BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-254M07
Chromosome17 (Build37)
Map Location 30,363,287 - 30,504,025
singlet/doubletdoublet
Overlap geneBtbd9
Upstream geneCpne5, Ppil1, BC004004, LOC100043348, Pi16, Mtch1, Fgd2, Pim1, 4933413N12Rik, Tbc1d22b, Rnf8, 1300018I05Rik, Mdga1, LOC100042885, LOC100042888, Zfand3
Downstream geneEG623169, Glo1, LOC666942, 1700097N02Rik, Dnahc8, Glp1r, Umodl1, Abcg1, Tff3, Tff2, LOC100042904, Tff1, Tmprss3, Ubash3a, LOC100042906, Tsga2, EG667056, Slc37a1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-254M07.bB6Ng01-254M07.g
ACCGA061149GA061150
length1,0011,131
definitionB6Ng01-254M07.b B6Ng01-254M07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(30,503,024 - 30,504,025)(30,363,287 - 30,364,411)
sequence
gaattcattttgtgtttgcagttgtactcatgagtgagttcacctagaat
gttcctggacaccctagtctgagtttcagtttgtatgatttaatagaatg
tgtttttccttccaaatggaggaatttatatagtgttttaaaattgacta
tttgctattccatgcctgtaaaattttctgagctatgttagaaaattatt
agctaatggttaaatagctaatgtttgggggatggaaaagatggctcagt
tgttgaagaacgcgtgctgctcttgtatgtaacccaggtttcagtcctga
gcactcgtatgacagctcactgccattagttacagttccagggacctgac
aacatcttggcctctccaagtacctgcatacatgtagtgtacttagatgg
actcaggcccacacatatacataaaagaaattttaaaataatatttaatg
tttatagtattctctgtttttattgaatcagttttgatatgtaatatttt
ctagaaatattcaactttgctgattatagttatgattaaatgtgtgatat
gtacaattagtgctttaagtggattcagttataaacaatcttgatttcaa
ggtttccgtggtaaatacccttcttctgtaagtaagaggatggtttcatt
cttagttatttctggtgcgcaccctggccccagctcctgcatggtttctt
ctgaggaagtgttctctgcagccatgtacagttgctgctgacatgcagct
tctcatgtgcagggtttgcctgtcatctgcccacatgtccaaattcacag
gtaacatgttcagccaagtagatggacgttttggcagaataggtaggttc
taaaagaaatatggtaggtttaaggaaatgagtcagttgaggtgctagag
actctagccatcacctcgagagtggctgtgataagcctgatgcttccttc
aggaacttagctaggcctgagagcagccagcatcctgcagaaggagccgt
g
gaattccaggctgttagagacagtggctgtccccttcctgacctttgcct
tagcagggttcttacatgaaatctctcctagtctgtggcgtacggaaagg
ggatcctactatctgagatccttggtgtcctttagcccactgtgacgtgc
atccaacatggatgggaccactgtgttgaccgccagttcttctgtggata
ggtgggaactgggccaacagggaggagaagcagggcttcctaaaggactg
cagaaggctggagggaagcatgctcaaatgggtgactaagagaccagaac
ctctacagatggagcagctgccattgcccagagctgcctagatttaaggt
aaagggggagttaccacagcagacaggtgctaagcctctggatgaagagg
gcctggctggacacagtccagtcatgggcacagacccctcctcagtatct
gccctctgttattctaagccagctggatgttcgagggttaaggcagaatc
taccatggaggctgagaccttgttatctcatgggctctaggctgtagaga
ctacagagaagtccctacaaggagcgtctcagccacatccatactgacta
ggacaccctgtccccatcctggctgctcacaaccccactctggcaaagca
tcagggtgctcatggtctccttccttttatgaacacagtggctatttcat
ggccaattaaagaacaagacccaggtcctcctgtgtaccatgacaacagc
agcatcagtacatgcctggggtacaagaactcagctgaaggaaacaagtc
ctataagaactccacatccatatccccccagattcatacagtgtgactga
ctccacccctgaggaacagcaccagaaggcagggcctttgagggccacta
aggtttaagaaggggatcattggggctagagcctgtggttagtgtcctcc
acagaaaggggtggaaccagagctcatggtaattccacctccagggaata
tgtcccaaaaaaggccattcagggaagagagaatgagccatcttctctac
caggagactgccgtgcacttgcacctggacctgatgctaacttccctgag
gggaagcaccatgtattctatttgtttctgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_30503024_30504025
seq2: B6Ng01-254M07.b_48_1048 (reverse)

seq1  CACGGCTCCTTCCTGCAGGATGCTGGCTGCTCTCAGGCCTAGCTAAGTTC  50
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGGCTCCTT-CTGCAGGATGCTGGCTGCTCTCAGGCCTAGCTAAGTTC  49

seq1  CTGAAGGAAGCATCAGGCTTATCACAGCCACTCTCGAGGTGATGGCTAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAGGAAGCATCAGGCTTATCACAGCCACTCTCGAGGTGATGGCTAGA  99

seq1  GTCTCTAGCACCTCAACTGACTCATTTCCTTAAACCTACCATATTTCTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCTAGCACCTCAACTGACTCATTTCCTTAAACCTACCATATTTCTTT  149

seq1  TAGAACCTACCTATTCTGCCAAAACGTCCATCTACTTGGCTGAACATGTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAACCTACCTATTCTGCCAAAACGTCCATCTACTTGGCTGAACATGTT  199

seq1  ACCTGTGAATTTGGACATGTGGGCAGATGACAGGCAAACCCTGCACATGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGTGAATTTGGACATGTGGGCAGATGACAGGCAAACCCTGCACATGA  249

seq1  GAAGCTGCATGTCAGCAGCAACTGTACATGGCTGCAGAGAACACTTCCTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCTGCATGTCAGCAGCAACTGTACATGGCTGCAGAGAACACTTCCTC  299

seq1  AGAAGAAACCATGCAGGAGCTGGGGCCAGGGTGCGCACCAGAAATAACTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGAAACCATGCAGGAGCTGGGGCCAGGGTGCGCACCAGAAATAACTA  349

seq1  AGAATGAAACCATCCTCTTACTTACAGAAGAAGGGTATTTACCACGGAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATGAAACCATCCTCTTACTTACAGAAGAAGGGTATTTACCACGGAAA  399

seq1  CCTTGAAATCAAGATTGTTTATAACTGAATCCACTTAAAGCACTAATTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGAAATCAAGATTGTTTATAACTGAATCCACTTAAAGCACTAATTGT  449

seq1  ACATATCACACATTTAATCATAACTATAATCAGCAAAGTTGAATATTTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATCACACATTTAATCATAACTATAATCAGCAAAGTTGAATATTTCT  499

seq1  AGAAAATATTACATATCAAAACTGATTCAATAAAAACAGAGAATACTATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAATATTACATATCAAAACTGATTCAATAAAAACAGAGAATACTATA  549

seq1  AACATTAAATATTATTTTAAAATTTCTTTTATGTATATGTGTGGGCCTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATTAAATATTATTTTAAAATTTCTTTTATGTATATGTGTGGGCCTGA  599

seq1  GTCCATCTAAGTACACTACATGTATGCAGGTACTTGGAGAGGCCAAGATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCATCTAAGTACACTACATGTATGCAGGTACTTGGAGAGGCCAAGATG  649

seq1  TTGTCAGGTCCCTGGAACTGTAACTAATGGCAGTGAGCTGTCATACGAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCAGGTCCCTGGAACTGTAACTAATGGCAGTGAGCTGTCATACGAGT  699

seq1  GCTCAGGACTGAAACCTGGGTTACATACAAGAGCAGCACGCGTTCTTCAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGGACTGAAACCTGGGTTACATACAAGAGCAGCACGCGTTCTTCAA  749

seq1  CAACTGAGCCATCTTTTCCATCCCCCAAACATTAGCTATTTAACCATTAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTGAGCCATCTTTTCCATCCCCCAAACATTAGCTATTTAACCATTAG  799

seq1  CTAATAATTTTCTAACATAGCTCAGAAAATTTTACAGGCATGGAATAGCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATAATTTTCTAACATAGCTCAGAAAATTTTACAGGCATGGAATAGCA  849

seq1  AATAGTCAATTTTAAAACACTATATAAATTCCTCCATTTGGAAGGAAAAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGTCAATTTTAAAACACTATATAAATTCCTCCATTTGGAAGGAAAAA  899

seq1  CACATTCTATTAAATCATACAAACTGAAACTCAGACTAGGGTGTCCAGGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATTCTATTAAATCATACAAACTGAAACTCAGACTAGGGTGTCCAGGA  949

seq1  ACATTCTAGGTGAACTCACTCATGAGTACAACTGCAAACACAAAATGAAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTCTAGGTGAACTCACTCATGAGTACAACTGCAAACACAAAATGAAT  999

seq1  TC  1002
      ||
seq2  TC  1001

seq1: chr17_30363287_30364411
seq2: B6Ng01-254M07.g_68_1198

seq1  GAATTCCAGGCTGTTAGAGACAGTGGCTGTCCCCTTCCTGACCTTTGCCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGCTGTTAGAGACAGTGGCTGTCCCCTTCCTGACCTTTGCCT  50

seq1  TAGCAGGGTTCTTACATGAAATCTCTCCTAGTCTGTGGCGTACGGAAAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAGGGTTCTTACATGAAATCTCTCCTAGTCTGTGGCGTACGGAAAGG  100

seq1  GGATCCTACTATCTGAGATCCTTGGTGTCCTTTAGCCCACTGTGACGTGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCCTACTATCTGAGATCCTTGGTGTCCTTTAGCCCACTGTGACGTGC  150

seq1  ATCCAACATGGATGGGACCACTGTGTTGACCGCCAGTTCTTCTGTGGATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCAACATGGATGGGACCACTGTGTTGACCGCCAGTTCTTCTGTGGATA  200

seq1  GGTGGGAACTGGGCCAACAGGGAGGAGAAGCAGGGCTTCCTAAAGGACTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGGAACTGGGCCAACAGGGAGGAGAAGCAGGGCTTCCTAAAGGACTG  250

seq1  CAGAAGGCTGGAGGGAAGCATGCTCAAATGGGTGACTAAGAGACCAGAAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGGCTGGAGGGAAGCATGCTCAAATGGGTGACTAAGAGACCAGAAC  300

seq1  CTCTACAGATGGAGCAGCTGCCATTGCCCAGAGCTGCCTAGATTTAAGGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTACAGATGGAGCAGCTGCCATTGCCCAGAGCTGCCTAGATTTAAGGT  350

seq1  AAAGGGGGAGTTACCACAGCAGACAGGTGCTAAGCCTCTGGATGAAGAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGGGGAGTTACCACAGCAGACAGGTGCTAAGCCTCTGGATGAAGAGG  400

seq1  GCCTGGCTGGACACAGTCCAGTCATGGGCACAGACCCCTCCTCAGTATCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGGCTGGACACAGTCCAGTCATGGGCACAGACCCCTCCTCAGTATCT  450

seq1  GCCCTCTGTTATTCTAAGCCAGCTGGATGTTCGAGGGTTAAGGCAGAATC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTCTGTTATTCTAAGCCAGCTGGATGTTCGAGGGTTAAGGCAGAATC  500

seq1  TACCATGGAGGCTGAGACCTTGTTATCTCATGGGCTCTAGGCTGTAGAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCATGGAGGCTGAGACCTTGTTATCTCATGGGCTCTAGGCTGTAGAGA  550

seq1  CTACAGAGAAGTCCCTACAAGGAGCGTCTCAGCCACATCCATACTGACTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAGAGAAGTCCCTACAAGGAGCGTCTCAGCCACATCCATACTGACTA  600

seq1  GGACACCCTGTCCCCATCCTGGCTGCTCACAACCCCACTCTGGCAAAGCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACACCCTGTCCCCATCCTGGCTGCTCACAACCCCACTCTGGCAAAGCA  650

seq1  TCAGGGTGCTCATGGTCTCCTTCCTTTTATGAACACAGTGGCTATTTCAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGGTGCTCATGGTCTCCTTCCTTTTATGAACACAGTGGCTATTTCAT  700

seq1  GGCCAATTAAAGAACAAGACCCAGGTCCTCCTGTGTACCATGACAACAGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAATTAAAGAACAAGACCCAGGTCCTCCTGTGTACCATGACAACAGC  750

seq1  AGCATCAGTACATGCCTGGGGTACAAGAACTCAGCTGAAGGAAACAAGTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATCAGTACATGCCTGGGGTACAAGAACTCAGCTGAAGGAAACAAGTC  800

seq1  CTATAAGAACTCCACATCCATATCCCCCCAGATTCATACAGTGTGACTGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAAGAACTCCACATCCATATCCCCCCAGATTCATACAGTGTGACTGA  850

seq1  CTCCACCCCTGAGGAACAGCACCAGAAGGCAGGGCCTTTGAGGGCCACT-  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CTCCACCCCTGAGGAACAGCACCAGAAGGCAGGGCCTTTGAGGGCCACTA  900

seq1  AGGTTT-AGAA-GGGATCA-TGGGGCTAGAGCCCTGTGGTTAGTGTCCT-  945
      |||||| |||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| 
seq2  AGGTTTAAGAAGGGGATCATTGGGGCTAGAG-CCTGTGGTTAGTGTCCTC  949

seq1  CACAGAAAGGGG-GGAACCAGAGCTCATGGTAATTCCACTTCCAGGG-AT  993
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||
seq2  CACAGAAAGGGGTGGAACCAGAGCTCATGGTAATTCCACCTCCAGGGAAT  999

seq1  ATGTCCCAAAAAAGGCCACTCAAGGGAAGAGAG-ATGAGCCATCTTCTCT  1042
      |||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  ATGTCCCAAAAAAGGCCATTC-AGGGAAGAGAGAATGAGCCATCTTCTCT  1048

seq1  ACCAGGAAGACTG-CGTGCAC-TGCACCTTGGCCCTGAAAGGCTAACTT-  1089
      |||||| |||||| ||||||| |||||| ||| ||||  | |||||||| 
seq2  ACCAGG-AGACTGCCGTGCACTTGCACC-TGGACCTG--ATGCTAACTTC  1094

seq1  CCTGAGGTGAAGCACACATGTA-TCTATCTG-TTCTGG  1125
      ||||||| ||||||| |||||| ||||| || ||||||
seq2  CCTGAGGGGAAGCAC-CATGTATTCTATTTGTTTCTGG  1131