BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-203H19
Chromosome17 (Build37)
Map Location 52,160,786 - 52,315,815
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneTbc1d5, LOC100043451, LOC100043452, Satb1, EG628919
Downstream geneLOC672987, EG328839, Kcnh8
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-203H19.bB6Ng01-203H19.g
ACCGA023685GA023686
length1,2131,050
definitionB6Ng01-203H19.b B6Ng01-203H19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(52,314,606 - 52,315,815)(52,160,786 - 52,161,824)
sequence
gaattccagattcattttaaggaaggtgatggacaaatgaaaatcaaaag
tttaacatcaagatgttgaataattgctcaccaatgcagatacttgggct
gagcagagccgctaaaagataccagtgcctcagtttaccaaatttattca
cacagagcttttttttttacttgatgaaatgaataataagctacattctt
acagtatttcctgaaggaatcaagagagacaattgtccaaagatatgtgt
gtgtcactccaaagaattggaatctctaagtactgttatactacaaaagc
ccagtagctgagtcatttcttcaatgaatatgaacatccaggaccaatca
gttgtaagcactaatactacagcaccagagagagcaaggttggggtagcc
tgtgtgtttctgtggctgtacttatctatttggaagaagcaagaaagaga
aagttgatcttttcttgcatctattaatgtcacacatgtgtagagctcac
tggccttcatatctccattctatgatggatgagatatcaggctcatgttt
aaaagtaaggaaacctaggcttccaaatgccagaattgaaatgctgtgcc
caagaccacaggctgtttcttgaagtgaactgtgaagccagtttctgact
gactccaaatctgagctttccttcattcccatagcaagttgctaagaacg
ggatcaaagcttggctgtctggtagtgcagctcatgatctatcttgaatc
tgtgtactagataaccattgtgcttgctgcagaaagagaatattacatca
aggaaaccccaagaggagtgagcatatgtctcaaaatgctttactaacta
catcattaccaacacaacatgtccaaactgaaataaatgtatatgtatca
cttgcattcatttatatgtttttaaatttacatatctcccatttgcaaat
tagtttttgctctagatatgttttatatgatataattattagctggctag
tgtaaaagtcacttgaagaaaacgatagtgaaattacacctctagcaagc
accttaaaacatgtcttctttgcagctattcctctttccctgggcatctc
acttaatacatgcatgctacctcatgtcctcaattttagggtcttcaagt
ccattgaatcaattctaggcccataacttttggtgccaataaaaataact
tcttactcttttg
gaattcttaccatgacagataacggcattctgcaatcactggtgttgtat
ctggacctagagtttcttagtttgtctctagggtacagcgtggcacatcc
tgaatcactctcaatattacatgagtagctaaggctctaagaatcaagat
tttttttttctaggataaaacagaaagtaaactgagattcattgttgagt
gtctctccttaagaaaccaagagccctttataaaatggttaaattcatgg
gatgatgggatggtcttttttttttttagatttttaaaaattaggtattt
tctttatttacatttcaaatgctatcccaaaagtcctccacgtcccccca
actcccctacccccctcccacttcttggccctggtgttcccctgtactga
tgcatataaagtttgcaagaccaagaggcctctcttcccaatgatggctg
actaggccatcttctgctacatatgcagctagagacacaagctctgcggg
tactggttagttcgtattgttgttccacctatagggttgcagaccccgtt
agctccttgggtattttctctagctcttccattgggggccctatgttcca
tccaatagctgactgtgagcatccacttctgtgttttccaggcactggca
tagcctcacaagagacagctataccagggtcctttcagcaaaatcttgct
agcatatgcaatgatgtcagcgtttggaggctgattatgggatggatggg
atggtcttttaatcatggcttttaacatttccaaaggatttaagcagagc
ttctcctccttatcaatatcatccctatgggtgattggagagctttggtg
ccgctctgcctttttataaatgcagggacctgaacatcagttactgtctt
ggggaggggcagttgccaagtacaaaaacctccagcaatttcagatggac
tgagccaggatcctgcattctaactcccagtgcacctttagccgttggat
tagcctagttagagcacattccaggatccctttcatggtgaacttgaacg

quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_52314606_52315815
seq2: B6Ng01-203H19.b_43_1255 (reverse)

seq1  CAAAAGA--TAGAA-TTATTTTTA-TGGCA-CAAAAGTTATGGGCTTTAG  45
      |||||||   |||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||  |||
seq2  CAAAAGAGTAAGAAGTTATTTTTATTGGCACCAAAAGTTATGGGC-CTAG  49

seq1  AA-TGACTCAAT-GACATGAAGACACTAAAAATGAAGACATGGAAGTAGG  93
      || ||| ||||| ||| ||||||| |||||| ||| ||||| || ||| |
seq2  AATTGATTCAATGGACTTGAAGACCCTAAAATTGAGGACAT-GAGGTA-G  97

seq1  CATGCAATGTA-TAAGTGGAGATGCCCAGGGAAAGAGGATTAGCTGCAAA  142
      ||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CATGC-ATGTATTAAGT-GAGATGCCCAGGGAAAGAGGAATAGCTGCAAA  145

seq1  GAAGACATGTTTT-AGGTGCTTGCTAGA-GTGTAATTTCACCTATCGTTT  190
      ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||
seq2  GAAGACATGTTTTAAGGTGCTTGCTAGAGGTGTAATTTCA-CTATCGTTT  194

seq1  TCTTCAAGTGACTTTTACAACTAGCCAGCTAATAATTATATCATATAAAA  240
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCAAGTGACTTTTAC-ACTAGCCAGCTAATAATTATATCATATAAAA  243

seq1  CATATCTAGAGCAAAAACTAATTTGCAAATGGGAGATATGTAAATTTAAA  290
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATCTAGAGCAAAAACTAATTTGCAAATGGGAGATATGTAAATTTAAA  293

seq1  AACATATAAATGAATGCAAGTGATACATATACATTTATTTCAGTTTGGAC  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATATAAATGAATGCAAGTGATACATATACATTTATTTCAGTTTGGAC  343

seq1  ATGTTGTGTTGGTAATGATGTAGTTAGTAAAGCATTTTGAGACATATGCT  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTGTGTTGGTAATGATGTAGTTAGTAAAGCATTTTGAGACATATGCT  393

seq1  CACTCCTCTTGGGGTTTCCTTGATGTAATATTCTCTTTCTGCAGCAAGCA  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCCTCTTGGGGTTTCCTTGATGTAATATTCTCTTTCTGCAGCAAGCA  443

seq1  CAATGGTTATCTAGTACACAGATTCAAGATAGATCATGAGCTGCACTACC  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGGTTATCTAGTACACAGATTCAAGATAGATCATGAGCTGCACTACC  493

seq1  AGACAGCCAAGCTTTGATCCCGTTCTTAGCAACTTGCTATGGGAATGAAG  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGCCAAGCTTTGATCCCGTTCTTAGCAACTTGCTATGGGAATGAAG  543

seq1  GAAAGCTCAGATTTGGAGTCAGTCAGAAACTGGCTTCACAGTTCACTTCA  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGCTCAGATTTGGAGTCAGTCAGAAACTGGCTTCACAGTTCACTTCA  593

seq1  AGAAACAGCCTGTGGTCTTGGGCACAGCATTTCAATTCTGGCATTTGGAA  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACAGCCTGTGGTCTTGGGCACAGCATTTCAATTCTGGCATTTGGAA  643

seq1  GCCTAGGTTTCCTTACTTTTAAACATGAGCCTGATATCTCATCCATCATA  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTAGGTTTCCTTACTTTTAAACATGAGCCTGATATCTCATCCATCATA  693

seq1  GAATGGAGATATGAAGGCCAGTGAGCTCTACACATGTGTGACATTAATAG  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGGAGATATGAAGGCCAGTGAGCTCTACACATGTGTGACATTAATAG  743

seq1  ATGCAAGAAAAGATCAACTTTCTCTTTCTTGCTTCTTCCAAATAGATAAG  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAAGAAAAGATCAACTTTCTCTTTCTTGCTTCTTCCAAATAGATAAG  793

seq1  TACAGCCACAGAAACACACAGGCTACCCCAACCTTGCTCTCTCTGGTGCT  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGCCACAGAAACACACAGGCTACCCCAACCTTGCTCTCTCTGGTGCT  843

seq1  GTAGTATTAGTGCTTACAACTGATTGGTCCTGGATGTTCATATTCATTGA  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTATTAGTGCTTACAACTGATTGGTCCTGGATGTTCATATTCATTGA  893

seq1  AGAAATGACTCAGCTACTGGGCTTTTGTAGTATAACAGTACTTAGAGATT  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATGACTCAGCTACTGGGCTTTTGTAGTATAACAGTACTTAGAGATT  943

seq1  CCAATTCTTTGGAGTGACACACACATATCTTTGGACAATTGTCTCTCTTG  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATTCTTTGGAGTGACACACACATATCTTTGGACAATTGTCTCTCTTG  993

seq1  ATTCCTTCAGGAAATACTGTAAGAATGTAGCTTATTATTCATTTCATCAA  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCTTCAGGAAATACTGTAAGAATGTAGCTTATTATTCATTTCATCAA  1043

seq1  GTAAAAAAAAAAGCTCTGTGTGAATAAATTTGGTAAACTGAGGCACTGGT  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAAAAAAAAGCTCTGTGTGAATAAATTTGGTAAACTGAGGCACTGGT  1093

seq1  ATCTTTTAGCGGCTCTGCTCAGCCCAAGTATCTGCATTGGTGAGCAATTA  1140
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTTAGCGGCTCTGCTCAGCCCAAGTATCTGCATTGGTGAGCAATTA  1143

seq1  TTCAACATCTTGATGTTAAACTTTTGATTTTCATTTGTCCATCACCTTCC  1190
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAACATCTTGATGTTAAACTTTTGATTTTCATTTGTCCATCACCTTCC  1193

seq1  TTAAAATGAATCTGGAATTC  1210
      ||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAATGAATCTGGAATTC  1213

seq1: chr17_52160786_52161824
seq2: B6Ng01-203H19.g_63_1112

seq1  GAATTCTTACCATGACAGATAACGGCATTCTGCAATCACTGGTGTTGTAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTACCATGACAGATAACGGCATTCTGCAATCACTGGTGTTGTAT  50

seq1  CTGGACCTAGAGTTTCTTAGTTTGTCTCTAGGGTACAGCGTGGCACATCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGACCTAGAGTTTCTTAGTTTGTCTCTAGGGTACAGCGTGGCACATCC  100

seq1  TGAATCACTCTCAATATTACATGAGTAGCTAAGGCTCTAAGAATCAAGAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATCACTCTCAATATTACATGAGTAGCTAAGGCTCTAAGAATCAAGAT  150

seq1  TTTTTTTTTCTAGGATAAAACAGAAAGTAAACTGAGATTCATTGTTGAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTTTCTAGGATAAAACAGAAAGTAAACTGAGATTCATTGTTGAGT  200

seq1  GTCTCTCCTTAAGAAACCAAGAGCCCTTTATAAAATGGTTAAATTCATGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCTCCTTAAGAAACCAAGAGCCCTTTATAAAATGGTTAAATTCATGG  250

seq1  GATGATGGGATGGTCTTTTTTTTTTTTAGATTTTTAAAAATTAGGTATTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGATGGGATGGTCTTTTTTTTTTTTAGATTTTTAAAAATTAGGTATTT  300

seq1  TCTTTATTTACATTTCAAATGCTATCCCAAAAGTCCTCCACGTCCCCCCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTATTTACATTTCAAATGCTATCCCAAAAGTCCTCCACGTCCCCCCA  350

seq1  ACTCCCCTACCCCCCTCCCACTTCTTGGCCCTGGTGTTCCCCTGTACTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCCCTACCCCCCTCCCACTTCTTGGCCCTGGTGTTCCCCTGTACTGA  400

seq1  TGCATATAAAGTTTGCAAGACCAAGAGGCCTCTCTTCCCAATGATGGCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATATAAAGTTTGCAAGACCAAGAGGCCTCTCTTCCCAATGATGGCTG  450

seq1  ACTAGGCCATCTTCTGCTACATATGCAGCTAGAGACACAAGCTCTGCGGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGGCCATCTTCTGCTACATATGCAGCTAGAGACACAAGCTCTGCGGG  500

seq1  TACTGGTTAGTTCGTATTGTTGTTCCACCTATAGGGTTGCAGACCCCGTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGGTTAGTTCGTATTGTTGTTCCACCTATAGGGTTGCAGACCCCGTT  550

seq1  AGCTCCTTGGGTATTTTCTCTAGCTCTTCCATTGGGGGCCCTATGTTCCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCCTTGGGTATTTTCTCTAGCTCTTCCATTGGGGGCCCTATGTTCCA  600

seq1  TCCAATAGCTGACTGTGAGCATCCACTTCTGTGTTTTCCAGGCACTGGCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAATAGCTGACTGTGAGCATCCACTTCTGTGTTTTCCAGGCACTGGCA  650

seq1  TAGCCTCACAAGAGACAGCTATACCAGGGTCCTTTCAGCAAAATCTTGCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCTCACAAGAGACAGCTATACCAGGGTCCTTTCAGCAAAATCTTGCT  700

seq1  AGCATATGCAATGATGTCAGCGTTTGGAGGCTGATTATGGGATGGATGGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATATGCAATGATGTCAGCGTTTGGAGGCTGATTATGGGATGGATGGG  750

seq1  ATGGTCTTTTAATCATGGCTTTTAACATTTCCAAAGGATTTAAGCAGAGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTCTTTTAATCATGGCTTTTAACATTTCCAAAGGATTTAAGCAGAGC  800

seq1  TTCTCCTCCTTATCAATATCAT-CCTATGGGTGATTGGAGAGCTTTGGTG  849
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCCTCCTTATCAATATCATCCCTATGGGTGATTGGAGAGCTTTGGTG  850

seq1  CCGC-CTGCCTTTTTATAAATGCAGGGACCTGAACATCAG-TACTGTCTG  897
      |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| 
seq2  CCGCTCTGCCTTTTTATAAATGCAGGGACCTGAACATCAGTTACTGTCTT  900

seq1  GGGGAGGGGCAGTTGCC-AGTACAAAA--CCCCAGCAATTCCAGATGGAC  944
      ||||||||||||||||| |||||||||  | ||||||||| |||||||||
seq2  GGGGAGGGGCAGTTGCCAAGTACAAAAACCTCCAGCAATTTCAGATGGAC  950

seq1  TGAGCCAGGAT-CTGCA-TCTAACTCCCAGTGCACC-TTAGCGGTTGGGT  991
      ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||| |
seq2  TGAGCCAGGATCCTGCATTCTAACTCCCAGTGCACCTTTAGCCGTTGGAT  1000

seq1  TTGCCTAGTTAGAGCACATTTCCAGG-TCCCTTTCAT-GTG-ACTTGAAC  1038
      | |||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||| ||||||||
seq2  TAGCCTAGTTAGAGCACA-TTCCAGGATCCCTTTCATGGTGAACTTGAAC  1049

seq1  G  1039
      |
seq2  G  1050