BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-147A13
Chromosome17 (Build37)
Map Location 4,726,576 - 4,870,392
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream gene4930470H14Rik
Downstream genePpia-ps17_26.1, Arid1b, 5730437N04Rik, Ldhal6b, LOC100040282, LOC666919, LOC100040312, Zdhhc14, 3300005D01Rik, LOC100040342, LOC100040352, Snx9
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-147A13.bB6Ng01-147A13.g
ACCDH944024DH944025
length1,0701,088
definitionDH944024|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-147A13, 5' end.DH944025|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-147A13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(4,869,320 - 4,870,392)(4,726,576 - 4,727,664)
sequence
gggaattcctcactgtggatgctcagtgtgaccagccacctttcaatcca
gccaccatgcttctccaccatgattgtaccctccaacagggtcaggtgta
gcaatgagtaaagtaatgtcgaaactcaactgtataaacttcaagagacc
ctccaaccattcaggttaacatggcatctagggtctgctcatcataccta
tacataatttactgtgcacccacactaacagatgagcccgactctctaac
ctgatccaattcccattcatctttcctaggaaacttttgacagacattca
cagcatcttctgggttctttggtatgcatgtaatgccctcaaggccgtcc
tctacactgtagcgcctgacacttgccagtgactggacgatggtgactgg
tgaatggggttgggggagaaacggcagtctccacaaggcgactctctagc
agtgacccttcaggtggcttttctgtgggaagagctcagagagaaacaga
caggaagaaagggctacatccatgggccggaagctctgacctgggtgcta
ctcagggctcttgcatgcattgcatttttgggttggacttagggttggat
cttagaagctttgattctaggagataagtcttcctctgggatggtctgag
gagctttctggtctcttagctagtaaagctgtgaactaaaagccctcaat
gaatctttttcttttgctaaattctttaaggcaagcaactgcatcacaca
cttcttattttgaccgcatgtattgtagcaaccaccatgtggacacccaa
agccttgtcttgtaagtgatagttttagtgaatatgtttgctattgtgta
ccacaggttactaatggcctctctttactgtcagtgacaggacattgatg
cctggaaacctaacatatctaattctacattagctagtggcagtttaatg
tcccctagagtctcctggccctaacagtattggatccagccagttgatta
gaatagccaggtccttggttgtggcatgcaatatgatttcaggcagcaat
taaccaaaagtagtgtgaaa

gaattctgcagaaatgcatccccgcactcactgagtgcgtgggctaaaat
ggcttaaaaggaaaagaccagacacagctgatccatgtttgctctctcct
ctcagttggcaaaccagctgcctggctcggctgttgttaatgcacagcgg
agatttactgaggctccaacatgcaaacgacataaatttaagccagggaa
ggctgggtgtgcaaagggaagggcagagtcgacgctattatcttgctgac
tcaagccaaaatagacattagttacaattacctgggttttcaggaggaag
cctttttaaccttcattattgggataattacttcaactctcaccttttgt
ccacgtagtcaaaacctgaaaagttttactcctttgtaacagtcacctca
aactttttcagacatggtggccatggagataagacagaccacatgcaggt
aaagagcatgctgcacaaacaacatgtggcttgcttcaaaggcatcctcg
agagaaaattgtgcaaagtgtctaagattcaaatccttgtgctgaaaaca
ggaaaggcaaagttcagggccccagggccactgcttccatgagctgtgca
tgctttacccaaggtgcactgtgtctgtctccccagcagatgtttgcttg
gtgagttttctaaccctaactgtgctgactagagagaactgttaaaggat
gggatgatatgaaaatgacaacactagctctgcagtgttggaaatggatc
ctgtgtgtgtcagacattgggttcgtgtgtgttagacgtggggtctgcat
gtgttagtcatgagatctgggtgtgttaagtaatagtgtcagacaagatc
tgtatatattacatgtggggtctgaatgtgttgggtcgtgtggtctgcat
atgttagatacggggtctgcatgtctaaatatggggtttccatgtattag
tcataggtctgtgagtattaaatgtgggtctgcatgtgggggcttgcgtg
tgttgctcttgttgtctgctgttgttagtcatgtagtctttccaggtgtt
acccagggggtcggctgtttagcacaagggtatgtatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_4869320_4870392
seq2: B6Ng01-147A13.b_49_1116 (reverse)

seq1  TTTCACACTACCCTCTGGTCTAGTTGCTGCCTGAAATCCTATTTGCATGC  50
      |||||||||| | | |||| || ||||||||||||||| || ||||||||
seq2  TTTCACACTA-CTTTTGGT-TAATTGCTGCCTGAAATCATA-TTGCATGC  47

seq1  CCCAGCCAGTGGCCTGGCTTCTCTGATCCAACCTGCCTGGATCC-ATACT  99
      | || |||  | |||||||  ||| |||  | ||| |||||||| |||||
seq2  CACAACCAAGGACCTGGCTATTCTAATC--AACTGGCTGGATCCAATACT  95

seq1  GGTAAGGGCAGGAGACTCTAGGGGACATTAAAACTGGCACTAGCTTATGT  149
      | || || ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||
seq2  GTTAGGGCCAGGAGACTCTAGGGGACATT-AAACTGCCACTAGCTAATGT  144

seq1  AGAATTAGATATGGTTAGGTTTCCAGGCATCAATGTCCTGTCACTGACAG  199
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATTAGATAT-GTTAGGTTTCCAGGCATCAATGTCCTGTCACTGACAG  193

seq1  TAAAGAGAGGCCATTAGTAACCTGTGGTACACAATAGCAAACATATTCAC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGAGAGGCCATTAGTAACCTGTGGTACACAATAGCAAACATATTCAC  243

seq1  T-AAACTATCACTTACAAGACAAGGCTTTGGGTGTCCACATGGTGGTTGC  298
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAACTATCACTTACAAGACAAGGCTTTGGGTGTCCACATGGTGGTTGC  293

seq1  TACAATACATGCGGTCAAAATAAGAAGTGTGTGATGCAGTTGCTTGCCTT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAATACATGCGGTCAAAATAAGAAGTGTGTGATGCAGTTGCTTGCCTT  343

seq1  AAAGAATTTAGCAAAAGAAAAAGATTCATTGAGGGCTTTTAGTTCACAGC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAATTTAGCAAAAGAAAAAGATTCATTGAGGGCTTTTAGTTCACAGC  393

seq1  TTTACTAGCTAAGAGACCAGAAAGCTCCTCAGACCATCCCAGAGGAAGAC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACTAGCTAAGAGACCAGAAAGCTCCTCAGACCATCCCAGAGGAAGAC  443

seq1  TTATCTCCTAGAATCAAAGCTTCTAAGATCCAACCCTAAGTCCAACCCAA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCTCCTAGAATCAAAGCTTCTAAGATCCAACCCTAAGTCCAACCCAA  493

seq1  AAATGCAATGCATGCAAGAGCCCTGAGTAGCACCCAGGTCAGAGCTTCCG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGCAATGCATGCAAGAGCCCTGAGTAGCACCCAGGTCAGAGCTTCCG  543

seq1  GCCCATGGATGTAGCCCTTTCTTCCTGTCTGTTTCTCTCTGAGCTCTTCC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCATGGATGTAGCCCTTTCTTCCTGTCTGTTTCTCTCTGAGCTCTTCC  593

seq1  CACAGAAAAGCCACCTGAAGGGTCACTGCTAGAGAGTCGCCTTGTGGAGA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGAAAAGCCACCTGAAGGGTCACTGCTAGAGAGTCGCCTTGTGGAGA  643

seq1  CTGCCGTTTCTCCCCCAACCCCATTCACCAGTCACCATCGTCCAGTCACT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCGTTTCTCCCCCAACCCCATTCACCAGTCACCATCGTCCAGTCACT  693

seq1  GGCAAGTGTCAGGCGCTACAGTGTAGAGGACGGCCTTGAGGGCATTACAT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAGTGTCAGGCGCTACAGTGTAGAGGACGGCCTTGAGGGCATTACAT  743

seq1  GCATACCAAAGAACCCAGAAGATGCTGTGAATGTCTGTCAAAAGTTTCCT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATACCAAAGAACCCAGAAGATGCTGTGAATGTCTGTCAAAAGTTTCCT  793

seq1  AGGAAAGATGAATGGGAATTGGATCAGGTTAGAGAGTCGGGCTCATCTGT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAAGATGAATGGGAATTGGATCAGGTTAGAGAGTCGGGCTCATCTGT  843

seq1  TAGTGTGGGTGCACAGTAAATTATGTATAGGTATGATGAGCAGACCCTAG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGTGGGTGCACAGTAAATTATGTATAGGTATGATGAGCAGACCCTAG  893

seq1  ATGCCATGTTAACCTGAATGGTTGGAGGGTCTCTTGAAGTTTATACAGTT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCATGTTAACCTGAATGGTTGGAGGGTCTCTTGAAGTTTATACAGTT  943

seq1  GAGTTTCGACATTACTTTACTCATTGCTACACCTGACCCTGTTGGAGGGT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTTCGACATTACTTTACTCATTGCTACACCTGACCCTGTTGGAGGGT  993

seq1  ACAATCATGGTGGAGAAGCATGGTGGCTGGATTGAAAGGTGGCTGGTCAC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATCATGGTGGAGAAGCATGGTGGCTGGATTGAAAGGTGGCTGGTCAC  1043

seq1  ACTGAGCATCCACAGTGAGGAATTC  1073
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAGCATCCACAGTGAGGAATTC  1068


seq1: chr17_4726576_4727664
seq2: B6Ng01-147A13.g_71_1158

seq1  GAATTCTGCAGAAATGCATCCCCGCACTCACTGAGTGCGTGGGCTAAAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGCAGAAATGCATCCCCGCACTCACTGAGTGCGTGGGCTAAAAT  50

seq1  GGCTTAAAAGGAAAAGACCAGACACAGCTGATCCATGTTTGCTCTCTCCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTAAAAGGAAAAGACCAGACACAGCTGATCCATGTTTGCTCTCTCCT  100

seq1  CTCAGTTGGCAAACCAGCTGCCTGGCTCGGCTGTTGTTAATGCACAGCGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGTTGGCAAACCAGCTGCCTGGCTCGGCTGTTGTTAATGCACAGCGG  150

seq1  AGATTTACTGAGGCTCCAACATGCAAACGACATAAATTTAAGCCAGGGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTTACTGAGGCTCCAACATGCAAACGACATAAATTTAAGCCAGGGAA  200

seq1  GGCTGGGTGTGCAAAGGGAAGGGCAGAGTCGACGCTATTATCTTGCTGAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGGGTGTGCAAAGGGAAGGGCAGAGTCGACGCTATTATCTTGCTGAC  250

seq1  TCAAGCCAAAATAGACATTAGTTACAATTACCTGGGTTTTCAGGAGGAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGCCAAAATAGACATTAGTTACAATTACCTGGGTTTTCAGGAGGAAG  300

seq1  CCTTTTTAACCTTCATTATTGGGATAATTACTTCAACTCTCACCTTTTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTTTAACCTTCATTATTGGGATAATTACTTCAACTCTCACCTTTTGT  350

seq1  CCACGTAGTCAAAACCTGAAAAGTTTTACTCCTTTGTAACAGTCACCTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACGTAGTCAAAACCTGAAAAGTTTTACTCCTTTGTAACAGTCACCTCA  400

seq1  AACTTTTTCAGACATGGTGGCCATGGAGATAAGACAGACCACATGCAGGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTTTTCAGACATGGTGGCCATGGAGATAAGACAGACCACATGCAGGT  450

seq1  AAAGAGCATGCTGCACAAACAACATGTGGCTTGCTTCAAAGGCATCCTCG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAGCATGCTGCACAAACAACATGTGGCTTGCTTCAAAGGCATCCTCG  500

seq1  AGAGAAAATTGTGCAAAGTGTCTAAGATTCAAATCCTTGTGCTGAAAACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAAATTGTGCAAAGTGTCTAAGATTCAAATCCTTGTGCTGAAAACA  550

seq1  GGAAAGGCAAAGTTCAGGGCCCCAGGGCCACTGCTTCCATGAGCTGTGCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAGGCAAAGTTCAGGGCCCCAGGGCCACTGCTTCCATGAGCTGTGCA  600

seq1  TGCTTTACCCAAGGTGCACTGTGTCTGTCTCCCCAGCAGATGTTTGCTTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTACCCAAGGTGCACTGTGTCTGTCTCCCCAGCAGATGTTTGCTTG  650

seq1  GTGAGTTTTCTAACCCTAACTGTGCTGACTAGAGAGAACTGTTAAAGGAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGTTTTCTAACCCTAACTGTGCTGACTAGAGAGAACTGTTAAAGGAT  700

seq1  GGGATGATATGAAAATGACAACACTAGCTCTGCAGTGTTGGAAATGGATC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATGATATGAAAATGACAACACTAGCTCTGCAGTGTTGGAAATGGATC  750

seq1  CTGTGTGTGTCAGACATTGGGTTCGTGTGTGTTAGACGTGGGGTCTGCAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTGTGTCAGACATTGGGTTCGTGTGTGTTAGACGTGGGGTCTGCAT  800

seq1  GTGTTAGTCATGAGATCTGGGTGTGTTAGGTAATAGTGTCAGACAAGATC  850
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTAGTCATGAGATCTGGGTGTGTTAAGTAATAGTGTCAGACAAGATC  850

seq1  TGTATATATTACATGTGGGGTCTGAATGTGTT-GGTCGTGTGGTCTGCAT  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TGTATATATTACATGTGGGGTCTGAATGTGTTGGGTCGTGTGGTCTGCAT  900

seq1  ATGTTAGATACGGGGTCTGCATGTCTTAAATATGGGGTTTCCATGTATTA  949
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTAGATACGGGGTCTGCATGTC-TAAATATGGGGTTTCCATGTATTA  949

seq1  GTCATAGGGTCTGTGAGTATTAGATGTGGGTCTGCATGTGGGGTC-TGCG  998
      |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||
seq2  GTCATA-GGTCTGTGAGTATTAAATGTGGGTCTGCATGTGGGGGCTTGCG  998

seq1  TGTGTTGGTCATGTTGTCTGCATGTGTTAGTCATGTAGTC-TTCCATGTG  1047
      ||||||| || ||||||||||   |||||||||||||||| ||||| |||
seq2  TGTGTTGCTCTTGTTGTCTGCTGTTGTTAGTCATGTAGTCTTTCCAGGTG  1048

seq1  TTAGCCATGGGGTCTGCATGTGTTAGTCAC-AGGGTATGTATG  1089
      ||| ||| |||||| || ||| |||| ||| ||||||||||||
seq2  TTACCCAGGGGGTCGGC-TGT-TTAG-CACAAGGGTATGTATG  1088


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |