BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-236C10
Chromosome17 (Build37)
Map Location 13,538,179 - 13,702,852
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC667359, LOC100041352, LOC667372, LOC667384
Upstream geneLOC625753, Plg, Slc22a3, LOC100041192, Slc22a2, Slc22a1, Igf2r, Air, EG635617, Mas1, Mrgprh, Pnldc1, Mrpl18, Tcp1, Acat3, Acat2, Wtap, Sod2, Gpr31c, Tcp10c, Ttll2, Unc93a, Smok2a, Smok2b
Downstream geneSmok4a, Tcte2, Mllt4, LOC100041464, EG635895, EG664821, EG664831, 4930488N24Rik, Dact2, Smoc2, LOC664856
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-236C10.bB6Ng01-236C10.g
ACCGA047440GA047441
length1,162795
definitionB6Ng01-236C10.b B6Ng01-236C10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(13,538,179 - 13,539,342)(13,702,059 - 13,702,852)
sequence
gaattctgggtagtcctgcaagtgagaaggttttggggagtgagaacaac
catcagaagccagatgaggctggagatgccccaagctgccctcagagaca
gcaagttaactctgagccgaggatggaccacacgcagataccggtctaaa
gccactgtcgtcaggaaggctactcccacaccatggctgaatgccagcaa
gaagagcaggacttggcagggcatgtgtccaagtttccaggtcttgccct
tcagatagaaggcagcaaagaatggcagactggtggccaatagcaggtca
gccaccacaaggttgaacaggtagaaagcataaggcttccatacttaccg
tctcaaagaaggtccagagggccacagcattgcccataaggcccagcaca
cactccagtgtcagcatggtgcccacggctgtctccaccacagtgctggc
agctgagcagttggtgcgctccatgggcctgagcctcactgagctaaagc
aatgcgaggagagagagaggccaggaggcctcactgtgctacttcctctg
agaaaaaaggaaaactcctccttcctgtcacaaagcacacaagttctgca
tgtattcagtgagaacataatactgaaacagtgccagaatctgaaccaag
tagccagcagaatttgtttggggaaagaggatgaatggacacaggggaag
gcccccaagttttgctgtttcatttgtccctgagaaagaggaaactgtgt
ttgactttgtatcaggggcttcaaagccagggccctagtgttccaggaag
gcttagtgggcagagccatgtcccagctgctgaagaaggaactgaaaaca
gttcatgacatgacgatatctgcacctttagacacttcaaacagtgactg
gattgaaacaggcaggctgttctgtggtgtgaaccgttctgtggtgtgaa
cccggtctaagatggttctgcagtctgactgttcatgggaaacgtttaca
atttcctccctcaaatgatgacatttggtaagattcttaaggtgtggcta
gatttacacattagtctaagctgattttcatatcactggaagaagtattt
tcagattcttgctacttaaaggtgaccttttcatttattcaatccagatc
aaaagtgtgtgt
gaattcacagtcagggagcaaagaagggtggtggacagatgcacactgct
ccacttgcatagtgaattgacaaccccaaccattgaagcttctttggaaa
tggctgtctctgtcccaggcattgtcctccatatctgaatcaaacatgtt
gggtgagtgtacagagcttcctttgggcagaagggatgttttgagggctt
cctgggagtgtgatggacactgttcagttgccataggttgaacctggcag
cctgtgacccatatattcactcacaagtacatctagcactgtgtgttctt
agcagaacacagatgaggtccctgtgttcctacacatcaaaattctactg
gagggaggtctctagggcattcgttacatctctcaggactgacgctaggg
ggctgcttctgagaaaatcctcccttttcacactggcaaatccagttggc
acctgtgaacatccagtcagtctgacagtgcctgctcaggaacctacaag
gagcagctggctttacagaaagggctttcagaagctatgctgtggatata
gagtcaaggccatggttagaatcatcctgatgacctgggagagtgtgtgc
ttccaggcgctggcatgtctccagaaaccagccctcctaacactgcatcc
ccatggctggtactagctcttttctggtttgttcatcaagatcccgttaa
ctgttatctgaagctatttatctcccagtaaacatcaacaactgagaaaa
tggtcagttattgttgggttttggatggtggtggcgggggtaggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_13538179_13539342
seq2: B6Ng01-236C10.b_44_1205

seq1  GAATTCTGGGTAGTCCTGCAAGTGAGAAGGTTTTGGGGAGTGAGAACAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGGGTAGTCCTGCAAGTGAGAAGGTTTTGGGGAGTGAGAACAAC  50

seq1  CATCAGAAGCCAGATGAGGCTGGAGATGCCCCAAGCTGCCCTCAGAGACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAGAAGCCAGATGAGGCTGGAGATGCCCCAAGCTGCCCTCAGAGACA  100

seq1  GCAAGTTAACTCTGAGCCGAGGATGGACCACACGCAGATACCGGTCTAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGTTAACTCTGAGCCGAGGATGGACCACACGCAGATACCGGTCTAAA  150

seq1  GCCACTGTCGTCAGGAAGGCTACTCCCACACCATGGCTGAATGCCAGCAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACTGTCGTCAGGAAGGCTACTCCCACACCATGGCTGAATGCCAGCAA  200

seq1  GAAGAGCAGGACTTGGCAGGGCATGTGTCCAAGTTTCCAGGTCTTGCCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAGCAGGACTTGGCAGGGCATGTGTCCAAGTTTCCAGGTCTTGCCCT  250

seq1  TCAGATAGAAGGCAGCAAAGAATGGCAGACTGGTGGCCAATAGCAGGTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGATAGAAGGCAGCAAAGAATGGCAGACTGGTGGCCAATAGCAGGTCA  300

seq1  GCCACCACAAGGTTGAACAGGTAGAAAGCATAAGGCTTCCATACTTACCG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACCACAAGGTTGAACAGGTAGAAAGCATAAGGCTTCCATACTTACCG  350

seq1  TCTCAAAGAAGGTCCAGAGGGCCACAGCATTGCCCATAAGGCCCAGCACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAAAGAAGGTCCAGAGGGCCACAGCATTGCCCATAAGGCCCAGCACA  400

seq1  CACTCCAGTGTCAGCATGGTGCCCACGGCTGTCTCCACCACAGTGCTGGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCCAGTGTCAGCATGGTGCCCACGGCTGTCTCCACCACAGTGCTGGC  450

seq1  AGCTGAGCAGTTGGTGCGCTCCATGGGCCTGAGCCTCACTGAGCTAAAGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGAGCAGTTGGTGCGCTCCATGGGCCTGAGCCTCACTGAGCTAAAGC  500

seq1  AATGCGAGGAGAGAGAGAGGCCAGGAGGCCTCACTGTGCTACTTCCTCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCGAGGAGAGAGAGAGGCCAGGAGGCCTCACTGTGCTACTTCCTCTG  550

seq1  AGAAAAAAGGAAAACTCCTCCTTCCTGTCACAAAGCACACAAGTTCTGCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAAAGGAAAACTCCTCCTTCCTGTCACAAAGCACACAAGTTCTGCA  600

seq1  TGTATTCAGTGAGAACATAATACTGAAACAGTGCCAGAATCTGAACCAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATTCAGTGAGAACATAATACTGAAACAGTGCCAGAATCTGAACCAAG  650

seq1  TAGCCAGCAGAATTTGTTTGGGGAAAGAGGATGAATGGACACAGGGGAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCAGCAGAATTTGTTTGGGGAAAGAGGATGAATGGACACAGGGGAAG  700

seq1  GCCCCCAAGTTTTGCTGTTTCATTTGTCCCTGAGAAAGAGGAAACTGTGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCCAAGTTTTGCTGTTTCATTTGTCCCTGAGAAAGAGGAAACTGTGT  750

seq1  TTGACTTTGTATCAGGGGCTTCAAAGCCAGGGCCCTAGTGTTCCAGGAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACTTTGTATCAGGGGCTTCAAAGCCAGGGCCCTAGTGTTCCAGGAAG  800

seq1  GCTTAGTGGGCAGAGCCATGTCCCAGCTGCTGAAGAAGGAACTGAAAACA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTAGTGGGCAGAGCCATGTCCCAGCTGCTGAAGAAGGAACTGAAAACA  850

seq1  GTTCATGACATGACGATATCTGCACCTTTAGACACTTCAAACAGTGACTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCATGACATGACGATATCTGCACCTTTAGACACTTCAAACAGTGACTG  900

seq1  GATTGAAACAGGCAGGCTGTTCTGTGGTGTGAACCGTTCTGTGGTGTGAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGAAACAGGCAGGCTGTTCTGTGGTGTGAACCGTTCTGTGGTGTGAA  950

seq1  -CCGGTCTTAGATGGTTCTGCAGTCTGACTGTTTCATGGGGAACGTTTAC  999
       ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||
seq2  CCCGGTCTAAGATGGTTCTGCAGTCTGACTG-TTCATGGGAAACGTTTAC  999

seq1  AATTCCCTCCCTCAAATGATGACATTTGGTAAGATTCTTAA-GTGTGGCT  1048
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  AATTTCCTCCCTCAAATGATGACATTTGGTAAGATTCTTAAGGTGTGGCT  1049

seq1  AGATTTTACACATTAGGTCAAAGCTGATTTTCATATTCACTTGAAAGAGT  1098
      ||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||| |||  |||
seq2  AGA-TTTACACATTA-GTCTAAGCTGATTTTCATA-TCACTGGAAGAAGT  1096

seq1  A-TTTCAGATTTCTTGGCTACTTAAAGTTGAACTTTTCATTTATTCTATC  1147
      | ||||||| ||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||| |||
seq2  ATTTTCAGA-TTCTT-GCTACTTAAAGGTGACCTTTTCATTTATTCAATC  1144

seq1  CAG-TCAAAAGTGTGTGT  1164
      ||| ||||||||||||||
seq2  CAGATCAAAAGTGTGTGT  1162

seq1: chr17_13702059_13702852
seq2: B6Ng01-236C10.g_67_861 (reverse)

seq1  CCCTA-CCCCGCCACCACCATCCAAAACCCAACAATAACTGACCATTTTC  49
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTACCCCCGCCACCACCATCCAAAACCCAACAATAACTGACCATTTTC  50

seq1  TCAGTTGTTGATGTTTACTGGGAGATAAATAGCTTCAGATAACAGTTAAC  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTTGTTGATGTTTACTGGGAGATAAATAGCTTCAGATAACAGTTAAC  100

seq1  GGGATCTTGATGAACAAACCAGAAAAGAGCTAGTACCAGCCATGGGGATG  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATCTTGATGAACAAACCAGAAAAGAGCTAGTACCAGCCATGGGGATG  150

seq1  CAGTGTTAGGAGGGCTGGTTTCTGGAGACATGCCAGCGCCTGGAAGCACA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGTTAGGAGGGCTGGTTTCTGGAGACATGCCAGCGCCTGGAAGCACA  200

seq1  CACTCTCCCAGGTCATCAGGATGATTCTAACCATGGCCTTGACTCTATAT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCTCCCAGGTCATCAGGATGATTCTAACCATGGCCTTGACTCTATAT  250

seq1  CCACAGCATAGCTTCTGAAAGCCCTTTCTGTAAAGCCAGCTGCTCCTTGT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAGCATAGCTTCTGAAAGCCCTTTCTGTAAAGCCAGCTGCTCCTTGT  300

seq1  AGGTTCCTGAGCAGGCACTGTCAGACTGACTGGATGTTCACAGGTGCCAA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTCCTGAGCAGGCACTGTCAGACTGACTGGATGTTCACAGGTGCCAA  350

seq1  CTGGATTTGCCAGTGTGAAAAGGGAGGATTTTCTCAGAAGCAGCCCCCTA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGATTTGCCAGTGTGAAAAGGGAGGATTTTCTCAGAAGCAGCCCCCTA  400

seq1  GCGTCAGTCCTGAGAGATGTAACGAATGCCCTAGAGACCTCCCTCCAGTA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGTCAGTCCTGAGAGATGTAACGAATGCCCTAGAGACCTCCCTCCAGTA  450

seq1  GAATTTTGATGTGTAGGAACACAGGGACCTCATCTGTGTTCTGCTAAGAA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTTTGATGTGTAGGAACACAGGGACCTCATCTGTGTTCTGCTAAGAA  500

seq1  CACACAGTGCTAGATGTACTTGTGAGTGAATATATGGGTCACAGGCTGCC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACAGTGCTAGATGTACTTGTGAGTGAATATATGGGTCACAGGCTGCC  550

seq1  AGGTTCAACCTATGGCAACTGAACAGTGTCCATCACACTCCCAGGAAGCC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTCAACCTATGGCAACTGAACAGTGTCCATCACACTCCCAGGAAGCC  600

seq1  CTCAAAACATCCCTTCTGCCCAAAGGAAGCTCTGTACACTCACCCAACAT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAAACATCCCTTCTGCCCAAAGGAAGCTCTGTACACTCACCCAACAT  650

seq1  GTTTGATTCAGATATGGAGGACAATGCCTGGGACAGAGACAGCCATTTCC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGATTCAGATATGGAGGACAATGCCTGGGACAGAGACAGCCATTTCC  700

seq1  AAAGAAGCTTCAATGGTTGGGGTTGTCAATTCACTATGCAAGTGGAGCAG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAGCTTCAATGGTTGGGGTTGTCAATTCACTATGCAAGTGGAGCAG  750

seq1  TGTGCATCTGTCCACCACCCTTCTTTGCTCCCTGACTGTGAATTC  794
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCATCTGTCCACCACCCTTCTTTGCTCCCTGACTGTGAATTC  795