BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-147A02
Chromosome17 (Build37)
Map Location 80,820,569 - 80,872,728
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSos1
Upstream geneLOC639964, AW061290, Cyp1b1, EG668821, Arl6ip2, LOC625074, Hnrpll, Gpx4-ps, Galm, Sfrs7, 4930560E09Rik, Gemin6, Dhx57, Morn2
Downstream geneCdkl4, F420015M19Rik, Map4k3, LOC100043697, C230072F16Rik, LOC675572, EG668830, Tmem178, Thumpd2, LOC100043700, LOC100043704, Slc8a1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-147A02.bB6Ng01-147A02.g
ACCDH944003DH944004
length684864
definitionDH944003|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-147A02, 5' end.DH944004|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-147A02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(80,872,045 - 80,872,728)(80,820,569 - 80,821,428)
sequence
gaattccgtcctttttttcccaccatgtgaactatgtcacagtttatcta
gtggatggatagctgatgctttcaattcggagctattattaaagctgcca
taaatgttctttaaaaattgcatctatgtgtttgtgcatgtatgcacatg
catgcacagacgtggaggtcagaagacaacttacaggaatctgttctttc
cttctgccatgtggatctctcaaatcaaactggcgtggtggcaggtgagc
cacaggctcaaatggtcttgttgagatggtgtctcatgtaaccaggcttg
ccttgacctcctggtgctcctgtgtttgtctcctggatgttgggttacag
gtgtgcacactcagcccccatggttcttacaggagtctgcttagagacag
cttttattgcttgtacactagtaccgagacattgcttgcaggatagagat
ctgtttatgagaaactgctagacctttccccaagatggccaaaccattta
aaagtctctcacagtgatagatggtggctccttgccagtgtgtgatgtta
ctagtctttaactttagtggtttgaagtgctatcttattttaactgtgtc
ttgtatcccatggtagataattacattgatcacttttttatattcttttt
tgcactgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt
gaattccagcctgtatcaagggtaaccacagtttcagttaaggctctggc
ttaacctgagactaaaagaaccagttctaaaacagatgcaagtgtgtgga
gtcagcaggatgttctagaacagatggacgtgtgtggggtcagcaggatg
ttctaaaacagatgcaagtgtgtggagtcagcaggatgttctagaacaga
tggaagtgtgtggagtcagcaggatgttctagaacagatgcaagtgtgtg
gggtcagcaggatgttctagaacagatgcaagtgtgtggggtcagcagga
tgttctagaacagatgcaagtgtgtggggtcagcaggatgttctagaaca
gatggaagtgtgtggggtcagcaggatgttctagaacagatgcaagtgtg
tggggtcagcaggatgttctagaacagatgcaagtgtgtggggtcagcag
gatgttctagaacagatgcaagtgtgtggggtcagcaggatgttctagaa
cagatgcaagtgtgtggggtcagcaggatgttctagaacagatgcaagtg
tgtggggtcagcaggatgttctagaacagatgcaagtgtgtggggtcagc
aggatgttctagaacagatgcaagtgtgtggggtcagcaggatgttctag
aacagatgcaagtgtgtggggtcagcaggatgtttctagaacagatgcaa
gtgtgtgggggtcagcaggatgttctaaaacagatgcaagtgtgttgggg
tcagcaggatgtttctagaacagatgcaagtgtgtggggtcagcaagatg
ttctagaacagatgcaagtgtgtggggtcatcatgatgttctataacata
tggaagtgtttggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_80872045_80872728
seq2: B6Ng01-147A02.b_41_724 (reverse)

seq1  ACACACACACACACACACACACACACACAGTGCAAAAAAGAATATAAAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACACACACACACACACAGTGCAAAAAAGAATATAAAAA  50

seq1  AGTGATCAATGTAATTATCTACCATGGGATACAAGACACAGTTAAAATAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGATCAATGTAATTATCTACCATGGGATACAAGACACAGTTAAAATAA  100

seq1  GATAGCACTTCAAACCACTAAAGTTAAAGACTAGTAACATCACACACTGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGCACTTCAAACCACTAAAGTTAAAGACTAGTAACATCACACACTGG  150

seq1  CAAGGAGCCACCATCTATCACTGTGAGAGACTTTTAAATGGTTTGGCCAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGAGCCACCATCTATCACTGTGAGAGACTTTTAAATGGTTTGGCCAT  200

seq1  CTTGGGGAAAGGTCTAGCAGTTTCTCATAAACAGATCTCTATCCTGCAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGGGAAAGGTCTAGCAGTTTCTCATAAACAGATCTCTATCCTGCAAG  250

seq1  CAATGTCTCGGTACTAGTGTACAAGCAATAAAAGCTGTCTCTAAGCAGAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGTCTCGGTACTAGTGTACAAGCAATAAAAGCTGTCTCTAAGCAGAC  300

seq1  TCCTGTAAGAACCATGGGGGCTGAGTGTGCACACCTGTAACCCAACATCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTAAGAACCATGGGGGCTGAGTGTGCACACCTGTAACCCAACATCC  350

seq1  AGGAGACAAACACAGGAGCACCAGGAGGTCAAGGCAAGCCTGGTTACATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGACAAACACAGGAGCACCAGGAGGTCAAGGCAAGCCTGGTTACATG  400

seq1  AGACACCATCTCAACAAGACCATTTGAGCCTGTGGCTCACCTGCCACCAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACACCATCTCAACAAGACCATTTGAGCCTGTGGCTCACCTGCCACCAC  450

seq1  GCCAGTTTGATTTGAGAGATCCACATGGCAGAAGGAAAGAACAGATTCCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGTTTGATTTGAGAGATCCACATGGCAGAAGGAAAGAACAGATTCCT  500

seq1  GTAAGTTGTCTTCTGACCTCCACGTCTGTGCATGCATGTGCATACATGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGTTGTCTTCTGACCTCCACGTCTGTGCATGCATGTGCATACATGCA  550

seq1  CAAACACATAGATGCAATTTTTAAAGAACATTTATGGCAGCTTTAATAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACACATAGATGCAATTTTTAAAGAACATTTATGGCAGCTTTAATAAT  600

seq1  AGCTCCGAATTGAAAGCATCAGCTATCCATCCACTAGATAAACTGTGACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCCGAATTGAAAGCATCAGCTATCCATCCACTAGATAAACTGTGACA  650

seq1  TAGTTCACATGGTGGGAAAAAAAGGACGGAATTC  684
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTCACATGGTGGGAAAAAAAGGACGGAATTC  684

seq1: chr17_80820569_80821428
seq2: B6Ng01-147A02.g_67_930

seq1  GAATTCCAGCCTGTATCAAGGGTAACCACAGTTTCAGTTAAGGCTCTGGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGCCTGTATCAAGGGTAACCACAGTTTCAGTTAAGGCTCTGGC  50

seq1  TTAACCTGAGACTAAAAGAACCAGTTCTAAAACAGATGCAAGTGTGTGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACCTGAGACTAAAAGAACCAGTTCTAAAACAGATGCAAGTGTGTGGA  100

seq1  GTCAGCAGGATGTTCTAGAACAGATGGACGTGTGTGGGGTCAGCAGGATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGCAGGATGTTCTAGAACAGATGGACGTGTGTGGGGTCAGCAGGATG  150

seq1  TTCTAAAACAGATGCAAGTGTGTGGAGTCAGCAGGATGTTCTAGAACAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAAAACAGATGCAAGTGTGTGGAGTCAGCAGGATGTTCTAGAACAGA  200

seq1  TGGAAGTGTGTGGAGTCAGCAGGATGTTCTAGAACAGATGCAAGTGTGTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAGTGTGTGGAGTCAGCAGGATGTTCTAGAACAGATGCAAGTGTGTG  250

seq1  GGGTCAGCAGGATGTTCTAGAACAGATGCAAGTGTGTGGGGTCAGCAGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCAGCAGGATGTTCTAGAACAGATGCAAGTGTGTGGGGTCAGCAGGA  300

seq1  TGTTCTAGAACAGATGCAAGTGTGTGGGGTCAGCAGGATGTTCTAGAACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTAGAACAGATGCAAGTGTGTGGGGTCAGCAGGATGTTCTAGAACA  350

seq1  GATGGAAGTGTGTGGGGTCAGCAGGATGTTCTAGAACAGATGCAAGTGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGAAGTGTGTGGGGTCAGCAGGATGTTCTAGAACAGATGCAAGTGTG  400

seq1  TGGGGTCAGCAGGATGTTCTAGAACAGATGCAAGTGTGTGGGGTCAGCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGTCAGCAGGATGTTCTAGAACAGATGCAAGTGTGTGGGGTCAGCAG  450

seq1  GATGTTCTAGAACAGATGCAAGTGTGTGGGGTCAGCAGGATGTTCTAGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTTCTAGAACAGATGCAAGTGTGTGGGGTCAGCAGGATGTTCTAGAA  500

seq1  CAGATGCAAGTGTGTGGGGTCAGCAGGATGTTCTAGAACAGATGCAAGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATGCAAGTGTGTGGGGTCAGCAGGATGTTCTAGAACAGATGCAAGTG  550

seq1  TGTGGGGTCAGCAGGATGTTCTAGAACAGATGCAAGTGTGTGGGGTCAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGGGTCAGCAGGATGTTCTAGAACAGATGCAAGTGTGTGGGGTCAGC  600

seq1  AGGATGTTCTAGAACAGATGCAAGTGTGTGGGGTCAGCAGGATGTTCTAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATGTTCTAGAACAGATGCAAGTGTGTGGGGTCAGCAGGATGTTCTAG  650

seq1  AACAGATGCAAGTGTGTGGGGTCAGCAGGATG-TTCTAGAACAGATGCAA  699
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  AACAGATGCAAGTGTGTGGGGTCAGCAGGATGTTTCTAGAACAGATGCAA  700

seq1  GTGTGT-GGGGTCAGCAGGATGTTCTAGAACAGATGCAAGTGTG-TGGGG  747
      |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||
seq2  GTGTGTGGGGGTCAGCAGGATGTTCTAAAACAGATGCAAGTGTGTTGGGG  750

seq1  TCAGCAGGATG-TTCTAGAACAGATGCAAGTGTGTGGGGTCAGCAGGATG  796
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TCAGCAGGATGTTTCTAGAACAGATGCAAGTGTGTGGGGTCAGCAAGATG  800

seq1  TTCTAGAACAGATGCAAGTGTGTGGGGTCAGCAGGATGTTCTAGAACAGA  846
      |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||| |
seq2  TTCTAGAACAGATGCAAGTGTGTGGGGTCATCATGATGTTCTATAACATA  850

seq1  TGGAAGTGTGTGGG  860
      ||||||||| ||||
seq2  TGGAAGTGTTTGGG  864