BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-190H18
Chromosome17 (Build37)
Map Location 51,222,149 - 51,339,467
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTbc1d5, LOC100043451
Upstream geneRftn1, EG668475, EG628747, LOC100043818, Dazl, Plcl2, EG654432
Downstream geneLOC100043452, Satb1, EG628919
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-190H18.bB6Ng01-190H18.g
ACCGA014228GA014229
length1,187570
definitionB6Ng01-190H18.b B6Ng01-190H18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(51,338,271 - 51,339,467)(51,222,149 - 51,222,724)
sequence
gaattccagagagcatctagcacatattagatattcattgctttaattat
ccatccattcattccttcattctataaatatttattgagcatctatacca
tgccaggtactgttcaaagtgcttttcaggtgttattcaataacactgag
ggggacaaaatatatgatgagtttgaccctttggagtttataaactagtg
gaagaggccacacaataaataaatgaacataaatataattacataattac
aaactgggatgtatgccatgaagttaaaggataaagtggcaggagaatga
ccagcaggtgagacctaatttaaattgaggtggtccaggaaggcttctct
ctagaaatgtcattaaaactgagagatgcatgggaagaaattaactaatt
gaaaagtaagcagaatgaggtgagtgggtagttgctactgatgctttgca
ctgagtgatgctctgcaaagggtgatgctcttcactaagtgatgccctag
atgatgctctgcactggataatgccctgcattagctgatgccctgcacta
catgatgccttgcactggatgatgctctacatggaatggtgctctgcaca
ggatgattctctatgctgagggattttctgcactggaggatgctctgcac
taagtgatgccctagatgatgctctgcactggatgatgctctgcactaag
aaggtggtctgaactagatggtgtccttcactggatgatgctctacacta
cgtgatgcataggatggtgatctcacagggtgatgttgtgcactaggaat
aatccttatttccataagttgtctttaggtgcaagcatagggtatcagaa
acctaagttaaatgaaaggaagtggttgatccgaaggtgaggaggaatag
ggagaggcatgaatattgtgaagtaactcatactgtctccacaagagctg
gtggtgcacatcttatcgcaactctgtgtttagtgatatcatgatgatga
ccacgaagctgtccatagatggagtactttcacatcccagtcagcatgca
atacaataagccccctttcctagttgtaaagccttggcctagcacatctg
tgcaaggcttgttgtgtttttttggaatttctggactacctttaattaaa
tcgataacagacttgatacagcttacctaatggaaca

tcttctcactccaaacaaaactcaaaattgtgtatttgaaagactgacct
tcagacataactatgactcttcagacataacctaacacataagttaagaa
agaagtctacatgaccacagtaacatcacaacattactaaaaaaataaaa
taaaataaaaaataaaaaaatactgtcacaacaatagtctccaccatgaa
aacaaacatgaaaacatagtagtttcataattgttttccaataagaatta
tttagatgaatcccaggacaaagaatttaggacatcctgagtttttcagt
caaatggatggaactagaaaatattatcctgagtaaggtaactcagaccc
agaagggtgtatactcactaataagtggatagtagccaaaaagaaaagta
tagactacccaagatatcatccatagaaatcaaaaaggtcaacgagctga
aggacccaagtgaggatacctcagtcccacttgggagggagaagaaagca
ccataagagggaaggagggaagaatctgggagggaaaagggacaggggtg
tggaggaggggtaagagagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_51338271_51339467
seq2: B6Ng01-190H18.b_44_1230 (reverse)

seq1  TGTTCATATTAAGTAAGCTGTATTCCAAGTCCCTTGTTTTATTTGATTTT  50
      |||||  |||| |||||||||||  ||||||   ||||    | || |||
seq2  TGTTC-CATTAGGTAAGCTGTAT--CAAGTC---TGTT---ATCGA-TTT  40

seq1  TATTAAAGGGTAGTTCAGAATATC--AAAAAACACAACAAGCCCTTGCAC  98
       |||||| |||||| |||||  ||  ||||||||||||||| ||||||||
seq2  AATTAAA-GGTAGTCCAGAAATTCCAAAAAAACACAACAAG-CCTTGCAC  88

seq1  AGATGTGCTA-GCCAAGCTTTAACAACTAGGAAAGGGGGCTTTTATTGTA  147
      |||||||||| ||||||  || ||||||||||||||||||  ||||||||
seq2  AGATGTGCTAGGCCAAGGCTTTACAACTAGGAAAGGGGGC--TTATTGTA  136

seq1  TTGCATGCTGACTTGGATGTTGAAAGTACTCCATCTATGGACAGCTTCGT  197
      ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCATGCTGACTGGGATG-TGAAAGTACTCCATCTATGGACAGCTTCGT  185

seq1  -GTCATCATCATGATATCACTAAACACAGAGTTGCGATAAGATGTGCACC  246
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCATCATCATGATATCACTAAACACAGAGTTGCGATAAGATGTGCACC  235

seq1  ACCAGCTCTTGT-GAGACAGTATGAGTTACTTCACAATATTCATGCCTCT  295
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGCTCTTGTGGAGACAGTATGAGTTACTTCACAATATTCATGCCTCT  285

seq1  CCCTATTCCTCCTCACCTTCGGATCAACCACTTCCTTTCATTTAACTTAG  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTATTCCTCCTCACCTTCGGATCAACCACTTCCTTTCATTTAACTTAG  335

seq1  GTTTCTGATACCCTATGCTTGCACCTAAAGACAACTTATGGAAATAAGGA  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCTGATACCCTATGCTTGCACCTAAAGACAACTTATGGAAATAAGGA  385

seq1  TTATTCCTAGTGCACAACATCACCCTGTGAGATCACCATCCTATGCATCA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTCCTAGTGCACAACATCACCCTGTGAGATCACCATCCTATGCATCA  435

seq1  CGTAGTGTAGAGCATCATCCAGTGAAGGACACCATCTAGTTCAGACCACC  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTAGTGTAGAGCATCATCCAGTGAAGGACACCATCTAGTTCAGACCACC  485

seq1  TTCTTAGTGCAGAGCATCATCCAGTGCAGAGCATCATCTAGGGCATCACT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTAGTGCAGAGCATCATCCAGTGCAGAGCATCATCTAGGGCATCACT  535

seq1  TAGTGCAGAGCATCCTCCAGTGCAGAAAATCCCTCAGCATAGAGAATCAT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGCAGAGCATCCTCCAGTGCAGAAAATCCCTCAGCATAGAGAATCAT  585

seq1  CCTGTGCAGAGCACCATTCCATGTAGAGCATCATCCAGTGCAAGGCATCA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTGCAGAGCACCATTCCATGTAGAGCATCATCCAGTGCAAGGCATCA  635

seq1  TGTAGTGCAGGGCATCAGCTAATGCAGGGCATTATCCAGTGCAGAGCATC  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGTGCAGGGCATCAGCTAATGCAGGGCATTATCCAGTGCAGAGCATC  685

seq1  ATCTAGGGCATCACTTAGTGAAGAGCATCACCCTTTGCAGAGCATCACTC  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAGGGCATCACTTAGTGAAGAGCATCACCCTTTGCAGAGCATCACTC  735

seq1  AGTGCAAAGCATCAGTAGCAACTACCCACTCACCTCATTCTGCTTACTTT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCAAAGCATCAGTAGCAACTACCCACTCACCTCATTCTGCTTACTTT  785

seq1  TCAATTAGTTAATTTCTTCCCATGCATCTCTCAGTTTTAATGACATTTCT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATTAGTTAATTTCTTCCCATGCATCTCTCAGTTTTAATGACATTTCT  835

seq1  AGAGAGAAGCCTTCCTGGACCACCTCAATTTAAATTAGGTCTCACCTGCT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGAAGCCTTCCTGGACCACCTCAATTTAAATTAGGTCTCACCTGCT  885

seq1  GGTCATTCTCCTGCCACTTTATCCTTTAACTTCATGGCATACATCCCAGT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCATTCTCCTGCCACTTTATCCTTTAACTTCATGGCATACATCCCAGT  935

seq1  TTGTAATTATGTAATTATATTTATGTTCATTTATTTATTGTGTGGCCTCT  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAATTATGTAATTATATTTATGTTCATTTATTTATTGTGTGGCCTCT  985

seq1  TCCACTAGTTTATAAACTCCAAAGGGTCAAACTCATCATATATTTTGTCC  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACTAGTTTATAAACTCCAAAGGGTCAAACTCATCATATATTTTGTCC  1035

seq1  CCCTCAGTGTTATTGAATAACACCTGAAAAGCACTTTGAACAGTACCTGG  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCAGTGTTATTGAATAACACCTGAAAAGCACTTTGAACAGTACCTGG  1085

seq1  CATGGTATAGATGCTCAATAAATATTTATAGAATGAAGGAATGAATGGAT  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGTATAGATGCTCAATAAATATTTATAGAATGAAGGAATGAATGGAT  1135

seq1  GGATAATTAAAGCAATGAATATCTAATATGTGCTAGATGCTCTCTGGAAT  1195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATAATTAAAGCAATGAATATCTAATATGTGCTAGATGCTCTCTGGAAT  1185

seq1  TC  1197
      ||
seq2  TC  1187


seq1: chr17_51222149_51222724
seq2: B6Ng01-190H18.g_67_642

seq1  GAATTCTCTTCTCACTCCAAACAAAACTCAAAATTGTGTATTTGAAAGAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTTCTCACTCCAAACAAAACTCAAAATTGTGTATTTGAAAGAC  50

seq1  TGACCTTCAGACATAACTATGACTCTTCAGACATAACCTAACACATAAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCTTCAGACATAACTATGACTCTTCAGACATAACCTAACACATAAGT  100

seq1  TAAGAAAGAAGTCTACATGACCACAGTAACATCACAACATTACTAAAAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAAAGAAGTCTACATGACCACAGTAACATCACAACATTACTAAAAAA  150

seq1  ATAAAATAAAATAAAAAATAAAAAAATACTGTCACAACAATAGTCTCCAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAATAAAATAAAAAATAAAAAAATACTGTCACAACAATAGTCTCCAC  200

seq1  CATGAAAACAAACATGAAAACATAGTAGTTTCATAATTGTTTTCCAATAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAAAACAAACATGAAAACATAGTAGTTTCATAATTGTTTTCCAATAA  250

seq1  GAATTATTTAGATGAATCCCAGGACAAAGAATTTAGGACATCCTGAGTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTATTTAGATGAATCCCAGGACAAAGAATTTAGGACATCCTGAGTTT  300

seq1  TTCAGTCAAATGGATGGAACTAGAAAATATTATCCTGAGTAAGGTAACTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGTCAAATGGATGGAACTAGAAAATATTATCCTGAGTAAGGTAACTC  350

seq1  AGACCCAGAAGGGTGTATACTCACTAATAAGTGGATAGTAGCCAAAAAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCCAGAAGGGTGTATACTCACTAATAAGTGGATAGTAGCCAAAAAGA  400

seq1  AAAGTATAGACTACCCAAGATATCATCCATAGAAATCAAAAAGGTCAACG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTATAGACTACCCAAGATATCATCCATAGAAATCAAAAAGGTCAACG  450

seq1  AGCTGAAGGACCCAAGTGAGGATACCTCAGTCCCACTTGGGAGGGAGAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGAAGGACCCAAGTGAGGATACCTCAGTCCCACTTGGGAGGGAGAAG  500

seq1  AAAGCACCATAAGAGGGAAGGAGGGAAGAATCTGGGAGGGAAAAGGGACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCACCATAAGAGGGAAGGAGGGAAGAATCTGGGAGGGAAAAGGGACA  550

seq1  GGGGTGTGGAGGAGGGGTAAGAGAGG  576
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTGTGGAGGAGGGGTAAGAGAGG  576


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |