BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-156D05
Chromosome17 (Build37)
Map Location 9,503,789 - 9,640,487
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG667170, LOC666143
Upstream geneSft2d1, LOC100038858, 9630019K15Rik, EG435502, LOC433063, T2, T, LOC100040817, Pde10a, 1700010I14Rik, EG667165
Downstream gene4932702K14Rik, Qk, LOC675815, Pacrg
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-156D05.bB6Ng01-156D05.g
ACCDH950768DH950769
length1,1761,047
definitionDH950768|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-156D05, 5' end.DH950769|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-156D05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(9,639,301 - 9,640,487)(9,503,789 - 9,504,835)
sequence
gaattcaagaaggagcagaggcagcaatcatggcagaacgttgcctactg
tctgtctcttatggattacatagttgttttcacacacaacccaggactcc
ctgcccatgtccacctgcccatcctgatggaagtcattcctcagttgaca
gttcctcttctgagatgactctagcttgtgtcaagttgacagacactaac
cagcacagctttcaaccttggaaaaatgctaaagcattctatactccccc
accccctgcaccctgtcctaatgcctgttccctgcatgatacaacactcg
gatgcttccataactttttgatgacttaataggtttcaaaagagctaatt
tttgcactcttcagaatggcattaattgttgaaagtagagcggctttgat
gaatgtcaagtcttaaacatcatctaaaaatgtcccgagtgcttagtgat
aatcaaagcagaacaaaactaacaaagaacaagtatggtttgccccatgg
tacacattttggatttttgtgcagtcgttgacaccaagtctcatattgac
ccggctgaccttgaacactgaagcctcttaactccacttcccaaatgttg
ggatgactggcaaaccacacagctggctctcacactttgggtccatctta
catagtcagatttggaactaggtgcccaacaacactttcatccaagaaac
atctttccaagtttgctcttgtcctactaatattctatgatcatccgcaa
ccaaggtacagtctgactccttactgttaatatgtaaagccttttaaaat
cactgttagtgctgttagcgtcttctgaaagccggtttactttcttttca
tttccgtaactgaaattctaaaagtttcccaaaccaatgatgacaatggc
aatgcctgtttcagcgattattataaataaaattgaataacacacacata
gtcgcagtcacaaaatgagggtcacacacatctgaagtcaatgccagaaa
gggcaggctctgcaaatgcatcagaacagcagctcactgaaacttggagc
acttaaactgcagaggcatagctcttcccatctggaagatcggttcttcc
ttcaagcagcatcagctcttggatcctgcctggagcggtttggcagggct
gctcatcttttctggtaggggggggg

gaattctgcagacgagcctgcttcagtgtgaggctcactgcattcttgtt
acatatgtgctgtgtttattttgtctctgaatgatgtagctcagcggtat
ttggcctctgggtaagaagaaactattgcattagctttggctataaattg
gtaccactgggatagacagctatgcttgttattgtgtgattgttttcaca
aggtattgtattgtagtcggaatatcacttgtgctggctagatttatgtc
aactttatacaactcagtgtcacctgggaaaaaggagtcttcattgagaa
aattcctccataggattgacctgtggacaagtctgtaggacatgtttttg
actgataattgaaatgggaggattcagctcactgtgggtaaagcagttcc
tgggaatgggtcttggatagcataaggaaaggaggctgggaaagtcacgc
tttgctccagttcctgctctggtttctcttcataaaagactatgataggg
atacataagcagatagaatccctttcctccatgtgttgttttgggtcata
gtgggattttttgttttttgatatttttaaaatttcatttgctatagaaa
ccccaactaaaaattcactcatcacgacactagctcagtaggtatcgttt
ttgttgtctgggtcagttagcctcaacatctgtgtagtgattatgagagt
gaatggttttgatccctgtacatttcagttaatttctcacttaaaagaat
aaatgaaacccttgggcacagaggacacctgcacttgcaacctttctgtc
ttgctggtgtacattaattagtgtgtaaaagtgacacgtgacaggaagtc
caggtgacacaatagaattcatcatcaatactggggaaatgaaactaggt
aataatatgtccttatgttagagaacatacacgtagagtcttgaagtgat
gtgtatgtacttaaatgaattttagtttcattacatcaaatacaaattta
attgctttgaatattgaaaaacagactgatgaccaaactctgggtcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_9639301_9640487
seq2: B6Ng01-156D05.b_46_1221 (reverse)

seq1  CCCCCACCCTACCAG-AAAGATGAGCAGCCCTGCAAAACTGGCTGCAGGC  49
      ||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||  ||| |||||
seq2  CCCCCCCCCTACCAGAAAAGATGAGCAGCCCTGCCAAAC-CGCTCCAGGC  49

seq1  AGTGATCAAAGAGCTGATGGCTGCTTTGAAGGAAGAACGGATCTT-CAGA  98
      || |||| |||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||| ||||
seq2  AG-GATCCAAGAGCTGAT-GCTGC-TTGAAGGAAGAACCGATCTTCCAGA  96

seq1  TGGGAAGGAGCTATGGCCTCTGCAGGTTTAGGTGCTCAAGGTTTCAGTGA  148
      |||||| ||||||| ||||||||| ||||| |||||| | ||||||||||
seq2  TGGGAA-GAGCTAT-GCCTCTGCA-GTTTAAGTGCTCCAAGTTTCAGTGA  143

seq1  GCTGCTGTTCTTGGATTGCATTTGCAGAGGCTTGCCCTTTCTTGGCATTG  198
      |||||||||||  || |||||||||||| || ||||||||| ||||||||
seq2  GCTGCTGTTCT--GA-TGCATTTGCAGA-GCCTGCCCTTTC-TGGCATTG  188

seq1  ACTTCAGATGTGTGTGACCCTTCATTTTGTGACTGCGACTATGTGTGTGT  248
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCAGATGTGTGTGACCC-TCATTTTGTGACTGCGACTATGTGTGTGT  237

seq1  TATTCAATTTTATTTATAATAATCGCTGGAAACAGGCATTGCCATTGTCA  298
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCAATTTTATTTATAATAATCGCT-GAAACAGGCATTGCCATTGTCA  286

seq1  TCATTGGTTTGGGAAACTTTTAGAATTTCAGTTACGGAATTGAAAAG-AA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||
seq2  TCATTGGTTTGGGAAACTTTTAGAATTTCAGTTACGGAAATGAAAAGAAA  336

seq1  GTAAACCGGCTTTCAGAAGACGCTAACAGCACTAACAGTGATTTTAAAAG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAACCGGCTTTCAGAAGACGCTAACAGCACTAACAGTGATTTTAAAAG  386

seq1  GCTTTACATATTAACAGTAAGGAGTCAGACTGTACCTTGGTTGCGGATGA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTACATATTAACAGTAAGGAGTCAGACTGTACCTTGGTTGCGGATGA  436

seq1  TCATAGAATATTAGTAGGACAAGAGCAAACTTGGAAAGATGTTTCTTGGA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAGAATATTAGTAGGACAAGAGCAAACTTGGAAAGATGTTTCTTGGA  486

seq1  TGAAAGTGTTGTTGGGCACCTAGTTCCAAATCTGACTATGTAAGATGGAC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAGTGTTGTTGGGCACCTAGTTCCAAATCTGACTATGTAAGATGGAC  536

seq1  CCAAAGTGTGAGAGCCAGCTGTGTGGTTTGCCAGTCATCCCAACATTTGG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAGTGTGAGAGCCAGCTGTGTGGTTTGCCAGTCATCCCAACATTTGG  586

seq1  GAAGTGGAGTTAAGAGGCTTCAGTGTTCAAGGTCAGCCGGGTCAATATGA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTGGAGTTAAGAGGCTTCAGTGTTCAAGGTCAGCCGGGTCAATATGA  636

seq1  GACTTGGTGTCAACGACTGCACAAAAATCCAAAATGTGTACCATGGGGCA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTGGTGTCAACGACTGCACAAAAATCCAAAATGTGTACCATGGGGCA  686

seq1  AACCATACTTGTTCTTTGTTAGTTTTGTTCTGCTTTGATTATCACTAAGC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCATACTTGTTCTTTGTTAGTTTTGTTCTGCTTTGATTATCACTAAGC  736

seq1  ACTCGGGACATTTTTAGATGATGTTTAAGACTTGACATTCATCAAAGCCG  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCGGGACATTTTTAGATGATGTTTAAGACTTGACATTCATCAAAGCCG  786

seq1  CTCTACTTTCAACAATTAATGCCATTCTGAAGAGTGCAAAAATTAGCTCT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTACTTTCAACAATTAATGCCATTCTGAAGAGTGCAAAAATTAGCTCT  836

seq1  TTTGAAACCTATTAAGTCATCAAAAAGTTATGGAAGCATCCGAGTGTTGT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAAACCTATTAAGTCATCAAAAAGTTATGGAAGCATCCGAGTGTTGT  886

seq1  ATCATGCAGGGAACAGGCATTAGGACAGGGTGCAGGGGGTGGGGGAGTAT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATGCAGGGAACAGGCATTAGGACAGGGTGCAGGGGGTGGGGGAGTAT  936

seq1  AGAATGCTTTAGCATTTTTCCAAGGTTGAAAGCTGTGCTGGTTAGTGTCT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATGCTTTAGCATTTTTCCAAGGTTGAAAGCTGTGCTGGTTAGTGTCT  986

seq1  GTCAACTTGACACAAGCTAGAGTCATCTCAGAAGAGGAACTGTCAACTGA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAACTTGACACAAGCTAGAGTCATCTCAGAAGAGGAACTGTCAACTGA  1036

seq1  GGAATGACTTCCATCAGGATGGGCAGGTGGACATGGGCAGGGAGTCCTGG  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATGACTTCCATCAGGATGGGCAGGTGGACATGGGCAGGGAGTCCTGG  1086

seq1  GTTGTGTGTGAAAACAACTATGTAATCCATAAGAGACAGACAGTAGGCAA  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTGTGTGAAAACAACTATGTAATCCATAAGAGACAGACAGTAGGCAA  1136

seq1  CGTTCTGCCATGATTGCTGCCTCTGCTCCTTCTTGAATTC  1187
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTCTGCCATGATTGCTGCCTCTGCTCCTTCTTGAATTC  1176


seq1: chr17_9503789_9504835
seq2: B6Ng01-156D05.g_67_1113

seq1  GAATTCTGCAGACGAGCCTGCTTCAGTGTGAGGCTCACTGCATTCTTGTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGCAGACGAGCCTGCTTCAGTGTGAGGCTCACTGCATTCTTGTT  50

seq1  ACATATGTGCTGTGTTTATTTTGTCTCTGAATGATGTAGCTCAGCGGTAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATGTGCTGTGTTTATTTTGTCTCTGAATGATGTAGCTCAGCGGTAT  100

seq1  TTGGCCTCTGGGTAAGAAGAAACTATTGCATTAGCTTTGGCTATAAATTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCCTCTGGGTAAGAAGAAACTATTGCATTAGCTTTGGCTATAAATTG  150

seq1  GTACCACTGGGATAGACAGCTATGCTTGTTATTGTGTGATTGTTTTCACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACCACTGGGATAGACAGCTATGCTTGTTATTGTGTGATTGTTTTCACA  200

seq1  AGGTATTGTATTGTAGTCGGAATATCACTTGTGCTGGCTAGATTTATGTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTATTGTATTGTAGTCGGAATATCACTTGTGCTGGCTAGATTTATGTC  250

seq1  AACTTTATACAACTCAGTGTCACCTGGGAAAAAGGAGTCTTCATTGAGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTTATACAACTCAGTGTCACCTGGGAAAAAGGAGTCTTCATTGAGAA  300

seq1  AATTCCTCCATAGGATTGACCTGTGGACAAGTCTGTAGGACATGTTTTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCCTCCATAGGATTGACCTGTGGACAAGTCTGTAGGACATGTTTTTG  350

seq1  ACTGATAATTGAAATGGGAGGATTCAGCTCACTGTGGGTAAAGCAGTTCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGATAATTGAAATGGGAGGATTCAGCTCACTGTGGGTAAAGCAGTTCC  400

seq1  TGGGAATGGGTCTTGGATAGCATAAGGAAAGGAGGCTGGGAAAGTCACGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAATGGGTCTTGGATAGCATAAGGAAAGGAGGCTGGGAAAGTCACGC  450

seq1  TTTGCTCCAGTTCCTGCTCTGGTTTCTCTTCATAAAAGACTATGATAGGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCTCCAGTTCCTGCTCTGGTTTCTCTTCATAAAAGACTATGATAGGG  500

seq1  ATACATAAGCAGATAGAATCCCTTTCCTCCATGTGTTGTTTTGGGTCATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATAAGCAGATAGAATCCCTTTCCTCCATGTGTTGTTTTGGGTCATA  550

seq1  GTGGGATTTTTTGTTTTTTGATATTTTTAAAATTTCATTTGCTATAGAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGATTTTTTGTTTTTTGATATTTTTAAAATTTCATTTGCTATAGAAA  600

seq1  CCCCAACTAAAAATTCACTCATCACGACACTAGCTCAGTAGGTATCGTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAACTAAAAATTCACTCATCACGACACTAGCTCAGTAGGTATCGTTT  650

seq1  TTGTTGTCTGGGTCAGTTAGCCTCAACATCTGTGTAGTGATTATGAGAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTGTCTGGGTCAGTTAGCCTCAACATCTGTGTAGTGATTATGAGAGT  700

seq1  GAATGGTTTTGATCCCTGTACATTTCAGTTAATTTCTCACTTAAAAGAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGGTTTTGATCCCTGTACATTTCAGTTAATTTCTCACTTAAAAGAAT  750

seq1  AAATGAAACCCTTGGGCACAGAGGACACCTGCACTTGCAACCTTTCTGTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGAAACCCTTGGGCACAGAGGACACCTGCACTTGCAACCTTTCTGTC  800

seq1  TTGCTGGTGTACATTAATTAGTGTTGTAAAAGTGACACGTGACAGGAAGT  850
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTGGTGTACATTAATTAGTG-TGTAAAAGTGACACGTGACAGGAAGT  849

seq1  CCAGGTGACACAATAGAATTCATCATCAATACTGGGGAAATGAAACTAGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGTGACACAATAGAATTCATCATCAATACTGGGGAAATGAAACTAGG  899

seq1  TATTAATATGTCCTTATG-TAGAGAACATACACGTAGAGTCTTGAAGTGA  949
      || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAATATGTCCTTATGTTAGAGAACATACACGTAGAGTCTTGAAGTGA  949

seq1  TGTGTATGTACTTAAATGAATTTAAGTTTCATTACATCAAATACAAATTT  999
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTATGTACTTAAATGAATTTTAGTTTCATTACATCAAATACAAATTT  999

seq1  AATTGCTTTGAATATTGAAAAACAGACTGATGACCAAACTCTGGGTCC  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGCTTTGAATATTGAAAAACAGACTGATGACCAAACTCTGGGTCC  1047


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |