BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-188E24
Chromosome17 (Build37)
Map Location 10,488,574 - 10,540,872
singlet/doubletdoublet
Overlap geneQk, LOC675815
Upstream geneEG667170, LOC666143, 4932702K14Rik
Downstream genePacrg, Park2, LOC100041113
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-188E24.bB6Ng01-188E24.g
ACCGA012642GA012643
length1,1501,065
definitionB6Ng01-188E24.b B6Ng01-188E24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(10,539,721 - 10,540,872)(10,488,574 - 10,489,641)
sequence
gaattcaaaatggcgacccccgggagacagggatttgggaacgggctgaa
ttgccacagtgtttccgtatgaatgaaactcataatctagctaccagtta
aagatcacctcatacttcagctggtaaagctactagtaagtactggtaaa
gctactagtaagtactggtaaagctactagtaagtactggtggacttgaa
aggacctaggaccacacaggcgggagggaccatcaggaacaatcctgttc
tgcagcaaccgcagctgtgcaccaccccacacagactacctggagcccaa
gagtggaccaccatctaacatccttacacggcctttacaggaccaggggt
gaatgacaccatcgttggtctggaaattctatttggctgagggatgtttt
cgcctgggcgagcttttgtgagcagtgaatcccctctcctgagggatggt
cacatttcccatgtgaagccatttgccgtgggtaagaggggtaagagcgg
tcagttgatggacgttcccaagtttatgatcagaggtttccttaggccaa
gagatccatcctttcttctttagtgtgatggggacattaacagagaaagt
gtgagcttgggtcatattgggattgaggtagtctctctctttctctcctc
tctcttcttctttctctccctctctccctctctccctcccttcctccttt
ccccatccccatctctctccaagacaggatttctcagcctgggtattcca
ttcatttacccagttggcctcaaactcacagagagctaccagcttctgca
tcctgagtgctaggattcaatccatgtgccaccatgcctggccaagggag
ttaatttcaagtagtgtgggtttttgcttgtttgtttttacatgcaagcc
atattcttaccatttctcaagtgtgtcatacacactcaagccaacactgt
ctgcgatgacagcctcaagtcacattcagctgcttccattgatacaccat
ttaaacgaatctaaggcatgatcctcagcactgaccacatttcagtgctc
atacccacacatgaccagttgctgcctgacaggtcaacacgttgtcagaa
atatccccgtggggctgaagagcctgcttgtgttaagatccataatgatt

gaattcaatagaacaaattattttgaacagcaagtatttatacatgtctg
gaataaaatggatgttcagctagtatggactggatactttctatggaatc
agaaacttgtacctagagttttctaggaattaagaattaacttccatagc
caggcgtggtggtgcacgcctttaatcccagtactcgggaggcagaggca
ggcatatttctgagtttgaggccagcctggtctacaaagtgagttccagg
acagccagggctataaagagaaaccctgtctcgaaaaaccaaaaaaaaaa
aaaaaaaggaattgacttctatgagaatagattgagaggtaatagaaaca
agacacaaaagcttggtgttctgttctatcttgggccctgaacgctagga
agaagccatctcttaaaaaaaaagatttcactaatactgtcccaattgga
taactagttaatttaagtccagtcaccaaagatgactatagggtgtgatg
tgaattagaggctaatctttaccacacagtaattacaaccaagcctgtct
atgatctttaattgggtaaaaaaattctaggtacattagcaatctccagt
atgtttatttctaagcagggaagtgataaaagatggcagaatctctcaaa
accaggccaattcgcaggtgtcaatagcatcagtgaatggtgcaccaagc
atcaaaacataaaaaaattaactcatctttaaaaaatcaatactagagaa
gccttagcaattaatagcactagccactcttccagaggactagggtttga
tttccagcagccatattatcagctcacagctgtctgtaacttcaggtcca
ggacatctgatgccattcctggcttccataaacatacatacagggaagac
actcatacacccacaaaaaaaaaaaaaaaaaaacagtgtgtgtgtgtgtg
tgtgtgtgtgtgtgtgatttgttaacaacgaagatcattactatggagtg
aaaggagtgtgaaagaccatcaatgttgatatctacaaatgttgtgcatg
tcctttctctgaaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_10539721_10540872
seq2: B6Ng01-188E24.b_46_1195 (reverse)

seq1  AATCAATATGTGATCTTAACCACCAAGCCAGCTCTTCAGCCCCACGGGGA  50
      ||||| |||| |||||||||   |||||  ||||||||||||||||||| 
seq2  AATCATTATG-GATCTTAAC--ACAAGCAGGCTCTTCAGCCCCACGGGG-  46

seq1  ATATTTCTGAC-ACGTGTTGCCCTGTCA-GCAGCCACTGGTCATGTGTGG  98
      ||||||||||| |||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||
seq2  ATATTTCTGACAACGTGTTGACCTGTCAGGCAGCAACTGGTCATGTGTGG  96

seq1  GTATTGAGCACTGGAAATGTGGTCAGGTGGCTGAGGAACCATGCCTTAGA  148
      ||| |||||||| |||||||||||||   ||||||| | |||||||||||
seq2  GTA-TGAGCACT-GAAATGTGGTCAG--TGCTGAGG-ATCATGCCTTAGA  141

seq1  TTTCGTTTAA--TGTGTATCAATGGAAGCAGCTGAATGTGACTTGAGGCT  196
       |||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -TTCGTTTAAATGGTGTATCAATGGAAGCAGCTGAATGTGACTTGAGGCT  190

seq1  GTCATCGCAGACAGTGTTGGCTTGAGTGTGTATGACACACTTGAGAAATG  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATCGCAGACAGTGTTGGCTTGAGTGTGTATGACACACTTGAGAAATG  240

seq1  GTAAGAATATGGCTTGCATGTAAAAACAAACAAGCAAAAACCCACACTAC  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGAATATGGCTTGCATGTAAAAACAAACAAGCAAAAACCCACACTAC  290

seq1  TTGAAATTAACTCCCTTGGCCAGGCATGGTGGCACATGGATTGAATCCTA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAATTAACTCCCTTGGCCAGGCATGGTGGCACATGGATTGAATCCTA  340

seq1  GCACTCAGGATGCAGAAGCTGGTAGCTCTCTGTGAGTTTGAGGCCAACTG  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTCAGGATGCAGAAGCTGGTAGCTCTCTGTGAGTTTGAGGCCAACTG  390

seq1  GGTAAATGAATGGAATACCCAGGCTGAGAAATCCTGTCTTGGAGAGAGAT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAAATGAATGGAATACCCAGGCTGAGAAATCCTGTCTTGGAGAGAGAT  440

seq1  GGGGATGGGGAAAGGAGGA----AGGGAGAGAGGGAGAGAGGGAGAGAAA  492
      |||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGATGGGGAAAGGAGGAAGGGAGGGAGAGAGGGAGAGAGGGAGAGAAA  490

seq1  GAAGAAGAGAGAGGAGAGAAAGAGAGAGACTACCTCAATCCCAATATGAC  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAAGAGAGAGGAGAGAAAGAGAGAGACTACCTCAATCCCAATATGAC  540

seq1  CCAAGCTCACACTTTCTCTGTTAATGTCCCCATCACACTAAAGAAGAAAG  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGCTCACACTTTCTCTGTTAATGTCCCCATCACACTAAAGAAGAAAG  590

seq1  GATGGATCTCTTGGCCTAAGGAAACCTCTGATCATAAACTTGGGAACGTC  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGATCTCTTGGCCTAAGGAAACCTCTGATCATAAACTTGGGAACGTC  640

seq1  CATCAACTGACCGCTCTTACCCCTCTTACCCACGGCAAATGGCTTCACAT  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAACTGACCGCTCTTACCCCTCTTACCCACGGCAAATGGCTTCACAT  690

seq1  GGGAAATGTGACCATCCCTCAGGAGAGGGGATTCACTGCTCACAAAAGCT  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAATGTGACCATCCCTCAGGAGAGGGGATTCACTGCTCACAAAAGCT  740

seq1  CGCCCAGGCGAAAACATCCCTCAGCCAAATAGAATTTCCAGACCAACGAT  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCCCAGGCGAAAACATCCCTCAGCCAAATAGAATTTCCAGACCAACGAT  790

seq1  GGTGTCATTCACCCCTGGTCCTGTAAAGGCCGTGTAAGGATGTTAGATGG  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTCATTCACCCCTGGTCCTGTAAAGGCCGTGTAAGGATGTTAGATGG  840

seq1  TGGTCCACTCTTGGGCTCCAGGTAGTCTGTGTGGGGTGGTGCACAGCTGC  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCCACTCTTGGGCTCCAGGTAGTCTGTGTGGGGTGGTGCACAGCTGC  890

seq1  GGTTGCTGCAGAACAGGATTGTTCCTGATGGTCCCTCCCGCCTGTGTGGT  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGCTGCAGAACAGGATTGTTCCTGATGGTCCCTCCCGCCTGTGTGGT  940

seq1  CCTAGGTCCTTTCAAGTCCACCAGTACTTACTAGTAGCTTTACCAGTACT  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGGTCCTTTCAAGTCCACCAGTACTTACTAGTAGCTTTACCAGTACT  990

seq1  TACTAGTAGCTTTACCAGTACTTACTAGTAGCTTTACCAGCTGAAGTATG  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTAGTAGCTTTACCAGTACTTACTAGTAGCTTTACCAGCTGAAGTATG  1040

seq1  AGGTGATCTTTAACTGGTAGCTAGATTATGAGTTTCATTCATACGGAAAC  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGATCTTTAACTGGTAGCTAGATTATGAGTTTCATTCATACGGAAAC  1090

seq1  ACTGTGGCAATTCAGCCCGTTCCCAAATCCCTGTCTCCCGGGGGTCGCCA  1142
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTGGCAATTCAGCCCGTTCCCAAATCCCTGTCTCCCGGGGGTCGCCA  1140

seq1  TTTTGAATTC  1152
      ||||||||||
seq2  TTTTGAATTC  1150

seq1: chr17_10488574_10489641
seq2: B6Ng01-188E24.g_65_1129

seq1  GAATTCAATAGAACAAATTATTTTGAACAGCAAGTATTTATACATGTCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATAGAACAAATTATTTTGAACAGCAAGTATTTATACATGTCTG  50

seq1  GAATAAAATGGATGTTCAGCTAGTATGGACTGGATACTTTCTATGGAATC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAAAATGGATGTTCAGCTAGTATGGACTGGATACTTTCTATGGAATC  100

seq1  AGAAACTTGTACCTAGAGTTTTCTAGGAATTAAGAATTAACTTCCATAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACTTGTACCTAGAGTTTTCTAGGAATTAAGAATTAACTTCCATAGC  150

seq1  CAGGCGTGGTGGTGCACGCCTTTAATCCCAGTACTCGGGAGGCAGAGGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCGTGGTGGTGCACGCCTTTAATCCCAGTACTCGGGAGGCAGAGGCA  200

seq1  GGCATATTTCTGAGTTTGAGGCCAGCCTGGTCTACAAAGTGAGTTCCAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATATTTCTGAGTTTGAGGCCAGCCTGGTCTACAAAGTGAGTTCCAGG  250

seq1  ACAGCCAGGGCTATAAAGAGAAACCCTGTCTCGAAAAACCAAAAAAAAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCCAGGGCTATAAAGAGAAACCCTGTCTCGAAAAACCAAAAAAAAAA  300

seq1  AAAAAAAGGAATTGACTTCTATGAGAATAGATTGAGAGGTAATAGAAACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAGGAATTGACTTCTATGAGAATAGATTGAGAGGTAATAGAAACA  350

seq1  AGACACAAAAGCTTGGTGTTCTGTTCTATCTTGGGCCCTGAACGCTAGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACACAAAAGCTTGGTGTTCTGTTCTATCTTGGGCCCTGAACGCTAGGA  400

seq1  AGAAGCCATCTCTTAAAAAAAAAGATTTCACTAATACTGTCCCAATTGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGCCATCTCTTAAAAAAAAAGATTTCACTAATACTGTCCCAATTGGA  450

seq1  TAACTAGTTAATTTAAGTCCAGTCACCAAAGATGACTATAGGGTGTGATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTAGTTAATTTAAGTCCAGTCACCAAAGATGACTATAGGGTGTGATG  500

seq1  TGAATTAGAGGCTAATCTTTACCACACAGTAATTACAACCAAGCCTGTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATTAGAGGCTAATCTTTACCACACAGTAATTACAACCAAGCCTGTCT  550

seq1  ATGATCTTTAATTGGGTAAAAAAATTCTAGGTACATTAGCAATCTCCAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATCTTTAATTGGGTAAAAAAATTCTAGGTACATTAGCAATCTCCAGT  600

seq1  ATGTTTATTTCTAAGCAGGGAAGTGATAAAAGATGGCAGAATCTCTCAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTATTTCTAAGCAGGGAAGTGATAAAAGATGGCAGAATCTCTCAAA  650

seq1  ACCAGGCCAATTCGCAGGTGTCAATAGCATCAGTGAATGGTGCACCAAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGGCCAATTCGCAGGTGTCAATAGCATCAGTGAATGGTGCACCAAGC  700

seq1  ATCAAAACATAAAAAAATTAACTCATCTTTAAAAAATCAATACTAGAGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAAACATAAAAAAATTAACTCATCTTTAAAAAATCAATACTAGAGAA  750

seq1  GCCTTAGCAATTAATAGCACTAGCCACTCTTCCAGAGGACTAGGGTTTGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTAGCAATTAATAGCACTAGCCACTCTTCCAGAGGACTAGGGTTTGA  800

seq1  TTTCCAGCAGCCATATTATCAGCTCACAGCTGTCTGTAACTTCAGGTCCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCAGCAGCCATATTATCAGCTCACAGCTGTCTGTAACTTCAGGTCCA  850

seq1  GGACATCTGATGCCATTCCTGGCTTCCATAAACATACATACAGGGAAGAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACATCTGATGCCATTCCTGGCTTCCATAAACATACATACAGGGAAGAC  900

seq1  ACTCATACACCCACAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAGGTGTGTGTGTGTGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  ACTCATACACCCACAAAAAAAAAAAAAAAAAAACA-GTGTGTGTGTGTGT  949

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGATTT-TTAA-AAAGAAAATCATTACTATTGGAG  998
      ||||||||||||||||||||| |||| || ||| |||||||||| |||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGATTTGTTAACAACGAAGATCATTACTA-TGGAG  998

seq1  T--AAAGAGTGTTGAAAGACAATCAATGTGTATCTTCCAAAAATGTTGTG  1046
      |  || ||||| |||||||| ||||||||  ||  || | ||||||||||
seq2  TGAAAGGAGTG-TGAAAGACCATCAATGTTGAT-ATCTACAAATGTTGTG  1046

seq1  CTGTTCTTTTCTCTTGAGAAAA  1068
      |   || |||||||   |||||
seq2  CATGTCCTTTCTCT---GAAAA  1065