BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-128P04
Chromosome17 (Build37)
Map Location 88,238,057 - 88,398,952
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC626888, LOC668863, EG626920, Msh6, Fbxo11
Upstream gene1700090G07Rik, Atp6v1e2, Rhoq, Pigf, Cript, EG433144, Socs5, Mcfd2, Ttc7, 1700011E24Rik, Calm2, LOC100043727, Tacstd1, Msh2, Kcnk12
Downstream geneEG225058, Foxn2, Ccdc128, LOC668866, Gtf2a1lf, Lhcgr, LOC668867, Fshr
LinkOpen Mouse BAC browser

no map image available.



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-128P04.bB6Ng01-128P04.g
ACCDH930662DH930663
length1,127715
definitionDH930662|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-128P04, 5' end.DH930663|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-128P04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(88,397,820 - 88,398,952)(88,238,057 - 88,238,770)
sequence
gaattcagatcaggacaaacagttgtcctattgttcgacataacaaaatt
catgatggacagcatggtgggatttatgtggtaagtgaatgaatgcagtt
acttaagctcgtgcatgaaaatcaaggcccacagctggggatgtgcctga
tccctagagagtgctgacctggggcaggtccagtcccaccacctctgaag
ccaggcctcgtgctctacacctatgaccccaggagtgggaagaggcagga
ggaccagaagttccaagtgtcagtgtaggctgtacaagcagattcaaggt
tacccagaacaacatgagatccttcaagaaatgggagagagggaaggaaa
aactataaaaggtgacttactgagaaatgtatctgcatgatcttggagac
atctttctaagtacctctgtttctcttaattctcatgttcaggcctttta
gtaaattaaagtatctgtcagactcctgagtcttgtttcattagaaaaaa
ggtagggtagtagatatgaagaccataatcccagcatggcctggggctct
gtggtggcttcatgggcacgcttgccatacaggcatgataactcgagaac
ccacttaaaaaaaagagagaagtagtggctgtggatgtactaagaagggt
ctctgcaaggagcaggggataaattaccacagtgagaaaaacagacttga
gtacagcctggctaaatagtgagcttgacttgagaaaacagaaaaacaca
tggcatggttatattataaacttctggattgtgaatttgtatctttagta
tgtagactaaatactagtcttagtcttccctttaatacataaatgatttc
tagttctgatatgtacgtagctgggtactttgaggcataagtgatagaac
ctctttaaatgtgtgtgtttgtgagtagaggaggtcagaaacttgaggga
atccgtttttttttccttctaccatgttggtctcaagcatcacagtcaag
tcctgaagctcagaaccagcccgcagcacccttaaaggagacttacagga
cggggtatctgccttgtagtcagtgtggactacttgtgatctggaaatcc
tataaaagcaattttaactacaccacc
gaattctgtctttctttggctgtcagaccagatggagaaaagcagcagcc
ctggtctcaggttaagcggcgattgttcttcactctttggattcttcctc
tctctgtctgaagttccagagcatcggagagaaacagagatggtgccggt
ggggaggggtgggaacctagaaacagatgaccacaagcacacactgagca
tctgtgtgcagcaccctggcctccaggacaggctgctccaaatcaccctt
agttagaggtcctccctcactcacaggatgagagcttgactgctccaagg
tatgcttgaggggaaggtttgtttaagaactacaggatttattttttatt
tattattttctcaatgtattgcttttaattctattttatgtgcattggtg
ttttgcctgcatgtcatcccatgtaaggttgtcagatccctggaaactgg
agttaggagcaggtgtgagctgccatgtgggtgctgggaattgaaactaa
gtcctctggaagagtatccagtgctcttaaccactaagcccatctctcca
gtccccaaaggtttttattgaagatatgagggaagagaacagctagaggc
atttggaagagtttagagcagagagagagaaagtggtggactgaacatag
ccaacaagctggaccagggagggcatgggaggagatagactggaaagagt
gagaaaggaagtggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_88397820_88398952
seq2: B6Ng01-128P04.b_51_1177 (reverse)

seq1  GGTGGTTGTAGTTTATACACTGCTTTTATAGGATTT-CAGATTCACAAAG  49
      ||||| |||||||   | | |||||||||||||||| |||| |||| |||
seq2  GGTGG-TGTAGTT--AAAATTGCTTTTATAGGATTTCCAGA-TCAC-AAG  45

seq1  TAGT-CACACTGACTACAAAGCAGATACCACGTCCTGTAAGTCCTCCTTT  98
      |||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||
seq2  TAGTCCACACTGACTACAAGGCAGATACCCCGTCCTGTAAGT-CTCCTTT  94

seq1  AAGGGTGCTGCGGGCTTGGTTCTGAGCTTCAGGACTTGACTGTGATGCCT  148
      ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  AAGGGTGCTGCGGGC-TGGTTCTGAGCTTCAGGACTTGACTGTGATGCTT  143

seq1  GAGACCAACATGGTAGAAGGAAAAAAAAACGGATTCCCTCAAGTTTTCTG  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GAGACCAACATGGTAGAAGGAAAAAAAAACGGATTCCCTCAAG-TTTCTG  192

seq1  ACCTCCTCTACTCACAAACACACACATTTAAAGAGGTTCTATCACTTATG  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCCTCTACTCACAAACACACACATTTAAAGAGGTTCTATCACTTATG  242

seq1  CCTCAAAGTACCCAGCTACGTACATATCAGAACTAGAAATCATTTATGTA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAAAGTACCCAGCTACGTACATATCAGAACTAGAAATCATTTATGTA  292

seq1  TTAAAGGGAAGACTAAGACTAGTATTTAGTCTACATACTAAAGATACAAA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGGGAAGACTAAGACTAGTATTTAGTCTACATACTAAAGATACAAA  342

seq1  TTCACAATCCAGAAGTTTATAATATAACCATGCCATGTGTTTTTCTGTTT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACAATCCAGAAGTTTATAATATAACCATGCCATGTGTTTTTCTGTTT  392

seq1  TCTCAAGTCAAGCTCACTATTTAGCCAGGCTGTACTCAAGTCTGTTTTTC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAAGTCAAGCTCACTATTTAGCCAGGCTGTACTCAAGTCTGTTTTTC  442

seq1  TCACTGTGGTAATTTATCCCCTGCTCCTTGCAGAGACCCTTCTTAGTACA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGTGGTAATTTATCCCCTGCTCCTTGCAGAGACCCTTCTTAGTACA  492

seq1  TCCACAGCCACTACTTCTCTCTTTTTTTTAAGTGGGTTCTCGAGTTATCA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACAGCCACTACTTCTCTCTTTTTTTTAAGTGGGTTCTCGAGTTATCA  542

seq1  TGCCTGTATGGCAAGCGTGCCCATGAAGCCACCACAGAGCCCCAGGCCAT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTGTATGGCAAGCGTGCCCATGAAGCCACCACAGAGCCCCAGGCCAT  592

seq1  GCTGGGATTATGGTCTTCATATCTACTACCCTACCTTTTTTCTAATGAAA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGGATTATGGTCTTCATATCTACTACCCTACCTTTTTTCTAATGAAA  642

seq1  CAAGACTCAGGAGTCTGACAGATACTTTAATTTACTAAAAGGCCTGAACA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGACTCAGGAGTCTGACAGATACTTTAATTTACTAAAAGGCCTGAACA  692

seq1  TGAGAATTAAGAGAAACAGAGGTACTTAGAAAGATGTCTCCAAGATCATG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAATTAAGAGAAACAGAGGTACTTAGAAAGATGTCTCCAAGATCATG  742

seq1  CAGATACATTTCTCAGTAAGTCACCTTTTATAGTTTTTCCTTCCCTCTCT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATACATTTCTCAGTAAGTCACCTTTTATAGTTTTTCCTTCCCTCTCT  792

seq1  CCCATTTCTTGAAGGATCTCATGTTGTTCTGGGTAACCTTGAATCTGCTT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATTTCTTGAAGGATCTCATGTTGTTCTGGGTAACCTTGAATCTGCTT  842

seq1  GTACAGCCTACACTGACACTTGGAACTTCTGGTCCTCCTGCCTCTTCCCA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACAGCCTACACTGACACTTGGAACTTCTGGTCCTCCTGCCTCTTCCCA  892

seq1  CTCCTGGGGTCATAGGTGTAGAGCACGAGGCCTGGCTTCAGAGGTGGTGG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGGGGTCATAGGTGTAGAGCACGAGGCCTGGCTTCAGAGGTGGTGG  942

seq1  GACTGGACCTGCCCCAGGTCAGCACTCTCTAGGGATCAGGCACATCCCCA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGGACCTGCCCCAGGTCAGCACTCTCTAGGGATCAGGCACATCCCCA  992

seq1  GCTGTGGGCCTTGATTTTCATGCACGAGCTTAAGTAACTGCATTCATTCA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTGGGCCTTGATTTTCATGCACGAGCTTAAGTAACTGCATTCATTCA  1042

seq1  CTTACCACATAAATCCCACCATGCTGTCCATCATGAATTTTGTTATGTCG  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACCACATAAATCCCACCATGCTGTCCATCATGAATTTTGTTATGTCG  1092

seq1  AACAATAGGACAACTGTTTGTCCTGATCTGAATTC  1133
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAATAGGACAACTGTTTGTCCTGATCTGAATTC  1127

seq1: chr17_88238057_88238770
seq2: B6Ng01-128P04.g_71_785

seq1  GAATTCTGTCTGTCTTTGGCTGTCAGACCAGATGGAGAAAAGCAGCAGCC  50
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTCTTTCTTTGGCTGTCAGACCAGATGGAGAAAAGCAGCAGCC  50

seq1  CTGGTCTCAGGTTAAGCGGCGATTGTTCTTCACTCTTTGGATTCTTCCTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTCTCAGGTTAAGCGGCGATTGTTCTTCACTCTTTGGATTCTTCCTC  100

seq1  TCTCTGTCTGAAGTTCCAGAGCATCGGAGAGAAACAGAGATGGTGCCGGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGTCTGAAGTTCCAGAGCATCGGAGAGAAACAGAGATGGTGCCGGT  150

seq1  GGGGAGGGGTGGGAACCTAGAAACAGATGACCACAAGCACACACTGAGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAGGGGTGGGAACCTAGAAACAGATGACCACAAGCACACACTGAGCA  200

seq1  TCTGTGTGCAGCACCCTGGCCTCCAGGACAGGCTGCTCCAAATCACCCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGTGCAGCACCCTGGCCTCCAGGACAGGCTGCTCCAAATCACCCTT  250

seq1  AGTTAGAGGTCCTCCCTCACTCACAGGATGAGAGCTTGACTGCTCCAAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAGAGGTCCTCCCTCACTCACAGGATGAGAGCTTGACTGCTCCAAGG  300

seq1  TATGCTTGAGGGGAAGGTTTGTTTAAGAACTACAGGATTTATTTTTTATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCTTGAGGGGAAGGTTTGTTTAAGAACTACAGGATTTATTTTTTATT  350

seq1  TATTATTTTCTCAATGTATTGCTTTTAATTCTATTTTATGTGCATTGGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTATTTTCTCAATGTATTGCTTTTAATTCTATTTTATGTGCATTGGTG  400

seq1  TTTTGCCTGCATGTCATCCCATGTAAGGTTGTCAGATCCCTGGAAACTGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGCCTGCATGTCATCCCATGTAAGGTTGTCAGATCCCTGGAAACTGG  450

seq1  AGTTAGGAGCAGGTGTGAGCTGCCATGTGGGTGCTGGGAATTGAAACTAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAGGAGCAGGTGTGAGCTGCCATGTGGGTGCTGGGAATTGAAACTAA  500

seq1  GTCCTCTGGAAGAGTATCCAGTGCTCTTAACCACTAAGCCCATCTCTCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTCTGGAAGAGTATCCAGTGCTCTTAACCACTAAGCCCATCTCTCCA  550

seq1  GTCCCCAAAGGTTTTTATTGAAGATATGAGGGAAGAGAACAGCTAGAGGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCCAAAGGTTTTTATTGAAGATATGAGGGAAGAGAACAGCTAGAGGC  600

seq1  ATTTGGAAGAGTTTAGAGCAGAGAGAGAGAAAGTGGTGGACTGAACATAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGGAAGAGTTTAGAGCAGAGAGAGAGAAAGTGGTGGACTGAACATAG  650

seq1  CCAACAAGCTGGACCAGGGAGGGCATGGGAGGAGATAGACTGG-AAGAGT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CCAACAAGCTGGACCAGGGAGGGCATGGGAGGAGATAGACTGGAAAGAGT  700

seq1  GAGAAAGGAAGTGGG  714
      |||||||||||||||
seq2  GAGAAAGGAAGTGGG  715