BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-222M15
Chromosome17 (Build37)
Map Location 84,485,214 - 84,578,281
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100043900, AW548124, EG545226, Eml4, Cox7a2l, Kcng3, Mta3, Haao
Downstream geneZfp36l2, Thada, Plekhh2, Dync2li1, Abcg5, Abcg8, Lrpprc, LOC668848, 1110020A21Rik, Ppm1b, Slc3a1, Prepl, LOC100043901, 1700106N22Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-222M15.bB6Ng01-222M15.g
ACCGA037710GA037711
length1,2111,139
definitionB6Ng01-222M15.b B6Ng01-222M15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(84,485,214 - 84,486,427)(84,577,137 - 84,578,281)
sequence
gaattctctgaggcctgcgttctctccccagtgacccacccacttcctct
tgggagaccagccgagaacagtgaggcttgaagaacattttaatcccagc
cccaaagagaaaatgactacaagctctggaatgcagagcctgctgcttcc
tgcagggccttctgaatgaaacacacgtaacccacagaggcagtgagaca
agaggctacggagagatgccacccggactccaagcaggccgatgagcaca
gcaagcaagctcttgacttgggcctaagccccagtgctctgttagccacc
cttctcgctcagcttcgaggaaccaaacccagacaccaagcacatacaga
ttactgttgctccctgttcccagcacctgagtgggtggggaagaggagaa
gacatcccccacataccatcctcaaagagcactgcagatccccctctctg
ttacccccagagcaggtcaccatgctgcaactcagctagctcacaccatt
tcaagcaaaacaccaacgtgcttcgactgtctccgggaaaagtggagata
cacactggtcttgatggttcagctccgtgaccttgttaggtgcgtgcccc
atctgcataagcacagaaagtcccctggggcctcctcttacgggcatctc
catccctttgagtaaccacacgtacagatctctcttgtggtcagtcagtt
agctttgcctggctttgaacgctactctcacgggattgtgagtagtacgt
gtatgtgttcccgtgcctgactcctgctgctgcctacctcagacctgcct
ctgggctttccatgacctgagtgaggatcctgcctccgcatgggactttg
cctcccgttcaccttgacttccttctaggactgcagccacaacatcccca
ggtccctgcctgtgcctgagttcctgtcgcatatccttggcacggtaagt
ctatgtgaccttgtggccctggacactttcctactgctttccattgcaga
cttactaacagtctctggcatcttactgttgccacagatgtagatgaggt
ccacgtcttgtccatttgataagcaaactcatttgattgatgagggagta
gtaaaccagccagttcatatctattatgagggtattggcctgatctactc
cagagcactaggtcttggaagggaaaggtctggcaaaggaccttgttcac
tagtagagaat
gaattcaagggcatctttagttgtatagcaagttcaaggccagattgggt
tccaagagaccgtgccttgaaaaatcaagagaaaaaccaggtgtacctac
tgtaatccttccactcaggaagctaaggcaggaggaaggacgcaagttca
agcttgatctcgcctacaaactgagtcccaggacaaacaagactcagtct
aaggaaggaggagggaaggaggcactgttagtgtggtcccttgcacttga
cctctggaaggcggaggcaggaccaccatcagatatttaaggccatcctt
agctacatagtgcatttgaggctagccttgggtacatgagacctgtcttg
ggggggggaaaacacctcaaatatctattgatgagttccaatttcagaga
atctaaccctgtcttggaacccccatggacacttgagacacacatggtgc
acatatatacatgcaggcaaaacactcatacacataatataaaataataa
ctgtagtaatagtaattttgttttttaattatggcatgctaaacctggca
tggtggaacacaactttaatcccagcacttgggaagcagaagcaggcaga
gttctgagtttaaggctagccaggtctatagagggagttccagaccaacc
aggggctacaaagtgagacttttttgtttgtttgtttttgttttttgttt
tgttttctcgagacagggtttctccgtatacctctggctgtcctggaact
cactttgtagatcaggctggcctcgaactcagaaatccacctgcctctgc
ctccctggtgctgggattaaaggcgtgtgctaccaccgcccagctgtgcc
ccaaatttttatgtgcagtcacttaaatgtgtacttcttttattttttca
agttacatttttaacacacactcacacacaagcactttcttgcacacatg
accatgcattgtgttgtcagagcttgacacacgacttccctggtgctgag
cgtctaaattactatggctaattgtggggtgtgctggccacctgtaatcc
caggcagaggccagagatttagcagcaagtcaatgtcagccagctgccct
gaattccactcttactaatctacatatagacctgcctca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_84485214_84486427
seq2: B6Ng01-222M15.b_44_1254

seq1  GAATTCTCTGAGGCCTGCGTTCTCTCCCCAGTGACCCACCCACTTCCTCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTGAGGCCTGCGTTCTCTCCCCAGTGACCCACCCACTTCCTCT  50

seq1  TGGGAGACCAGCCGAGAACAGTGAGGCTTGAAGAACATTTTAATCCCAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAGACCAGCCGAGAACAGTGAGGCTTGAAGAACATTTTAATCCCAGC  100

seq1  CCCAAAGAGAAAATGACTACAAGCTCTGGAATGCAGAGCCTGCTGCTTCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAAGAGAAAATGACTACAAGCTCTGGAATGCAGAGCCTGCTGCTTCC  150

seq1  TGCAGGGCCTTCTGAATGAAACACACGTAACCCACAGAGGCAGTGAGACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGGGCCTTCTGAATGAAACACACGTAACCCACAGAGGCAGTGAGACA  200

seq1  AGAGGCTACGGAGAGATGCCACCCGGACTCCAAGCAGGCCGATGAGCACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGCTACGGAGAGATGCCACCCGGACTCCAAGCAGGCCGATGAGCACA  250

seq1  GCAAGCAAGCTCTTGACTTGGGCCTAAGCCCCAGTGCTCTGTTAGCCACC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGCAAGCTCTTGACTTGGGCCTAAGCCCCAGTGCTCTGTTAGCCACC  300

seq1  CTTCTCGCTCAGCTTCGAGGAACCAAACCCAGACACCAAGCACATACAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTCGCTCAGCTTCGAGGAACCAAACCCAGACACCAAGCACATACAGA  350

seq1  TTACTGTTGCTCCCTGTTCCCAGCACCTGAGTGGGTGGGGAAGAGGAGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTGTTGCTCCCTGTTCCCAGCACCTGAGTGGGTGGGGAAGAGGAGAA  400

seq1  GACATCCCCCACATACCATCCTCAAAGAGCACTGCAGATCCCCCTCTCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATCCCCCACATACCATCCTCAAAGAGCACTGCAGATCCCCCTCTCTG  450

seq1  TTACCCCCAGAGCAGGTCACCATGCTGCAACTCAGCTAGCTCACACCATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCCCCAGAGCAGGTCACCATGCTGCAACTCAGCTAGCTCACACCATT  500

seq1  TCAAGCAAAACACCAACGTGCTTCGACTGTCTCCGGGAAAAGTGGAGATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGCAAAACACCAACGTGCTTCGACTGTCTCCGGGAAAAGTGGAGATA  550

seq1  CACACTGGTCTTGATGGTTCAGCTCCGTGACCTTGTTAGGTGCGTGCCCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTGGTCTTGATGGTTCAGCTCCGTGACCTTGTTAGGTGCGTGCCCC  600

seq1  ATCTGCATAAGCACAGAAAGTCCCCTGGGGCCTCCTCTTACGGGCATCTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGCATAAGCACAGAAAGTCCCCTGGGGCCTCCTCTTACGGGCATCTC  650

seq1  CATCCCTTTGAGTAACCACACGTACAGATCTCTCTTGTGGTCAGTCAGTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCCTTTGAGTAACCACACGTACAGATCTCTCTTGTGGTCAGTCAGTT  700

seq1  AGCTTTGCCTGGCTTTGAACGCTACTCTCACGGGATTGTGAGTAGTACGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTTGCCTGGCTTTGAACGCTACTCTCACGGGATTGTGAGTAGTACGT  750

seq1  GTATGTGTTCCCGTGCCTGACTCCTGCTGCTGCCTACCTCAGACCTGCCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGTGTTCCCGTGCCTGACTCCTGCTGCTGCCTACCTCAGACCTGCCT  800

seq1  CTGGGCTTTCCATGACCTGAGTGAGGATCCTGCCTCCGCATGGGACTTTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGCTTTCCATGACCTGAGTGAGGATCCTGCCTCCGCATGGGACTTTG  850

seq1  CCTCCCGTTCACCTTGACTTCCTTCTAGGACTGCAGCCACAACATCCCCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCCGTTCACCTTGACTTCCTTCTAGGACTGCAGCCACAACATCCCCA  900

seq1  GGTCCCTGCCTGTGCCTGAGTTCCTGTCGCATATCCTTGGCACGGTAAGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCCTGCCTGTGCCTGAGTTCCTGTCGCATATCCTTGGCACGGTAAGT  950

seq1  CTATGTGACCTTGTGGCCCTGGACACTTTCCTACTGCTTTCCAATTGCAG  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CTATGTGACCTTGTGGCCCTGGACACTTTCCTACTGCTTTCC-ATTGCAG  999

seq1  ACTTACTAACAGTCCTCTGGCATC-TACTGTTGCCACAGATGTAGATGAG  1049
      ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTACTAACAGT-CTCTGGCATCTTACTGTTGCCACAGATGTAGATGAG  1048

seq1  GTCCACGTCTTGTCCATTTGAT-AGCAAACTCATTTGATTGATGAGGGAG  1098
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCACGTCTTGTCCATTTGATAAGCAAACTCATTTGATTGATGAGGGAG  1098

seq1  TTAGTTAAACCAG-CAGTTCATTATCATATAATGAGGGTA-TGGGCTGAT  1146
       ||| |||||||| ||||||| |||| ||| ||||||||| ||| |||||
seq2  -TAG-TAAACCAGCCAGTTCA-TATC-TATTATGAGGGTATTGGCCTGAT  1144

seq1  CATCTCAGGAGCACTAGGTCTTGG-AGGAGAAGGTCTGGGAAGAAGAGAC  1195
      |  |||  |||||||||||||||| |||  ||||||||| |  |||   |
seq2  CTACTCCAGAGCACTAGGTCTTGGAAGGGAAAGGTCTGGCA--AAGGACC  1192

seq1  TTGTTCATCTAGT-TAGAAT  1214
      ||||||| |||||  |||||
seq2  TTGTTCA-CTAGTAGAGAAT  1211

seq1: chr17_84577137_84578281
seq2: B6Ng01-222M15.g_64_1202 (reverse)

seq1  TGAGGCAGGTCT-TATGTAGATTAGGTAGGGGTTGGATTTCA-GGCAGCT  48
      |||||||||||| ||||||||||||  || |  |||| |||| |||||||
seq2  TGAGGCAGGTCTATATGTAGATTAGTAAGAG--TGGAATTCAGGGCAGCT  48

seq1  GGGCTGCCACTGACCTGCTGCT-AATCTCCTGCCTCTGCCTGGGATTACA  97
       ||||| || |||| ||||||| ||||||  |||||||||||||||||||
seq2  -GGCTGACATTGACTTGCTGCTAAATCTCTGGCCTCTGCCTGGGATTACA  97

seq1  GGTGGGCACCAGCACACCCCACAATTTAGCCATAGTTAATTTAAGGACGC  147
      |||||   |||||||||||||||| |||||||||| |||||||  |||||
seq2  GGTGG---CCAGCACACCCCACAA-TTAGCCATAG-TAATTTA--GACGC  140

seq1  TCAGCA-CAGGGAGGTCCGTGGTGTCAAGCCTCTGAC-ACAC-ATGCATG  194
      |||||| |||||| || ||| |||||||| ||||||| |||| |||||||
seq2  TCAGCACCAGGGAAGT-CGT-GTGTCAAG-CTCTGACAACACAATGCATG  187

seq1  GTCATGTGTGCAAGAAAGTGCTTGTGTGTGAGTGTGTG-TAAAAATGTAA  243
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  GTCATGTGTGCAAGAAAGTGCTTGTGTGTGAGTGTGTGTTAAAAATGTAA  237

seq1  CTTGAAAAAATAAAAGAAGTACACATTTAAGTGACTGCACATAAAAATTT  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAAAAAATAAAAGAAGTACACATTTAAGTGACTGCACATAAAAATTT  287

seq1  GGGGCACAGCTGGGCGGTGGTAGCACACGCCTTTAATCCCAGCACCAGGG  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCACAGCTGGGCGGTGGTAGCACACGCCTTTAATCCCAGCACCAGGG  337

seq1  AGGCAGAGGCAGGTGGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGATCTACAAAG  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGAGGCAGGTGGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGATCTACAAAG  387

seq1  TGAGTTCCAGGACAGCCAGAGGTATACGGAGAAACCCTGTCTCGAGAAAA  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTTCCAGGACAGCCAGAGGTATACGGAGAAACCCTGTCTCGAGAAAA  437

seq1  CAAAACAAAAAACAAAAACAAACAAACAAAAAAGTCTCACTTTGTAGCCC  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAACAAAAAACAAAAACAAACAAACAAAAAAGTCTCACTTTGTAGCCC  487

seq1  CTGGTTGGTCTGGAACTCCCTCTATAGACCTGGCTAGCCTTAAACTCAGA  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTTGGTCTGGAACTCCCTCTATAGACCTGGCTAGCCTTAAACTCAGA  537

seq1  ACTCTGCCTGCTTCTGCTTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGTTGTGTTCCAC  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTGCCTGCTTCTGCTTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGTTGTGTTCCAC  587

seq1  CATGCCAGGTTTAGCATGCCATAATTAAAAAACAAAATTACTATTACTAC  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCCAGGTTTAGCATGCCATAATTAAAAAACAAAATTACTATTACTAC  637

seq1  AGTTATTATTTTATATTATGTGTATGAGTGTTTTGCCTGCATGTATATAT  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTATTATTTTATATTATGTGTATGAGTGTTTTGCCTGCATGTATATAT  687

seq1  GTGCACCATGTGTGTCTCAAGTGTCCATGGGGGTTCCAAGACAGGGTTAG  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCACCATGTGTGTCTCAAGTGTCCATGGGGGTTCCAAGACAGGGTTAG  737

seq1  ATTCTCTGAAATTGGAACTCATCAATAGATATTTGAGGTGTTTTCCCCCC  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTCTGAAATTGGAACTCATCAATAGATATTTGAGGTGTTTTCCCCCC  787

seq1  CCCAAGACAGGTCTCATGTACCCAAGGCTAGCCTCAAATGCACTATGTAG  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAGACAGGTCTCATGTACCCAAGGCTAGCCTCAAATGCACTATGTAG  837

seq1  CTAAGGATGGCCTTAAATATCTGATGGTGGTCCTGCCTCCGCCTTCCAGA  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGGATGGCCTTAAATATCTGATGGTGGTCCTGCCTCCGCCTTCCAGA  887

seq1  GGTCAAGTGCAAGGGACCACACTAACAGTGCCTCCTTCCCTCCTCCTTCC  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCAAGTGCAAGGGACCACACTAACAGTGCCTCCTTCCCTCCTCCTTCC  937

seq1  TTAGACTGAGTCTTGTTTGTCCTGGGACTCAGTTTGTAGGCGAGATCAAG  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGACTGAGTCTTGTTTGTCCTGGGACTCAGTTTGTAGGCGAGATCAAG  987

seq1  CTTGAACTTGCGTCCTTCCTCCTGCCTTAGCTTCCTGAGTGGAAGGATTA  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAACTTGCGTCCTTCCTCCTGCCTTAGCTTCCTGAGTGGAAGGATTA  1037

seq1  CAGTAGGTACACCTGGTTTTTCTCTTGATTTTTCAAGGCACGGTCTCTTG  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAGGTACACCTGGTTTTTCTCTTGATTTTTCAAGGCACGGTCTCTTG  1087

seq1  GAACCCAATCTGGCCTTGAACTTGCTATACAACTAAAGATGCCCTTGAAT  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCCAATCTGGCCTTGAACTTGCTATACAACTAAAGATGCCCTTGAAT  1137

seq1  TC  1145
      ||
seq2  TC  1139