BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-272M18
Chromosome17 (Build37)
Map Location 7,030,112 - 7,176,082
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040654, Rshl2b, 1700122H20Rik, Tagap1
Upstream geneSynj2, Serac1, Gtf2h5, 2210038L17Rik, LOC545184, Tulp4, EG433058, Tmem181, LOC100040453, LOC100040471, Dynlt1, LOC547127, LOC100040488, LOC100040500, LOC100040531, LOC100040525, LOC100040563, LOC100040546, LOC100040536, LOC100040556, LOC100040603, LOC100040596, LOC100040631, LOC100040616, Sytl3, Vil2
Downstream geneRnaset2b, Gm1604, Rps6ka2, LOC625031, Tcp10b, LOC100038857, LOC667055, 5830477G23Rik, LOC625102, Fndc1, EG634588, LOC100040748, LOC100040760, LOC667102, Tagap, Rshl2a, LOC100040822
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-272M18.bB6Ng01-272M18.g
ACCGA074531GA074532
length9381,144
definitionB6Ng01-272M18.b B6Ng01-272M18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(7,175,147 - 7,176,082)(7,030,112 - 7,031,235)
sequence
gaattctaaaagtgtgtgctgacgaaggtcttcactgtatcccctgctct
gtgtcaactggacctcaggttagccaagtaacctgaagtcccatcaggct
ccactgaaagaagtaaccagacagtaggctggcagccggatacagcagga
cacatagcacaccttcatgcagccttgaagcccggcactgctctgccgtt
tctggattttgctcagggctgtagttccaggcattgggacgcttactttt
tggtcatttgccacatgcaccttgagcctcctgctctccagccgtggcta
cacacattgtggctccaagctcattctgtcgaggcacgaggcacgctggt
gctttggaatttggtgtgtggagagcacagccaggttcaaggatgtgttg
ccactaggctactccattctaaccctgagtaggagacaaagctaggagtt
ggccctgttggtttctgttttaaaggacacctaccatgagttcatagtga
tatttgcaagtcagacctaggatgagagactctctcgttttggttctttg
cttttatgggctttcccacatccctttaatgtcttacaagcatttggcca
cagattaacaagggaattctgttttgtctaaatagcaccctgctccatct
tcaaaatataactagtcattaaagtaattttccctggtccctggggcata
ctctgttttagaaagctggttaaaccacagaaaagtctccctggaccaga
ttgaggtggcgacacacagctagtctctgctaatttaaagccaccgtgat
cccatcataagttgcttttatcagcacttcagaagcctggcgggaggcgg
aggccacttggtacattgttaatattaacctcctttatatgtcaaggtag
acttcaaaaagatgtgtaggggggtagagagagtgtgt
gaattcaccatagcattggcataaggaagtcgacagggcagtggctatga
ggacactgatggagcaggagtagccaggacaagactaagatggcaagtaa
cagggcacgtgagtgggtagtaggcagcctagtcaggtgagattaagtct
agaataggtaagtatctggccagctattagtgcttgatgcttgttaataa
atataaggtctccgtgtcagtatttgagagctagcacaggcacagaaaag
ccctaaattactattacaaaggatgctttcatttattcattaagtaggta
ggaagaatgcctcaagatgggctgcagagatgatggctcagtagttaaga
acacttactcctctttcaaagaacctaggttcagttcccagaacttccat
agcagttcacagtcatctgtaggtccagttccaggggatctgatgccttc
ttctgggctctgaggcaatcaggcatatatgtggtccacatacacacatg
caggtaaaatactaatacacatagcatgcaaataactttttaaacagact
atttcaagggatgcaatgtctttacaacacagatcaaagttttaaactca
tagcaaaactacttaaaattgtttgtttttttaaagattaaaaacatttt
cattggggttggagagatggctcagcagttaagaggattgactgctcttc
ggaaggtcctgagttcaaatcccagcaaccacatggtggctcacaaccaa
ttgtaatggggatctgatgtcctcttctggggtgtctgaaaacagctaca
tataaggggccagagccagaggggcagagcgagaagaaaaagtgtctgaa
gacagctacagtgtacttacatataacaaataaatctttaaaaaaaattt
tatgtgcatgtacatgggaccacttgtatgcatgtgccaaaagaggccaa
atgaagggcaactgtatcccctgtaactagaggtaacagtggtgctgctg
ttgagctgcccaaatgtgggtgctggcacctaaattcttaaatcatcttc
cacgggctgccaactaggttattttttgtaattccaaagaattgaccaga
aaaagtaaggcaaacaagggactagttgggtgctcgccctttaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_7175147_7176082
seq2: B6Ng01-272M18.b_47_984 (reverse)

seq1  ACACACTCTCTCTACCCCCCTACACATCTTTTTGAAGTCTACCTTGACAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACTCTCTCTACCCCCCTACACATCTTTTTGAAGTCTACCTTGACAT  50

seq1  AT-AAGGAGGTTAATATTAACAATGTACCAAGTGGCCTCCGCCT-CCGCC  98
      || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  ATAAAGGAGGTTAATATTAACAATGTACCAAGTGGCCTCCGCCTCCCGCC  100

seq1  AGGCTTCTGAAGTGCTGATAAAAGCAACTTATGATGGGATCACGGTGGCT  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTTCTGAAGTGCTGATAAAAGCAACTTATGATGGGATCACGGTGGCT  150

seq1  TTAAATTAGCAGAGACTAGCTGTGTGTCGCCACCTCAATCTGGTCCAGGG  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATTAGCAGAGACTAGCTGTGTGTCGCCACCTCAATCTGGTCCAGGG  200

seq1  AGACTTTTCTGTGGTTTAACCAGCTTTCTAAAACAGAGTATGCCCCAGGG  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTTTTCTGTGGTTTAACCAGCTTTCTAAAACAGAGTATGCCCCAGGG  250

seq1  ACCAGGGAAAATTACTTTAATGACTAGTTATATTTTGAAGATGGAGCAGG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGGGAAAATTACTTTAATGACTAGTTATATTTTGAAGATGGAGCAGG  300

seq1  GTGCTATTTAGACAAAACAGAATTCCCTTGTTAATCTGTGGCCAAATGCT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTATTTAGACAAAACAGAATTCCCTTGTTAATCTGTGGCCAAATGCT  350

seq1  TGTAAGACATTAAAGGGATGTGGGAAAGCCCATAAAAGCAAAGAACCAAA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAGACATTAAAGGGATGTGGGAAAGCCCATAAAAGCAAAGAACCAAA  400

seq1  ACGAGAGAGTCTCTCATCCTAGGTCTGACTTGCAAATATCACTATGAACT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGAGAGAGTCTCTCATCCTAGGTCTGACTTGCAAATATCACTATGAACT  450

seq1  CATGGTAGGTGTCCTTTAAAACAGAAACCAACAGGGCCAACTCCTAGCTT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGTAGGTGTCCTTTAAAACAGAAACCAACAGGGCCAACTCCTAGCTT  500

seq1  TGTCTCCTACTCAGGGTTAGAATGGAGTAGCCTAGTGGCAACACATCCTT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTCCTACTCAGGGTTAGAATGGAGTAGCCTAGTGGCAACACATCCTT  550

seq1  GAACCTGGCTGTGCTCTCCACACACCAAATTCCAAAGCACCAGCGTGCCT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCTGGCTGTGCTCTCCACACACCAAATTCCAAAGCACCAGCGTGCCT  600

seq1  CGTGCCTCGACAGAATGAGCTTGGAGCCACAATGTGTGTAGCCACGGCTG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGCCTCGACAGAATGAGCTTGGAGCCACAATGTGTGTAGCCACGGCTG  650

seq1  GAGAGCAGGAGGCTCAAGGTGCATGTGGCAAATGACCAAAAAGTAAGCGT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGCAGGAGGCTCAAGGTGCATGTGGCAAATGACCAAAAAGTAAGCGT  700

seq1  CCCAATGCCTGGAACTACAGCCCTGAGCAAAATCCAGAAACGGCAGAGCA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAATGCCTGGAACTACAGCCCTGAGCAAAATCCAGAAACGGCAGAGCA  750

seq1  GTGCCGGGCTTCAAGGCTGCATGAAGGTGTGCTATGTGTCCTGCTGTATC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCGGGCTTCAAGGCTGCATGAAGGTGTGCTATGTGTCCTGCTGTATC  800

seq1  CGGCTGCCAGCCTACTGTCTGGTTACTTCTTTCAGTGGAGCCTGATGGGA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGCTGCCAGCCTACTGTCTGGTTACTTCTTTCAGTGGAGCCTGATGGGA  850

seq1  CTTCAGGTTACTTGGCTAACCTGAGGTCCAGTTGACACAGAGCAGGGGAT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAGGTTACTTGGCTAACCTGAGGTCCAGTTGACACAGAGCAGGGGAT  900

seq1  ACAGTGAAGACCTTCGTCAGCACACACTTTTAGAATTC  936
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGAAGACCTTCGTCAGCACACACTTTTAGAATTC  938

seq1: chr17_7030112_7031235
seq2: B6Ng01-272M18.g_68_1211

seq1  GAATTCACCATAGCATTGGCATAAGGAAGTCGACAGGGCAGTGGCTATGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACCATAGCATTGGCATAAGGAAGTCGACAGGGCAGTGGCTATGA  50

seq1  GGACACTGATGGAGCAGGAGTAGCCAGGACAAGACTAAGATGGCAAGTAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACACTGATGGAGCAGGAGTAGCCAGGACAAGACTAAGATGGCAAGTAA  100

seq1  CAGGGCACGTGAGTGGGTAGTAGGCAGCCTAGTCAGGTGAGATTAAGTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGCACGTGAGTGGGTAGTAGGCAGCCTAGTCAGGTGAGATTAAGTCT  150

seq1  AGAATAGGTAAGTATCTGGCCAGCTATTAGTGCTTGATGCTTGTTAATAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATAGGTAAGTATCTGGCCAGCTATTAGTGCTTGATGCTTGTTAATAA  200

seq1  ATATAAGGTCTCCGTGTCAGTATTTGAGAGCTAGCACAGGCACAGAAAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAAGGTCTCCGTGTCAGTATTTGAGAGCTAGCACAGGCACAGAAAAG  250

seq1  CCCTAAATTACTATTACAAAGGATGCTTTCATTTATTCATTAAGTAGGTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTAAATTACTATTACAAAGGATGCTTTCATTTATTCATTAAGTAGGTA  300

seq1  GGAAGAATGCCTCAAGATGGGCTGCAGAGATGATGGCTCAGTAGTTAAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGAATGCCTCAAGATGGGCTGCAGAGATGATGGCTCAGTAGTTAAGA  350

seq1  ACACTTACTCCTCTTTCAAAGAACCTAGGTTCAGTTCCCAGAACTTCCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTTACTCCTCTTTCAAAGAACCTAGGTTCAGTTCCCAGAACTTCCAT  400

seq1  AGCAGTTCACAGTCATCTGTAGGTCCAGTTCCAGGGGATCTGATGCCTTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGTTCACAGTCATCTGTAGGTCCAGTTCCAGGGGATCTGATGCCTTC  450

seq1  TTCTGGGCTCTGAGGCAATCAGGCATATATGTGGTCCACATACACACATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGGCTCTGAGGCAATCAGGCATATATGTGGTCCACATACACACATG  500

seq1  CAGGTAAAATACTAATACACATAGCATGCAAATAACTTTTTAAACAGACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTAAAATACTAATACACATAGCATGCAAATAACTTTTTAAACAGACT  550

seq1  ATTTCAAGGGATGCAATGTCTTTACAACACAGATCAAAGTTTTAAACTCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCAAGGGATGCAATGTCTTTACAACACAGATCAAAGTTTTAAACTCA  600

seq1  TAGCAAAACTACTTAAAATTGTTTGTTTTTTTAAAGATTAAAAACATTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAAAACTACTTAAAATTGTTTGTTTTTTTAAAGATTAAAAACATTTT  650

seq1  CATTGGGGTTGGAGAGATGGCTCAGCAGTTAAGAGGATTGACTGCTCTTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGGGGTTGGAGAGATGGCTCAGCAGTTAAGAGGATTGACTGCTCTTC  700

seq1  GGAAGGTCCTGAGTTCAAATCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGGTCCTGAGTTCAAATCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCAA  750

seq1  TTGTAAT-GGGATCTGATGTCCTCTTCTGGGGTGTCTGAAAACAGCTACA  799
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAATGGGGATCTGATGTCCTCTTCTGGGGTGTCTGAAAACAGCTACA  800

seq1  TATAAGGGGCCAGAGCCAGAGGGGCAGAGCGAGAAGAAAAAGTGTCTGAA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAGGGGCCAGAGCCAGAGGGGCAGAGCGAGAAGAAAAAGTGTCTGAA  850

seq1  GACAGCTACAGTGTACTTACATATAACAAATAAATCTTT-AAAAAAATTT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GACAGCTACAGTGTACTTACATATAACAAATAAATCTTTAAAAAAAATTT  900

seq1  TATGTGCATGTACAT-GGACCAC-TGTATGCATGTGCCAAAAGAGGCCAA  946
      ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGCATGTACATGGGACCACTTGTATGCATGTGCCAAAAGAGGCCAA  950

seq1  ATG-AGGGCAACTGTATCCCCTGTAACTAGAGGT-ACAGTGGTGCTGCTG  994
      ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  ATGAAGGGCAACTGTATCCCCTGTAACTAGAGGTAACAGTGGTGCTGCTG  1000

seq1  -TGAGCTGCCC-AATGTGGGTGCTGGCACCTAAA-TCTT-AATCATC-TC  1039
       |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||
seq2  TTGAGCTGCCCAAATGTGGGTGCTGGCACCTAAATTCTTAAATCATCTTC  1050

seq1  CACGGCCTG-CAACTAGG---TATTTTGTAAT--CCAAGAAATGACACAG  1083
      ||||| ||| ||||||||   | |||||||||  | ||||| |||| |||
seq2  CACGGGCTGCCAACTAGGTTATTTTTTGTAATTCCAAAGAATTGAC-CAG  1099

seq1  -AAAAGTAAGGC-AACAAGGAGCATGTT-GGTGCTCG-CCTTTAA  1124
       ||||||||||| |||||||  |  ||| |||||||| |||||||
seq2  AAAAAGTAAGGCAAACAAGGGACTAGTTGGGTGCTCGCCCTTTAA  1144