BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-172G20
Chromosome17 (Build37)
Map Location 64,273,867 - 64,433,038
singlet/doubletdoublet
Overlap geneFert2
Upstream geneFbxl17, Ppia-ps17_1026.1, LOC638867, LOC668677, A930002H24Rik
Downstream geneLOC669778, Pja2, LOC100043582, Man2a1, 4930583I09Rik, LOC100043871
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-172G20.bB6Ng01-172G20.g
ACCGA001043GA001044
length1,121845
definitionB6Ng01-172G20.b B6Ng01-172G20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(64,431,909 - 64,433,038)(64,273,867 - 64,274,712)
sequence
gaattcccattcttgttacagagagctgcagtataaagaaagcaccattg
cccccttagcgcatctctctaaaatcccacagcagagctctggcatgctt
tctgttcttatttatgaaaacgagccaatggcagatttaagtcaggtcat
cctacaatggcctcacgtctctgaatggatgcctttactgtggaggcgca
tacagagcttctctatgaccagtggcagaaccagaattggaatttaccca
gaacctatccattaacctttaagagccaggcactgttgcagggcttgctt
tccccagtcaacaaagagcacaagtcaaaaaaaacctgcccttagaaagt
tttcataacaccctcagcaaggcctcaccaacaccctcaggaagttctca
ccaacactctcaggaagttctcaccaacaccctcaggaagttctcaccaa
caccctcagaaagttctcaccaacaccctcagcaaggccacaccaacacc
ctcagaaagttctcaccaacatcctcagcaaggcttcaccaccatcctca
gcaaggtcacaccaacatcctcaggaagttctcactaacaccctcattat
gtggctggtgcttagtgaacactcaatacctgcctgctgtgagcacactt
tatgcgacaggctgccatcaaagcaaggtccgctaaaagggctgcatgaa
gttacctccagtatcatatttaatgcattatgagatgtaaatacatcctg
atttagacatgggtctcatcacacttgtgcatattttataaagtccacaa
tactcagaacatgtctggtgttctgtctttcaagtaatggatattcaact
tgtactaaagcctaaataagacagaggagcatacatattattgggaataa
tggggagactgtccaaatgtagtctgtccatgtaagacactaacatgtag
atccatgtagagtgggcctcttaaactgtttccacaaccctagggtattt
taaatgtctctggtgataatatactacatattatatataattatatatat
acatgtatatgatatatatgcatatcaagtataatgatagttataaaaag
gtaatttaaatactatgattt

gaattcacctatctctactctcagtgctgggaacatagggtgtgctgtcc
tgtgggcttttccatgagggtgcttgtgatggaactcaggcctcacgtgc
cccacacaacaagtgctcttgcctttacccattgagccagctcagcccca
gatgacacatttttagaaatatattatgtttccttaccattatcactaat
ttaaaaaaatgaatttttctataatgtttcattaatttttccactagttt
ctattatatgagaataatatttatccttttaaatttttatatatactttt
aattttgttttattttcagtacttagtggcagagtcattttggaaatgta
gatactaaacttgagaggtaggagtcattgctatcatggccttagcttac
agtcttactcttgattgaattctcttttcttgaagcaaggctatattcta
ttataaatgattcagtcagcttcattgccttattgtttttgtgtataaac
ttggtggggttttgagagatcttgactttttttttttagtcctcttcaaa
ctctaaaggcaattaaaagtactttttgatttgtgaaaacatgagtttaa
gttatctcatgattttgttcagggattagaaacatttgtaaataaacatt
ttatgtgtttatcgtcgtgttggagttgaaggtagaaaaagtattcattt
gtcagtattgtgtatggtatattaatttacttgttcaatttttcctttaa
tgactcatacaaaagttcttataaatataattaatctattattcagaaat
actacaggtacaggtagtctattaggggaggatattaggattagt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_64431909_64433038
seq2: B6Ng01-172G20.b_44_1164 (reverse)

seq1  AAATCATAAGTATTTAAAATAAACTTTTTATAAACTATCATTTAATACTT  50
      ||||||| ||||||| |||| | |||||||| ||||||||||  ||||||
seq2  AAATCAT-AGTATTT-AAATTACCTTTTTAT-AACTATCATT--ATACTT  45

seq1  GATATGCATATATATCATATACATGTATAATATAATAATTATATATTAAT  100
      |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||
seq2  GATATGCATATATATCATATACATGTAT-ATAT-ATAATTATATA-TAAT  92

seq1  ATGTAGTATATTTATCACCAGAGACATTTTAAAATACCCTAGGGTTGTGG  150
      |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAGTATA-TTATCACCAGAGACA-TTTAAAATACCCTAGGGTTGTGG  140

seq1  AAACAGTTTAAGAGGCCCACTCTACATGGATCTACATGTTAGTGTCTTAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGTTTAAGAGGCCCACTCTACATGGATCTACATGTTAGTGTCTTAC  190

seq1  ATGGACAGACTACATTTGGACAGTCTCCCCATTATT-CCAATAATATGTA  249
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  ATGGACAGACTACATTTGGACAGTCTCCCCATTATTCCCAATAATATGTA  240

seq1  TGCTCCTCTGTCTTATTTAGGCTTTAGTACAAGTTGAATATCCATTACTT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCCTCTGTCTTATTTAGGCTTTAGTACAAGTTGAATATCCATTACTT  290

seq1  GAAAGACAGAACACCAGACATGTTCTGAGTATTGTGGACTTTATAAAATA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGACAGAACACCAGACATGTTCTGAGTATTGTGGACTTTATAAAATA  340

seq1  TGCACAAGTGTGATGAGACCCATGTCTAAATCAGGATGTATTTACATCTC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACAAGTGTGATGAGACCCATGTCTAAATCAGGATGTATTTACATCTC  390

seq1  ATAATGCATTAAATATGATACTGGAGGTAACTTCATGCAGCCCTTTTAGC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATGCATTAAATATGATACTGGAGGTAACTTCATGCAGCCCTTTTAGC  440

seq1  GGACCTTGCTTTGATGGCAGCCTGTCGCATAAAGTGTGCTCACAGCAGGC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCTTGCTTTGATGGCAGCCTGTCGCATAAAGTGTGCTCACAGCAGGC  490

seq1  AGGTATTGAGTGTTCACTAAGCACCAGCCACATAATGAGGGTGTTAGTGA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTATTGAGTGTTCACTAAGCACCAGCCACATAATGAGGGTGTTAGTGA  540

seq1  GAACTTCCTGAGGATGTTGGTGTGACCTTGCTGAGGATGGTGGTGAAGCC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTTCCTGAGGATGTTGGTGTGACCTTGCTGAGGATGGTGGTGAAGCC  590

seq1  TTGCTGAGGATGTTGGTGAGAACTTTCTGAGGGTGTTGGTGTGGCCTTGC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTGAGGATGTTGGTGAGAACTTTCTGAGGGTGTTGGTGTGGCCTTGC  640

seq1  TGAGGGTGTTGGTGAGAACTTTCTGAGGGTGTTGGTGAGAACTTCCTGAG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGGTGTTGGTGAGAACTTTCTGAGGGTGTTGGTGAGAACTTCCTGAG  690

seq1  GGTGTTGGTGAGAACTTCCTGAGAGTGTTGGTGAGAACTTCCTGAGGGTG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTTGGTGAGAACTTCCTGAGAGTGTTGGTGAGAACTTCCTGAGGGTG  740

seq1  TTGGTGAGGCCTTGCTGAGGGTGTTATGAAAACTTTCTAAGGGCAGGTTT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTGAGGCCTTGCTGAGGGTGTTATGAAAACTTTCTAAGGGCAGGTTT  790

seq1  TTTTTGACTTGTGCTCTTTGTTGACTGGGGAAAGCAAGCCCTGCAACAGT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGACTTGTGCTCTTTGTTGACTGGGGAAAGCAAGCCCTGCAACAGT  840

seq1  GCCTGGCTCTTAAAGGTTAATGGATAGGTTCTGGGTAAATTCCAATTCTG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGGCTCTTAAAGGTTAATGGATAGGTTCTGGGTAAATTCCAATTCTG  890

seq1  GTTCTGCCACTGGTCATAGAGAAGCTCTGTATGCGCCTCCACAGTAAAGG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTGCCACTGGTCATAGAGAAGCTCTGTATGCGCCTCCACAGTAAAGG  940

seq1  CATCCATTCAGAGACGTGAGGCCATTGTAGGATGACCTGACTTAAATCTG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCATTCAGAGACGTGAGGCCATTGTAGGATGACCTGACTTAAATCTG  990

seq1  CCATTGGCTCGTTTTCATAAATAAGAACAGAAAGCATGCCAGAGCTCTGC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTGGCTCGTTTTCATAAATAAGAACAGAAAGCATGCCAGAGCTCTGC  1040

seq1  TGTGGGATTTTAGAGAGATGCGCTAAGGGGGCAATGGTGCTTTCTTTATA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGGATTTTAGAGAGATGCGCTAAGGGGGCAATGGTGCTTTCTTTATA  1090

seq1  CTGCAGCTCTCTGTAACAAGAATGGGAATTC  1130
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAGCTCTCTGTAACAAGAATGGGAATTC  1121


seq1: chr17_64273867_64274712
seq2: B6Ng01-172G20.g_62_906

seq1  GAATTCACCTATCTCTACTCTCAGTGCTGGGAACATAGGGTGTGCTGTCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACCTATCTCTACTCTCAGTGCTGGGAACATAGGGTGTGCTGTCC  50

seq1  TGTGGGCTTTTCCATGAGGGTGCTTGTGATGGAACTCAGGCCTCACGTGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGGCTTTTCCATGAGGGTGCTTGTGATGGAACTCAGGCCTCACGTGC  100

seq1  CCCACACAACAAGTGCTCTTGCCTTTACCCATTGAGCCAGCTCAGCCCCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACACAACAAGTGCTCTTGCCTTTACCCATTGAGCCAGCTCAGCCCCA  150

seq1  GATGACACATTTTTAGAAATATATTATGTTTCCTTACCATTATCACTAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGACACATTTTTAGAAATATATTATGTTTCCTTACCATTATCACTAAT  200

seq1  TTAAAAAAATGAATTTTTCTATAATGTTTCATTAATTTTTCCACTAGTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAAAATGAATTTTTCTATAATGTTTCATTAATTTTTCCACTAGTTT  250

seq1  CTATTATATGAGAATAATATTTATCCTTTTAAATTTTTATATATACTTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTATATGAGAATAATATTTATCCTTTTAAATTTTTATATATACTTTT  300

seq1  AATTTTGTTTTATTTTCAGTACTTAGTGGCAGAGTCATTTTGGAAATGTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTGTTTTATTTTCAGTACTTAGTGGCAGAGTCATTTTGGAAATGTA  350

seq1  GATACTAAACTTGAGAGGTAGGAGTCATTGCTATCATGGCCTTAGCTTAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACTAAACTTGAGAGGTAGGAGTCATTGCTATCATGGCCTTAGCTTAC  400

seq1  AGTCTTACTCTTGATTGAATTCTCTTTTCTTGAAGCAAGGCTATATTCTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTTACTCTTGATTGAATTCTCTTTTCTTGAAGCAAGGCTATATTCTA  450

seq1  TTATAAATGATTCAGTCAGCTTCATTGCCTTATTGTTTTTGTGTATAAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAAATGATTCAGTCAGCTTCATTGCCTTATTGTTTTTGTGTATAAAC  500

seq1  TTGGTGGGGTTTTGAGAGATCTTGACTTTTTTTTTTTAGTCCTCTTCAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTGGGGTTTTGAGAGATCTTGACTTTTTTTTTTTAGTCCTCTTCAAA  550

seq1  CTCTAAAGGCAATTAAAAGTACTTTTTGATTTGTGAAAACATGAGTTTAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAAAGGCAATTAAAAGTACTTTTTGATTTGTGAAAACATGAGTTTAA  600

seq1  GTTATCTCATGATTTTGTTCAGGGATTAGAAACATTTGTAAATAAACATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATCTCATGATTTTGTTCAGGGATTAGAAACATTTGTAAATAAACATT  650

seq1  TTATGTGTTTATCGTCGTGTTGGAGTTGAAGGTAGAAAAAGTATTCATTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGTGTTTATCGTCGTGTTGGAGTTGAAGGTAGAAAAAGTATTCATTT  700

seq1  GTCAGTATTGTGTATGGTATATTAATTTACTTGTTCAAATTTTTCCTTTA  750
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GTCAGTATTGTGTATGGTATATTAATTTACTTGTTC-AATTTTTCCTTTA  749

seq1  ATGACTCATACAAAAGTTCTTATAAATATAATTAATCTATTATTCAGAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACTCATACAAAAGTTCTTATAAATATAATTAATCTATTATTCAGAAA  799

seq1  TACTACAGGTACAGGTAGTCTATTAGGGGAGGATTATAGGATTAGT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||
seq2  TACTACAGGTACAGGTAGTCTATTAGGGGAGGATATTAGGATTAGT  845


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |