BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-252J09
Chromosome17 (Build37)
Map Location 90,728,047 - 90,846,201
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNrxn1
Upstream geneLOC100043904, LOC100043906
Downstream geneEG668871, LOC668872, LOC627235
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-252J09.bB6Ng01-252J09.g
ACCGA059540GA059541
length1,1861,077
definitionB6Ng01-252J09.b B6Ng01-252J09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(90,844,991 - 90,846,201)(90,728,047 - 90,729,128)
sequence
gaattctctccattatagagatgacaaagaactctggttatgcaaaacaa
taggaaatagccaattctatcatatgccctttttgagtagtttcttggtg
cttattatatgccaagcactgttctaaacttgtaacaaaatagcagtgca
tttgttttcactgctctctcaattattttctattgatatctcactccaaa
aaacgaggtacagtgaagttattgagtagccaagttaacaaagccgacat
gatatatacaagcaaacacactggaaaattcaggacccttactcttttgg
gttctcttcagcaattgaacattttctgttgtttttctcatttacctata
accagtggcacaatagctcagataaaggttatctagattttaaaattgga
ctaatttacgacaagtcacttctctgcaagcatattattccttccgtaca
ttgattgtgttcctaggccttgcagttcttaactgctcaacgaatcacaa
gtcttccctgggcctgctcccttggcaatgtgtttattctgacagattta
caaatctccatatctgccactacatcaagtggaaaggagcgattgattta
aaatgtttattaatatttatttaactaccttcattccacttggcaaatac
atcctctacccagctgataatctggtatgataatagactaatttgcaagt
acagctatgctttaaaatgaacaggcaacagttggaatgagctagattat
gtgattatattcctgagaaaatgggatccttctctatgcggttaaataaa
agtacatatttctcaaagcaggttatagagataaactattttgatcatct
taacttaaatatgttattttatttaagagaacttgaaaaatttaaagtca
aatcttattccttgtattgcctggatttatacaacaatgtaaggaatttg
agcgtttcttgcagctcagttctgatttagtttgggtactagattatgag
ttggggcaatattcagaaattatggtaatgctagaagtataaatttctta
tatatttttcattaattatcgttgctcatcatttactctagatttcattc
attcatttactggtattgccactgctaaaatagttggggattcaatacga
gttcagctcaagtagatggaactgtgctagcctaaa

gaattcttacaaacctgaaaaaagctaacagtgtgtgaaatatcccagaa
agcatgttttcacatattaaaatccatgttacagactttgtaacttttca
tctaaaagacactggagtaattccaatgccacagatttataacagtcaat
ctttatgttcatatgaactacaagaacataaaatgcccatgctatgaagc
taattttaaatagcagcattcaatttttgagaggtgttcattgatttaaa
atacaatgtgtgtgcatgtgtatatgtgtatgtgcatgtgtatgtgtgtt
atgtataataataaaaaaaaagatacaaagggtttagctccaattgttat
gggttaaggctttctaagttgttcaatgccatgagctcatacaactaatg
tgctgttccctggtacagtggcaacatcaacctttagagggtgtctgaaa
aatgaaaagtgttaagtgaattgatattttagtatgtgtgcatgtatata
aacttgtctggatatgccttgtcatttacttgggtatatatctttggccc
atttgtgcatatggatgtgtgtgacttcatatatgtgagtagaccttggc
atttggattatttttggccaacaagtatgtgtgaaattagatacacttgg
aacaaaaatattcaaatggtaagtcaattacataaatatagtctctatat
aaaaaaattctggattatcacacaagcatcgtagaatatgatgataaaag
tgtacaaaacctcatatgagctatctcttgtatacaaaacaatagcctca
tatatgggttaggtttgataccaatgtcatagaaaccccagtcaagtgaa
atttagaaagcacctcagtggagtcccttatcagtaaatggcagagggac
gtgcgagctcaagtacactgagatcattattagaacagttgcatgaatag
aatttgttcactaatacagtatgtgacctgagtagagatggaccaccttt
atataatgggaaatcatgttatctaatgcatgttgccagtgctatgaata
tgagagataaaatatgtgaaggaggtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_90844991_90846201
seq2: B6Ng01-252J09.b_45_1230 (reverse)

seq1  TTTAAGCTAGCACAGGGTCCATTCTTTACTTGGTAGCTGACATCTGTATT  50
      |||| ||||||||| | ||||   | ||||||  ||||||  || |||||
seq2  TTTAGGCTAGCACA-GTTCCA---TCTACTTG--AGCTGAACTC-GTATT  43

seq1  GAAATCCCCAGACTATTTTTTAGGCAGTGGCAATACCAGTAAATGAAATG  100
      | |||||||| ||||||||    |||||||||||||||||||||| ||||
seq2  G-AATCCCCA-ACTATTTT---AGCAGTGGCAATACCAGTAAATG-AATG  87

seq1  AAATGAAAATTCTAGAGTAAAATTGAATGAGCAAAAGGATTATTAATGAA  150
       |||||||  |||||||||||  || ||||||  || ||| |||||||||
seq2  -AATGAAA--TCTAGAGTAAA--TG-ATGAGC--AACGATAATTAATGAA  129

seq1  AAATATAATTAAGAAATTTATACCTCTAAGCATTAACCATAATTTCTGAA  200
      |||||||  |||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||
seq2  AAATATA--TAAGAAATTTATACTTCT-AGCATT-ACCATAATTTCTGAA  175

seq1  TATTGCCCCAACTCATAATCTAGTACCCAAACT-AATCAGAACTGAGCTG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TATTGCCCCAACTCATAATCTAGTACCCAAACTAAATCAGAACTGAGCTG  225

seq1  CAAGAAACGCTCAAATTCCTTACATTGTTGTATAAATCCAGGCAATACAA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAAACGCTCAAATTCCTTACATTGTTGTATAAATCCAGGCAATACAA  275

seq1  GGAATAAGATTTGACTTTTAAATTTTTCAAGTTCTCTTAAATAAAATAAC  349
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATAAGATTTGAC-TTTAAATTTTTCAAGTTCTCTTAAATAAAATAAC  324

seq1  ATATTTAAGTTAAGATGATCAAAATAGTTTATCTCTATAACCTGCTTTGA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTAAGTTAAGATGATCAAAATAGTTTATCTCTATAACCTGCTTTGA  374

seq1  GAAATATGTACTTTTATTTAACCGCATAGAGAAGGATCCCATTTTCTCAG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATATGTACTTTTATTTAACCGCATAGAGAAGGATCCCATTTTCTCAG  424

seq1  GAATATAATCACATAATCTAGCTCATTCCAACTGTTGCCTGTTCATTTTA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATATAATCACATAATCTAGCTCATTCCAACTGTTGCCTGTTCATTTTA  474

seq1  AAGCATAGCTGTACTTGCAAATTAGTCTATTATCATACCAGATTATCAGC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCATAGCTGTACTTGCAAATTAGTCTATTATCATACCAGATTATCAGC  524

seq1  TGGGTAGAGGATGTATTTGCCAAGTGGAATGAAGGTAGTTAAATAAATAT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTAGAGGATGTATTTGCCAAGTGGAATGAAGGTAGTTAAATAAATAT  574

seq1  TAATAAACATTTTAAATCAATCGCTCCTTTCCACTTGATGTAGTGGCAGA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAAACATTTTAAATCAATCGCTCCTTTCCACTTGATGTAGTGGCAGA  624

seq1  TATGGAGATTTGTAAATCTGTCAGAATAAACACATTGCCAAGGGAGCAGG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGAGATTTGTAAATCTGTCAGAATAAACACATTGCCAAGGGAGCAGG  674

seq1  CCCAGGGAAGACTTGTGATTCGTTGAGCAGTTAAGAACTGCAAGGCCTAG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGGGAAGACTTGTGATTCGTTGAGCAGTTAAGAACTGCAAGGCCTAG  724

seq1  GAACACAATCAATGTACGGAAGGAATAATATGCTTGCAGAGAAGTGACTT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACACAATCAATGTACGGAAGGAATAATATGCTTGCAGAGAAGTGACTT  774

seq1  GTCGTAAATTAGTCCAATTTTAAAATCTAGATAACCTTTATCTGAGCTAT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCGTAAATTAGTCCAATTTTAAAATCTAGATAACCTTTATCTGAGCTAT  824

seq1  TGTGCCACTGGTTATAGGTAAATGAGAAAAACAACAGAAAATGTTCAATT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCCACTGGTTATAGGTAAATGAGAAAAACAACAGAAAATGTTCAATT  874

seq1  GCTGAAGAGAACCCAAAAGAGTAAGGGTCCTGAATTTTCCAGTGTGTTTG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAAGAGAACCCAAAAGAGTAAGGGTCCTGAATTTTCCAGTGTGTTTG  924

seq1  CTTGTATATATCATGTCGGCTTTGTTAACTTGGCTACTCAATAACTTCAC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTATATATCATGTCGGCTTTGTTAACTTGGCTACTCAATAACTTCAC  974

seq1  TGTACCTCGTTTTTTGGAGTGAGATATCAATAGAAAATAATTGAGAGAGC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACCTCGTTTTTTGGAGTGAGATATCAATAGAAAATAATTGAGAGAGC  1024

seq1  AGTGAAAACAAATGCACTGCTATTTTGTTACAAGTTTAGAACAGTGCTTG  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAAAACAAATGCACTGCTATTTTGTTACAAGTTTAGAACAGTGCTTG  1074

seq1  GCATATAATAAGCACCAAGAAACTACTCAAAAAGGGCATATGATAGAATT  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATATAATAAGCACCAAGAAACTACTCAAAAAGGGCATATGATAGAATT  1124

seq1  GGCTATTTCCTATTGTTTTGCATAACCAGAGTTCTTTGTCATCTCTATAA  1199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTATTTCCTATTGTTTTGCATAACCAGAGTTCTTTGTCATCTCTATAA  1174

seq1  TGGAGAGAATTC  1211
      ||||||||||||
seq2  TGGAGAGAATTC  1186


seq1: chr17_90728047_90729128
seq2: B6Ng01-252J09.g_71_1147

seq1  GAATTCTTACAAACCTG-GAAAAGCTAACAGTGTGTGAAATATCCCAGAA  49
      |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTACAAACCTGAAAAAAGCTAACAGTGTGTGAAATATCCCAGAA  50

seq1  AGCATGTTTTCACATATTAAAATCCATGTTACAGACTTTGTAACTTTTCA  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATGTTTTCACATATTAAAATCCATGTTACAGACTTTGTAACTTTTCA  100

seq1  TCTAAAAGACACTGGAGTAATTCCAATGCCACAGATTTATAACAGTCAAT  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAAAGACACTGGAGTAATTCCAATGCCACAGATTTATAACAGTCAAT  150

seq1  CTTTATGTTCATATGAACTACAAGAACATAAAATGCCCATGCTATGAAGC  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATGTTCATATGAACTACAAGAACATAAAATGCCCATGCTATGAAGC  200

seq1  TAATTTTAAATAGCAGCATTCAATTTTTGAGAGGTGTTCATTGATTTAAA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTTAAATAGCAGCATTCAATTTTTGAGAGGTGTTCATTGATTTAAA  250

seq1  ATACAATGTGTGTGCATGTGTATATGTGTATGTGCATGTGTATGTGTGTT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAATGTGTGTGCATGTGTATATGTGTATGTGCATGTGTATGTGTGTT  300

seq1  ATGTATAATAATAAAAAAAAAGATACAAAGGGTTTAGCTCCAATTGTTAT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATAATAATAAAAAAAAAGATACAAAGGGTTTAGCTCCAATTGTTAT  350

seq1  GGGTTAAGGCTTTCTAAGTTGTTCAATGCCATGAGCTCATACAACTAATG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTAAGGCTTTCTAAGTTGTTCAATGCCATGAGCTCATACAACTAATG  400

seq1  TGCTGTTCCCTGGTACAGTGGCAACATCAACCTTTAGAGGGTGTCTGAAA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGTTCCCTGGTACAGTGGCAACATCAACCTTTAGAGGGTGTCTGAAA  450

seq1  AATGAAAAGTGTTAAGTGAATTGATATTTTAGTATGTGTGCATGTATATA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAAAAGTGTTAAGTGAATTGATATTTTAGTATGTGTGCATGTATATA  500

seq1  AACTTGTCTGGATATGCCTTGTCATTTACTTGGGTATATATCTTTGGCCC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTGTCTGGATATGCCTTGTCATTTACTTGGGTATATATCTTTGGCCC  550

seq1  ATTTGTGCATATGGATGTGTGTGACTTCATATATGTGAGTAGACCTTGGC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGTGCATATGGATGTGTGTGACTTCATATATGTGAGTAGACCTTGGC  600

seq1  ATTTGGATTATTTTTGGCCAACAAGTATGTGTGAAATTAGATACACTTGG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGGATTATTTTTGGCCAACAAGTATGTGTGAAATTAGATACACTTGG  650

seq1  AACAAAAATATTCAAATGGTAAGTCAATTACATAAATATAGTCTCTATAT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAAATATTCAAATGGTAAGTCAATTACATAAATATAGTCTCTATAT  700

seq1  AAAAAAATTCTGGATTATCACACAAGCATCGTAGAATATGATGATAAAAG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAATTCTGGATTATCACACAAGCATCGTAGAATATGATGATAAAAG  750

seq1  TGTACAAAACCTCATATGAGCTATCTCTTGTATACAAAACAATAGCCTCA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACAAAACCTCATATGAGCTATCTCTTGTATACAAAACAATAGCCTCA  800

seq1  TATATGGGTTAGGTTTGATACCAATGTCATAGAAACCCCAGTCAAGTGAA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGGGTTAGGTTTGATACCAATGTCATAGAAACCCCAGTCAAGTGAA  850

seq1  ACTTAGAAAGCACCTCAGTGGAGTCCCTTATCAGTAAATGGCAGAGGGAC  899
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAGAAAGCACCTCAGTGGAGTCCCTTATCAGTAAATGGCAGAGGGAC  900

seq1  GGTGCGAGCTCAAGTACACTGAGATCATTATTAG-ACAGTTGCAATGAAT  948
       ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||
seq2  -GTGCGAGCTCAAGTACACTGAGATCATTATTAGAACAGTTGC-ATGAAT  948

seq1  AGAAATTTGTCACTAATACAGTATGTGACCTTGAGTAGAGAT-GAACAAC  997
      |||| ||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||| || || |
seq2  AGAATTTGTTCACTAATACAGTATGTGACC-TGAGTAGAGATGGACCACC  997

seq1  TTTATATAATGGGGAAAATCATGTTATCTAAAATGCATG-TGGCAGTGCT  1046
      |||||||||||||  ||||||||||||||  |||||||| || |||||||
seq2  TTTATATAATGGG--AAATCATGTTATCT--AATGCATGTTGCCAGTGCT  1043

seq1  ATGAATATGGAGGGAGATAAAATATGTG-AGGAGGTG  1082
      ||||||||   | ||||||||||||||| ||||||||
seq2  ATGAATAT---GAGAGATAAAATATGTGAAGGAGGTG  1077


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |