BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-129C11
Chromosome17 (Build37)
Map Location 63,303,678 - 63,441,972
singlet/doubletdoublet
Overlap geneFbxl17
Upstream geneEfna5
Downstream genePpia-ps17_1026.1, LOC638867, LOC668677, A930002H24Rik, Fert2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-129C11.bB6Ng01-129C11.g
ACCDH930815DH930816
length1,035934
definitionDH930815|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-129C11, 5' end.DH930816|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-129C11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(63,441,391 - 63,441,972)(63,303,678 - 63,304,610)
sequence
gaattcagttctcataaagtgaagatatctaatatagtgtcaagattttg
gaaaggatatataattctttttttatttgctattttttattagatatctt
ctttatatacatttcaaatttcaaatgctatcccaaaagttcccaatacc
ctcccacccactctgctcccctacccacccactcccacttcttggccctg
gcattcccctgtactggggcatataaagtttgcaataccaaggggtctct
cttcccattgatggccgactaggccatcttctcctacatatgcagctaga
tacacgagctctggggatactggttagttcatattgttgttccacctata
aggtagcagaccccttcagctccttgggtgctttctctagcttctccact
ggggaccctgtgttccattaatagatgactgtgagcatccacttctgtat
ttgccagggactggcatagcctcacaagagacagctataccagggtccct
tcatcaaaatcttgctggcatatgcaatagtgtctgggtttggtggctga
ttatgggatggatccccaggtggggtagtctctgaatagttcatcctttc
gtcttagctccaaactttgtctctgtaactccctaccggaagatccagca
atacctctcctgggcatataccaagaagaagttccaactggtagtaagaa
cacatgctccactatgttcatagcagccttatttataatagccagaagct
ggaaagaactcagatgtccctcaacagaagaatggatacagaaaatgtgg
tacatttacacaatggagtactactcagctattaaaaacaatgaatttat
gaaattcttggacaaatggatgtgtcctggaggatatcatccttagtggg
gtaacccaatcataaaataagtcattagatatgtactcactgatatgtgg
gatattagcccagaacatagaacacccaagatacaatttgcaaacacaga
aaatcaagagggaagaccaatgggagaatatacaa
gaattctttttatccaggcaaacaagagaggtaaaagaaaaattaaaaac
aggagagaggtctgaggctttggaaagaactcgggaactccaggctgtgt
cttaaggatgctggcttgggatggcaaggagatattgtcagcaaatctga
gatgtttgatgtaatgggtggtcttgtctgtcagcttgatgggatttgga
gttgtgtaagagatgcatctctggggtgagtctttgaagatgtttcagag
aaggattaactgaaaagaccctccctcagagtaagtggcacccacaggca
gtccagatataaaaacgacacacggaaaactatttgtttgcctagctgcc
tactttgtctccttgctgctcagtgtatctttcccactactgtggcagtg
gccgggcctcccctcctcttatactagaatccagcttcttcagccctcca
acaaggactcaagatctttgactcttcagaatcttccagtctttagcatc
acactggaatggtggaggcatctgacttcattgactgagaagctacaggt
gagaaaccccaggctttccagtattcccataccccactgtgtaagccatt
ctcgtgaatgtcctctatgtacatccgtctgtccatctagagaaccctga
ctaatagaataacccagttggtatatagacacggggctagaaaaagtgta
gcctctgtagttccctgatataaaccactacttcttaacttaagagccat
taggattggccagagcacatgtggaaccacgggataccagtcccactgtc
cagactttcagagcactggggggtagatgagaagtcaactgtggtgaatc
tgggcatagccctgattcctatgctttcttatcatgataccagatggtgg
gaatgcagcaggactgggcgaccccctgagaaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_63441391_63441972
seq2: B6Ng01-129C11.b_52_633 (reverse)

seq1  GAGACTACCCCACCTGGGGATCCATCCCATAATCAGCCACCAAACCCAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACTACCCCACCTGGGGATCCATCCCATAATCAGCCACCAAACCCAGA  50

seq1  CACTATTGCATATGCCAGCAAGATTTTGATGAAGGGACCCTGGTATAGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTATTGCATATGCCAGCAAGATTTTGATGAAGGGACCCTGGTATAGCT  100

seq1  GTCTCTTGTGAGGCTATGCCAGTCCCTGGCAAATACAGAAGTGGATGCTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCTTGTGAGGCTATGCCAGTCCCTGGCAAATACAGAAGTGGATGCTC  150

seq1  ACAGTCATCTATTAATGGAACACAGGGTCCCCAGTGGAGAAGCTAGAGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTCATCTATTAATGGAACACAGGGTCCCCAGTGGAGAAGCTAGAGAA  200

seq1  AGCACCCAAGGAGCTGAAGGGGTCTGCTACCTTATAGGTGGAACAACAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACCCAAGGAGCTGAAGGGGTCTGCTACCTTATAGGTGGAACAACAAT  250

seq1  ATGAACTAACCAGTATCCCCAGAGCTCGTGTATCTAGCTGCATATGTAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAACTAACCAGTATCCCCAGAGCTCGTGTATCTAGCTGCATATGTAGG  300

seq1  AGAAGATGGCCTAGTCGGCCATCAATGGGAAGAGAGACCCCTTGGTATTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGATGGCCTAGTCGGCCATCAATGGGAAGAGAGACCCCTTGGTATTG  350

seq1  CAAACTTTATATGCCCCAGTACAGGGGAATGCCAGGGCCAAGAAGTGGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACTTTATATGCCCCAGTACAGGGGAATGCCAGGGCCAAGAAGTGGGA  400

seq1  GTGGGTGGGTAGGGGAGCAGAGTGGGTGGGAGGGTATTGGGAACTTTTGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGTGGGTAGGGGAGCAGAGTGGGTGGGAGGGTATTGGGAACTTTTGG  450

seq1  GATAGCATTTGAAATTTGAAATGTATATAAAGAAGATATCTAATAAAAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGCATTTGAAATTTGAAATGTATATAAAGAAGATATCTAATAAAAAA  500

seq1  TAGCAAATAAAAAAAGAATTATATATCCTTTCCAAAATCTTGACACTATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAAATAAAAAAAGAATTATATATCCTTTCCAAAATCTTGACACTATA  550

seq1  TTAGATATCTTCACTTTATGAGAACTGAATTC  582
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGATATCTTCACTTTATGAGAACTGAATTC  582

seq1: chr17_63303678_63304610
seq2: B6Ng01-129C11.g_67_1000

seq1  GAATTCTTTTTTTCCAGGCAAACAAGAGAGGTAAAAGAAAAATTAAAAAC  50
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTTTATCCAGGCAAACAAGAGAGGTAAAAGAAAAATTAAAAAC  50

seq1  AGGAGAGAGGTCTGAGGCTTTGGAAAGAACTCGGGAACTCCAGGCTGTGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGAGAGGTCTGAGGCTTTGGAAAGAACTCGGGAACTCCAGGCTGTGT  100

seq1  CTTAAGGATGCTGGCTTGGGATGGCAAGGAGATATTGTCAGCAAATCTGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAGGATGCTGGCTTGGGATGGCAAGGAGATATTGTCAGCAAATCTGA  150

seq1  GATGTTTGATGTAATGGGTGGTCTTGTCTGTCAGCTTGATGGGATTTGGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTTTGATGTAATGGGTGGTCTTGTCTGTCAGCTTGATGGGATTTGGA  200

seq1  GTTGTGTAAGAGATGCATCTCTGGGGTGAGTCTTTGAAGATGTTTCAGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTGTAAGAGATGCATCTCTGGGGTGAGTCTTTGAAGATGTTTCAGAG  250

seq1  AAGGATTAACTGAAAAGACCCTCCCTCAGAGTAAGTGGCACCCACAGGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGATTAACTGAAAAGACCCTCCCTCAGAGTAAGTGGCACCCACAGGCA  300

seq1  GTCCAGATATAAAAACGACACACGGAAAACTATTTGTTTGCCTAGCTGCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCAGATATAAAAACGACACACGGAAAACTATTTGTTTGCCTAGCTGCC  350

seq1  TACTTTGTCTCCTTGCTGCTCAGTGTATCTTTCCCACTACTGTGGCAGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTTGTCTCCTTGCTGCTCAGTGTATCTTTCCCACTACTGTGGCAGTG  400

seq1  GCCGGGCCTCCCCTCCTCTTATACTAGAATCCAGCTTCTTCAGCCCTCCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCGGGCCTCCCCTCCTCTTATACTAGAATCCAGCTTCTTCAGCCCTCCA  450

seq1  ACAAGGACTCAAGATCTTTGACTCTTCAGAATCTTCCAGTCTTTAGCATC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGGACTCAAGATCTTTGACTCTTCAGAATCTTCCAGTCTTTAGCATC  500

seq1  ACACTGGAATGGTGGAGGCATCTGACTTCATTGACTGAGAAGCTACAGGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTGGAATGGTGGAGGCATCTGACTTCATTGACTGAGAAGCTACAGGT  550

seq1  GAGAAACCCCAGGCTTTCCAGTATTCCCATACCCCACTGTGTAAGCCATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAACCCCAGGCTTTCCAGTATTCCCATACCCCACTGTGTAAGCCATT  600

seq1  CTCGTGAATGTCCTCTATGTACATCCGTCTGTCCATCTAGAGAACCCTGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGTGAATGTCCTCTATGTACATCCGTCTGTCCATCTAGAGAACCCTGA  650

seq1  CTAATAGAATAACCCAGTTGGTATATAGACACGGGGCTAGAAAAAGTGTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATAGAATAACCCAGTTGGTATATAGACACGGGGCTAGAAAAAGTGTA  700

seq1  GCCTCTGTAGTTTCCTGATATAAACCACTACTTCTTAACTTAAGAGCCAA  750
      |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  GCCTCTGTAGTTCCCTGATATAAACCACTACTTCTTAACTTAAGAGCC-A  749

seq1  TTAGGATTGGCCAGAGCACATGTGGAACCACGGGATACCAGTCCCACTG-  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TTAGGATTGGCCAGAGCACATGTGGAACCACGGGATACCAGTCCCACTGT  799

seq1  CCAGACTTTCAGGAGCACTGGGGGATAGATGAGAAGTTCAACTGT-GTGA  848
      ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||
seq2  CCAGACTTTCA-GAGCACTGGGGGGTAGATGAGAAG-TCAACTGTGGTGA  847

seq1  ATCTGGGCATAG-CCTGATTCCTATGCTATC-TATCATGATACCAGATGG  896
      |||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||
seq2  ATCTGGGCATAGCCCTGATTCCTATGCTTTCTTATCATGATACCAGATGG  897

seq1  TGGGAATGCAGCAGGACT-GGCGACCACACTGAGAAAA  933
      |||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||
seq2  TGGGAATGCAGCAGGACTGGGCGACC-CCCTGAGAAAA  934