BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-226J24
Chromosome17 (Build37)
Map Location 10,854,772 - 10,999,593
singlet/doubletdoublet
Overlap genePacrg
Upstream gene4932702K14Rik, Qk, LOC675815
Downstream genePark2, LOC100041113
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-226J24.bB6Ng01-226J24.g
ACCGA040513GA040514
length9721,102
definitionB6Ng01-226J24.b B6Ng01-226J24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(10,998,661 - 10,999,593)(10,854,772 - 10,855,896)
sequence
gaattctatagaaaatataatttaatagctatttcattatacttctcttc
actaaacagtagaagggaagaaaatggatccttccttaggagaggggaca
ccatgtccttatctcctctcctaccattgcttacaaattctgtaacatat
cgtcataacgcgaaattactaagtatctaaaccagcaattctcaacctat
agattgtgaccttttcgggaattaaatgaacctttcacggggatcacata
ttatatagcctgcatatcaaatatttacattacgattcataacagtcaga
aaattagttatgacatagcaataaaataattttatggttgggtatcacca
cagcatgaggagccttagtaaaggtttgcagcattagaaacgttgagaac
cgttgatctaacaggatactatgacaggtattagaaacagaaaggcaaag
aaaggatagtcttgagcaattcaatcagtctcccattccttagaatatgc
attgagtatttctgttcaacatgaaaaaccaagaactaagctctcttctg
acctgaaatgattttagataaaatatgtgaatcaatagctctccagcctt
tgggtattagtgacaaacggctatactccccaaacatagatacagatgaa
ggaagatgtgcaatttccctgacattttgcttagagacagcatgaaggta
taggttagaacttacaagttgaaggcagctagaatctagcagaagtagaa
tcagaaaggtacgaaagtacaaagtatgtgcccaggggctgcagaagatt
cctccctggttgatgagactggttgagcaaccatggaaaggaaaacttga
actagtaaactggtacagcaaccaagttccaacaaggagagtgttcctgt
tcccaatacccagggtagaaagcatcatgatcaaggagtattgcttaaaa
aaaaagctccattagtgtagaa

gaattcatcagagtggagaaaagaaacaatgcagaaaaatgtcgtaacag
accagacacagaccacagatgggcttatccacttaaattatgacaatctg
gaatctcaggggacagaggaaaggatgggtacctaatatcttactaaata
aataatccacagattaatagttgaagggacatgttctataatgatgtttc
tgaataacttctatttttaaggtaaacaatgtaggaaaactttactacga
atacagcaatttaatttacaaaatatacacttgtattttactattatttc
aatttgagtagttttatcaataggctcattggaaaatgtacattgataag
attcaacaaagtggcatttcaaaatgtaaaaaggaagataatttaaaaag
acaaaggccactttggttttacggagatatattgatcaacattccacgtg
taacttagatatgaaggccaaatagatgggccttgtttcacatctattta
atcaagtgtgttaatccagagagcatcttacttttcagatgatcagctag
aaatgtcagtgtaactggttgcagacttcaggtacatcatgtactcgtcc
tacctgacaggtgacactgcttcccccccccccccgcctccccacaccat
tttagctatgacactgctgccagaggcagtctacaaagtatcccctgtaa
gtccgcaaagggaaacacccacttcagggaaggctagattctccaatcag
tgtttatgctactctttagcatcaaaccatctagcataaagtaggagaga
gttatgataagggaaagacttctatttcccagaaggtaggtgaacatatc
tacgtatggatctaatcacaaaacagtgttcatgtaggtttcacgcagcc
acacagactcatacccttatgaggcaaggagagcaaacattcactcaccc
atattgtcatctagctcagcagtcttttacctcaatcccaaacttgtgga
cacatcaggacaaatctttaacatgtcattccacagttatgcatggccat
gcatcatgagtgactgacagctcaacattcagcattgagacagcttcaac
aa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_10998661_10999593
seq2: B6Ng01-226J24.b_47_979 (reverse)

seq1  TGATCATGATGCTTTCTACCCTGGGTATTGGGAACAGGAACACTCTCCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCATGATGCTTTCTACCCTGGGTATTGGGAACAGGAACACTCTCCTT  50

seq1  GTTGGAACTTGGTTGCTGTACCAGTTTACTAGTTCAAGTTTTCCTTTCCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGAACTTGGTTGCTGTACCAGTTTACTAGTTCAAGTTTTCCTTTCCA  100

seq1  TGGTTGCTCAACCAGTCTCATCAACCAGGGAGGAATCTTCTGCAGCCCCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTGCTCAACCAGTCTCATCAACCAGGGAGGAATCTTCTGCAGCCCCT  150

seq1  GGGCACATACTTTGTACTTTCGTACCTTTCTGATTCTACTTCTGCTAGAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCACATACTTTGTACTTTCGTACCTTTCTGATTCTACTTCTGCTAGAT  200

seq1  TCTAGCTGCCTTCAACTTGTAAGTTCTAACCTATACCTTCATGCTGTCTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGCTGCCTTCAACTTGTAAGTTCTAACCTATACCTTCATGCTGTCTC  250

seq1  TAAGCAAAATGTCAGGGAAATTGCACATCTTCCTTCATCTGTATCTATGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCAAAATGTCAGGGAAATTGCACATCTTCCTTCATCTGTATCTATGT  300

seq1  TTGGGGAGTATAGCCGTTTGTCACTAATACCCAAAGGCTGGAGAGCTATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGGAGTATAGCCGTTTGTCACTAATACCCAAAGGCTGGAGAGCTATT  350

seq1  GATTCACATATTTTATCTAAAATCATTTCAGGTCAGAAGAGAGCTTAGTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCACATATTTTATCTAAAATCATTTCAGGTCAGAAGAGAGCTTAGTT  400

seq1  CTTGGTTTTTCATGTTGAACAGAAATACTCAATGCATATTCTAAGGAATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGTTTTTCATGTTGAACAGAAATACTCAATGCATATTCTAAGGAATG  450

seq1  GGAGACTGATTGAATTGCTCAAGACTATCCTTTCTTTGCCTTTCTGTTTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGACTGATTGAATTGCTCAAGACTATCCTTTCTTTGCCTTTCTGTTTC  500

seq1  TAATACCTGTCATAGTATCCTGTTAGATCAACGGTTCTCAACGTTTCTAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATACCTGTCATAGTATCCTGTTAGATCAACGGTTCTCAACGTTTCTAA  550

seq1  TGCTGCAAACCTTTACTAAGGCTCCTCATGCTGTGGTGATACCCAACCAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGCAAACCTTTACTAAGGCTCCTCATGCTGTGGTGATACCCAACCAT  600

seq1  AAAATTATTTTATTGCTATGTCATAACTAATTTTCTGACTGTTATGAATC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTATTTTATTGCTATGTCATAACTAATTTTCTGACTGTTATGAATC  650

seq1  GTAATGTAAATATTTGATATGCAGGCTATATAATATGTGATCCCCGTGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATGTAAATATTTGATATGCAGGCTATATAATATGTGATCCCCGTGAA  700

seq1  AGGTTCATTTAATTCCCGAAAAGGTCACAATCTATAGGTTGAGAATTGCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTCATTTAATTCCCGAAAAGGTCACAATCTATAGGTTGAGAATTGCT  750

seq1  GGTTTAGATACTTAGTAATTTCGCGTTATGACGATATGTTACAGAATTTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTAGATACTTAGTAATTTCGCGTTATGACGATATGTTACAGAATTTG  800

seq1  TAAGCAATGGTAGGAGAGGAGATAAGGACATGGTGTCCCCTCTCCTAAGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCAATGGTAGGAGAGGAGATAAGGACATGGTGTCCCCTCTCCTAAGG  850

seq1  AAGGATCCATTTTCTTCCCTTCTACTGTTTAGTGAAGAGAAGTATAATGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGATCCATTTTCTTCCCTTCTACTGTTTAGTGAAGAGAAGTATAATGA  900

seq1  AATAGCTATTAAATTATATTTTCTATAGAATTC  933
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGCTATTAAATTATATTTTCTATAGAATTC  933


seq1: chr17_10854772_10855896
seq2: B6Ng01-226J24.g_66_1167

seq1  GAATTCATCAGAGTGGAGAAAAGAAACAATGCAGAAAAATGTCGTAACAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATCAGAGTGGAGAAAAGAAACAATGCAGAAAAATGTCGTAACAG  50

seq1  ACCAGACACAGACCACAGATGGGCTTATCCACTTAAATTATGACAATCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGACACAGACCACAGATGGGCTTATCCACTTAAATTATGACAATCTG  100

seq1  GAATCTCAGGGGACAGAGGAAAGGATGGGTACCTAATATCTTACTAAATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCTCAGGGGACAGAGGAAAGGATGGGTACCTAATATCTTACTAAATA  150

seq1  AATAATCCACAGATTAATAGTTGAAGGGACATGTTCTATAATGATGTTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATCCACAGATTAATAGTTGAAGGGACATGTTCTATAATGATGTTTC  200

seq1  TGAATAACTTCTATTTTTAAGGTAAACAATGTAGGAAAACTTTACTACGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATAACTTCTATTTTTAAGGTAAACAATGTAGGAAAACTTTACTACGA  250

seq1  ATACAGCAATTTAATTTACAAAATATACACTTGTATTTTACTATTATTTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAGCAATTTAATTTACAAAATATACACTTGTATTTTACTATTATTTC  300

seq1  AATTTGAGTAGTTTTATCAATAGGCTCATTGGAAAATGTACATTGATAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTGAGTAGTTTTATCAATAGGCTCATTGGAAAATGTACATTGATAAG  350

seq1  ATTCAACAAAGTGGCATTTCAAAATGTAAAAAGGAAGATAATTTAAAAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAACAAAGTGGCATTTCAAAATGTAAAAAGGAAGATAATTTAAAAAG  400

seq1  ACAAAGGCCACTTTGGTTTTACGGAGATATATTGATCAACATTCCACGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGGCCACTTTGGTTTTACGGAGATATATTGATCAACATTCCACGTG  450

seq1  TAACTTAGATATGAAGGCCAAATAGATGGGCCTTGTTTCACATCTATTTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTTAGATATGAAGGCCAAATAGATGGGCCTTGTTTCACATCTATTTA  500

seq1  ATCAAGTGTGTTAATCCAGAGAGCATCTTACTTTTCAGATGATCAGCTAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAGTGTGTTAATCCAGAGAGCATCTTACTTTTCAGATGATCAGCTAG  550

seq1  AAATGTCAGTGTAACTGGTTGCAGACTTCAGGTACATCATGTACTCGTCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTCAGTGTAACTGGTTGCAGACTTCAGGTACATCATGTACTCGTCC  600

seq1  TACCTGACAGGTGACACTGCTTCCCCCCCCCCCCCGCCTCCCCACACCAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTGACAGGTGACACTGCTTCCCCCCCCCCCCCGCCTCCCCACACCAT  650

seq1  TTTAGCTATGACACTGCTGCCAGAGGCAGTCTACAAAGTATCCCCTGTAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGCTATGACACTGCTGCCAGAGGCAGTCTACAAAGTATCCCCTGTAA  700

seq1  GTCCGCAAAGGGAAACACCCACTTCAGGGAAGGCTAGATTCTCCAATCAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCGCAAAGGGAAACACCCACTTCAGGGAAGGCTAGATTCTCCAATCAG  750

seq1  TGTTTATGCTACTCTTTAGCATCAAACCATCTAGCATAAAGTAGGAGAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTATGCTACTCTTTAGCATCAAACCATCTAGCATAAAGTAGGAGAGA  800

seq1  GTTATGATAAGGGAAAGACTTCTATTTCCCAGAAGGTAGGTGAACATATC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATGATAAGGGAAAGACTTCTATTTCCCAGAAGGTAGGTGAACATATC  850

seq1  TACGTATGGATCTAATCACAAAACAGTGTTCATGTAGTTTTCACGCAGCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TACGTATGGATCTAATCACAAAACAGTGTTCATGTAGGTTTCACGCAGCC  900

seq1  ACACAGACTCATACCCTTATGAGGCAAGGAGAGCAAACATTTCACTCACC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  ACACAGACTCATACCCTTATGAGGCAAGGAGAGCAAACA-TTCACTCACC  949

seq1  CAATATTTGTCATCTAGCTCAGCAGTCTTTTTACCTCAATTCCCAAACCT  1000
      | ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||
seq2  C-ATA-TTGTCATCTAGCTCAGCAGTC-TTTTACCTCAA-TCCCAAA-CT  994

seq1  TGTGGACAACATCAGGGACAAAATCTTTAAAAACATGTCATTCCCACAGT  1050
      ||||||| |||||| |||| ||||||||   ||||||||||| |||||||
seq2  TGTGGAC-ACATCA-GGAC-AAATCTTT---AACATGTCATT-CCACAGT  1037

seq1  TAAATGCATGTGCATGCATCATAGAGTGACTGAGCAGCTACAACATATCA  1100
      |  |||||||  |||||||||| |||||||||| ||||| |||||| |||
seq2  T--ATGCATGGCCATGCATCAT-GAGTGACTGA-CAGCT-CAACAT-TCA  1081

seq1  GCATGAAGGACACAGTCTTCAACAA  1125
      ||||    || |||| |||||||||
seq2  GCAT---TGAGACAG-CTTCAACAA  1102


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |