BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-279E04
Chromosome17 (Build37)
Map Location 81,695,882 - 81,715,653
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100043704
Upstream geneMorn2, Sos1, Cdkl4, F420015M19Rik, Map4k3, LOC100043697, C230072F16Rik, LOC675572, EG668830, Tmem178, Thumpd2, LOC100043700
Downstream geneSlc8a1, EG668832, LOC100043707, LOC625467
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-279E04.bB6Ng01-279E04.g
ACCGA079286GA079287
length1,183979
definitionB6Ng01-279E04.b B6Ng01-279E04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(81,695,882 - 81,697,054)(81,715,111 - 81,715,653)
sequence
ggaattcaatctatgcactgacccgaagctctgagttaccgtgcttcaag
tttactgtcagtaaatgagaaaaaaaatcctggtcattctgattaattgt
gtatatgcatacatgtgagtgtgtgtactcatgtgtgcaggtgtgcatgt
ccgtctgttcaggtgtgagctgaggccagaggcagatgccaggtatcttc
tgcaattgctctctgcatcattgtagttgtcatagttgtcatagttgtcg
tcgatatcgtcatcatcatcatcattattttaagacaaagcttgtctctg
aacctagagattactgattcagctaatctggatgtccagctactccccca
gggagcctcctaatttagtattactgggattccacctctttatatgggta
atggggatgtgaactcgggtcctcatggttgtatgacaaatatttttcca
cccctacttccctgaattcatccctctcacccctccctctgagtgttcct
gcctgagccacctgcctatttcgttttgcttgttaacaccgccatcctta
tgccctcctccagtgatctcttcagcccttccctcactctgaggctgtgg
aaagtcaaagggaggccccctgatgtgtgactgttccctgatttcaggcc
acatggtagctcatatttttaaaaaaggtttttagtgaaaacatttaagt
tcaaatgatacacattttgtaatctggagctgcaagggttttgatttcta
gtccataaacttcagatgtcactgtaccactaacttccagatgatcttga
ggcacacagtattacattattttctgttcaaagtccttgcggaagcctca
ggggctggacttgtatcacatgtttaaccacattcagttttgcatccatc
aaaggatattgtgaacgcgagatgtatgtgctttttctagtccaagagtc
ttcatagtagctcttccctggggatggatgcttttgtacttcttatgctg
gtaacagtctttcagtttatgagggtcttgtcacccactttattttttca
tgatctggtgttgtctagattccaatgttcttggtggattcttgattata
taaatttgtttatggaacccatatgttacaatggaagagagattcaactt
ttggtccatagtccacagttgcttcaaatgttt

cgcggaataatttcctgcagaaaactttgtatgaagatttataactgtgt
gtatatatatgtatatatgtatctatacatatatatacatacatatacac
atatgtttattagattgttacaagaatggttttgatttttgcattcttca
gatttgttatttggtgttggatacattcttttacctacatgtaacatttt
tatggcttttctgagaacttcacatcatgtatccaatcaccatccctttc
catgccttctaagtccatacccctttgtgagctcccctcgaggaagtaaa
ataataaaaataaggggaaaaattcactttgtagtatctatattctcact
ggaatatggtgggactctcagtggcctgccccttaaacagaagtgagttc
tttccctcccacactgacacccgaagccatcaattgtggagagctacttt
cagcatctctgccatactttttaagagttttcttcaggactggagagatg
gctcagaagttaagagcactgtctgtacttccagttcaattcccagcaac
gacatggcagctcgctcataactatttataatacgatctgatgcctgtac
cagaagaggacatctgttcttttcagtggcttcttgtctaggccattaat
tttagcagggcaggggagagtaggaattgttagagaagcctctcatgtcc
cttcctttcaactgtgcacctgcagccagctatgatgtcacagaaaaagt
agcttccttgcttttcactgttagcaagagcatatatcatgggcctccac
acagcttctggcccctactgaagtataaccccagacccagacaaggccct
tagaggctgctgggacagtaacatggcctcaggttacatgcaaggccact
cagatcagtatgaccccagagcagcttggcccatggacatcctcatggct
tcaggcaatgggcctcctctggcttttgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_81695882_81697054
seq2: B6Ng01-279E04.b_44_1225

seq1  GAATTCAATCTATGCACTGACCCGAAGCTCTGAGTTACCGTGCTTCAAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATCTATGCACTGACCCGAAGCTCTGAGTTACCGTGCTTCAAGT  50

seq1  TTACTGTCAGTAAATGAGAAAAAAAATCCTGGTCATTCTGATTAATTGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTGTCAGTAAATGAGAAAAAAAATCCTGGTCATTCTGATTAATTGTG  100

seq1  TATATGCATACATGTGAGTGTGTGTACTCATGTGTGCAGGTGTGCATGTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGCATACATGTGAGTGTGTGTACTCATGTGTGCAGGTGTGCATGTC  150

seq1  CGTCTGTTCAGGTGTGAGCTGAGGCCAGAGGCAGATGCCAGGTATCTTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTCTGTTCAGGTGTGAGCTGAGGCCAGAGGCAGATGCCAGGTATCTTCT  200

seq1  GCAATTGCTCTCTGCATCATTGTAGTTGTCATAGTTGTCATAGTTGTCGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATTGCTCTCTGCATCATTGTAGTTGTCATAGTTGTCATAGTTGTCGT  250

seq1  CGATATCGTCATCATCATCATCATTATTTTAAGACAAAGCTTGTCTCTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGATATCGTCATCATCATCATCATTATTTTAAGACAAAGCTTGTCTCTGA  300

seq1  ACCTAGAGATTACTGATTCAGCTAATCTGGATGTCCAGCTACTCCCCCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTAGAGATTACTGATTCAGCTAATCTGGATGTCCAGCTACTCCCCCAG  350

seq1  GGAGCCTCCTAATTTAGTATTACTGGGATTCCACCTCTTTATATGGGTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCCTCCTAATTTAGTATTACTGGGATTCCACCTCTTTATATGGGTAA  400

seq1  TGGGGATGTGAACTCGGGTCCTCATGGTTGTATGACAAATATTTTTCCAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGATGTGAACTCGGGTCCTCATGGTTGTATGACAAATATTTTTCCAC  450

seq1  CCCTACTTCCCTGAATTCATCCCTCTCACCCCTCCCTCTGAGTGTTCCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTACTTCCCTGAATTCATCCCTCTCACCCCTCCCTCTGAGTGTTCCTG  500

seq1  CCTGAGCCACCTGCCTATTTCGTTTTGCTTGTTAACACCGCCATCCTTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAGCCACCTGCCTATTTCGTTTTGCTTGTTAACACCGCCATCCTTAT  550

seq1  GCCCTCCTCCAGTGATCTCTTCAGCCCTTCCCTCACTCTGAGGCTGTGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTCCTCCAGTGATCTCTTCAGCCCTTCCCTCACTCTGAGGCTGTGGA  600

seq1  AAGTCAAAGGGAGGCCCCCTGATGTGTGACTGTTCCCTGATTTCAGGCCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCAAAGGGAGGCCCCCTGATGTGTGACTGTTCCCTGATTTCAGGCCA  650

seq1  CATGGTAGCTCATATTTTTAAAAAAGGTTTTTAGTGAAAACATTTAAGTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGTAGCTCATATTTTTAAAAAAGGTTTTTAGTGAAAACATTTAAGTT  700

seq1  CAAATGATACACATTTTGTAATCTGGAGCTGCAAGGGTTTTGATTTCTAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGATACACATTTTGTAATCTGGAGCTGCAAGGGTTTTGATTTCTAG  750

seq1  TCCATAAACTTCAGATGTCACTGTACCACTAACTTCCAGATGATCTTGAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATAAACTTCAGATGTCACTGTACCACTAACTTCCAGATGATCTTGAG  800

seq1  GCACACAGTATTACATTATTTTCTGTTCAAAGTCCTTGCGGAAGCCTCAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACACAGTATTACATTATTTTCTGTTCAAAGTCCTTGCGGAAGCCTCAG  850

seq1  GGGCTGGACTTGTATCACATGTTTAACCACATTCAGTTTTGCATCCATCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTGGACTTGTATCACATGTTTAACCACATTCAGTTTTGCATCCATCA  900

seq1  AAGGATATTGTGAACGCGAGATGTATGTGCTTTTTCTAGTCCAAGAGTCT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGATATTGTGAACGCGAGATGTATGTGCTTTTTCTAGTCCAAGAGTCT  950

seq1  TCATAGTAGCTCTTCCCT-GGGATGGATGCTTTTGTACTTCTTATGCTGG  999
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAGTAGCTCTTCCCTGGGGATGGATGCTTTTGTACTTCTTATGCTGG  1000

seq1  TAACAGTC-TTCAGTTTATGAGGGTTCTTGTCACCCACTTTA-TTTTTCA  1047
      |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||
seq2  TAACAGTCTTTCAGTTTATGAGGG-TCTTGTCACCCACTTTATTTTTTCA  1049

seq1  TGATCT-GTG-TGTCTAGATTCCAATG-TCT--GTGGAATTCTTGATTAT  1092
      |||||| ||| |||||||||||||||| |||  |||| ||||||||||||
seq2  TGATCTGGTGTTGTCTAGATTCCAATGTTCTTGGTGG-ATTCTTGATTAT  1098

seq1  ATAAATTTG-TTATGGACCCAATATGTACCAATG--AGAGAGATTCCAAA  1139
      ||||||||| ||||||| || ||||||  |||||  ||||||||||  ||
seq2  ATAAATTTGTTTATGGAACCCATATGTTACAATGGAAGAGAGATTC--AA  1146

seq1  CTTTTG--TCATAGTCCACAGTTTGCCTC-AATGTTT  1173
      ||||||   |||||||||||| |||| || |||||||
seq2  CTTTTGGTCCATAGTCCACAG-TTGCTTCAAATGTTT  1182


seq1: chr17_81715111_81715653
seq2: B6Ng01-279E04.g_63_605 (reverse)

seq1  TGCTGGGAATTGAACTGGAAGTACAGACAGTGCTCTTAACTTCTGAGCCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGGGAATTGAACTGGAAGTACAGACAGTGCTCTTAACTTCTGAGCCA  50

seq1  TCTCTCCAGTCCTGAAGAAAACTCTTAAAAAGTATGGCAGAGATGCTGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCCAGTCCTGAAGAAAACTCTTAAAAAGTATGGCAGAGATGCTGAA  100

seq1  AGTAGCTCTCCACAATTGATGGCTTCGGGTGTCAGTGTGGGAGGGAAAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGCTCTCCACAATTGATGGCTTCGGGTGTCAGTGTGGGAGGGAAAGA  150

seq1  ACTCACTTCTGTTTAAGGGGCAGGCCACTGAGAGTCCCACCATATTCCAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCACTTCTGTTTAAGGGGCAGGCCACTGAGAGTCCCACCATATTCCAG  200

seq1  TGAGAATATAGATACTACAAAGTGAATTTTTCCCCTTATTTTTATTATTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAATATAGATACTACAAAGTGAATTTTTCCCCTTATTTTTATTATTT  250

seq1  TACTTCCTCGAGGGGAGCTCACAAAGGGGTATGGACTTAGAAGGCATGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTCCTCGAGGGGAGCTCACAAAGGGGTATGGACTTAGAAGGCATGGA  300

seq1  AAGGGATGGTGATTGGATACATGATGTGAAGTTCTCAGAAAAGCCATAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGATGGTGATTGGATACATGATGTGAAGTTCTCAGAAAAGCCATAAA  350

seq1  AATGTTACATGTAGGTAAAAGAATGTATCCAACACCAAATAACAAATCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTTACATGTAGGTAAAAGAATGTATCCAACACCAAATAACAAATCTG  400

seq1  AAGAATGCAAAAATCAAAACCATTCTTGTAACAATCTAATAAACATATGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATGCAAAAATCAAAACCATTCTTGTAACAATCTAATAAACATATGT  450

seq1  GTATATGTATGTATATATATGTATAGATACATATATACATATATATACAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATATGTATGTATATATATGTATAGATACATATATACATATATATACAC  500

seq1  ACAGTTATAAATCTTCATACAAAGTTTTCTGCAGGAAATTATT  543
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTTATAAATCTTCATACAAAGTTTTCTGCAGGAAATTATT  543


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |