BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-148L05
Chromosome17 (Build37)
Map Location 80,820,569 - 80,821,609
singlet/doubletsinglet
Overlap geneSos1
Upstream geneLOC639964, AW061290, Cyp1b1, EG668821, Arl6ip2, LOC625074, Hnrpll, Gpx4-ps, Galm, Sfrs7, 4930560E09Rik, Gemin6, Dhx57, Morn2
Downstream geneCdkl4, F420015M19Rik, Map4k3, LOC100043697, C230072F16Rik, LOC675572, EG668830, Tmem178, Thumpd2, LOC100043700, LOC100043704, Slc8a1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-148L05.bB6Ng01-148L05.g
ACCDH945235DH945236
length1,0711,037
definitionDH945235|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-148L05, 5' end.DH945236|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-148L05, 3' end.
singlet/doublet---singlet
BLAST hitno hit dataunique
sequence
gaattctctgtttagctctctaccccattttttcatagggttatttggtt
ctctggagtccaacttcttgagttctttgtatatcaacttcttgagttct
ttgtatatatttgatattagccctctatttgatgtagtattggtaaagat
cttttcccagtctgttggttggtgtcttattgacagtgtcctttgcctta
cagaagctttgcaattttatgaggtctcatttgtccattcttgatcttag
agcataaaccatgggtgttctgttcaggaaaatttcccctgtgcccaggt
gttcgaggcttttccccactttctcttctattagattcagtgtatctggt
tttatgtaaaggtctttgatacacttcgatttgagctttgtacaagaaga
taagaatcagtcgatttgcattattatacatgctgaccactgttgaacca
gcaccacttgttgaaaattctgtcttttttccatgggatggttttagctc
cttttcaaagatcaagtgactataggtgtgtgggttcatttccgggactt
cagttctattccattgatcaacctgtctgtcactgtaccaataccatgca
gtttttatcactattgctctgtagtacagcttgaggtcagggatggtgat
tcccccagaagttcttttattgttgagaatagttttcactatcctgggtt
ttttgttattccaaatgaatttgagaattgctttttctaactttatgaag
aattgagatgggattttgatggggattgcattgaatttgtagattgcttc
agcaaatggccattttgactatattaatcctgcccatccatgagcatgag
agatctttccattctctgagatccttacatcagagacttgaagtccttgt
gacagatctatcacttgtttgctagggtcacaccaaagtattttacatta
ttgtgactattgtgaaggatgtgctttccctatttctttctctacctctt
tatctttgagtataggaagctactgatttggtgagttaattttattccca
gcactttgtttgaagtgtata
gaattccagcctgtatcaagggtaaccacagtttcagttaaggctctggc
ttaacctgagactaaaagaaccagttctaaaacagatgcaagtgtgtgga
gtcagcaggatgttctagaacagatggacgtgtgtggggtcagcaggatg
ttctaaaacagatgcaagtgtgtggagtcagcaggatgttctagaacaga
tggaagtgtgtggagtcagcaggatgttctagaacagatgcaagtgtgtg
gggtcagcaggatgttctagaacagatgcaagtgtgtggggtcagcagga
tgttctagaacagatgcaagtgtgtggggtcagcaggatgttctagaaca
gatggaagtgtgtggggtcagcaggatgttctagaacagatgcaagtgtg
tggggtcagcaggatgttctagaacagatgcaagtgtgtggggtcagcag
gatgttctagaacagatgcaagtgtgtggggtcagcaggatgttctagaa
cagatgcaagtgtgtggggtcagcaggatgttctagaacagatgcaagtg
tgtggggtcagcaggatgttctagaacagatgcaagtgtgtggggtcagc
aggatgttctagaacagatgcaagtgtgtggggtcagcaggatgttctag
aacagatgcaagtgtgtggggtcagcaggatgttctagaacagatgcaag
tgtgtggggtcagcaggatgttctagaacagatgcaagtgtgtggggtca
gcaggatgttctagaacagatgcaagtgtgtggggtcagcaggatgttct
agaacagatgcaagtgtgtggggtcaacaagatgttctagaacagatgga
agtgtgtggggtcagcaggatgttctaaacagatacaagtgtgtggagtc
agcaggagttctagaacagatggaatggtgtggagtcagcagatgttcta
aaacaatgcaatgtgttggggtccagcaggatgttctagacagatgctat
tttgtggggtctgcatgtatgttctagaactatggaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_80820569_80821609
seq2: B6Ng01-148L05.g_65_1101

seq1  GAATTCCAGCCTGTATCAAGGGTAACCACAGTTTCAGTTAAGGCTCTGGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGCCTGTATCAAGGGTAACCACAGTTTCAGTTAAGGCTCTGGC  50

seq1  TTAACCTGAGACTAAAAGAACCAGTTCTAAAACAGATGCAAGTGTGTGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACCTGAGACTAAAAGAACCAGTTCTAAAACAGATGCAAGTGTGTGGA  100

seq1  GTCAGCAGGATGTTCTAGAACAGATGGACGTGTGTGGGGTCAGCAGGATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGCAGGATGTTCTAGAACAGATGGACGTGTGTGGGGTCAGCAGGATG  150

seq1  TTCTAAAACAGATGCAAGTGTGTGGAGTCAGCAGGATGTTCTAGAACAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAAAACAGATGCAAGTGTGTGGAGTCAGCAGGATGTTCTAGAACAGA  200

seq1  TGGAAGTGTGTGGAGTCAGCAGGATGTTCTAGAACAGATGCAAGTGTGTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAGTGTGTGGAGTCAGCAGGATGTTCTAGAACAGATGCAAGTGTGTG  250

seq1  GGGTCAGCAGGATGTTCTAGAACAGATGCAAGTGTGTGGGGTCAGCAGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCAGCAGGATGTTCTAGAACAGATGCAAGTGTGTGGGGTCAGCAGGA  300

seq1  TGTTCTAGAACAGATGCAAGTGTGTGGGGTCAGCAGGATGTTCTAGAACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTAGAACAGATGCAAGTGTGTGGGGTCAGCAGGATGTTCTAGAACA  350

seq1  GATGGAAGTGTGTGGGGTCAGCAGGATGTTCTAGAACAGATGCAAGTGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGAAGTGTGTGGGGTCAGCAGGATGTTCTAGAACAGATGCAAGTGTG  400

seq1  TGGGGTCAGCAGGATGTTCTAGAACAGATGCAAGTGTGTGGGGTCAGCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGTCAGCAGGATGTTCTAGAACAGATGCAAGTGTGTGGGGTCAGCAG  450

seq1  GATGTTCTAGAACAGATGCAAGTGTGTGGGGTCAGCAGGATGTTCTAGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTTCTAGAACAGATGCAAGTGTGTGGGGTCAGCAGGATGTTCTAGAA  500

seq1  CAGATGCAAGTGTGTGGGGTCAGCAGGATGTTCTAGAACAGATGCAAGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATGCAAGTGTGTGGGGTCAGCAGGATGTTCTAGAACAGATGCAAGTG  550

seq1  TGTGGGGTCAGCAGGATGTTCTAGAACAGATGCAAGTGTGTGGGGTCAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGGGTCAGCAGGATGTTCTAGAACAGATGCAAGTGTGTGGGGTCAGC  600

seq1  AGGATGTTCTAGAACAGATGCAAGTGTGTGGGGTCAGCAGGATGTTCTAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATGTTCTAGAACAGATGCAAGTGTGTGGGGTCAGCAGGATGTTCTAG  650

seq1  AACAGATGCAAGTGTGTGGGGTCAGCAGGATGTTCTAGAACAGATGCAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGATGCAAGTGTGTGGGGTCAGCAGGATGTTCTAGAACAGATGCAAG  700

seq1  TGTGTGGGGTCAGCAGGATGTTCTAGAACAGATGCAAGTGTGTGGGGTCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGGGGTCAGCAGGATGTTCTAGAACAGATGCAAGTGTGTGGGGTCA  750

seq1  GCAGGATGTTCTAGAACAGATGCAAGTGTGTGGGGTCAGCAGGATGTTCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGATGTTCTAGAACAGATGCAAGTGTGTGGGGTCAGCAGGATGTTCT  800

seq1  AGAACAGATGCAAGTGTGTGGGGTCAGCAGGATGTTCTAGAACAGATGGA  850
      |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||
seq2  AGAACAGATGCAAGTGTGTGGGGTCAACAAGATGTTCTAGAACAGATGGA  850

seq1  AGTGTGTGGGGTCAGCAGGATGTTCTAGAACAGATACAAGTGTGTGGAGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTGTGGGGTCAGCAGGATGTTCTA-AACAGATACAAGTGTGTGGAGT  899

seq1  CAGCAGGATGTTCTAGAACAGATGGAAGTGTGTGGAGTCAGCAGGATGTT  950
      |||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||
seq2  CAGCAGGA-GTTCTAGAACAGATGGAATGGTGTGGAGTCAGCA-GATGTT  947

seq1  CTAGAACAGATGCAAGTGTG-TGGGGT-CAGCAGGATGTTCTAGAACAGA  998
      ||| |||| |||||| |||| |||||| |||||||||||||||| |||||
seq2  CTAAAACA-ATGCAA-TGTGTTGGGGTCCAGCAGGATGTTCTAG-ACAGA  994

seq1  TGCAAGTGTGTGGGGTCAGCA-GGATGTTCTAGAACAGATGGAA  1041
      ||| | | ||||||||| ||| | ||||||||||||  ||||||
seq2  TGCTATTTTGTGGGGTCTGCATGTATGTTCTAGAAC-TATGGAA  1037