BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-122K11
Chromosome17 (Build37)
Map Location 48,616,789 - 48,748,016
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneTbn, Ccnd3, Bysl, Trfp, LOC668463, Usp49, 1110002E23Rik, Frs3, Pgc, LOC100043405, Tcfeb, Mdfi, Foxp4, LOC383250, 1700122O11Rik, 1700067P10Rik, 9830107B12Rik, A530064D06Rik, LOC100043419, Trem1, Trem3, Treml4, Treml2, B430306N03Rik, Trem2, Treml1, Nfya, AI314976, Apobec2, Bzrpl1, Unc5cl
Downstream geneLrfn2, 1700008K24Rik, LOC672972, Mocs1, Daam2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-122K11.bB6Ng01-122K11.g
ACCDH926024DH926025
length1,026693
definitionDH926024|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-122K11, 5' end.DH926025|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-122K11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(48,746,975 - 48,748,016)(48,616,789 - 48,617,481)
sequence
gaattccagtgctgcatcatactggcctgtcctgaaattcttttctgctt
aaagctgaagaccaggttgtatgagaagagtccaggtctctaaaaggatg
aagggaccacacacacacacacacacacacacacacacacacaccgccag
gctgctgcagataacatgtccagctgtgccctctgccccagcccttccac
tggtgtcaaggctgcacagagcaagaagggtcacaaaagtagtagttcct
agactctgtcctttgacactctagctcactaccgtaagttctctctaccc
tgagcatcgtctgggcagccctgcatggtcatcaacacaggctttgccct
ttttatatcctaactgttggagaagctagtactattttcctacacgactt
ccgacagctccttctgcaaacagctcacctctgagaagtttgctttcccg
tgagttgatcttcatgccagatgacgtgtctgtgtgcttgagattcatgt
taagcagcagaagggcttccctggagaaatcctggttttcttttcctttt
tgagacaggagctcatgtagcccaggctagctcaagctacctacacaact
gagggaaaccttgaacttctttctgatcatcccacccttccctcctagta
cagtgtttacagggctgttccgtgacaattgttcttgcaacattaggaat
tgaacccaggcctccatgaatacaaagcaagccatctcccagctaagctg
tgtccccggcacaatgttggaatgttgctagaacagccattagggacaag
ctcgatctgaggttctgagacccactcttgtccttctggagactagactt
cagctggtctaggtgagccttaggaagtggggctgttctttgctgagcag
caacccgcccaggtgggagggggggggattaacatgcccagacatattat
acctcctcttctgttaatggaagaggagaaagcgccggataatcacagcg
tttactcttttaatccttgtaggcag
gaattcagttgttttttagaacttaacctagtacaaaatggaaactaggt
ccaagatggagtctctgaagccaaagtggcccccagttcaggggtgtgga
ggtcaactttgtgaaggagaaagtgggatggagtgaaggtgccacaggct
ccttcaactcctggaaaagacctgatccaccatactcagaattagatata
aggtggttcctggaacaccgatgaaacaacaaaaaggaaccgagcccagc
actacggctgcttccccatcttcacggaagtcctaacgggtgacaatgct
cccccactctttcttggttacctcatcagacggggcttttactggggtat
ggtgagtgtgacgagatacaactggcggttgatatagggtcttggagttg
gctggaacatggtatataagcttatgtactgcccaataaactcagatctg
catcctgatgctggtctctggagtctgaggctccatcactactcgcctcc
ccctctccccccaatccttggtcctgtttctacaacacgtatctattgag
aactagcaaattgttctccaagttagtgaccaaccttaccctctctcatc
atctgtgttaaggtcaggattcggagtaattttgcctatgggttttcagg
aggctgaaggtttaatggagacctgagtgtctacctccatgct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_48746975_48748016
seq2: B6Ng01-122K11.b_51_1076 (reverse)

seq1  CTGCCTGACAAGGATTAAAAAAGTATAACACTGTGATTTTCCCCTGCACT  50
      |||||| ||||||||||||| |||| ||| |||||||| |  || || ||
seq2  CTGCCT-ACAAGGATTAAAAGAGTA-AACGCTGTGATTAT--CCGGCGCT  46

seq1  TTTCTTCCTCTCTCATTAACACGAAAGGAGGTATATTATGTCTTGGCTTT  100
      ||   ||||||  ||||||||  | |||||||||| ||||||| |||  |
seq2  TT--CTCCTCTTCCATTAACAGAAGAGGAGGTATAATATGTCTGGGC-AT  93

seq1  GTGTAATCCCCCCCCCTCCCACCTGGGCGGGTTGCTGCTCAGCAAAGAAC  150
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GT-TAATCCCCCCCCCTCCCACCTGGGCGGGTTGCTGCTCAGCAAAGAAC  142

seq1  AGCCCCACTTCCTAAGGCTCACCTAGACCAGCTGAAGTCTAGTCTCCAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCCACTTCCTAAGGCTCACCTAGACCAGCTGAAGTCTAGTCTCCAGA  192

seq1  AGGACAAGAGTGGGTCTCAGAACCTCAGATCGAGCTTGTCCCTAATGGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACAAGAGTGGGTCTCAGAACCTCAGATCGAGCTTGTCCCTAATGGCT  242

seq1  GTTCTAGCAACATTCCAACATTGTGCCGGGGACACAGCTTAGCTGGGAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTAGCAACATTCCAACATTGTGCCGGGGACACAGCTTAGCTGGGAGA  292

seq1  TGGCTTGCTTTGTATTCATGGAGGCCTGGGTTCAATTCCTAATGTTGCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTTGCTTTGTATTCATGGAGGCCTGGGTTCAATTCCTAATGTTGCAA  342

seq1  GAACAATTGTCACGGAACAGCCCTGTAAACACTGTACTAGGAGGGAAGGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAATTGTCACGGAACAGCCCTGTAAACACTGTACTAGGAGGGAAGGG  392

seq1  TGGGATGATCAGAAAGAAGTTCAAGGTTTCCCTCAGTTGTGTAGGTAGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGATGATCAGAAAGAAGTTCAAGGTTTCCCTCAGTTGTGTAGGTAGCT  442

seq1  TGAGCTAGCCTGGGCTACATGAGCTCCTGTCTCAAAAAGGAAAAGAAAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCTAGCCTGGGCTACATGAGCTCCTGTCTCAAAAAGGAAAAGAAAAC  492

seq1  CAGGATTTCTCCAGGGAAGCCCTTCTGCTGCTTAACATGAATCTCAAGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGATTTCTCCAGGGAAGCCCTTCTGCTGCTTAACATGAATCTCAAGCA  542

seq1  CACAGACACGTCATCTGGCATGAAGATCAACTCACGGGAAAGCAAACTTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGACACGTCATCTGGCATGAAGATCAACTCACGGGAAAGCAAACTTC  592

seq1  TCAGAGGTGAGCTGTTTGCAGAAGGAGCTGTCGGAAGTCGTGTAGGAAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGGTGAGCTGTTTGCAGAAGGAGCTGTCGGAAGTCGTGTAGGAAAA  642

seq1  TAGTACTAGCTTCTCCAACAGTTAGGATATAAAAAGGGCAAAGCCTGTGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTACTAGCTTCTCCAACAGTTAGGATATAAAAAGGGCAAAGCCTGTGT  692

seq1  TGATGACCATGCAGGGCTGCCCAGACGATGCTCAGGGTAGAGAGAACTTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGACCATGCAGGGCTGCCCAGACGATGCTCAGGGTAGAGAGAACTTA  742

seq1  CGGTAGTGAGCTAGAGTGTCAAAGGACAGAGTCTAGGAACTACTACTTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGTAGTGAGCTAGAGTGTCAAAGGACAGAGTCTAGGAACTACTACTTTT  792

seq1  GTGACCCTTCTTGCTCTGTGCAGCCTTGACACCAGTGGAAGGGCTGGGGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACCCTTCTTGCTCTGTGCAGCCTTGACACCAGTGGAAGGGCTGGGGC  842

seq1  AGAGGGCACAGCTGGACATGTTATCTGCAGCAGCCTGGCGGTGTGTGTGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||
seq2  AGAGGGCACAGCTGGACATGTTATCTGCAGCAGCCTGGCG--------GT  884

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGGTCCCTTCATCCTTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGGTCCCTTCATCCTTT  934

seq1  TAGAGACCTGGACTCTTCTCATACAACCTGGTCTTCAGCTTTAAGCAGAA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGACCTGGACTCTTCTCATACAACCTGGTCTTCAGCTTTAAGCAGAA  984

seq1  AAGAATTTCAGGACAGGCCAGTATGATGCAGCACTGGAATTC  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATTTCAGGACAGGCCAGTATGATGCAGCACTGGAATTC  1026

seq1: chr17_48616789_48617481
seq2: B6Ng01-122K11.g_67_759

seq1  GAATTCAGTTGTTTTTTAGAACTTAACCTAGTACAAAATGGAAACTAGGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTTGTTTTTTAGAACTTAACCTAGTACAAAATGGAAACTAGGT  50

seq1  CCAAGATGGAGTCTCTGAAGCCAAAGTGGCCCCCAGTTCAGGGGTGTGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGATGGAGTCTCTGAAGCCAAAGTGGCCCCCAGTTCAGGGGTGTGGA  100

seq1  GGTCAACTTTGTGAAGGAGAAAGTGGGATGGAGTGAAGGTGCCACAGGCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCAACTTTGTGAAGGAGAAAGTGGGATGGAGTGAAGGTGCCACAGGCT  150

seq1  CCTTCAACTCCTGGAAAAGACCTGATCCACCATACTCAGAATTAGATATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCAACTCCTGGAAAAGACCTGATCCACCATACTCAGAATTAGATATA  200

seq1  AGGTGGTTCCTGGAACACCGATGAAACAACAAAAAGGAACCGAGCCCAGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGGTTCCTGGAACACCGATGAAACAACAAAAAGGAACCGAGCCCAGC  250

seq1  ACTACGGCTGCTTCCCCATCTTCACGGAAGTCCTAACGGGTGACAATGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACGGCTGCTTCCCCATCTTCACGGAAGTCCTAACGGGTGACAATGCT  300

seq1  CCCCCACTCTTTCTTGGTTACCTCATCAGACGGGGCTTTTACTGGGGTAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCACTCTTTCTTGGTTACCTCATCAGACGGGGCTTTTACTGGGGTAT  350

seq1  GGTGAGTGTGACGAGATACAACTGGCGGTTGATATAGGGTCTTGGAGTTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAGTGTGACGAGATACAACTGGCGGTTGATATAGGGTCTTGGAGTTG  400

seq1  GCTGGAACATGGTATATAAGCTTATGTACTGCCCAATAAACTCAGATCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGAACATGGTATATAAGCTTATGTACTGCCCAATAAACTCAGATCTG  450

seq1  CATCCTGATGCTGGTCTCTGGAGTCTGAGGCTCCATCACTACTCGCCTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCTGATGCTGGTCTCTGGAGTCTGAGGCTCCATCACTACTCGCCTCC  500

seq1  CCCTCTCCCCCCAATCCTTGGTCCTGTTTCTACAACACGTATCTATTGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCTCCCCCCAATCCTTGGTCCTGTTTCTACAACACGTATCTATTGAG  550

seq1  AACTAGCAAATTGTTCTCCAAGTTAGTGACCAACCTTACCCTCTCTCACC  600
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  AACTAGCAAATTGTTCTCCAAGTTAGTGACCAACCTTACCCTCTCTCATC  600

seq1  ATCTGTGTTAAGGTCAGGATTCGGAGTAATTTTGCCTATGGGTTTTCAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGTGTTAAGGTCAGGATTCGGAGTAATTTTGCCTATGGGTTTTCAGG  650

seq1  AGGCTGAAGGTTTAATGGAGACCTGAGTGTCTACCTCCATGCT  693
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTGAAGGTTTAATGGAGACCTGAGTGTCTACCTCCATGCT  693