BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-206P22
Chromosome17 (Build37)
Map Location 68,771,471 - 68,914,853
singlet/doubletdoublet
Overlap geneD930040M24Rik
Upstream geneLrrc30, Lama1, Arhgap28
Downstream geneEG622645, Epb4.1l3, 2410021H03Rik, Zfp161, C030034I22Rik, A930029G22Rik, A330050F15Rik, LOC100043623, LOC668720
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-206P22.bB6Ng01-206P22.g
ACCGA026264GA026265
length1,1101,092
definitionB6Ng01-206P22.b B6Ng01-206P22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(68,771,471 - 68,772,573)(68,913,761 - 68,914,853)
sequence
gaattctagacctgtctgggctatacagtgaagccctgcctgttgcgaac
aattaaaaaataagcacactgtttagcttcaactaagtaagtcttgaggg
gtttatcgaaaccacatgagagacagagaaggacctggagccttttggag
ctggtggtgggagggcctgtccacaggctgtggtgctggtgagccagcat
acatcccatttccttgtaggcaccatatgcctgagccatcttcttgctct
gctaaaatatttaattcattggaagtttctattgtctaatattatgtatt
ctttttatgatgattgttaaaaaggttctctgcatacttatgtaatcata
acaggaagtcttagatatgatttactttgggcaaaatgataatgtatgac
aatcggaaatatgattaaattgagaaattacacagagtctttttaagaac
ccagctgttgtagaaaatgagatatctatatttgttttcgtgtcagctct
gctgtatttttttttttttttgtaaagcacatagtcgtaacgcagtaaaa
tgcttttgtgaaaacaggggagttgaataatcttcctggaatgtcatcag
gctttgtcacatctctttctctgagaagcaaatgaaaacatctcatgttg
tgagatactgaagcagctgcagcagcacttttagcagcataatgggccaa
gaagctgcaggctcctaggctcctgctaggatggctgggtatgccagaag
aactcgacagacccaccagtcacaaatctgttaaggcttatgtgacgata
acactgctatctcatacttgagcagtgtttcttagcgagtcactaatgct
atgaacaagataagtggatggatgttagtgtctgtgcttctttgtgtaca
tgctgtacgcataacgttgttcggacttacccctttgttgtcaatgatcg
aaaacaagcattgaagggagatgatgtgttattatgtattttctcttcta
cctggaacccaggtcacactttagacatgctttctcttggtagagtaaga
ggcttacatggtaatatcaatgtctgttgtgatcatcccagcacaaccag
gaaggttgct

gaattcaagatacaaggcagatggaatttgatgaacacctacatacacat
agctacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacatacac
acacacacatctaataaataaaagaaagcaatcctgggtgcccctggatc
ctctgtgaaccacacttttgggggatatagaagaagtgttatgttactct
aggctgaacacagccagcagaataattttagcctgtgggaaagaaagtga
agcaaccctacaccggattcaaccaggtgagaagctgggcaaagccagag
tctggaaggagacctagacatcggttccaagcagtccatgcaggacactg
ggaaggaccatccaggggcaaagctcacatttgcaatcactcctgtaaag
atgggttgggcatctatgtcacagtttcccaaatgaccatatagtgtggg
gttactctattttttctttttcttttttttttttttttttttgagacacg
gtttctctgtatagccctggctgttctggaactcactttgtagaccaggc
tggcctagaactcagaaatctgcctgcctctgcctcccaagttctgggat
taaaggtgtgtgccaccaccacctggcatggggttacccttgaaggacta
cctaattgcatccctgatccaactccttaccgagggaggcagtagcatct
gtgactgacaggggccaaacctgtggcatggtcacccactgggaaaaaag
acacctgggacccttgcaaggagcatgagattcagagtggagtcaccatg
ggctctgcctaggctcactttctacaatgagattaagtgacactagcaaa
atagaacaaggggactatcatgtatttagaaaggttctacaattttaata
agttcttgtaaaatagtgtataaggacgaagaatttgggatttggtttat
gctgggtcagtttccctctggagtggcctgttttgggaacaggtctctac
tttctcactcagcgagcacttcccataacataggttccctactgatccac
ccagcacaatgctcttagtctcttccatattcatcactcatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_68771471_68772573
seq2: B6Ng01-206P22.b_48_1157

seq1  GAATTCTAGACCTGTCTGGGCTATACAGTGAAGCCCTGCCTGTTGCGAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAGACCTGTCTGGGCTATACAGTGAAGCCCTGCCTGTTGCGAAC  50

seq1  AATTAAAAAATAAGCACACTGTTTAGCTTCAACTAAGTAAGTCTTGAGGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAAAAAATAAGCACACTGTTTAGCTTCAACTAAGTAAGTCTTGAGGG  100

seq1  GTTTATCGAAACCACATGAGAGACAGAGAAGGACCTGGAGCCTTTTGGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTATCGAAACCACATGAGAGACAGAGAAGGACCTGGAGCCTTTTGGAG  150

seq1  CTGGTGGTGGGAGGGCCTGTCCACAGGCTGTGGTGCTGGTGAGCCAGCAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTGGTGGGAGGGCCTGTCCACAGGCTGTGGTGCTGGTGAGCCAGCAT  200

seq1  ACATCCCATTTCCTTGTAGGCACCATATGCCTGAGCCATCTTCTTGCTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCCCATTTCCTTGTAGGCACCATATGCCTGAGCCATCTTCTTGCTCT  250

seq1  GCTAAAATATTTAATTCATTGGAAGTTTCTATTGTCTAATATTATGTATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAAAATATTTAATTCATTGGAAGTTTCTATTGTCTAATATTATGTATT  300

seq1  CTTTTTATGATGATTGTTAAAAAGGTTCTCTGCATACTTATGTAATCATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTATGATGATTGTTAAAAAGGTTCTCTGCATACTTATGTAATCATA  350

seq1  ACAGGAAGTCTTAGATATGATTTACTTTGGGCAAAATGATAATGTATGAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGAAGTCTTAGATATGATTTACTTTGGGCAAAATGATAATGTATGAC  400

seq1  AATCGGAAATATGATTAAATTGAGAAATTACACAGAGTCTTTTTAAGAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCGGAAATATGATTAAATTGAGAAATTACACAGAGTCTTTTTAAGAAC  450

seq1  CCAGCTGTTGTAGAAAATGAGATATCTATATTTGTTTTCGTGTCAGCTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCTGTTGTAGAAAATGAGATATCTATATTTGTTTTCGTGTCAGCTCT  500

seq1  GCTGTATTTTTTTTTTTTTTTGTAAAGCACATAGTCGTAACGCAGTAAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTATTTTTTTTTTTTTTTGTAAAGCACATAGTCGTAACGCAGTAAAA  550

seq1  TGCTTTTGTGAAAACAGGGGAGTTGAATAATCTTCCTGGAATGTCATCAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTTGTGAAAACAGGGGAGTTGAATAATCTTCCTGGAATGTCATCAG  600

seq1  GCTTTGTCACATCTCTTTCTCTGAGAAGCAAATGAAAACATCTCATGTTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTGTCACATCTCTTTCTCTGAGAAGCAAATGAAAACATCTCATGTTG  650

seq1  TGAGATACTGAAGCAGCTGCAGCAGCACTTTTAGCAGCATAATGGGCCAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGATACTGAAGCAGCTGCAGCAGCACTTTTAGCAGCATAATGGGCCAA  700

seq1  GAAGCTGCAGGCTCCTAGGCTCCTGCTAGGATGGCTGGGTATGCCAGAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCTGCAGGCTCCTAGGCTCCTGCTAGGATGGCTGGGTATGCCAGAAG  750

seq1  AACTCGACAGACCCACCAGTCACAAATCTGTTAAGGCTTATGTGACGATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCGACAGACCCACCAGTCACAAATCTGTTAAGGCTTATGTGACGATA  800

seq1  ACACTGCTATCTCATACTTGAGCAGTGTTTCTTAGCGAGTCACTAATGCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTGCTATCTCATACTTGAGCAGTGTTTCTTAGCGAGTCACTAATGCT  850

seq1  ATGAACAAGATAAGTGGATGGATGTTAGTGTCTGTGCTTCTTTGTGTACA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAACAAGATAAGTGGATGGATGTTAGTGTCTGTGCTTCTTTGTGTACA  900

seq1  TGCTGTACGCATAACGTTG-TCCGACTTAACCCTTTGTTGTCAATGATCG  949
      ||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGTACGCATAACGTTGTTCGGACTTACCCCTTTGTTGTCAATGATCG  950

seq1  -ACACAAGCATTGAAGGGAGATGATGTG-TATTATGTA-TTTCTCTTCTA  996
       | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||
seq2  AAAACAAGCATTGAAGGGAGATGATGTGTTATTATGTATTTTCTCTTCTA  1000

seq1  -CTGG-ACACAGGTCACACTTTAGACATTGCTTCTCTTGGTAGAGTAAGA  1044
       |||| || |||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||
seq2  CCTGGAACCCAGGTCACACTTTAGACATGCTTTCTCTTGGTAGAGTAAGA  1050

seq1  GGCTTACATGTAAATATTAAATGTCTG-TGTGAATCATCCCAGCAC-AGC  1092
      ||||||||||  |||| | |||||||| |||| ||||||||||||| | |
seq2  GGCTTACATGGTAATA-TCAATGTCTGTTGTG-ATCATCCCAGCACAACC  1098

seq1  AGG-AGGTTGCT  1103
      ||| ||||||||
seq2  AGGAAGGTTGCT  1110


seq1: chr17_68913761_68914853
seq2: B6Ng01-206P22.g_65_1156 (reverse)

seq1  AATGAGTTGATG-ATATGGGAGAGACTAAGAAGCATGGTGCTGGGTGGGA  49
      |||||| ||||| |||||| |||||||||| ||||| ||||||||| |||
seq2  AATGAG-TGATGAATATGGAAGAGACTAAG-AGCATTGTGCTGGGT-GGA  47

seq1  TCAGTAGGG-ACCTATG-TATGGGAAGTTGCTCGGCTGAGTTGAG-AAGT  96
      ||||||||| ||||||| ||||||||| ||||| |||||| |||| ||||
seq2  TCAGTAGGGAACCTATGTTATGGGAAG-TGCTC-GCTGAG-TGAGAAAGT  94

seq1  AGAGACCTGTTCCAAAAACA-GCCACTCAAGAGGGAAACTGACCAAGCAT  145
      ||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||
seq2  AGAGACCTGTTCCCAAAACAGGCCACTCCAGAGGGAAACTGACCCAGCAT  144

seq1  AAACAAAATCCAAATTCCTTCGTCCTTATACAC-ATTTTACAAGAACTTA  194
      |||| |||||| || | |||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  AAACCAAATCCCAAATTCTTCGTCCTTATACACTATTTTACAAGAACTTA  194

seq1  TTAAAATTGTAGAA-CTTTCTAAATACATGATAGTCCCCTTTGTTTCTAT  243
      |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||   ||||||
seq2  TTAAAATTGTAGAACCTTTCTAAATACATGATAGTCCCCTT--GTTCTAT  242

seq1  TTTGCTAGTGTCACTTAATCTCATTGTAGAAAGTGAGCCTAGGCAGAGCC  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCTAGTGTCACTTAATCTCATTGTAGAAAGTGAGCCTAGGCAGAGCC  292

seq1  CATGGTGACTCCACTCTGAATCTCATGCTCCTTGCAAGGGTCCCAGGTGT  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGTGACTCCACTCTGAATCTCATGCTCCTTGCAAGGGTCCCAGGTGT  342

seq1  CTTTTTTCCCAGTGGGTGACCATGCCACAGGTTTGGCCCCTGTCAGTCAC  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTTCCCAGTGGGTGACCATGCCACAGGTTTGGCCCCTGTCAGTCAC  392

seq1  AGATGCTACTGCCTCCCTCGGTAAGGAGTTGGATCAGGGATGCAATTAGG  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGCTACTGCCTCCCTCGGTAAGGAGTTGGATCAGGGATGCAATTAGG  442

seq1  TAGTCCTTCAAGGGTAACCCCATGCCAGGTGGTGGTGGCACACACCTTTA  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCCTTCAAGGGTAACCCCATGCCAGGTGGTGGTGGCACACACCTTTA  492

seq1  ATCCCAGAACTTGGGAGGCAGAGGCAGGCAGATTTCTGAGTTCTAGGCCA  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCAGAACTTGGGAGGCAGAGGCAGGCAGATTTCTGAGTTCTAGGCCA  542

seq1  GCCTGGTCTACAAAGTGAGTTCCAGAACAGCCAGGGCTATACAGAGAAAC  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGGTCTACAAAGTGAGTTCCAGAACAGCCAGGGCTATACAGAGAAAC  592

seq1  CGTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAAAAGAAAAAATAGAGTAAC  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAAAAGAAAAAATAGAGTAAC  642

seq1  CCCACACTATATGGTCATTTGGGAAACTGTGACATAGATGCCCAACCCAT  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACACTATATGGTCATTTGGGAAACTGTGACATAGATGCCCAACCCAT  692

seq1  CTTTACAGGAGTGATTGCAAATGTGAGCTTTGCCCCTGGATGGTCCTTCC  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTACAGGAGTGATTGCAAATGTGAGCTTTGCCCCTGGATGGTCCTTCC  742

seq1  CAGTGTCCTGCATGGACTGCTTGGAACCGATGTCTAGGTCTCCTTCCAGA  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGTCCTGCATGGACTGCTTGGAACCGATGTCTAGGTCTCCTTCCAGA  792

seq1  CTCTGGCTTTGCCCAGCTTCTCACCTGGTTGAATCCGGTGTAGGGTTGCT  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGGCTTTGCCCAGCTTCTCACCTGGTTGAATCCGGTGTAGGGTTGCT  842

seq1  TCACTTTCTTTCCCACAGGCTAAAATTATTCTGCTGGCTGTGTTCAGCCT  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTTTCTTTCCCACAGGCTAAAATTATTCTGCTGGCTGTGTTCAGCCT  892

seq1  AGAGTAACATAACACTTCTTCTATATCCCCCAAAAGTGTGGTTCACAGAG  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTAACATAACACTTCTTCTATATCCCCCAAAAGTGTGGTTCACAGAG  942

seq1  GATCCAGGGGCACCCAGGATTGCTTTCTTTTATTTATTAGATGTGTGTGT  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCAGGGGCACCCAGGATTGCTTTCTTTTATTTATTAGATGTGTGTGT  992

seq1  GTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAGCT  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAGCT  1042

seq1  ATGTGTATGTAGGTGTTCATCAAATTCCATCTGCCTTGTATCTTGAATTC  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTATGTAGGTGTTCATCAAATTCCATCTGCCTTGTATCTTGAATTC  1092


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |