaggt
ccatgtgtttgaacatttggtgacagctagtggtgctgatggagatgact
atgagatctttaggatatggagccttgccgcaggaagtatgtcactgggg
ggggtgggccttgagagtttatatcttcacccacttccggttccttttct
gcttctgatcaccagtgtgatgtgaggagtcagccacattcctccaggcc
acgttttccctgccataatagactgtatccctgctgtagctaaaagctaa
aacaaaaccttcctcccttaagttgcctctgtcaggtcactctcccacaa
caacaggaaagtaattaagacagtcggacctcaaagatcttcctcttcag
tctcaccactggacatgctggagaaacactggaacaagggtcgtgggaac
ctggttacataaagatgttctgcttctgtaggtgaccagacaatggcacc
catgctcccaggcgctgtggccagtctgcactgcactgactcataaggcc
ttttctctctccgtgcaaaggacggtttatcctttatctctgcagaggtc
ctttatatgaggattgggaactcagaggcagaaggaaagcatccatcttt
catgttttcacacagtatcttttctcggagggcccggagacagagagagt
gatatgcctagggtcaactttgatgtagagctccagaggcctggggaggg
aattgagtttcccatgtcacataagatgttctgcct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_49174625_49175382
seq2: B6Ng01-117D02.b_45_808 (reverse)

seq1  ATCTGCTCC-TGTGCCTG-AGGGCCT-ACCCTCTGTGCCTGTCTCC--AG  45
      ||||||||| ||| | || ||||||| ||||||||||| |||||||  | 
seq2  ATCTGCTCCTTGTACATGAAGGGCCTAACCCTCTGTGCATGTCTCCCAAC  50

seq1  CCTTTCTTGTACAC-AATGGTAGCATCATGGCAGCGTCAATATGTGCT-C  93
      | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CTTTTCTTGTACACAAATGGTAGCATCATGGCAGCGTCAATATGTGCTCC  100

seq1  CATGCAAGGTCTGAGGTACATTCCCCTGGTGTTTAATGGAACCCCCTCCC  143
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCAAGGTCTGAGG-ACATTCCCCTGGTGTTTAATGGAACCCCCTCCC  149

seq1  TTCTCCCTACCCCAGCAATTTCCCAAAGTCTTTTCTTTTCCACTTGGCTT  193
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCCCTACCCCAGCAATTTCCCAAAGTCTTTTCTTTTCCACTTGGCTT  199

seq1  CCAGGCTTCCTCACTTGGTCCCCAGATTACACAGGTTCCCCCAGCAACAC  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGCTTCCTCACTTGGTCCCCAGATTACACAGGTTCCCCCAGCAACAC  249

seq1  TCTAGGGTCCAGTGATATCTCCCAATTGTGCACCAGACAATCCTTGGCAT  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGGGTCCAGTGATATCTCCCAATTGTGCACCAGACAATCCTTGGCAT  299

seq1  GTCCCTGCTGCTCTAATGCTGGTGCCCAGCCTGCAACTGACCAGTAAAAC  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCTGCTGCTCTAATGCTGGTGCCCAGCCTGCAACTGACCAGTAAAAC  349

seq1  AATAGCATGTCCCCAGCCCAGCCCTGCCCAGCTCCTCAGGGATGACAGTG  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGCATGTCCCCAGCCCAGCCCTGCCCAGCTCCTCAGGGATGACAGTG  399

seq1  ACTTCTATATGCTTCTTGTCAGGATGCACCATGGCTGTCCCTTCAGAACA  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCTATATGCTTCTTGTCAGGATGCACCATGGCTGTCCCTTCAGAACA  449

seq1  TGACATCTTATGGAGGACAGCTGAAGTGGGACTGTCTCCATCTTTCTCAA  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACATCTTATGGAGGACAGCTGAAGTGGGACTGTCTCCATCTTTCTCAA  499

seq1  AGACCTGGAAGGACATGGGGAGGGCTTCTAGCATTGTCTTCCTTTTAAAG  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCTGGAAGGACATGGGGAGGGCTTCTAGCATTGTCTTCCTTTTAAAG  549

seq1  AAACAAAGTAGTAGCCTTTAAGTGAAGTTCATCCATACTTTCATAGCACA  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAAGTAGTAGCCTTTAAGTGAAGTTCATCCATACTTTCATAGCACA  599

seq1  ACCTTAGAATAAGGACCTGGAGGTGACCTCACCCTGGATTATTCCCTAAG  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTAGAATAAGGACCTGGAGGTGACCTCACCCTGGATTATTCCCTAAG  649

seq1  ACTGCCCTTCTAGGAAAGAGAGCCAGGGCTGGAACAGTAGGCCAGTCCTT  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCCCTTCTAGGAAAGAGAGCCAGGGCTGGAACAGTAGGCCAGTCCTT  699

seq1  AACTTCAGTCCCCAGAGCCCACATTAAAAAAAACAATTGAACACAGTAGT  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTCAGTCCCCAGAGCCCACATTAAAAAAAACAATTGAACACAGTAGT  749

seq1  ATGCACTTGGAATTC  758
      |||||||||||||||
seq2  ATGCACTTGGAATTC  764

seq1: chr17_49011741_49012627
seq2: B6Ng01-117D02.g_69_954

seq1  GAATTCACAGCCTGCCCTGCACACCGAGACACACCACATGTTCAGACAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACAGCCTGCCCTGCACACCGAGACACACCACATGTTCAGACAGT  50

seq1  TTCCAATTATCGCCCAAGAGTGGAGCATCCAGAAAAGATGGATGCAGTCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAATTATCGCCCAAGAGTGGAGCATCCAGAAAAGATGGATGCAGTCC  100

seq1  TTCCGAGTTGGTGGGTACCGTGGTTTGAATGAGAAATGCTCCCCACAGGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCGAGTTGGTGGGTACCGTGGTTTGAATGAGAAATGCTCCCCACAGGT  150

seq1  CCATGTGTTTGAACATTTGGTGACAGCTAGTGGTGCTGATGGAGATGACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGTGTTTGAACATTTGGTGACAGCTAGTGGTGCTGATGGAGATGACT  200

seq1  ATGAGATCTTTAGGATATGGAGCCTTGCCGCAGGAAGTATGTCACTGGGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGATCTTTAGGATATGGAGCCTTGCCGCAGGAAGTATGTCACTGGGG  250

seq1  GGGGTGGGCCTTGAGAGTTTATATCTTCACCCACTTCCGGTTCCTTTTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTGGGCCTTGAGAGTTTATATCTTCACCCACTTCCGGTTCCTTTTCT  300

seq1  GCTTCTGATCACCAGTGTGATGTGAGGAGTCAGCCACATTCCTCCAGGCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCTGATCACCAGTGTGATGTGAGGAGTCAGCCACATTCCTCCAGGCC  350

seq1  ACGTTTTCCCTGCCATAATAGACTGTATCCCTGCTGTAGCTAAAAGCTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTTTTCCCTGCCATAATAGACTGTATCCCTGCTGTAGCTAAAAGCTAA  400

seq1  AACAAAACCTTCCTCCCTTAAGTTGCCTCTGTCAGGTCACTCTCCCACAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAACCTTCCTCCCTTAAGTTGCCTCTGTCAGGTCACTCTCCCACAA  450

seq1  CAACAGGAAAGTAATTAAGACAGTCGGACCTCAAAGATCTTCCTCTTCAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAGGAAAGTAATTAAGACAGTCGGACCTCAAAGATCTTCCTCTTCAG  500

seq1  TCTCACCACTGGACATGCTGGAGAAACACTGGAACAAGGGTCGTGGGAAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCACCACTGGACATGCTGGAGAAACACTGGAACAAGGGTCGTGGGAAC  550

seq1  CTGGTTACATAAAGATGTTCTGCTTCTGTAGGTGACCAGACAATGGCACC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTTACATAAAGATGTTCTGCTTCTGTAGGTGACCAGACAATGGCACC  600

seq1  CATGCTCCCAGGCGCTGTGGCCAGTCTGCACTGCACTGACTCATAAGGCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCTCCCAGGCGCTGTGGCCAGTCTGCACTGCACTGACTCATAAGGCC  650

seq1  TTTTCTCTCTCCGTGCAAAGGACGGTTTATCCTTTATCTCTGCAGAGGTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTCTCTCCGTGCAAAGGACGGTTTATCCTTTATCTCTGCAGAGGTC  700

seq1  CTTTATATGAGGATTGGGAACTCAGAGGCAGAAGGAAAGCATCCATCTTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CTTTATATGAGGATTGGGAACTCAGAGGCAGAAGGAAAGCATCCATCTTT  750

seq1  CATGTTTCCACACAGTATC-TTTCTCGGAGGGCCCGGAGACAGAGAGAGT  799
      ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTTTTCACACAGTATCTTTTCTCGGAGGGCCCGGAGACAGAGAGAGT  800

seq1  GATATGCATAGGGTCAACTGTGAGGCAGGAGCTCCAGAGGCCTGGGGAGG  849
      ||||||| ||||||||||| ||| | | ||||||||||||||||||||||
seq2  GATATGCCTAGGGTCAACTTTGATGTA-GAGCTCCAGAGGCCTGGGGAGG  849

seq1  GAA-TGAGCTTTCCCAGGTCACACAGAGATGTTCTGCCT  887
      ||| |||| ||||||| |||||| | |||||||||||||
seq2  GAATTGAG-TTTCCCATGTCACATA-AGATGTTCTGCCT  886