BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-225E16
Chromosome17 (Build37)
Map Location 27,004,427 - 27,159,551
singlet/doubletdoublet
Overlap geneKifc1, Phf1, Cuta, Syngap1, Zbtb9, Bak1
Upstream gene9530058B02Rik, 0610011F06Rik, Wfikkn1, Rab40c, LOC100043160, Pigq, F430201B04Rik, D630044L22Rik, Solh, 1700022N22Rik, Rab11fip3, Decr2, Nme4, EG666609, Tmem8, Mrpl28, Axin1, Pdia2, Arhgdig, Rgs11, Itfg3, LOC100042643, Luc7l, EG383229, EG240055, C230078M08Rik, Dusp1, EG666668, Ergic1, Atp6v0e, A930001N09Rik, Bnip1, Nkx2-5
Downstream geneGgnbp1, Itpr3, 2900010M23Rik, Ihpk3, Lemd2, LOC100042713, ENSMUSG00000073430, Grm4, LOC677010, Hmga1, AI413582, Nudt3, Rps10, Pacsin1, Spdef, LOC100042744, D17Wsu92e, EG666682, Snrpc, F830021D11Rik, Taf11, Anks1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-225E16.bB6Ng01-225E16.g
ACCGA039525GA039526
length8491,029
definitionB6Ng01-225E16.b B6Ng01-225E16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(27,004,427 - 27,005,276)(27,158,540 - 27,159,551)
sequence
gaattccctcaactcctattcgccctgtggcctccactcttgtcccactg
cctccgctctggtgggcgaggctgctctgagccacctagcttgcacatag
caggttccaagcctactgccgagtacatgcaggaccttgggttttgtctc
cttatttgtcaaatgagaataaaaattctggcttccttgcctcctagatg
ataacagagacgggtgggatagtctgtgtggaacacgggaccaacataaa
cataaggtgccgcagccatttcctcttgatcctcatcccaggactttcag
actcatccaaacgctcttggaaggagggggttgatgtgggctcacggcct
aggggtgcagtgcccagaatagctgcatcgagaacactgagcttgtcccc
ccttcttcttttttattggttgagacaagccctttgccatgtagccttgg
ttaatacatagctcactgtatagaccaggctgaccttgagaatccacata
gatggccgtgcttctgcctacggagtgccgggattacaggctcatgccac
tgcctctggcttggaggtctcttgttccactttctgtgcaagcttgttga
gaagtccagagctcattgtgttgagaagatccacctcacccccaaatgct
ggagatcaaaactacacccttgatatagatcctcagacttaattgcttgg
tgttactattttatttatttatgtacttagtgatggtggcatagaaccca
gggctctctgtactctgggcacaagtaacaacaatgggctttatcctagc
ccagcagtagtcagctctctctctctctctctctctctctcttctctct
tctgactgatgctcatccctacagcatcttgggtcaggtgggtcggcagc
ttgctctcatcggagatgatattaaccggcgctacgacacagagttccag
aatttactagaacagcttcagcccacagccgggaatgcctacgaactctt
caccaagatcgcctccaggtaccagcccatcctccaccccgcagacgcat
gacgcagactcagacgctccataggatgggctccccagctgaggaatggt
gtcagggtgaacataccaacttccgccagcccaattgcaactggatggct
tctaagaggccacctgataccgcatcccagcctgccataggctaccactg
tgaaacctagggaacagggaaaggaccggaagtcagtgtccctgctttga
cgccacatccaagttggcttgagttctgttgtctgatctttatcttctgt
gtctgggtgtttagcgtgcatgtatatgtgcgcaccaacctgcgtgccta
gtgcccaatggggccagaaggctggagctagagtttacagaccgtcatga
gccaccatgtgggtgctgagaattgaaaccaggtcttctgaaagagcagc
cagtattgctaaccgctgagccagctctccagccccattaagtctcatgt
agccctggctggccttgaactcttatcatccagcttcggccttgcaagtg
ctaggatcaatcatgtgccaccgagcaatgtcctttccttacaccaggga
gtcagcgtcagggtagatctcaaggtggtagttgatgtagaagcaggcgg
caagtttaagtacagaggtggcacatcctgtccctgtcctcaggccccac
tcccgtcccctgtgatttggggatctgtcgtaatctcttctgtccttttc
tctctgctgtccctcgggctgccagggccagcagcaccaatgcacaggta
atctccctgtcaccttcatcttgggtcgctcttccctctcaggctccccc
cactcctttctttcttccctcctcccccc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_27004427_27005276
seq2: B6Ng01-225E16.b_44_892

seq1  GAATTCCCTCAACTCCTATTCGCCCTGTGGCCTCCACTCTTGTCCCACTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCTCAACTCCTATTCGCCCTGTGGCCTCCACTCTTGTCCCACTG  50

seq1  CCTCCGCTCTGGTGGGCGAGGCTGCTCTGAGCCACCTAGCTTGCACATAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCGCTCTGGTGGGCGAGGCTGCTCTGAGCCACCTAGCTTGCACATAG  100

seq1  CAGGTTCCAAGCCTACTGCCGAGTACATGCAGGACCTTGGGTTTTGTCTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTTCCAAGCCTACTGCCGAGTACATGCAGGACCTTGGGTTTTGTCTC  150

seq1  CTTATTTGTCAAATGAGAATAAAAATTCTGGCTTCCTTGCCTCCTAGATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATTTGTCAAATGAGAATAAAAATTCTGGCTTCCTTGCCTCCTAGATG  200

seq1  ATAACAGAGACGGGTGGGATAGTCTGTGTGGAACACGGGACCAACATAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACAGAGACGGGTGGGATAGTCTGTGTGGAACACGGGACCAACATAAA  250

seq1  CATAAGGTGCCGCAGCCATTTCCTCTTGATCCTCATCCCAGGACTTTCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAGGTGCCGCAGCCATTTCCTCTTGATCCTCATCCCAGGACTTTCAG  300

seq1  ACTCATCCAAACGCTCTTGGAAGGAGGGGGTTGATGTGGGCTCACGGCCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCATCCAAACGCTCTTGGAAGGAGGGGGTTGATGTGGGCTCACGGCCT  350

seq1  AGGGGTGCAGTGCCCAGAATAGCTGCATCGAGAACACTGAGCTTGTCCCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGTGCAGTGCCCAGAATAGCTGCATCGAGAACACTGAGCTTGTCCCC  400

seq1  CCTTCTTCTTTTTTATTGGTTGAGACAAGCCCTTTGCCATGTAGCCTTGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCTTCTTTTTTATTGGTTGAGACAAGCCCTTTGCCATGTAGCCTTGG  450

seq1  TTAATACATAGCTCACTGTATAGACCAGGCTGACCTTGAGAATCCACATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATACATAGCTCACTGTATAGACCAGGCTGACCTTGAGAATCCACATA  500

seq1  GATGGCCGTGCTTCTGCCTACGGAGTGCCGGGATTACAGGCTCATGCCAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGCCGTGCTTCTGCCTACGGAGTGCCGGGATTACAGGCTCATGCCAC  550

seq1  TGCCTCTGGCTTGGAGGTCTCTTGTTCCACTTTCTGTGCAAGCTTGTTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTCTGGCTTGGAGGTCTCTTGTTCCACTTTCTGTGCAAGCTTGTTGA  600

seq1  GAAGTCCAGAGCTCATTGTGTTGAGAAGATCCACCTCACCCCCAAATGCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTCCAGAGCTCATTGTGTTGAGAAGATCCACCTCACCCCCAAATGCT  650

seq1  GGAGATCAAAACTACACCCTTGATATAGATCCTCAGACTTAATTGCTTGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGATCAAAACTACACCCTTGATATAGATCCTCAGACTTAATTGCTTGG  700

seq1  TGTTACTATTTTATTTATTTATGTACTTAGTGATGGTGGCATAGAACCCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTACTATTTTATTTATTTATGTACTTAGTGATGGTGGCATAGAACCCA  750

seq1  GGGCTCTCTGTACTCTGGGCACAAGTAACAACAATGGGCTTTATCCTAGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTCTCTGTACTCTGGGCACAAGTAACAACAATGGGCTTTATCCTAGC  800

seq1  CCAGCAGTAGTCAGCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT  850
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CCAGCAGTAGTCAGCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT-TCTCTCT  849

seq1: chr17_27158540_27159551
seq2: B6Ng01-225E16.g_80_1108 (reverse)

seq1  GGGGGGAG---------AAGGAAGG-GTGGGGGGAG-CTGAGAGGGAAGA  39
      ||||||||         ||| |||| |||||||||| |||||||||||||
seq2  GGGGGGAGGAGGGAAGAAAGAAAGGAGTGGGGGGAGCCTGAGAGGGAAGA  50

seq1  GCGACC--AGATG-AGGTGACAGGGAGATTACCTGTGCA-TGTTGCTGCT  85
      ||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||
seq2  GCGACCCAAGATGAAGGTGACAGGGAGATTACCTGTGCATTGGTGCTGCT  100

seq1  GG-CCTGGCAGCCCGAGGGACAGCAGAGAGAAAAGGACAGAAGAGATTAC  134
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCTGGCAGCCCGAGGGACAGCAGAGAGAAAAGGACAGAAGAGATTAC  150

seq1  GACAGATCCCCAAATCACAGGGGAC-GGAGTGGGGCCTGAGGACAGGGAC  183
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGATCCCCAAATCACAGGGGACGGGAGTGGGGCCTGAGGACAGGGAC  200

seq1  AGGATGTGCCACCTCTGTACTTAAACTTGCCGCCTGCTTCTACATCAACT  233
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATGTGCCACCTCTGTACTTAAACTTGCCGCCTGCTTCTACATCAACT  250

seq1  ACCACCTTGAGATCTACCCTGACGCTGACTCCCTGGTGTAAGGAAAGGAC  283
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACCTTGAGATCTACCCTGACGCTGACTCCCTGGTGTAAGGAAAGGAC  300

seq1  ATTGCTCGGTGGCACATGATTGATCCTAGCACTTGCAAGGCCGAAGCTGG  333
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCTCGGTGGCACATGATTGATCCTAGCACTTGCAAGGCCGAAGCTGG  350

seq1  ATGATAAGAGTTCAAGGCCAGCCAGGGCTACATGAGACTTAATGGGGCTG  383
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATAAGAGTTCAAGGCCAGCCAGGGCTACATGAGACTTAATGGGGCTG  400

seq1  GAGAGCTGGCTCAGCGGTTAGCAATACTGGCTGCTCTTTCAGAAGACCTG  433
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGCTGGCTCAGCGGTTAGCAATACTGGCTGCTCTTTCAGAAGACCTG  450

seq1  GTTTCAATTCTCAGCACCCACATGGTGGCTCATGACGGTCTGTAAACTCT  483
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCAATTCTCAGCACCCACATGGTGGCTCATGACGGTCTGTAAACTCT  500

seq1  AGCTCCAGCCTTCTGGCCCCATTGGGCACTAGGCACGCAGGTTGGTGCGC  533
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCCAGCCTTCTGGCCCCATTGGGCACTAGGCACGCAGGTTGGTGCGC  550

seq1  ACATATACATGCACGCTAAACACCCAGACACAGAAGATAAAGATCAGACA  583
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATACATGCACGCTAAACACCCAGACACAGAAGATAAAGATCAGACA  600

seq1  ACAGAACTCAAGCCAACTTGGATGTGGCGTCAAAGCAGGGACACTGACTT  633
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAACTCAAGCCAACTTGGATGTGGCGTCAAAGCAGGGACACTGACTT  650

seq1  CCGGTCCTTTCCCTGTTCCCTAGGTTTCACAGTGGTAGCCTATGGCAGGC  683
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGGTCCTTTCCCTGTTCCCTAGGTTTCACAGTGGTAGCCTATGGCAGGC  700

seq1  TGGGATGCGGTATCAGGTGGCCTCTTAGAAGCCATCCAGTTGCAATTGGG  733
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGATGCGGTATCAGGTGGCCTCTTAGAAGCCATCCAGTTGCAATTGGG  750

seq1  CTGGCGGAAGTTGGTATGTTCACCCTGACACCATTCCTCAGCTGGGGAGC  783
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCGGAAGTTGGTATGTTCACCCTGACACCATTCCTCAGCTGGGGAGC  800

seq1  CCATCCTATGGAGCGTCTGAGTCTGCGTCATGCGTCTGCGGGGTGGAGGA  833
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCCTATGGAGCGTCTGAGTCTGCGTCATGCGTCTGCGGGGTGGAGGA  850

seq1  TGGGCTGGTACCTGGAGGCGATCTTGGTGAAGAGTTCGTAGGCATTCCCG  883
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCTGGTACCTGGAGGCGATCTTGGTGAAGAGTTCGTAGGCATTCCCG  900

seq1  GCTGTGGGCTGAAGCTGTTCTAGTAAATTCTGGAACTCTGTGTCGTAGCG  933
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTGGGCTGAAGCTGTTCTAGTAAATTCTGGAACTCTGTGTCGTAGCG  950

seq1  CCGGTTAATATCATCTCCGATGAGAGCAAGCTGCCGACCCACCTGACCCA  983
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGGTTAATATCATCTCCGATGAGAGCAAGCTGCCGACCCACCTGACCCA  1000

seq1  AGATGCTGTAGGGATGAGCATCAGTCAGA  1012
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGCTGTAGGGATGAGCATCAGTCAGA  1029