BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-263D20
Chromosome17 (Build37)
Map Location 11,137,097 - 11,258,555
singlet/doubletdoublet
Overlap genePark2
Upstream geneQk, LOC675815, Pacrg, LOC100041113
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-263D20.bB6Ng01-263D20.g
ACCGA067458GA067459
length1,163194
definitionB6Ng01-263D20.b B6Ng01-263D20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(11,137,097 - 11,138,281)(11,258,362 - 11,258,555)
sequence
gaattcccattgaggtatgaatgtctttgatgtttagcttgtaggacctc
cagggtacacaccaggttagactaatcatgttgtccagtgtttttcaacc
ttcctaatactgtgacatttaacgcaattcctcatgctgtggtggccccc
aaccatgaaattatttcatatctataacttcactactgttctaaattata
atgtaaatatctgatatgcgatcctcaaagggatttgacccagaggttga
gaaccactgatgtagtcatatgcctgcccctaaggagtcactcaaaagca
gagatgtttatttgacaaatccagtaaataagattgtgagatgtcattaa
taaatacttattgtccacacaaacaaccataagatgtagtttctcttctg
gatggattttcactatagctggattgctatagtgacatgtgacactctag
gaagtgaagtatgctgactgttttaatgtacagcatagagagtcagagtg
acttttttattattgttcctaccattgctgagaacttgcaactgtcactg
tctgtaccatataattactgatcctagtgacacttggcctctgtaactct
gtgccttgtactcagccgttagcccttctgaccctatctctgaattctta
cactgtcctcttgttctttaaaaataactcacattttgtgttactatttt
tagtactctgacacctgactccagccgctcttaccttccgctgtctagtc
ctcatgcttcgacttagtgtctctaagtggccttgccatgaaatctgact
gttcatgatgtagtggtaatgtcctgtgagtttcatagccgtgatgtagc
tcatttaagtaccttcaatgtgtattctgagatcacaatacagtctagac
tattagagctcctatcacccatccattggctttgttctatactaaactat
aattttaattaacatcaaagttttctcttttatggatccctcctcactct
ttttctttcttttattctgaagcttaaatattttttttttattcaagtaa
cataagctgtgcatatagtgaaaagattaggactcttgttgattttaatg
gtgctatcagtactattcatttgtggctatgtacttcaggtcaggatacc
tacttctttcgat

atatatagctcatcccatttctagaaaagctgcctaagacctcagaggaa
agaacatagttctttgcttgtgatagaaaggatggataacagcagtgaaa
agtccagttcctaacatgatgtgctattccctctacaggagaaaactgga
taggataggataggataggataggataggataggataggatagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_11137097_11138281
seq2: B6Ng01-263D20.b_50_1212

seq1  GAATTCCCATTGAGGTATGAATGTCTTTGATGTTTAGCTTGTAGGACCTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCATTGAGGTATGAATGTCTTTGATGTTTAGCTTGTAGGACCTC  50

seq1  CAGGGTACACACCAGGTTAGACTAATCATGTTGTCCAGTGTTTTTCAACC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGTACACACCAGGTTAGACTAATCATGTTGTCCAGTGTTTTTCAACC  100

seq1  TTCCTAATACTGTGACATTTAACGCAATTCCTCATGCTGTGGTGGCCCCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTAATACTGTGACATTTAACGCAATTCCTCATGCTGTGGTGGCCCCC  150

seq1  AACCATGAAATTATTTCATATCTATAACTTCACTACTGTTCTAAATTATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCATGAAATTATTTCATATCTATAACTTCACTACTGTTCTAAATTATA  200

seq1  ATGTAAATATCTGATATGCGATCCTCAAAGGGATTTGACCCAGAGGTTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAAATATCTGATATGCGATCCTCAAAGGGATTTGACCCAGAGGTTGA  250

seq1  GAACCACTGATGTAGTCATATGCCTGCCCCTAAGGAGTCACTCAAAAGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCACTGATGTAGTCATATGCCTGCCCCTAAGGAGTCACTCAAAAGCA  300

seq1  GAGATGTTTATTTGACAAATCCAGTAAATAAGATTGTGAGATGTCATTAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATGTTTATTTGACAAATCCAGTAAATAAGATTGTGAGATGTCATTAA  350

seq1  TAAATACTTATTGTCCACACAAACAACCATAAGATGTAGTTTCTCTTCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATACTTATTGTCCACACAAACAACCATAAGATGTAGTTTCTCTTCTG  400

seq1  GATGGATTTTCACTATAGCTGGATTGCTATAGTGACATGTGACACTCTAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGATTTTCACTATAGCTGGATTGCTATAGTGACATGTGACACTCTAG  450

seq1  GAAGTGAAGTATGCTGACTGTTTTAATGTACAGCATAGAGAGTCAGAGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTGAAGTATGCTGACTGTTTTAATGTACAGCATAGAGAGTCAGAGTG  500

seq1  ACTTTTTTATTATTGTTCCTACCATTGCTGAGAACTTGCAACTGTCACTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTTTTATTATTGTTCCTACCATTGCTGAGAACTTGCAACTGTCACTG  550

seq1  TCTGTACCATATAATTACTGATCCTAGTGACACTTGGCCTCTGTAACTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTACCATATAATTACTGATCCTAGTGACACTTGGCCTCTGTAACTCT  600

seq1  GTGCCTTGTACTCAGCCGTTAGCCCTTCTGACCCTATCTCTGAATTCTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCTTGTACTCAGCCGTTAGCCCTTCTGACCCTATCTCTGAATTCTTA  650

seq1  CACTGTCCTCTTGTTCTTTAAAAATAACTCACATTTTGTGTTACTATTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGTCCTCTTGTTCTTTAAAAATAACTCACATTTTGTGTTACTATTTT  700

seq1  TAGTACTCTGACACCTGACTCCAGCCGCTCTTACCTTCCGCTGTCTAGTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTACTCTGACACCTGACTCCAGCCGCTCTTACCTTCCGCTGTCTAGTC  750

seq1  CTCATGCTTCGACTTAGTGTCTCTAAGTGGCCTTGCCATGAAATCTGACT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATGCTTCGACTTAGTGTCTCTAAGTGGCCTTGCCATGAAATCTGACT  800

seq1  GTTCATGATGTAGTGGTAATGTCCTGTGAGTTTCATAGCCGTGATGTAGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCATGATGTAGTGGTAATGTCCTGTGAGTTTCATAGCCGTGATGTAGC  850

seq1  TCATTTAAGTACCTTCAATGTGTATTCTGAGATCACAATACAGTCTAGAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTAAGTACCTTCAATGTGTATTCTGAGATCACAATACAGTCTAGAC  900

seq1  TATTAGAGCTCCTATCACCCATCCATTGGCTTTGTTCTATACTAAACTAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAGAGCTCCTATCACCCATCCATTGGCTTTGTTCTATACTAAACTAT  950

seq1  AATTTTAATTAACATCAAAGTTTTCTCTTTTTATGGATCCCTCCCTCACT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||
seq2  AATTTTAATTAACATCAAAGTTTTCTC-TTTTATGGATCCCT-CCTCACT  998

seq1  CTTTTTCTTTCTTTTAATTCTGAAGCTTTAAAATATTTTTTTTAATTCAA  1050
      ||||||||||||||| |||||||||||| || || |||||||| ||||||
seq2  CTTTTTCTTTCTTTT-ATTCTGAAGCTTAAATAT-TTTTTTTTTATTCAA  1046

seq1  GTTAACATAAAGCTGTGCATTATAGTGGAAAAGAATTAAGACTCTTGTTT  1100
      | |||||| |||||||||| |||||| |||||| |||| |||||||| ||
seq2  G-TAACAT-AAGCTGTGCA-TATAGT-GAAAAG-ATTAGGACTCTTG-TT  1090

seq1  GATTTT-ATTGTGCTATCAAGTAAACATAATACATTTTGTGGTTATGTAA  1149
      |||||| || |||||||| |||    |  || || ||||||| |||||| 
seq2  GATTTTAATGGTGCTATC-AGT----ACTATTCA-TTTGTGGCTATGTA-  1133

seq1  CCTTCAGGGCAGGAAATAAACCTTACTTCTTTCGAT  1185
       ||||||| ||||| |     | |||||||||||||
seq2  -CTTCAGGTCAGGATA-----CCTACTTCTTTCGAT  1163


seq1: chr17_11258362_11258555
seq2: B6Ng01-263D20.g_73_266 (reverse)

seq1  CCTATCCTATCCTATCCTATCCTATCCTATCCTATCCTATCCTATCCAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATCCTATCCTATCCTATCCTATCCTATCCTATCCTATCCTATCCAGT  50

seq1  TTTCTCCTGTAGAGGGAATAGCACATCATGTTAGGAACTGGACTTTTCAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCCTGTAGAGGGAATAGCACATCATGTTAGGAACTGGACTTTTCAC  100

seq1  TGCTGTTATCCATCCTTTCTATCACAAGCAAAGAACTATGTTCTTTCCTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGTTATCCATCCTTTCTATCACAAGCAAAGAACTATGTTCTTTCCTC  150

seq1  TGAGGTCTTAGGCAGCTTTTCTAGAAATGGGATGAGCTATATAT  194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGTCTTAGGCAGCTTTTCTAGAAATGGGATGAGCTATATAT  194


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |