BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-254G22
Chromosome17 (Build37)
Map Location 49,053,153 - 49,240,985
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLrfn2
Upstream geneFoxp4, LOC383250, 1700122O11Rik, 1700067P10Rik, 9830107B12Rik, A530064D06Rik, LOC100043419, Trem1, Trem3, Treml4, Treml2, B430306N03Rik, Trem2, Treml1, Nfya, AI314976, Apobec2, Bzrpl1, Unc5cl
Downstream gene1700008K24Rik, LOC672972, Mocs1, Daam2, Kif6, EG668470, Rftn1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-254G22.bB6Ng01-254G22.g
ACCGA060898GA060899
length9981,125
definitionB6Ng01-254G22.b B6Ng01-254G22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(49,240,000 - 49,240,985)(49,053,153 - 49,054,251)
sequence
gaattctcaagggctataggaggaaggcagaggaggcccactcaagacta
cagataccctgagtcctggaacgaggcacatggagatgggtcatatttgt
ggaaaactccatataccggactctatcaccagttcttctacacattaaaa
acatgagtctggcatattgaccttttcttacttaactaaaaaatagcatc
ccggggggggggggcataaagtgcatctcttggaatttcaatagttacat
ttgggaaataaaacacatttcctgtgggggaaatccaaggatgtgttgat
atcaggactctgaaaaagtgagtttagctttttgccaaaatgtttgacaa
tcaggtgggatcatacagtctctatcaaagatgactgaccagaagttacc
cctccaccaggaaggtagatcttgaaataaggagcttcctgagaagaaca
agggttggggatgaaaagaaaagagaagatgggttgtggccaaatggctg
tgaccatgtatgttggggtggggacttttatattcagggaaacaagttat
aagcaggagggatcagatgaggctgactagccaagggattccatggaagt
ctctcagaggggagaagcaggtgaccacaagatgaactgggcagtatagt
ctggtggaagaagacctagaaagcccaaagtgacatcggggagaaccttt
aaccatgagtttgagcccagagttaatgccccagagtctgcagacccaag
accaatcaagatcccaggctatatcatcatgcttctcatgtgatttttgg
gcaagttccctaactctaataagcatttgagtacttcaattgttgctaat
acctaccattgagaaaacatagaggtgacatagtaaaaaatcccttgtga
tacttggaaactgtaggaacccacaggaattcaacaaacattttctttca
ccttcccaagaaagttctgccctccaaggtccttcctatgtttagagt
gaattcttgacagccaattgcaaagtggggaatttcaatgagatttatgg
agtgtggactttcctgctctggctctctttgccagccctctttaacccac
taccaacccagtccatccatttcaagtgctccatttgcagcctggagttg
cataaggggatgccagggggaaaaaaagaggagctgaatagagagtggag
acatgtgtgactataggtcacttctgtatttgggacttgggttttttctt
gaggctgttaagtcaggtgatctctaaggtcttactcgggtaataatgga
ctggattctttgagaagcagaacctgggatgtaggttcaagcacaaggga
tgagtcagggtggagggactagggaaatggctcagttgggaaagtgtctt
ttgggaaagtaggaggatctgagttcagccctcagcatccaagcaaaaat
ctggatgcagtgatgtataccttcaatcccaggattcttaggtctcactg
gccagccagtctagcagaattatgaaaaccaggttgaatgacataccttt
tctcacaaagtaaggtggaaaccaatggaggaagacacctaatattgacc
tttggcctttgttgtgcacacatacacacacgcacacacacgcgcacaca
cacacacacacacacacacacacacacgagaaatatccatggggaataag
gatctgaacaatatgagtacaatacgggcttatagatgaacaccttgcta
ctgtgaacaactggcataagccactgggggacttctgagaggtggcatgg
gacatgtgttccagattgattccactgaatggatagtgacaaagttcagt
tcacatagccctcattcatcactgatccgaagtgtctctctgggttccta
atccctaacactgccagccaccattggccatgcattatagttagttagtg
aagatccctcaggcagagaaaattgcagtgtgccttgcatttaagagcca
ctccttgcagcctcggaagcagcaagttgaagtgcttagggatgccatgg
catatttaaaccctcttgaattctgaatgaccttccttggccaaatgaag
aaaaacaaatgagctatcctgcctg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_49240000_49240985
seq2: B6Ng01-254G22.b_46_1043 (reverse)

seq1  ACTCTAAACATA-GAAGGACCTTGGA-GGCAGAAC-TTCT--GGGAGGTG  45
      |||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||  || |||||
seq2  ACTCTAAACATAGGAAGGACCTTGGAGGGCAGAACTTTCTTGGGAAGGTG  50

seq1  AAAG-AAATGTTTGTTGAATTCCTGTGGGTTCCTACAGTTTCCAGGTATC  94
      |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  AAAGAAAATGTTTGTTGAATTCCTGTGGGTTCCTACAGTTTCCAAGTATC  100

seq1  AC-AGGGATTTTTTACTATGTCACCTCTATGTTTTCTC-ATGGTAGGTAT  142
      || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  ACAAGGGATTTTTTACTATGTCACCTCTATGTTTTCTCAATGGTAGGTAT  150

seq1  TAGC-ACAA-TGAAGTACTC-AATGCTTATTAGAGTTAGGGAACTTGCCC  189
      |||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAACAATTGAAGTACTCAAATGCTTATTAGAGTTAGGGAACTTGCCC  200

seq1  -AAAATCACATGAGAAGCATGATGATATAGCCTGGGATCTTGATTGGTCT  238
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATCACATGAGAAGCATGATGATATAGCCTGGGATCTTGATTGGTCT  250

seq1  TGGGTCTGCAGACTCTGGGGCATTAACTCTGGGCTCAAACTCATGGTTAA  288
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTCTGCAGACTCTGGGGCATTAACTCTGGGCTCAAACTCATGGTTAA  300

seq1  AGGTTCTCCCCGATGTCACTTTGGGCTTTCTAGGTCTTCTTCCACCAGAC  338
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTCTCCCCGATGTCACTTTGGGCTTTCTAGGTCTTCTTCCACCAGAC  350

seq1  TATACTGCCCAGTTCATCTTGTGGTCACCTGCTTCTCCCCTCTGAGAGAC  388
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACTGCCCAGTTCATCTTGTGGTCACCTGCTTCTCCCCTCTGAGAGAC  400

seq1  TTCCATGGAATCCCTTGGCTAGTCAGCCTCATCTGATCCCTCCTGCTTAT  438
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCATGGAATCCCTTGGCTAGTCAGCCTCATCTGATCCCTCCTGCTTAT  450

seq1  AACTTGTTTCCCTGAATATAAAAGTCCCCACCCCAACATACATGGTCACA  488
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTGTTTCCCTGAATATAAAAGTCCCCACCCCAACATACATGGTCACA  500

seq1  GCCATTTGGCCACAACCCATCTTCTCTTTTCTTTTCATCCCCAACCCTTG  538
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATTTGGCCACAACCCATCTTCTCTTTTCTTTTCATCCCCAACCCTTG  550

seq1  TTCTTCTCAGGAAGCTCCTTATTTCAAGATCTACCTTCCTGGTGGAGGGG  588
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCTCAGGAAGCTCCTTATTTCAAGATCTACCTTCCTGGTGGAGGGG  600

seq1  TAACTTCTGGTCAGTCATCTTTGATAGAGACTGTATGATCCCACCTGATT  638
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTTCTGGTCAGTCATCTTTGATAGAGACTGTATGATCCCACCTGATT  650

seq1  GTCAAACATTTTGGCAAAAAGCTAAACTCACTTTTTCAGAGTCCTGATAT  688
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAACATTTTGGCAAAAAGCTAAACTCACTTTTTCAGAGTCCTGATAT  700

seq1  CAACACATCCTTGGATTTCCCCCACAGGAAATGTGTTTTATTTCCCAAAT  738
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACACATCCTTGGATTTCCCCCACAGGAAATGTGTTTTATTTCCCAAAT  750

seq1  GTAACTATTGAAATTCCAAGAGATGCACTTTATGCCCCCCCCCCCCGGGA  788
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACTATTGAAATTCCAAGAGATGCACTTTATGCCCCCCCCCCCCGGGA  800

seq1  TGCTATTTTTTAGTTAAGTAAGAAAAGGTCAATATGCCAGACTCATGTTT  838
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTATTTTTTAGTTAAGTAAGAAAAGGTCAATATGCCAGACTCATGTTT  850

seq1  TTAATGTGTAGAAGAACTGGTGATAGAGTCCGGTATATGGAGTTTTCCAC  888
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATGTGTAGAAGAACTGGTGATAGAGTCCGGTATATGGAGTTTTCCAC  900

seq1  AAATATGACCCATCTCCATGTGCCTCGTTCCAGGACTCAGGGTATCTGTA  938
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATGACCCATCTCCATGTGCCTCGTTCCAGGACTCAGGGTATCTGTA  950

seq1  GTCTTGAGTGGGCCTCCTCTGCCTTCCTCCTATAGCCCTTGAGAATTC  986
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTGAGTGGGCCTCCTCTGCCTTCCTCCTATAGCCCTTGAGAATTC  998

seq1: chr17_49053153_49054251
seq2: B6Ng01-254G22.g_74_1198

seq1  GAATTCTTGACAGCCAA-AGCAAAGTGGGGAATTTCAATGAGATTTATGG  49
      |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGACAGCCAATTGCAAAGTGGGGAATTTCAATGAGATTTATGG  50

seq1  AGTGTGGACTTTCCTGCTCTGGCTCTCTTTGCCAGCCCTCTTTAACCCAC  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTGGACTTTCCTGCTCTGGCTCTCTTTGCCAGCCCTCTTTAACCCAC  100

seq1  TACCAACCCAGTCCATCCATTTCAAGTGCTCCATTTGCAGCCTGGAGTTG  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCAACCCAGTCCATCCATTTCAAGTGCTCCATTTGCAGCCTGGAGTTG  150

seq1  CATAAGGGGATGCCAGGGGGAAAAAAAGAGGAGCTGAATAGAGAGTGGAG  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAGGGGATGCCAGGGGGAAAAAAAGAGGAGCTGAATAGAGAGTGGAG  200

seq1  ACATGTGTGACTATAGGTCACTTCTGTATTTGGGACTTGGGTTTTTTCTT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGTGTGACTATAGGTCACTTCTGTATTTGGGACTTGGGTTTTTTCTT  250

seq1  GAGGCTGTTAAGTCAGGTGATCTCTAAGGTCTTACTCGGGTAATAATGGA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCTGTTAAGTCAGGTGATCTCTAAGGTCTTACTCGGGTAATAATGGA  300

seq1  CTGGATTCTTTGAGAAGCAGAACCTGGGATGTAGGTTCAAGCACAAGGGA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGATTCTTTGAGAAGCAGAACCTGGGATGTAGGTTCAAGCACAAGGGA  350

seq1  TGAGTCAGGGTGGAGGGACTAGGGAAATGGCTCAGTTGGGAAAGTGTCTT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTCAGGGTGGAGGGACTAGGGAAATGGCTCAGTTGGGAAAGTGTCTT  400

seq1  TTGGGAAAGTAGGAGGATCTGAGTTCAGCCCTCAGCATCCAAGCAAAAAT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGAAAGTAGGAGGATCTGAGTTCAGCCCTCAGCATCCAAGCAAAAAT  450

seq1  CTGGATGCAGTGATGTATACCTTCAATCCCAGGATTCTTAGGTCTCACTG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGATGCAGTGATGTATACCTTCAATCCCAGGATTCTTAGGTCTCACTG  500

seq1  GCCAGCCAGTCTAGCAGAATTATGAAAACCAGGTTGAATGACATACCTTT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGCCAGTCTAGCAGAATTATGAAAACCAGGTTGAATGACATACCTTT  550

seq1  TCTCACAAAGTAAGGTGGAAACCAATGGAGGAAGACACCTAATATTGACC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCACAAAGTAAGGTGGAAACCAATGGAGGAAGACACCTAATATTGACC  600

seq1  TTTGGCCTTTGTTGTGCACACATACACACACGCACACACACGCGCACACA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGCCTTTGTTGTGCACACATACACACACGCACACACACGCGCACACA  650

seq1  CACACACACACACACACACACACACACGAGAAATATCCATGGGGAATAAG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACACACACACACACGAGAAATATCCATGGGGAATAAG  700

seq1  GATCTGAACAATATGAGTACAATACGGGCTTATAGATGAACACCTTGCTA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTGAACAATATGAGTACAATACGGGCTTATAGATGAACACCTTGCTA  750

seq1  CTGTGAACAACTGGCATAAGCCACT-GGGGACTTCTGAGAGGTGGCATGG  798
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGAACAACTGGCATAAGCCACTGGGGGACTTCTGAGAGGTGGCATGG  800

seq1  GACATGTGTTCCAGATTGATTCCACTGAAGGGATAGTGAC-AAGGTCAG-  846
      ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||| 
seq2  GACATGTGTTCCAGATTGATTCCACTGAATGGATAGTGACAAAGTTCAGT  850

seq1  TCACATAGCCCTCATTCATCACTGATTCGAAGTGTCTCTCTGGGTT-CTA  895
      |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||
seq2  TCACATAGCCCTCATTCATCACTGATCCGAAGTGTCTCTCTGGGTTCCTA  900

seq1  ATCCCTAACACTG-CAGCCA-CATT-GCCATGCA-TATAGTTAGTTAGTG  941
      ||||||||||||| |||||| |||| |||||||| |||||||||||||||
seq2  ATCCCTAACACTGCCAGCCACCATTGGCCATGCATTATAGTTAGTTAGTG  950

seq1  AAGA-CCCTCAGGCAGAGAAA--TGCAG-GTGCC-TGCA-ATAAGAGGCA  985
      |||| ||||||||||||||||  ||||| ||||| ||||  |||||| ||
seq2  AAGATCCCTCAGGCAGAGAAAATTGCAGTGTGCCTTGCATTTAAGAGCCA  1000

seq1  CTC--TGCAG-CTCGGAAGCAGCAAGT--GAGTGCCTAGGGATGCCAT-G  1029
      |||  ||||| ||||||||||||||||   ||||| |||||||||||| |
seq2  CTCCTTGCAGCCTCGGAAGCAGCAAGTTGAAGTGCTTAGGGATGCCATGG  1050

seq1  CATATTTAAAACCCTC-TGAA-TCTG-ATGACTTCCTTTGGCCAAATGAA  1076
      ||||||| |||||||| |||| |||| ||||| | | |||||||||||||
seq2  CATATTT-AAACCCTCTTGAATTCTGAATGACCTTCCTTGGCCAAATGAA  1099

seq1  GAAAAACAA--GAGCTAT-CTGCCTG  1099
      |||||||||  ||||||| |||||||
seq2  GAAAAACAAATGAGCTATCCTGCCTG  1125