BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-267B14
Chromosome17 (Build37)
Map Location 45,587,913 - 45,735,628
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSpats1, EG668319, Aars2, Tcte1, Gm323, Nfkbie, Slc35b2, Hsp90ab1, Slc29a1
Upstream geneRunx2, Supt3h, 4930564C03Rik, EG210562, EG668314, Cdc5l
Downstream geneEG653016, Capn11, Tmem63b, Mrpl14, LOC100043363, Vegfa, Mrps18a, 1700027N10Rik, Mad2l1bp, Gtpbp2, Polh, Xpo5, Rpo1-1, Yipf3, Gm88, Tjap1, Egfl9, Abcc10, BC040756, Zfp318, LOC677168, Crip3, Slc22a7, EG328825, Ttbk1, BC048355, Parc, Srf, Ptk7
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-267B14.bB6Ng01-267B14.g
ACCGA070320GA070321
length941701
definitionB6Ng01-267B14.b B6Ng01-267B14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(45,587,913 - 45,588,864)(45,734,934 - 45,735,628)
sequence
gaattcttgtcctgacttgatgaactgtgatatggaagtgtacaccaaat
aagccctaaggtatgagctgcattgttcctggctctcacagaaaactgaa
aaatccttctaaatcccaccaacaaagcggaaaacgtcattgattactac
aagcatttggtaaagactccaaagggggtagttaggtactctataaaact
atccttagagaagtcctaacaacagtcaaaatatactcaaaagcatcaca
cctttaaaaactaaagaccaagctgggcagtggtaacacacactttcaat
cctagcaatcaggaggcagaggtaagtaaattactgagttcaaggccagc
ctggtctacaaatcaagttccaaaacagccagggctacacagagaaactc
atatatgtgtatgtatgtgtatatatgtatgtatgtgtatatatacatac
atacacacacatatataatacagtatagcataacacaataggaaaaccat
cctgcttggcattttatgatttatacatactattttcatatatttataag
aggcagtttacaaaaactaaaatgggtaggatggtaaaattaggcagtgg
ctaatattttgaatattctagaataatgtttatttgaaaagaaagtgcag
acacgagaagcttaattatgtgttgtaaggaataatgaggcataatgaag
gcatttagaggtgccaagtttaaaattaaaaggcttttattcccaccctg
ctctgaaatcctgggtggtgtgagactcgggagcatacatgcctacctca
ccatattacatgagactatttgtattcaaaaattgagagggaaaagaggt
aaataaatacaataaattcattgggcagagcaaaagtttgatatctaggg
gctgggaatataagcctcaatagtttgggggcatttggttt
gaattccaggtcagccagagttacagggtgagatcctgtctcaaaaaaac
aaaactcagggtggtggagaattggctcagtggttaagagtgattactgt
ttttgaagaggacctgggttgggtgccagcacccacaacagttccaagag
atccaaagtcccccaggcctccatgtacacttgctctgtgtggtgtaaac
acacaaatacataatcttgaaaaaaacaaatcaatgtggacggtccctaa
ggactgcagtcaaaggtagttctctggctacacacacacacacacacata
cacaaacacacatgagagtgggaggagggagagggagagagacagtttga
tcttatattgatacagaatctttccagtaacttatttttttagcaatggc
attaggcctgaagaactagctcaatggctagagcacacccctagcatgtt
ctgttccaagccttgaacttgaccccagtgtcctcaaacaaacaagagta
aaacgaagacaacaaaatccacatttgccttaaaactctttcttcattgc
tggctcttttatgtgtccccttaaaattcagcacagtgggcaaagtgttt
tccccgggtttcccctaattccttttctgccacaaggtctcaaagattta
atcactcacaagagagaacttgagacatagcttgttgacacacacacaca
c
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_45587913_45588864
seq2: B6Ng01-267B14.b_46_986

seq1  GAATTCTTGTCCTGACTTGATGAACTGTGATATGGAAGTGTACACCAAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGTCCTGACTTGATGAACTGTGATATGGAAGTGTACACCAAAT  50

seq1  AAGCCCTAAGGTATGAGCTGCATTGTTCCTGGCTCTCACAGAAAACTGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCCTAAGGTATGAGCTGCATTGTTCCTGGCTCTCACAGAAAACTGAA  100

seq1  AAATCCTTCTAAATCCCACCAACAAAGCGGAAAACGTCATTGATTACTAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCCTTCTAAATCCCACCAACAAAGCGGAAAACGTCATTGATTACTAC  150

seq1  AAGCATTTGGTAAAGACTCCAAAGGGGGTAGTTAGGTACTCTATAAAACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCATTTGGTAAAGACTCCAAAGGGGGTAGTTAGGTACTCTATAAAACT  200

seq1  ATCCTTAGAGAAGTCCTAACAACAGTCAAAATATACTCAAAAGCATCACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTTAGAGAAGTCCTAACAACAGTCAAAATATACTCAAAAGCATCACA  250

seq1  CCTTTAAAAACTAAAGACCAAGCTGGGCAGTGGTAACACACACTTTCAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTAAAAACTAAAGACCAAGCTGGGCAGTGGTAACACACACTTTCAAT  300

seq1  CCTAGCAATCAGGAGGCAGAGGTAAGTAAATTACTGAGTTCAAGGCCAGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGCAATCAGGAGGCAGAGGTAAGTAAATTACTGAGTTCAAGGCCAGC  350

seq1  CTGGTCTACAAATCAAGTTCCAAAACAGCCAGGGCTACACAGAGAAACTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTCTACAAATCAAGTTCCAAAACAGCCAGGGCTACACAGAGAAACTC  400

seq1  ATATATGTGTATGTATGTGTATATATGTATGTATGTGTATATATACATAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATGTGTATGTATGTGTATATATGTATGTATGTGTATATATACATAC  450

seq1  ATACACACACATATATAATACAGTATAGCATAACACAATAGGAAAACCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACACACACATATATAATACAGTATAGCATAACACAATAGGAAAACCAT  500

seq1  CCTGCTTGGCATTTTATGATTTATACATACTATTTTCATATATTTATAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCTTGGCATTTTATGATTTATACATACTATTTTCATATATTTATAAG  550

seq1  AGGCAGTTTACAAAAACTAAAATGGGTAGGATGGTAAAATTAGGCAGTGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGTTTACAAAAACTAAAATGGGTAGGATGGTAAAATTAGGCAGTGG  600

seq1  CTAATATTTTGAATATTCTAGAATAATGTTTATTTGAAAAGAAAGTGCAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATATTTTGAATATTCTAGAATAATGTTTATTTGAAAAGAAAGTGCAG  650

seq1  ACACGAGAAGCTTAATTATGTGTTGTAAGGAATAATGAGGCATAATGAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACGAGAAGCTTAATTATGTGTTGTAAGGAATAATGAGGCATAATGAAG  700

seq1  GCA-TTAGAGGTGCCAAGTTTAAAA-TAAAAGGCTTTTATTCCCACCCTG  748
      ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTTAGAGGTGCCAAGTTTAAAATTAAAAGGCTTTTATTCCCACCCTG  750

seq1  CTCTG-AATCCTGG--TGTGTGAGACTCGGGAGCATACATGCCTACCTCA  795
      ||||| ||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGAAATCCTGGGTGGTGTGAGACTCGGGAGCATACATGCCTACCTCA  800

seq1  CCATATTACATGAGACTATTTGTATTCAAAAATTGAGAGGGAAAAGAGGT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATATTACATGAGACTATTTGTATTCAAAAATTGAGAGGGAAAAGAGGT  850

seq1  AAATAAATAC-ATAAATTCA-TGGGCAGAGCAGAAGTTTGAAATCAGGGG  893
      |||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||| |||  |||
seq2  AAATAAATACAATAAATTCATTGGGCAGAGCAAAAGTTTGATATCTAGGG  900

seq1  GCTGGGAATATA--GCTCAGTAG-TTAGGGGCATTGGCTGCTCTCCCAGA  940
      ||||||||||||   |||| ||| || ||||||||               
seq2  GCTGGGAATATAAGCCTCAATAGTTTGGGGGCATT---------------  935

seq1  AGACCCTGGTTT  952
            ||||||
seq2  ------TGGTTT  941

seq1: chr17_45734934_45735628
seq2: B6Ng01-267B14.g_68_768 (reverse)

seq1  GTGTGTGTGTGTGTC-ACAAGCTATGTCTCAAGTTCTCTCTTGTGAGTGA  49
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTCAACAAGCTATGTCTCAAGTTCTCTCTTGTGAGTGA  50

seq1  TTAAATCTTTGTGGCCTTGTGGCAGAAAAGGAACTAGGGGAAACCCGGGG  99
      ||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TTAAATCTTTGAGACCTTGTGGCAGAAAAGGAATTAGGGGAAACCCGGGG  100

seq1  -AAACAC-TTGCCCACTGTGCTGAA-TTTAAGGGGACACATAAAAGAGCC  146
       |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACACTTTGCCCACTGTGCTGAATTTTAAGGGGACACATAAAAGAGCC  150

seq1  AGCAATGAAG-AAGAGTTTTAAGGC-AATGTGGATTTTGTTGTCTTCGTT  194
      |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAATGAAGAAAGAGTTTTAAGGCAAATGTGGATTTTGTTGTCTTCGTT  200

seq1  TTACTCTTGTTTGTTTGAGGACACTGGGGTCAAGTTCAAGGCTTGGAACA  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTCTTGTTTGTTTGAGGACACTGGGGTCAAGTTCAAGGCTTGGAACA  250

seq1  GAACATGCTAGGGGTGTGCTCTAGCCATTGAGCTAGTTCTTCAGGCCTAA  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACATGCTAGGGGTGTGCTCTAGCCATTGAGCTAGTTCTTCAGGCCTAA  300

seq1  TGCCATTGCTAAAAAAATAAGTTACTGGAAAGATTCTGTATCAATATAAG  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCATTGCTAAAAAAATAAGTTACTGGAAAGATTCTGTATCAATATAAG  350

seq1  ATCAAACTGTCTCTCTCCCTCTCCCTCCTCCCACTCTCATGTGTGTTTGT  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAACTGTCTCTCTCCCTCTCCCTCCTCCCACTCTCATGTGTGTTTGT  400

seq1  GTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTAGCCAGAGAACTACCTTTGACTGCAGTC  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTAGCCAGAGAACTACCTTTGACTGCAGTC  450

seq1  CTTAGGGACCGTCCACATTGATTTGTTTTTTTCAAGATTATGTATTTGTG  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGGGACCGTCCACATTGATTTGTTTTTTTCAAGATTATGTATTTGTG  500

seq1  TGTTTACACCACACAGAGCAAGTGTACATGGAGGCCTGGGGGACTTTGGA  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTACACCACACAGAGCAAGTGTACATGGAGGCCTGGGGGACTTTGGA  550

seq1  TCTCTTGGAACTGTTGTGGGTGCTGGCACCCAACCCAGGTCCTCTTCAAA  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTGGAACTGTTGTGGGTGCTGGCACCCAACCCAGGTCCTCTTCAAA  600

seq1  AACAGTAATCACTCTTAACCACTGAGCCAATTCTCCACCACCCTGAGTTT  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGTAATCACTCTTAACCACTGAGCCAATTCTCCACCACCCTGAGTTT  650

seq1  TGTTTTTTTGAGACAGGATCTCACCCTGTAACTCTGGCTGACCTGGAATT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTTTTGAGACAGGATCTCACCCTGTAACTCTGGCTGACCTGGAATT  700

seq1  C  695
      |
seq2  C  701