BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-219J10
Chromosome17 (Build37)
Map Location 12,294,412 - 12,450,456
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAgpat4, Tdgf1-ps2, Map3k4
Upstream genePark2
Downstream gene4732491K20Rik, LOC625753, Plg, Slc22a3, LOC100041192, Slc22a2, Slc22a1, Igf2r, Air, EG635617, Mas1, Mrgprh, Pnldc1, Mrpl18, Tcp1, Acat3, Acat2, Wtap, Sod2, Gpr31c, Tcp10c, Ttll2, Unc93a, Smok2a, Smok2b
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-219J10.bB6Ng01-219J10.g
ACCGA035380GA035381
length1,1231,067
definitionB6Ng01-219J10.b B6Ng01-219J10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(12,294,412 - 12,295,524)(12,449,387 - 12,450,456)
sequence
gaattccatccaatgagaaactatctcaaatgtggtggacgatgttctta
aagatggcacccaatgttgtcttctggcttccattttcatgcacacacat
attggtgcatctatatgaatatatgtgcttgtgcacattttaatacacag
cacacacacatacacacacacacacacacacacacacacacatgatagaa
gcatattctaatatagtccccctccaagtgcctcacctgggaaccttcca
gagagataaattctcagattctgcccacacactgaatcataagctctggg
ggtggggccctgggctctgtgatccgacaagtcccacgggtggttctagt
gtgcttgcaagtgtgagaactactgtcttgatggaaatgacaaagctggg
tttgtagggcaataaaatttaacctcaacactacctctgagaagatgatg
aaattcaaatggcatgtgttcaaaaattattacagcttctctatcaggct
gcactgattacattctcacaaataatttataaatatttttgcacttattt
taatgcaatagaagactatatttcctttgacagaaccagtggcatggttg
accagttatccctattgattgaatggtgtcacagttgaccaattatctac
attgattgaattatataataaatagatatgattgtgtcataattagcttg
tagagatcccagaaatcactactcaagccacgccattgaaattttcgggg
agataacatggaagaacagaatgaataagttgtacagctgtgtatgctga
gccacaaggttgtgagagtgaacgttcgttcttctttaaagttacgaaga
gtactgctaccaattttgagcttgtcatgagtacaggagtctgtgggagg
gtttccagccacaaccttgatgatgagcgctgtgtaatgaagtgtgaatg
gggaaggctctgaggtacaaccttagtttgttctcaatggtgacaaaaat
ggttttaattctagggccgagtttacattgtggtgaacaatcacttcttc
tccaacacgcacactttgtttcaacagcttgaaggccagctacgttctga
agtcctctatctttttaaactct
gaattctctccagggtcatgctggtttgtgatactgaaccactgaaactg
tattccctccttccctctcttcctctctttgtctctgtctgtctgtctgt
ctgtctctgtctctctctgtatatgtgtacctgggtatgtatggggcagg
agtggaccctgtagctttaagttgtaacttaaaagtcaccaagagaattg
aagagtagaagtgcactaggcagcagcgctttggatccccactcacctgc
cagagatggagctcaaagttctctctgtggaagggcatgggtgctgcact
agacctactccgtggtgtcctacccctgctatcaactgtggtggcagcac
tgtgtcacccaagtcagcatgcacctcaggatggtattcgggggtaatca
tagtctccaaacggtttcaatttcttttcagttattatgagcttttaaac
tcttaagaatatgccatcaatgttagataattaaacatgctgttccttga
ggggtatttgatgtcccctacatacactgaaagtactcaggtacttacta
caacggtctgagggtcagttggcagcgtatttgggcacattctcagtaac
ttcttgtccccctgatgaagtccaagggcgctgtttgcgctgtgctttga
gatttactacctgtctgttactcactgctcttgtccccgagggcccccag
tgtgaactaactgaacttcaccccggcaggagatctgtcatcgagatcag
ccgagcactcaaggagctcttccacgaagccagggaaagagcctccaaag
ccctgggctttgctaaaatgctgaggaaggtgagtctgccacccgagcgc
cgctaccctcctcccaggttctgtcgtaaagctgatgctaaggaagtttt
ctgttctgtgatcctaggacctagaatagcagcagagttcgttgctatct
gcatcagcccgagagctctggacgctctgaaagcaagcagtatgttagtg
aagcccgtgccgtcctcggagtccttcgtcctcagctgcattcaagaggc
tccttgctcatatgcat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_12294412_12295524
seq2: B6Ng01-219J10.b_47_1169

seq1  GAATTCCATCCAATGAGAAACTATCTCAAATGTGGTGGACGATGTTCTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATCCAATGAGAAACTATCTCAAATGTGGTGGACGATGTTCTTA  50

seq1  AAGATGGCACCCAATGTTGTCTTCTGGCTTCCATTTTCATGCACACACAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATGGCACCCAATGTTGTCTTCTGGCTTCCATTTTCATGCACACACAT  100

seq1  ATTGGTGCATCTATATGAATATATGTGCTTGTGCACATTTTAATACACAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGTGCATCTATATGAATATATGTGCTTGTGCACATTTTAATACACAG  150

seq1  CACACACACATACACACACACACACACACACACACACACACATGATAGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACATACACACACACACACACACACACACACACACATGATAGAA  200

seq1  GCATATTCTAATATAGTCCCCCTCCAAGTGCCTCACCTGGGAACCTTCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATATTCTAATATAGTCCCCCTCCAAGTGCCTCACCTGGGAACCTTCCA  250

seq1  GAGAGATAAATTCTCAGATTCTGCCCACACACTGAATCATAAGCTCTGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGATAAATTCTCAGATTCTGCCCACACACTGAATCATAAGCTCTGGG  300

seq1  GGTGGGGCCCTGGGCTCTGTGATCCGACAAGTCCCACGGGTGGTTCTAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGGGCCCTGGGCTCTGTGATCCGACAAGTCCCACGGGTGGTTCTAGT  350

seq1  GTGCTTGCAAGTGTGAGAACTACTGTCTTGATGGAAATGACAAAGCTGGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTTGCAAGTGTGAGAACTACTGTCTTGATGGAAATGACAAAGCTGGG  400

seq1  TTTGTAGGGCAATAAAATTTAACCTCAACACTACCTCTGAGAAGATGATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTAGGGCAATAAAATTTAACCTCAACACTACCTCTGAGAAGATGATG  450

seq1  AAATTCAAATGGCATGTGTTCAAAAATTATTACAGCTTCTCTATCAGGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTCAAATGGCATGTGTTCAAAAATTATTACAGCTTCTCTATCAGGCT  500

seq1  GCACTGATTACATTCTCACAAATAATTTATAAATATTTTTGCACTTATTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTGATTACATTCTCACAAATAATTTATAAATATTTTTGCACTTATTT  550

seq1  TAATGCAATAGAAGACTATATTTCCTTTGACAGAACCAGTGGCATGGTTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGCAATAGAAGACTATATTTCCTTTGACAGAACCAGTGGCATGGTTG  600

seq1  ACCAGTTATCCCTATTGATTGAATGGTGTCACAGTTGACCAATTATCTAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGTTATCCCTATTGATTGAATGGTGTCACAGTTGACCAATTATCTAC  650

seq1  ATTGATTGAATTATATAATAAATAGATATGATTGTGTCATAATTAGCTTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGATTGAATTATATAATAAATAGATATGATTGTGTCATAATTAGCTTG  700

seq1  TAGAGATCCCAGAAATCACTACTCAAGCCACGCCATTGAAATTTTCGGGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGATCCCAGAAATCACTACTCAAGCCACGCCATTGAAATTTTCGGGG  750

seq1  AGATAACATGGAAGAACAGAATGAATAAGTTGTACAGCTGTGTATGCTGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAACATGGAAGAACAGAATGAATAAGTTGTACAGCTGTGTATGCTGA  800

seq1  GCCACAAGGTTGTGAGAGTGAACGTTCGTTCTTCTTTAAAGTTACGAAGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACAAGGTTGTGAGAGTGAACGTTCGTTCTTCTTTAAAGTTACGAAGA  850

seq1  GTACTGCTACCAATTTTGAGCTTGTCATGAGTACAGGAGTCTGTGGGA-G  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  GTACTGCTACCAATTTTGAGCTTGTCATGAGTACAGGAGTCTGTGGGAGG  900

seq1  GTTTCCAGCCACAACC-TGATGATGAGCGCTGTGTAATGAAGTGTGAAT-  947
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GTTTCCAGCCACAACCTTGATGATGAGCGCTGTGTAATGAAGTGTGAATG  950

seq1  GGGAAGGCTCTGAGGTACAACCTTAGTTTGTTCTCAAT-GTGACAAAA--  994
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  
seq2  GGGAAGGCTCTGAGGTACAACCTTAGTTTGTTCTCAATGGTGACAAAAAT  1000

seq1  TGTTTTAA-TCTA-GGCCGAAGTTACAATGT-GTG-ACAATCACCTCCTC  1040
       ||||||| |||| ||||||  ||||| ||| ||| |||||||| || ||
seq2  GGTTTTAATTCTAGGGCCGAGTTTACATTGTGGTGAACAATCACTTCTTC  1050

seq1  CCCCACACGCACCACTGT-TTCCAACAGC-TGAAGGCCAAGCTACGTTCT  1088
       || ||||||| |||| | || ||||||| |||||||| |||||||||||
seq2  TCCAACACGCA-CACTTTGTTTCAACAGCTTGAAGGCC-AGCTACGTTCT  1098

seq1  GAAAGTCTCTATCTTTTTAAACTCT  1113
      |||   |||||||||||||||||||
seq2  GAAGTCCTCTATCTTTTTAAACTCT  1123

seq1: chr17_12449387_12450456
seq2: B6Ng01-219J10.g_69_1135 (reverse)

seq1  ATGC-TATGAGCCAGGAGCCTCTTTGGAATGCAGCTGA-GACGAAGGACT  48
      |||| ||||||| |||||||||||  |||||||||||| |||||||||||
seq2  ATGCATATGAGCAAGGAGCCTCTT--GAATGCAGCTGAGGACGAAGGACT  48

seq1  CCGAGGACGGCACGGGCTTCACCTTAACATACTGCTTTGCTTTCAGAGCG  98
      ||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||
seq2  CCGAGGACGGCACGGGCTTCAC--TAACATACTGC-TTGCTTTCAGAGCG  95

seq1  TCCAGGAGCTCTCGGGCTGATGCAGATAGC-ACGAACTCTGCTGCTATTT  147
      |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||
seq2  TCCA-GAGCTCTCGGGCTGATGCAGATAGCAACGAACTCTGCTGCTA-TT  143

seq1  CTAGGTCCTAGGATCACAGAACAG-AAACTTCCTTAGCATCAGCTTTACG  196
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGTCCTAGGATCACAGAACAGAAAACTTCCTTAGCATCAGCTTTACG  193

seq1  ACAGAACCTGGGAGGAGGGTAGCGGCGCTCGGGTGGCAGACTCACCTTCC  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAACCTGGGAGGAGGGTAGCGGCGCTCGGGTGGCAGACTCACCTTCC  243

seq1  TCAGCATTTTAGCAAAGCCCAGGGCCTTGGAGGCTCTTTCCCTGGCTTCG  296
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCATTTTAGCAAAGCCCAGGGCTTTGGAGGCTCTTTCCCTGGCTTCG  293

seq1  TGGAAGAGCTCCTTGAGTGCTCGGCTGATCTCGATGACAGATCTCCTGCC  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAGAGCTCCTTGAGTGCTCGGCTGATCTCGATGACAGATCTCCTGCC  343

seq1  GGGGTGAAGTTCAGTTAGTTCACACTGGGGGCCCTCGGGGACAAGAGCAG  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTGAAGTTCAGTTAGTTCACACTGGGGGCCCTCGGGGACAAGAGCAG  393

seq1  TGAGTAACAGACAGGTAGTAAATCTCAAAGCACAGCGCAAACAGCGCCCT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTAACAGACAGGTAGTAAATCTCAAAGCACAGCGCAAACAGCGCCCT  443

seq1  TGGACTTCATCAGGGGGACAAGAAGTTACTGAGAATGTGCCCAAATACGC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACTTCATCAGGGGGACAAGAAGTTACTGAGAATGTGCCCAAATACGC  493

seq1  TGCCAACTGACCCTCAGACCGTTGTAGTAAGTACCTGAGTACTTTCAGTG  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAACTGACCCTCAGACCGTTGTAGTAAGTACCTGAGTACTTTCAGTG  543

seq1  TATGTAGGGGACATCAAATACCCCTCAAGGAACAGCATGTTTAATTATCT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTAGGGGACATCAAATACCCCTCAAGGAACAGCATGTTTAATTATCT  593

seq1  AACATTGATGGCATATTCTTAAGAGTTTAAAAGCTCATAATAACTGAAAA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATTGATGGCATATTCTTAAGAGTTTAAAAGCTCATAATAACTGAAAA  643

seq1  GAAATTGAAACCGTTTGGAGACTATGATTACCCCCGAATACCATCCTGAG  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATTGAAACCGTTTGGAGACTATGATTACCCCCGAATACCATCCTGAG  693

seq1  GTGCATGCTGACTTGGGTGACACAGTGCTGCCACCACAGTTGATAGCAGG  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCATGCTGACTTGGGTGACACAGTGCTGCCACCACAGTTGATAGCAGG  743

seq1  GGTAGGACACCACGGAGTAGGTCTAGTGCAGCACCCATGCCCTTCCACAG  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGGACACCACGGAGTAGGTCTAGTGCAGCACCCATGCCCTTCCACAG  793

seq1  AGAGAACTTTGAGCTCCATCTCTGGCAGGTGAGTGGGGATCCAAAGCGCT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAACTTTGAGCTCCATCTCTGGCAGGTGAGTGGGGATCCAAAGCGCT  843

seq1  GCTGCCTAGTGCACTTCTACTCTTCAATTCTCTTGGTGACTTTTAAGTTA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCCTAGTGCACTTCTACTCTTCAATTCTCTTGGTGACTTTTAAGTTA  893

seq1  CAACTTAAAGCTACAGGGTCCACTCCTGCCCCATACATACCCAGGTACAC  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTTAAAGCTACAGGGTCCACTCCTGCCCCATACATACCCAGGTACAC  943

seq1  ATATACAGAGAGAGACAGAGACAGACAGACAGACAGACAGAGACAAAGAG  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATACAGAGAGAGACAGAGACAGACAGACAGACAGACAGAGACAAAGAG  993

seq1  AGGAAGAGAGGGAAGGAGGGAATACAGTTTCAGTGGTTCAGTATCACAAA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGAGAGGGAAGGAGGGAATACAGTTTCAGTGGTTCAGTATCACAAA  1043

seq1  CCAGCATGACCCTGGAGAGAATTC  1070
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCATGACCCTGGAGAGAATTC  1067