BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-172I12
Chromosome17 (Build37)
Map Location 51,988,060 - 52,079,518
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneTbc1d5, LOC100043451, LOC100043452, Satb1, EG628919
Downstream geneLOC672987, EG328839
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-172I12.bB6Ng01-172I12.g
ACCGA001123GA001124
length5411,152
definitionB6Ng01-172I12.b B6Ng01-172I12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(52,078,972 - 52,079,518)(51,988,060 - 51,989,247)
sequence
caatcagcccttaaagctcacatgttgccttctggtaagatctgtcacaa
taaatcaaatgtcggtcatcccccataatggttaccaagagtagagtgct
gatttctcaaagcttgtgaaataaataagatcacctttccttgcttgttc
attttaattagactacactatttcttaccatttcacgtatttaccaagcc
ctttgttcacccaggagaacatggcaatgagccagttggctttataccta
ctaaaaatggcacctggaaagttaagccaatttttgttcttgagaaaagt
attaacccactattaatagtttttctaagaacaaacaaacaaacaaacaa
acaagcaaacaaaacgttctctgggcaaaaatggtcaggagctggccatg
agatggagacgagactgcggtttggacagcactgggaccaagctaaacac
tttcataggccaaagttcaggcttcagtctccacaaggaaaagtgggacg
ggaaggagggaagaacgcagggagggagggagagagggagg

gaattcagtgaatatctgatagcaatctctatagctttggatagtgcaga
tggaaacattaacaagattctaaaagagaaaatgagttttaaaaaaaaaa
accttgtttttgagaaggaatgttaatgaagaggaatatccttatcaaat
tgttaagatgtatcataaagttataaaagttaagactgtatgatactggc
agcaaaatagattgagacaaaaataatgtccaaataaattttacaaaaga
atgaattgtttgatagtgataagagcacaaatcaatgtggagatgaacac
tttgcaaaatacagacagattaatttgcagaaaagaaaaatcaatgttta
ctctcatatatatacatatatataatcataaattatcaaaactaaaagca
taggaagtctgagggagctattttcatagggttggaatgctgtaatatgg
acaaacaataaaatatacttgattacatttcaaaatgaaacaagcaaaag
tagccttttcacaatcatttgaacataacagaaaaggtcaacatgcttac
tacacatggacttctgcagattcaaaacagggaccagccaatgtgtatga
cattagagtggagccatagtttagagaggataaaaagtggcagatttgca
aacagagaaaagagtctttccttagtcatcaaatgaataatcactgaaac
aaaaaaaaaataagttgtatttcagtttaatagattatctctaaattaac
gtcaaggacttatcatcctgccattacattcaggtcaaaatggatgaaat
ccagcaacaatttacttaaagatatcaagagctttagaatggcgagagct
caagaggcaagagtccagaatgcagggagctcaggggaacttagttacct
tacctgccaggagctaagaggctcaaagaccttaacaatttcccatcatg
ggtagcatgtacctttttgaaatactgggcacataaatcactaaacagta
atgcatgcttgatgtgctgcccatgggagtgcactatagagcatgtctat
aaaatgggtggtgctctgagagtgtgtcactgtgtaggtggctgagggtc
taggtcaaactctggccactgcaggtacctctctggctgctggtgaagac
aa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_52078972_52079518
seq2: B6Ng01-172I12.b_43_589 (reverse)

seq1  CCTCCCTCTCTCCCTCCCTCCCTGCGTTCTTCCCTCCTTCCCGTCCCACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCCTCTCTCCCTCCCTCCCTGCGTTCTTCCCTCCTTCCCGTCCCACT  50

seq1  TTTCCTTGTGGAGACTGAAGCCTGAACTTTGGCCTATGAAAGTGTTTAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTTGTGGAGACTGAAGCCTGAACTTTGGCCTATGAAAGTGTTTAGC  100

seq1  TTGGTCCCAGTGCTGTCCAAACCGCAGTCTCGTCTCCATCTCATGGCCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTCCCAGTGCTGTCCAAACCGCAGTCTCGTCTCCATCTCATGGCCAG  150

seq1  CTCCTGACCATTTTTGCCCAGAGAACGTTTTGTTTGCTTGTTTGTTTGTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGACCATTTTTGCCCAGAGAACGTTTTGTTTGCTTGTTTGTTTGTT  200

seq1  TGTTTGTTTGTTCTTAGAAAAACTATTAATAGTGGGTTAATACTTTTCTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGTTTGTTCTTAGAAAAACTATTAATAGTGGGTTAATACTTTTCTC  250

seq1  AAGAACAAAAATTGGCTTAACTTTCCAGGTGCCATTTTTAGTAGGTATAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAACAAAAATTGGCTTAACTTTCCAGGTGCCATTTTTAGTAGGTATAA  300

seq1  AGCCAACTGGCTCATTGCCATGTTCTCCTGGGTGAACAAAGGGCTTGGTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAACTGGCTCATTGCCATGTTCTCCTGGGTGAACAAAGGGCTTGGTA  350

seq1  AATACGTGAAATGGTAAGAAATAGTGTAGTCTAATTAAAATGAACAAGCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACGTGAAATGGTAAGAAATAGTGTAGTCTAATTAAAATGAACAAGCA  400

seq1  AGGAAAGGTGATCTTATTTATTTCACAAGCTTTGAGAAATCAGCACTCTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAAGGTGATCTTATTTATTTCACAAGCTTTGAGAAATCAGCACTCTA  450

seq1  CTCTTGGTAACCATTATGGGGGATGACCGACATTTGATTTATTGTGACAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTGGTAACCATTATGGGGGATGACCGACATTTGATTTATTGTGACAG  500

seq1  ATCTTACCAGAAGGCAACATGTGAGCTTTAAGGGCTGATTGGAATTC  547
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTACCAGAAGGCAACATGTGAGCTTTAAGGGCTGATTGGAATTC  547


seq1: chr17_51988060_51989247
seq2: B6Ng01-172I12.g_65_1216

seq1  GAATTCAGTGAATATCTGATAGCAATCTCTATAGCTTTGGATAGTGCAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTGAATATCTGATAGCAATCTCTATAGCTTTGGATAGTGCAGA  50

seq1  TGGAAACATTAACAAGATTCTAAAAGAGAAAATGAGTTTTAAAAAAAAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAACATTAACAAGATTCTAAAAGAGAAAATGAGTTTTAAAAAAAAAA  100

seq1  ACCTTGTTTTTGAGAAGGAATGTTAATGAAGAGGAATATCCTTATCAAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTGTTTTTGAGAAGGAATGTTAATGAAGAGGAATATCCTTATCAAAT  150

seq1  TGTTAAGATGTATCATAAAGTTATAAAAGTTAAGACTGTATGATACTGGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAAGATGTATCATAAAGTTATAAAAGTTAAGACTGTATGATACTGGC  200

seq1  AGCAAAATAGATTGAGACAAAAATAATGTCCAAATAAATTTTACAAAAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAAATAGATTGAGACAAAAATAATGTCCAAATAAATTTTACAAAAGA  250

seq1  ATGAATTGTTTGATAGTGATAAGAGCACAAATCAATGTGGAGATGAACAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATTGTTTGATAGTGATAAGAGCACAAATCAATGTGGAGATGAACAC  300

seq1  TTTGCAAAATACAGACAGATTAATTTGCAGAAAAGAAAAATCAATGTTTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCAAAATACAGACAGATTAATTTGCAGAAAAGAAAAATCAATGTTTA  350

seq1  CTCTCATATATATACATATATATAATCATAAATTATCAAAACTAAAAGCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCATATATATACATATATATAATCATAAATTATCAAAACTAAAAGCA  400

seq1  TAGGAAGTCTGAGGGAGCTATTTTCATAGGGTTGGAATGCTGTAATATGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAAGTCTGAGGGAGCTATTTTCATAGGGTTGGAATGCTGTAATATGG  450

seq1  ACAAACAATAAAATATACTTGATTACATTTCAAAATGAAACAAGCAAAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAACAATAAAATATACTTGATTACATTTCAAAATGAAACAAGCAAAAG  500

seq1  TAGCCTTTTCACAATCATTTGAACATAACAGAAAAGGTCAACATGCTTAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCTTTTCACAATCATTTGAACATAACAGAAAAGGTCAACATGCTTAC  550

seq1  TACACATGGACTTCTGCAGATTCAAAACAGGGACCAGCCAATGTGTATGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACATGGACTTCTGCAGATTCAAAACAGGGACCAGCCAATGTGTATGA  600

seq1  CATTAGAGTGGAGCCATAGTTTAGAGAGGATAAAAAGTGGCAGATTTGCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAGAGTGGAGCCATAGTTTAGAGAGGATAAAAAGTGGCAGATTTGCA  650

seq1  AACAGAGAAAAGAGTCTTTCCTTAGTCATCAAATGAATAATCACTGAAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGAGAAAAGAGTCTTTCCTTAGTCATCAAATGAATAATCACTGAAAC  700

seq1  AAAAAAAAAATAAGTTGTATTTCAGTTTAATAGATTATCTCTAAATTAAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAAATAAGTTGTATTTCAGTTTAATAGATTATCTCTAAATTAAC  750

seq1  GTCAAGGACTTATCATCCTGCCATTACATTCAGGTCAAAATGGATGAAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAGGACTTATCATCCTGCCATTACATTCAGGTCAAAATGGATGAAAT  800

seq1  CCAGCAACAATTTACTTAAAGATATCAAGAGCTTTAGAATGGCGAGAGCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCAACAATTTACTTAAAGATATCAAGAGCTTTAGAATGGCGAGAGCT  850

seq1  CAAGAGGCAAGAGTCCAGAATGCAGGGAGCTCAGGGGAACTTAGTTACCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAGGCAAGAGTCCAGAATGCAGGGAGCTCAGGGGAACTTAGTTACCT  900

seq1  TACCTGCCAGGAGCTAAGAGGCTCAAAAGACCTTAACAATTTCCCATCAT  950
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTGCCAGGAGCTAAGAGGCTC-AAAGACCTTAACAATTTCCCATCAT  949

seq1  GGGTAGCATGTACCTTTTTGAAATAACTGGCCACATAAATCAACTAAACA  1000
      |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||
seq2  GGGTAGCATGTACCTTTTTGAAAT-ACTGGGCACATAAATC-ACTAAACA  997

seq1  GTAATGCAATGCTTTGAATGTGCTTGGCCCATGGGAAGTGGCACTATTAG  1050
      ||||||| ||||||   |||||||  ||||||||| ||| |||||| |||
seq2  GTAATGC-ATGCTT--GATGTGCT--GCCCATGGG-AGT-GCACTA-TAG  1039

seq1  GAGGCATGGTCTTATTAAAATGGGTGTGGCCTTCTTGGAGGAAGTGTGTC  1100
         |||| ||||   |||||||||||  ||  |||  |||  ||||||||
seq2  --AGCAT-GTCT--ATAAAATGGGTGGTGC--TCT--GAG--AGTGTGTC  1078

seq1  ACTGTGTAGGTGGGCTTTGAGGGGTCCTAGTGTTCAAACTCTGCGCACTG  1150
      |||||||||||||    ||||||   |||  | ||||||||||  |||||
seq2  ACTGTGTAGGTGG---CTGAGGG--TCTA--GGTCAAACTCTGGCCACTG  1121

seq1  CAGAAGGGACACTTCTCCTGGCTGCCTGTGGAAGACAA  1188
      ||     |  || ||| ||||||| |||  ||||||||
seq2  CA-----GGTACCTCT-CTGGCTG-CTGGTGAAGACAA  1152


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |