BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-192J18
Chromosome17 (Build37)
Map Location 50,491,787 - 50,695,267
singlet/doubletdoublet
Overlap genePlcl2
Upstream geneMocs1, Daam2, Kif6, EG668470, Rftn1, EG668475, EG628747, LOC100043818, Dazl
Downstream geneEG654432, Tbc1d5, LOC100043451, LOC100043452
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-192J18.bB6Ng01-192J18.g
ACCGA015808GA015809
length1,091883
definitionB6Ng01-192J18.b B6Ng01-192J18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(50,491,787 - 50,492,876)(50,694,388 - 50,695,267)
sequence
ggaattccatgtcactctagtcaaaatgataactcagtatgtgaagaaac
ttagacccttgcctgatgacccaggttcaattcctagaaacaatataaag
gtggaagaaggagctgactccacagaggtgctctctgacccccgcaccta
ccctgtggtatacacatcctctcacagatacatcatggacacatccaagt
agtaattaatttttggtttgaatacagaaataaatgaatatagagataca
ttgttggtgggatacaaattagtataaccactatggagaataatatggag
gcccctgaaggaactaaaaacagaatcaccattataatccacgtatacga
ctcctggcagatactcaagggatgttatggagtcagcctctgagtctatc
agtacatgaacagataaaagattattttttcccaaaatgcatctaaactc
tgaattatatctggttaggaccacaaaccaccaaccaaagctacttgatt
aattagcaaagaccctctcctcttcatggcatagttgattgtaggccagc
tgaggatcgttctgcctctcagtgtagctcaagaaagggatgtggctaat
gtgcttaccaacacagtaagtcttctatgtctcgtctacacttatgtatc
cacacctagcttcaagatggtctcagccctagactctatgacatcctgct
atgtatagggaaaaggtcacagatgttaactgctgcatacccctgagagc
ctatgcaatcattttctcaaacaaaagataacttgtagaactggaagtgg
cttgaccattcaggtgactggaagaagaaaggaatgacctgccaacatct
attaggcattacattagaaagctcacctgaattttttttttctttcagtc
ctaattaggacagcaagatagttattccaaattgcactttataatcagaa
actctttgggtctagagaagtcacacatgtgtaagggttttggatgggga
ttagagttacgcaaagagagtctattcttagctctgataggatgttcagg
aagtttcagtactgcagccttgggctcctgggaacctgaca

gaattcaacagtggtaatggttatcaactgtgaacatgataaaaagcata
attaattgtgtgcttttaaagggtcagttttatagcttgtcaattgtatc
tcaattttaaaaacacactgaataggagtgataaagaaatcgaacaataa
agctcccatttacaactgaaaccagttaagaatgtgtacaaaaatgatta
gagaaactaacatggccatctgttaaccttgacctaggtttcatatttaa
taatttaaaactcatattctataaatgtaaatcccatgcaaataaaatat
aattgaataaaatctgaatttcttccttagaggtgtattctactagtcaa
taaaaacccttgctttcatgattataaagttacttctaaaaactacctcc
aattaatcaatgctggcaaagtacccactgtgccaccactgtaaacagct
gggggaaacctattttccatgcccctgcctgacagacaaataacttggct
ttaggttgtaaggaagttatcaccctggggctgactatgggcccagtaga
gattccagaaaaccttcaacttacctctaatgcgccttgaggcactttac
aaacaggaagtaaatagcatccaacacagagtccaaatgcaaagactgag
agctgtgtgtttgaaggaaattgcagaccacagattccacagccataggc
agaaaacagtacaagaactagcacaacaaaaatcaccaaacaaaagcagc
cacatacctgaggcgtggaagaaatctgatgtacagaaatttcgacatca
aaatacttaaatttaaaagctttaaattgcatgccatatccagtaaaaga
ggcagctgattaaaaaaaaaagtgtgtgtgtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_50491787_50492876
seq2: B6Ng01-192J18.b_40_1130

seq1  GGAATTCCATGTCACTCTAGTCAAAATGATAACTCAGTATGTGAAGAAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATTCCATGTCACTCTAGTCAAAATGATAACTCAGTATGTGAAGAAAC  50

seq1  TTAGACCCTTGCCTGATGACCCAGGTTCAATTCCTAGAAACAATATAAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGACCCTTGCCTGATGACCCAGGTTCAATTCCTAGAAACAATATAAAG  100

seq1  GTGGAAGAAGGAGCTGACTCCACAGAGGTGCTCTCTGACCCCCGCACCTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAAGAAGGAGCTGACTCCACAGAGGTGCTCTCTGACCCCCGCACCTA  150

seq1  CCCTGTGGTATACACATCCTCTCACAGATACATCATGGACACATCCAAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGTGGTATACACATCCTCTCACAGATACATCATGGACACATCCAAGT  200

seq1  AGTAATTAATTTTTGGTTTGAATACAGAAATAAATGAATATAGAGATACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAATTAATTTTTGGTTTGAATACAGAAATAAATGAATATAGAGATACA  250

seq1  TTGTTGGTGGGATACAAATTAGTATAACCACTATGGAGAATAATATGGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTGGTGGGATACAAATTAGTATAACCACTATGGAGAATAATATGGAG  300

seq1  GCCCCTGAAGGAACTAAAAACAGAATCACCATTATAATCCACGTATACGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCTGAAGGAACTAAAAACAGAATCACCATTATAATCCACGTATACGA  350

seq1  CTCCTGGCAGATACTCAAGGGATGTTATGGAGTCAGCCTCTGAGTCTATC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGGCAGATACTCAAGGGATGTTATGGAGTCAGCCTCTGAGTCTATC  400

seq1  AGTACATGAACAGATAAAAGATTATTTTTTCCCAAAATGCATCTAAACTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACATGAACAGATAAAAGATTATTTTTTCCCAAAATGCATCTAAACTC  450

seq1  TGAATTATATCTGGTTAGGACCACAAACCACCAACCAAAGCTACTTGATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATTATATCTGGTTAGGACCACAAACCACCAACCAAAGCTACTTGATT  500

seq1  AATTAGCAAAGACCCTCTCCTCTTCATGGCATAGTTGATTGTAGGCCAGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAGCAAAGACCCTCTCCTCTTCATGGCATAGTTGATTGTAGGCCAGC  550

seq1  TGAGGATCGTTCTGCCTCTCAGTGTAGCTCAAGAAAGGGATGTGGCTAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGATCGTTCTGCCTCTCAGTGTAGCTCAAGAAAGGGATGTGGCTAAT  600

seq1  GTGCTTACCAACACAGTAAGTCTTCTATGTCTCGTCTACACTTATGTATC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTTACCAACACAGTAAGTCTTCTATGTCTCGTCTACACTTATGTATC  650

seq1  CACACCTAGCTTCAAGATGGTCTCAGCCCTAGACTCTATGACATCCTGCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACCTAGCTTCAAGATGGTCTCAGCCCTAGACTCTATGACATCCTGCT  700

seq1  ATGTATAGGGAAAAGGTCACAGATGTTAACTGCTGCATACCCCTGAGAGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATAGGGAAAAGGTCACAGATGTTAACTGCTGCATACCCCTGAGAGC  750

seq1  CTATGCAATCATTTTCTCAAACAAAAGATAACTTGTAGAACTGGAAGTGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGCAATCATTTTCTCAAACAAAAGATAACTTGTAGAACTGGAAGTGG  800

seq1  CTTGACCATTCAGGTGACTGGAAGAAGAAAGGAATGACCTGCCAACATCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGACCATTCAGGTGACTGGAAGAAGAAAGGAATGACCTGCCAACATCT  850

seq1  ATTAGGCATTACATTAGAAAGCTCACCTGAA-TTTTTTTTTCTTTCAGTC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  ATTAGGCATTACATTAGAAAGCTCACCTGAATTTTTTTTTTCTTTCAGTC  900

seq1  CTAA-TAAGACAGCAAGATAGTTATTCCAAATTGCACTTTATAATCAGAA  948
      |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATTAGGACAGCAAGATAGTTATTCCAAATTGCACTTTATAATCAGAA  950

seq1  ACTC-TTGGGTCTAGAGAAGTCACACATGTGTAAGGGTTTTGGATGGGGA  997
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTTTGGGTCTAGAGAAGTCACACATGTGTAAGGGTTTTGGATGGGGA  1000

seq1  TTAGAGTTACGCAAAGAGAAGTCTAATCTTAGCTCCTGATAGGATGTCAG  1047
      |||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||   
seq2  TTAGAGTTACGCAAAGAG-AGTCTATTCTTAGCT-CTGATAGGATGTTCA  1048

seq1  GGAAGTTTCCAGTACTGCAGCC-TGGGCT-CTGGAAACCCTGACA  1090
      |||||||| ||||||||||||| |||||| |||| || |||||||
seq2  GGAAGTTT-CAGTACTGCAGCCTTGGGCTCCTGGGAA-CCTGACA  1091


seq1: chr17_50694388_50695267
seq2: B6Ng01-192J18.g_65_947 (reverse)

seq1  ACACACACACAC-TTTTTTTTTAATCAGCTGCCTCTTTTACTGGATATGG  49
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACTTTTTTTTTTAATCAGCTGCCTCTTTTACTGGATATGG  50

seq1  CATGCAATTTAAAGC-TTTAAATTTAAGTATTTTGATGTCGAAA-TTCTG  97
      ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CATGCAATTTAAAGCTTTTAAATTTAAGTATTTTGATGTCGAAATTTCTG  100

seq1  TACATCAGATTTCTTCCACGCCTCAGGTATGTGGCTGCTTTTGTTTGGTG  147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATCAGATTTCTTCCACGCCTCAGGTATGTGGCTGCTTTTGTTTGGTG  150

seq1  ATTTTTGTTGTGCTAGTTCTTGTACTGTTTTCTGCCTATGGCTGTGGAAT  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTGTTGTGCTAGTTCTTGTACTGTTTTCTGCCTATGGCTGTGGAAT  200

seq1  CTGTGGTCTGCAATTTCCTTCAAACACACAGCTCTCAGTCTTTGCATTTG  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGGTCTGCAATTTCCTTCAAACACACAGCTCTCAGTCTTTGCATTTG  250

seq1  GACTCTGTGTTGGATGCTATTTACTTCCTGTTTGTAAAGTGCCTCAAGGC  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCTGTGTTGGATGCTATTTACTTCCTGTTTGTAAAGTGCCTCAAGGC  300

seq1  GCATTAGAGGTAAGTTGAAGGTTTTCTGGAATCTCTACTGGGCCCATAGT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTAGAGGTAAGTTGAAGGTTTTCTGGAATCTCTACTGGGCCCATAGT  350

seq1  CAGCCCCAGGGTGATAACTTCCTTACAACCTAAAGCCAAGTTATTTGTCT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCCCAGGGTGATAACTTCCTTACAACCTAAAGCCAAGTTATTTGTCT  400

seq1  GTCAGGCAGGGGCATGGAAAATAGGTTTCCCCCAGCTGTTTACAGTGGTG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGGCAGGGGCATGGAAAATAGGTTTCCCCCAGCTGTTTACAGTGGTG  450

seq1  GCACAGTGGGTACTTTGCCAGCATTGATTAATTGGAGGTAGTTTTTAGAA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAGTGGGTACTTTGCCAGCATTGATTAATTGGAGGTAGTTTTTAGAA  500

seq1  GTAACTTTATAATCATGAAAGCAAGGGTTTTTATTGACTAGTAGAATACA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACTTTATAATCATGAAAGCAAGGGTTTTTATTGACTAGTAGAATACA  550

seq1  CCTCTAAGGAAGAAATTCAGATTTTATTCAATTATATTTTATTTGCATGG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTAAGGAAGAAATTCAGATTTTATTCAATTATATTTTATTTGCATGG  600

seq1  GATTTACATTTATAGAATATGAGTTTTAAATTATTAAATATGAAACCTAG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTACATTTATAGAATATGAGTTTTAAATTATTAAATATGAAACCTAG  650

seq1  GTCAAGGTTAACAGATGGCCATGTTAGTTTCTCTAATCATTTTTGTACAC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAGGTTAACAGATGGCCATGTTAGTTTCTCTAATCATTTTTGTACAC  700

seq1  ATTCTTAACTGGTTTCAGTTGTAAATGGGAGCTTTATTGTTCGATTTCTT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTTAACTGGTTTCAGTTGTAAATGGGAGCTTTATTGTTCGATTTCTT  750

seq1  TATCACTCCTATTCAGTGTGTTTTTAAAATTGAGATACAATTGACAAGCT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCACTCCTATTCAGTGTGTTTTTAAAATTGAGATACAATTGACAAGCT  800

seq1  ATAAAACTGACCCTTTAAAAGCACACAATTAATTATGCTTTTTATCATGT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAACTGACCCTTTAAAAGCACACAATTAATTATGCTTTTTATCATGT  850

seq1  TCACAGTTGATAACCATTACCACTGTTGAATTC  880
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGTTGATAACCATTACCACTGTTGAATTC  883


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |