BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-276J23
Chromosome17 (Build37)
Map Location 76,395,650 - 76,512,438
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLtbp1, EG621988, Rasgrp3, 2810405J04Rik, LOC668787, LOC100043885
Downstream geneLOC100043886, EG624348
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-276J23.bB6Ng01-276J23.g
ACCGA077359GA077360
length1,1661,124
definitionB6Ng01-276J23.b B6Ng01-276J23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(76,511,273 - 76,512,438)(76,395,650 - 76,396,778)
sequence
gaattctccaaagttcctgaattgacctctttagtaacatacataccttc
aaagctacctaagtttttctttttggtattaatgaaccagcctgcttcca
tttggggcctgaaagccatcttataataaaactaagtttattcctgttta
aggttgactccatgtttctcaagagtcagattataccccacctggaacct
taactacaaaggttctgtatgacatgttccagagagtgtcaactatgtct
ttgttttgaaaggttattaagcccacctgttgttatgaatacccacttac
gttgttttgttatgaccatgttgcaatcatatctttgtttcaaaaggtta
tgactaacttgtggtgcttatactctgcttctgtaaccccacgtatttgc
tctccaactctcccatttggaaacctcttactcctgagctataaaaagct
tctcttccacataatcaatggttatatcttgaatgtctttttagaggtag
gtagcccatgtcacaaaacaaacaaacaaacaaacaaacaaacaaaaact
tgttccacttactttggatatattgatttgggttgatggcttttctcatt
gcatctttgagagtaacagtatttcaatgaaggtgtatatttcagtcttc
acatcattgtaagcaatgccacttcatctattttacaaacaacaatgcaa
tgcttcaaaatgcaaacgtgtacagggtggacagtgcccttgatcatttg
gttacctaggaagcttgaaactctcccattttaacattctcctggaaaat
atgtttaccaccatgggaccactcaattgaaattgaatgtaaagagactg
agaccctcctcaatcacagaaaaagaaatttaggtttgagaaaaaactcc
tcaggcaagctccatagcttctaagagaagaatccagggttttagactag
gcaggcagagtgcttccctggttgttacaaatttcctcttgcagcagcac
agaaggcactttgtcacctatacctgccagaactctctgtgacaggctgc
tttcaagcaaacccattttgaggtttaccacaattagagcctgcacagcc
cctgggcagatgaatcagcatcacaaatggaagagaattggcccactttc
cttggcttgaaagagt

gaattcattagctgtgagtaaatggaaatagtatataatgagtataagct
gacatttgtattcagtactgttcctatattaggatgtgacttaaacttac
cttgtgttgctgttgttgttatttttcctttgtttatcatttggtaagaa
ctaacagctccttctatcctcttgaattattccagacagcatgggtgcta
gattgctttcccagacctatggggataatatctaaagtctcatgccaagc
cattcctggttaagatgggctattgcttacttcaagatccttgcttttaa
tttctgctgaaacacaagctcatttgttattctgcttgactttcagaata
gcctacattcattaacttctactactgtgcttactgctgcttgatttaac
tggcatgagctattctcagctattgtattgtccattactatggcttcact
tatatgcagatttccccctcaagagcttcaaaagctgccctttcaagtgt
ctacaggggttatttacaggccactcaaatattgaaaatcagaatatttt
cttctcacaccacccccaaatccatacatgagcacttaataattttgcaa
cttggaaaatctcttaacatttttttctcaccttttcaccagtgaaagaa
gatgacattaagatatattccaaacagttgattggaggtgaattagtgat
tatatgtttcttctcatggtaaatgctgtatgagatcagttattgttatt
ttaaaatatgttatctccttgacttcccctggctttgtaaaagtgacaat
caccatgaggctccagcaagacccttgggggctatcctttgcttcaggct
gtactatctccacccacagccaaaaaccccccctccccccgctcaagtgc
gctgctttccacatgagtcttgagtgccatcctccctttaatagcagtga
caccaatgctttcctgtgttacagtagatttctcatttgaagtttgactg
ctcacagtaccttcttccttcttattttccatagcacatacaatgatgca
atattaaactaagtggttgcgtgctgactgaagcatcatatttctggact
tgtgctgaagccatggggcctgaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_76511273_76512438
seq2: B6Ng01-276J23.b_45_1210 (reverse)

seq1  ACTCTTTTTAAAGCAAGGAAAAGTGGGCCATTTCTC-TCCCTTTGTGATG  49
      ||||  ||| |||| | | ||||||||||| ||||| ||| |||||||||
seq2  ACTC--TTTCAAGCCAAGGAAAGTGGGCCAATTCTCTTCCATTTGTGATG  48

seq1  CTGA-TCATCTGCCCAGGGGGCTGGTGCA-GCTCT-ATTGTGGTAAACCT  96
      |||| ||||||||||| |||||| ||||| ||||| ||||||||||||||
seq2  CTGATTCATCTGCCCA-GGGGCT-GTGCAGGCTCTAATTGTGGTAAACCT  96

seq1  CAAAATGGGTTTGCTTTGAAAGCAGCCTGTCACAGAGAGTTCTGGCAGGG  146
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CAAAATGGGTTTGC-TTGAAAGCAGCCTGTCACAGAGAGTTCTGGCAGG-  144

seq1  TTATAGGTGAC-AAGTGCCTTCTTGTGCTGCTGCAAGAGGAAATTTGTAA  195
       |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  -TATAGGTGACAAAGTGCCTTC-TGTGCTGCTGCAAGAGGAAATTTGTAA  192

seq1  C-ACCA-GGAAGCACTCTGCCTGCCTAGTCTAAAA-CCTGGATTCTTCTC  242
      | |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  CAACCAGGGAAGCACTCTGCCTGCCTAGTCTAAAACCCTGGATTCTTCTC  242

seq1  TTAGAAGCTATGGAGCTTGCCTGAGGAGTTTTTTCTCAAACCTAAATTTC  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAAGCTATGGAGCTTGCCTGAGGAGTTTTTTCTCAAACCTAAATTTC  292

seq1  TTTTTCTGTGATTGAGGAGGGTCTCAGTCTCTTTACATTCAATTTCAATT  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCTGTGATTGAGGAGGGTCTCAGTCTCTTTACATTCAATTTCAATT  342

seq1  GAGTGGTCCCATGGTGGTAAACATATTTTCCAGGAGAATGTTAAAATGGG  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGGTCCCATGGTGGTAAACATATTTTCCAGGAGAATGTTAAAATGGG  392

seq1  AGAGTTTCAAGCTTCCTAGGTAACCAAATGATCAAGGGCACTGTCCACCC  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTTTCAAGCTTCCTAGGTAACCAAATGATCAAGGGCACTGTCCACCC  442

seq1  TGTACACGTTTGCATTTTGAAGCATTGCATTGTTGTTTGTAAAATAGATG  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACACGTTTGCATTTTGAAGCATTGCATTGTTGTTTGTAAAATAGATG  492

seq1  AAGTGGCATTGCTTACAATGATGTGAAGACTGAAATATACACCTTCATTG  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGGCATTGCTTACAATGATGTGAAGACTGAAATATACACCTTCATTG  542

seq1  AAATACTGTTACTCTCAAAGATGCAATGAGAAAAGCCATCAACCCAAATC  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATACTGTTACTCTCAAAGATGCAATGAGAAAAGCCATCAACCCAAATC  592

seq1  AATATATCCAAAGTAAGTGGAACAAGTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTT  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATATCCAAAGTAAGTGGAACAAGTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTT  642

seq1  TGTTTGTTTTGTGACATGGGCTACCTACCTCTAAAAAGACATTCAAGATA  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGTTTTGTGACATGGGCTACCTACCTCTAAAAAGACATTCAAGATA  692

seq1  TAACCATTGATTATGTGGAAGAGAAGCTTTTTATAGCTCAGGAGTAAGAG  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCATTGATTATGTGGAAGAGAAGCTTTTTATAGCTCAGGAGTAAGAG  742

seq1  GTTTCCAAATGGGAGAGTTGGAGAGCAAATACGTGGGGTTACAGAAGCAG  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCCAAATGGGAGAGTTGGAGAGCAAATACGTGGGGTTACAGAAGCAG  792

seq1  AGTATAAGCACCACAAGTTAGTCATAACCTTTTGAAACAAAGATATGATT  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATAAGCACCACAAGTTAGTCATAACCTTTTGAAACAAAGATATGATT  842

seq1  GCAACATGGTCATAACAAAACAACGTAAGTGGGTATTCATAACAACAGGT  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACATGGTCATAACAAAACAACGTAAGTGGGTATTCATAACAACAGGT  892

seq1  GGGCTTAATAACCTTTCAAAACAAAGACATAGTTGACACTCTCTGGAACA  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTTAATAACCTTTCAAAACAAAGACATAGTTGACACTCTCTGGAACA  942

seq1  TGTCATACAGAACCTTTGTAGTTAAGGTTCCAGGTGGGGTATAATCTGAC  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCATACAGAACCTTTGTAGTTAAGGTTCCAGGTGGGGTATAATCTGAC  992

seq1  TCTTGAGAAACATGGAGTCAACCTTAAACAGGAATAAACTTAGTTTTATT  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGAGAAACATGGAGTCAACCTTAAACAGGAATAAACTTAGTTTTATT  1042

seq1  ATAAGATGGCTTTCAGGCCCCAAATGGAAGCAGGCTGGTTCATTAATACC  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGATGGCTTTCAGGCCCCAAATGGAAGCAGGCTGGTTCATTAATACC  1092

seq1  AAAAAGAAAAACTTAGGTAGCTTTGAAGGTATGTATGTTACTAAAGAGGT  1142
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAGAAAAACTTAGGTAGCTTTGAAGGTATGTATGTTACTAAAGAGGT  1142

seq1  CAATTCAGGAACTTTGGAGAATTC  1166
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTCAGGAACTTTGGAGAATTC  1166


seq1: chr17_76395650_76396778
seq2: B6Ng01-276J23.g_68_1191

seq1  GAATTCATTAGCTGTGAGTAAATGGAAATAGTATATAATGAGTATAAGCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTAGCTGTGAGTAAATGGAAATAGTATATAATGAGTATAAGCT  50

seq1  GACATTTGTATTCAGTACTGTTCCTATATTAGGATGTGACTTAAACTTAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATTTGTATTCAGTACTGTTCCTATATTAGGATGTGACTTAAACTTAC  100

seq1  CTTGTGTTGCTGTTGTTGTTATTTTTCCTTTGTTTATCATTTGGTAAGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTGTTGCTGTTGTTGTTATTTTTCCTTTGTTTATCATTTGGTAAGAA  150

seq1  CTAACAGCTCCTTCTATCCTCTTGAATTATTCCAGACAGCATGGGTGCTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACAGCTCCTTCTATCCTCTTGAATTATTCCAGACAGCATGGGTGCTA  200

seq1  GATTGCTTTCCCAGACCTATGGGGATAATATCTAAAGTCTCATGCCAAGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGCTTTCCCAGACCTATGGGGATAATATCTAAAGTCTCATGCCAAGC  250

seq1  CATTCCTGGTTAAGATGGGCTATTGCTTACTTCAAGATCCTTGCTTTTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCCTGGTTAAGATGGGCTATTGCTTACTTCAAGATCCTTGCTTTTAA  300

seq1  TTTCTGCTGAAACACAAGCTCATTTGTTATTCTGCTTGACTTTCAGAATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGCTGAAACACAAGCTCATTTGTTATTCTGCTTGACTTTCAGAATA  350

seq1  GCCTACATTCATTAACTTCTACTACTGTGCTTACTGCTGCTTGATTTAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTACATTCATTAACTTCTACTACTGTGCTTACTGCTGCTTGATTTAAC  400

seq1  TGGCATGAGCTATTCTCAGCTATTGTATTGTCCATTACTATGGCTTCACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCATGAGCTATTCTCAGCTATTGTATTGTCCATTACTATGGCTTCACT  450

seq1  TATATGCAGATTTCCCCCTCAAGAGCTTCAAAAGCTGCCCTTTCAAGTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGCAGATTTCCCCCTCAAGAGCTTCAAAAGCTGCCCTTTCAAGTGT  500

seq1  CTACAGGGGTTATTTACAGGCCACTCAAATATTGAAAATCAGAATATTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAGGGGTTATTTACAGGCCACTCAAATATTGAAAATCAGAATATTTT  550

seq1  CTTCTCACACCACCCCCAAATCCATACATGAGCACTTAATAATTTTGCAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTCACACCACCCCCAAATCCATACATGAGCACTTAATAATTTTGCAA  600

seq1  CTTGGAAAATCTCTTAACATTTTTTTCTCACCTTTTCACCAGTGAAAGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGAAAATCTCTTAACATTTTTTTCTCACCTTTTCACCAGTGAAAGAA  650

seq1  GATGACATTAAGATATATTCCAAACAGTTGATTGGAGGTGAATTAGTGAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGACATTAAGATATATTCCAAACAGTTGATTGGAGGTGAATTAGTGAT  700

seq1  TATATGTTTCTTCTCATGGTAAATGCTGTATGAGATCAGTTATTGTTATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGTTTCTTCTCATGGTAAATGCTGTATGAGATCAGTTATTGTTATT  750

seq1  TTAAAATATGTTATCTCCTTGACTTCCCCTGGCTTTGTAAAAGTGACAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAATATGTTATCTCCTTGACTTCCCCTGGCTTTGTAAAAGTGACAAT  800

seq1  CACCATGAGGCTCCAGCAAGACCCTTGGGGGCTATCC-TTGCTTCAGGCT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  CACCATGAGGCTCCAGCAAGACCCTTGGGGGCTATCCTTTGCTTCAGGCT  850

seq1  GTACTATCTCCACCCACAGCCAAAAACCCCCCCTCCCCCCGCTCAAGTGC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTATCTCCACCCACAGCCAAAAACCCCCCCTCCCCCCGCTCAAGTGC  900

seq1  GCTGCTTTCCACATGAGTCTTGAGTGCCATCCTCCCTTTAATAGCAGTGA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCTTTCCACATGAGTCTTGAGTGCCATCCTCCCTTTAATAGCAGTGA  950

seq1  CACCAATGCTTTCCTGTGGTACAGTAGATTTCTCATTTGAAGTTTGACTG  999
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAATGCTTTCCTGTGTTACAGTAGATTTCTCATTTGAAGTTTGACTG  1000

seq1  CTCACAGTACCTTCTTCCTTCTTATTTTCCATAGCACATAC-ATGATGCA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CTCACAGTACCTTCTTCCTTCTTATTTTCCATAGCACATACAATGATGCA  1050

seq1  TATTTAAAACTAAGTGGTTGCCGTGCCTGACTGAGAGCATCATA-TTCTG  1097
       || | |||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||| |||||
seq2  -ATATTAAACTAAGTGGTTG-CGTG-CTGACTGA-AGCATCATATTTCTG  1096

seq1  ACCTTTGTGCTGAAGGCCCATGGGGGCCTGAA  1129
        | |||||||||||  |||| ||||||||||
seq2  GAC-TTGTGCTGAAG--CCAT-GGGGCCTGAA  1124


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |