BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-181P08
Chromosome17 (Build37)
Map Location 21,316,487 - 21,471,434
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG665669, V1rf1, V1rf2, V1rf4, V1rf3
Upstream geneFpr-rs6, EG627743, EG224576, V2r6, EG637720, EG665525, EG627805, V1re5, EG627814, EG381065, EG224582, Fpr-rs3, EG433073, V1re2, V1re6, LOC100041976, V1re3, V1re1, V1re8, V1re7, V1re4, LOC627884, Ppp2r1a, V1rf5, Zfp160, LOC627912, LOC435509, EG627924, 4933430A09, EG665654, EG665662, LOC665666
Downstream geneA830058L05Rik, Zfp54, Zfp51, Zfp53, LOC100042508, Zfp52, BC049807, Zfp760, BC043476, 4930515G13Rik, 2610036F08Rik, LOC624960, 3110048L19Rik, 4930432O21Rik, LOC665820, LOC665825, LOC674332, LOC631010, EG665844, EG210853, LOC671007, EG240038, EG631624
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-181P08.bB6Ng01-181P08.g
ACCGA007981GA007982
length9791,025
definitionB6Ng01-181P08.b B6Ng01-181P08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(21,470,455 - 21,471,434)(21,316,487 - 21,317,502)
sequence
gaattctttgtttacctctgtatcccatttttaatagggttatttagttt
tctggagtctaacttcttgagttctttgtatatattttatattaaccctc
tatcagatttaggattggtaaagatcttttcccaatctgttggtggcctt
tttgtcttattgacagtgtcctctgccttacagaagctttgcaattttat
gaggtcccatttgttattcttgatcttaaaacacaagccattggtgttgt
gttcagggatttccctcctccagcccccccctttccacgtgatgatttta
gctcttttgtcaaacaaagatcaagtgaccattgaggggactatgacttt
ttgaacttttctaaattaatggagccacaaaataatttcatcctatgtgt
gactcttgtaaaaggttgtttaacaaaagagttaatatgttgtttttcaa
tattctctttgttctgctagtcaataaatagagagcatggattttgttca
agggatcagaattcttgacacactttcaaacaaatcatgcccactctttt
ataaagtatagcaagggttagtttcttttattttactatatacaacattg
tggggcagtgggctgtacacagacagcctggtctccagtcaagcaaaggt
ctggaaccctggagaccagatgggtggtgatttccacctacatgggaagg
aaggtgttctaccatgtctcctggactccttggctcctgttgaagttacc
acccacacagcccacacacagagagttgtgtggctttcagttcatgtagg
agcagcaccaagcctttcccacatgcaaataacctttttcccaaactctc
agtccaagccaatgagaggtacctgctgttgaccttgaatcagcccccaa
actgtgtataatcttatccaggggattaagtgtgagagacctacttggtc
cttctgatcttttgtttcaaaagctgtag
gaattcttatctggccagcatcctttggttccagtggggacccaaagaag
tcatataccaaggcatggaggatgccaggaacatctaggatgtttcacag
ctacataagagcccacggcccagcctggaaaaacccctaaagtatcaagg
attatcagcgattctaaggtagggtggaatatagagctgatgaatactgg
gatggttgaaggaaacagcacgaggttaaattcagggaagtgtgttgtga
gagctaagacagggcaaatcaaaaggatggcctatcagacccaggataga
tagcctatgccagaattagaactgtctgggtagagctggcttctgtggct
gtaggagcactgaaagcacataagcaggaggactcccagcacactcttat
atctctctgcaggttggggaggcagaggacaaccacataggtgaccagta
tgtctgcctagtcatccagacagctcatgactagctcgcacagcaacatc
tgaggctgcacactggtggagctgctggttttcaagaagttaactcctct
ccatggaatgaagttcctaagcttcctctccctgtactggccaggtgaag
acccactgctgcaggacattgtggtgtagcgaagatctgtacagccatcc
cgtctatgccagccagccctgaaggtggcttgctagcatttcagcaccac
cagcctttgtccatgtctgggcaaggcagttcttggccctcaacccatct
tcccaccatatcattctgttttgtctgtccactggtaggagatggggaac
cagctctgacactagtctgggcatggagaaggtccaattcttcctgtccc
tggctcctcagctcctgggattctcaggagcaaaattatcttgaaaagaa
aacaagagtcaatgttagctctgaaagcctcttggactcctgtcttattt
tctaagaagaatgtgtcatggtgtctctgggcattagaagggagccttaa
tgaactgcaaagccttcctatgttc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_21470455_21471434
seq2: B6Ng01-181P08.b_47_1025 (reverse)

seq1  CTACAGCTTTTGAAACAAAAGACTCAGAA-GACCAAGTAGTTCTCTCACA  49
      |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||
seq2  CTACAGCTTTTGAAACAAAAGA-TCAGAAGGACCAAGTAGGTCTCTCACA  49

seq1  CCTTTAATCCCCTGGATAAGATTTATACACAGTTTGGGGGCTGATTCAGG  99
      |  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
seq2  C--TTAATCCCCTGGATAAGA-TTATACACAGTTTGGGGGCTGATTCAAG  96

seq1  GTTCAACAGCAGGTACCTCTCATTGGCTTGGACTGAGAGTTTGGGAAAAA  149
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  G-TCAACAGCAGGTACCTCTCATTGGCTTGGACTGAGAGTTTGGGAAAAA  145

seq1  GGTTATTTGCATGTGGG-AAGGCTTGGTGCTGCTCCTACATG-ACTGAAA  197
      ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  GGTTATTTGCATGTGGGAAAGGCTTGGTGCTGCTCCTACATGAACTGAAA  195

seq1  GCCACACAACTCTCTGTGTGTGGGCTGTGTGGGTGGTAACTTCAACAGGA  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACACAACTCTCTGTGTGTGGGCTGTGTGGGTGGTAACTTCAACAGGA  245

seq1  GCC-AGGAGTCCAGGAGACATGGTAGAACACCTTCCTTCCCATGTAGGTG  296
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAGGAGTCCAGGAGACATGGTAGAACACCTTCCTTCCCATGTAGGTG  295

seq1  GAAATCACCACCCATCTGGTCTCCAGGGTTCCAGACCTTTGCTTGACTGG  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATCACCACCCATCTGGTCTCCAGGGTTCCAGACCTTTGCTTGACTGG  345

seq1  AGACCAGGCTGTCTGTGTACAGCCCACTGCCCCACAATGTTGTATATAGT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCAGGCTGTCTGTGTACAGCCCACTGCCCCACAATGTTGTATATAGT  395

seq1  AAAATAAAAGAAACTAACCCTTGCTATACTTTATAAAAGAGTGGGCATGA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAAAAGAAACTAACCCTTGCTATACTTTATAAAAGAGTGGGCATGA  445

seq1  TTTGTTTGAAAGTGTGTCAAGAATTCTGATCCCTTGAACAAAATCCATGC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTTGAAAGTGTGTCAAGAATTCTGATCCCTTGAACAAAATCCATGC  495

seq1  TCTCTATTTATTGACTAGCAGAACAAAGAGAATATTGAAAAACAACATAT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTATTTATTGACTAGCAGAACAAAGAGAATATTGAAAAACAACATAT  545

seq1  TAACTCTTTTGTTAAACAACCTTTTACAAGAGTCACACATAGGATGAAAT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTCTTTTGTTAAACAACCTTTTACAAGAGTCACACATAGGATGAAAT  595

seq1  TATTTTGTGGCTCCATTAATTTAGAAAAGTTCAAAAAGTCATAGTCCCCT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTGTGGCTCCATTAATTTAGAAAAGTTCAAAAAGTCATAGTCCCCT  645

seq1  CAATGGTCACTTGATCTTTGTTTGACAAAAGAGCTAAAATCATCACGTGG  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGGTCACTTGATCTTTGTTTGACAAAAGAGCTAAAATCATCACGTGG  695

seq1  AAAGGGGGGGGCTGGAGGAGGGAAATCCCTGAACACAACACCAATGGCTT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGGGGGGGCTGGAGGAGGGAAATCCCTGAACACAACACCAATGGCTT  745

seq1  GTGTTTTAAGATCAAGAATAACAAATGGGACCTCATAAAATTGCAAAGCT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTTAAGATCAAGAATAACAAATGGGACCTCATAAAATTGCAAAGCT  795

seq1  TCTGTAAGGCAGAGGACACTGTCAATAAGACAAAAAGGCCACCAACAGAT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTAAGGCAGAGGACACTGTCAATAAGACAAAAAGGCCACCAACAGAT  845

seq1  TGGGAAAAGATCTTTACCAATCCTAAATCTGATAGAGGGTTAATATAAAA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAAAAGATCTTTACCAATCCTAAATCTGATAGAGGGTTAATATAAAA  895

seq1  TATATACAAAGAACTCAAGAAGTTAGACTCCAGAAAACTAAATAACCCTA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATACAAAGAACTCAAGAAGTTAGACTCCAGAAAACTAAATAACCCTA  945

seq1  TTAAAAATGGGATACAGAGGTAAACAAAGAATTC  980
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAATGGGATACAGAGGTAAACAAAGAATTC  979

seq1: chr17_21316487_21317502
seq2: B6Ng01-181P08.g_64_1088

seq1  GAATTCTTATCTGGCCAGCATCCTTTGGTTCCAGTGGGGACCCAAAGAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTATCTGGCCAGCATCCTTTGGTTCCAGTGGGGACCCAAAGAAG  50

seq1  TCATATACCAAGGCATGGAGGATGCCAGGAACATCTAGGATGTTTCACAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATATACCAAGGCATGGAGGATGCCAGGAACATCTAGGATGTTTCACAG  100

seq1  CTACATAAGAGCCCACGGCCCAGCCTGGAAAAACCCCTAAAGTATCAAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACATAAGAGCCCACGGCCCAGCCTGGAAAAACCCCTAAAGTATCAAGG  150

seq1  ATTATCAGCGATTCTAAGGTAGGGTGGAATATAGAGCTGATGAATACTGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATCAGCGATTCTAAGGTAGGGTGGAATATAGAGCTGATGAATACTGG  200

seq1  GATGGTTGAAGGAAACAGCACGAGGTTAAATTCAGGGAAGTGTGTTGTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGTTGAAGGAAACAGCACGAGGTTAAATTCAGGGAAGTGTGTTGTGA  250

seq1  GAGCTAAGACAGGGCAAATCAAAAGGATGGCCTATCAGACCCAGGATAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTAAGACAGGGCAAATCAAAAGGATGGCCTATCAGACCCAGGATAGA  300

seq1  TAGCCTATGCCAGAATTAGAACTGTCTGGGTAGAGCTGGCTTCTGTGGCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCTATGCCAGAATTAGAACTGTCTGGGTAGAGCTGGCTTCTGTGGCT  350

seq1  GTAGGAGCACTGAAAGCACATAAGCAGGAGGACTCCCAGCACACTCTTAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGAGCACTGAAAGCACATAAGCAGGAGGACTCCCAGCACACTCTTAT  400

seq1  ATCTCTCTGCAGGTTGGGGAGGCAGAGGACAACCACATAGGTGACCAGTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTCTGCAGGTTGGGGAGGCAGAGGACAACCACATAGGTGACCAGTA  450

seq1  TGTCTGCCTAGTCATCCAGACAGCTCATGACTAGCTCGCACAGCAACATC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTGCCTAGTCATCCAGACAGCTCATGACTAGCTCGCACAGCAACATC  500

seq1  TGAGGCTGCACACTGGTGGAGCTGCTGGTTTTCAAGAAGTTAACTCCTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGCTGCACACTGGTGGAGCTGCTGGTTTTCAAGAAGTTAACTCCTCT  550

seq1  CCATGGAATGAAGTTCCTAAGCTTCCTCTCCCTGTACTGGCCAGGTGAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGGAATGAAGTTCCTAAGCTTCCTCTCCCTGTACTGGCCAGGTGAAG  600

seq1  ACCCACTGCTGCAGGACATTGTGGTGTAGCGAAGATCTGTACAGCCATCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCACTGCTGCAGGACATTGTGGTGTAGCGAAGATCTGTACAGCCATCC  650

seq1  CGTCTATGCCAGCCAGCCCTGAAGGTGGCTTGCTAGCATTTCAGCACCAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTCTATGCCAGCCAGCCCTGAAGGTGGCTTGCTAGCATTTCAGCACCAC  700

seq1  CAGCCTTTGTCCATGTCTGGGCAAGGCAGTTCTTGGCCCTCAACCCATCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCTTTGTCCATGTCTGGGCAAGGCAGTTCTTGGCCCTCAACCCATCT  750

seq1  TCCCACCATATCATTCTGTTTTGTCTGTCCACTGGTAGGAGATGGGGAAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCACCATATCATTCTGTTTTGTCTGTCCACTGGTAGGAGATGGGGAAC  800

seq1  CAGCTCTGACACTAGTCTGGGCATGGAGAAGGTCCAATTCTTCCTGTCCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTCTGACACTAGTCTGGGCATGGAGAAGGTCCAATTCTTCCTGTCCC  850

seq1  TGGCT-CTCAGCTCCTGGGATTCTCAGGAGCAAAATTATC-TGAGA--GA  896
      ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |   |
seq2  TGGCTCCTCAGCTCCTGGGATTCTCAGGAGCAAAATTATCTTGAAAAGAA  900

seq1  AACAAGAGTCAATGTTAGCCCTG-AAGCCTCTTGGACTCCTGTCTTATTT  945
      ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAGAGTCAATGTTAGCTCTGAAAGCCTCTTGGACTCCTGTCTTATTT  950

seq1  TCTA--GAGAATGTGTCATGGTGGCTCTTGGGCATTAG-AGGGAGCCCT-  991
      ||||   |||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||| | 
seq2  TCTAAGAAGAATGTGTCATGGTGTCTC-TGGGCATTAGAAGGGAGCCTTA  999

seq1  ATG-ACTGCAAAGCCATCCTATGTTC  1016
      ||| ||||||||||| ||||||||||
seq2  ATGAACTGCAAAGCCTTCCTATGTTC  1025